Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB9594
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9594, 325 aa
1>>>pF1KB9594 325 - 325 aa - 325 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5325+/-0.000883; mu= -2.0283+/- 0.054
mean_var=247.7105+/-49.612, 0's: 0 Z-trim(115.0): 67 B-trim: 5 in 1/53
Lambda= 0.081490
statistics sampled from 15447 (15513) to 15447 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.785), E-opt: 0.2 (0.477), width: 16
Scan time: 2.860
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32255.1 FOXB1 gene_id:27023|Hs108|chr15 ( 325) 2213 272.5 3.2e-73
CCDS35045.1 FOXB2 gene_id:442425|Hs108|chr9 ( 432) 771 103.1 4.3e-22
CCDS13147.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 ( 457) 608 83.9 2.6e-16
CCDS46585.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 ( 463) 608 83.9 2.6e-16
CCDS12677.1 FOXA3 gene_id:3171|Hs108|chr19 ( 350) 588 81.5 1.1e-15
CCDS75259.1 FOXD1 gene_id:2297|Hs108|chr5 ( 465) 583 81.0 2e-15
CCDS13192.1 FOXS1 gene_id:2307|Hs108|chr20 ( 330) 571 79.5 4.1e-15
CCDS624.1 FOXD3 gene_id:27022|Hs108|chr1 ( 478) 561 78.4 1.2e-14
CCDS9665.1 FOXA1 gene_id:3169|Hs108|chr14 ( 472) 558 78.1 1.6e-14
CCDS30708.1 FOXD2 gene_id:2306|Hs108|chr1 ( 495) 551 77.3 2.9e-14
CCDS35078.1 FOXE1 gene_id:2304|Hs108|chr9 ( 373) 532 74.9 1.1e-13
CCDS75845.1 FOXD4L4 gene_id:349334|Hs108|chr9 ( 416) 524 74.0 2.3e-13
CCDS43833.1 FOXD4L3 gene_id:286380|Hs108|chr9 ( 417) 524 74.0 2.3e-13
CCDS43826.1 FOXD4L6 gene_id:653404|Hs108|chr9 ( 417) 521 73.7 2.9e-13
CCDS34975.1 FOXD4 gene_id:2298|Hs108|chr9 ( 439) 517 73.2 4.2e-13
CCDS10958.1 FOXC2 gene_id:2303|Hs108|chr16 ( 501) 515 73.0 5.5e-13
CCDS47977.1 FOXD4L5 gene_id:653427|Hs108|chr9 ( 416) 510 72.4 7.1e-13
CCDS10959.1 FOXL1 gene_id:2300|Hs108|chr16 ( 345) 506 71.9 8.6e-13
CCDS2117.1 FOXD4L1 gene_id:200350|Hs108|chr2 ( 408) 507 72.0 9e-13
CCDS550.1 FOXE3 gene_id:2301|Hs108|chr1 ( 319) 498 70.9 1.5e-12
CCDS4473.1 FOXC1 gene_id:2296|Hs108|chr6 ( 553) 503 71.7 1.6e-12
CCDS3105.1 FOXL2 gene_id:668|Hs108|chr3 ( 376) 459 66.4 4.2e-11
CCDS4472.1 FOXF2 gene_id:2295|Hs108|chr6 ( 444) 459 66.4 4.8e-11
CCDS77433.1 FOXI3 gene_id:344167|Hs108|chr2 ( 420) 452 65.6 8.1e-11
>>CCDS32255.1 FOXB1 gene_id:27023|Hs108|chr15 (325 aa)
initn: 2213 init1: 2213 opt: 2213 Z-score: 1428.1 bits: 272.5 E(32554): 3.2e-73
Smith-Waterman score: 2213; 100.0% identity (100.0% similar) in 325 aa overlap (1-325:1-325)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPEKMLPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPEKMLPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHPSCGDMFENGSFLRRRKRFKVLKSDHLAPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHPSCGDMFENGSFLRRRKRFKVLKSDHLAPS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 KPADAAQYLQQQAKLRLSALAASGTHLPQMPAAAYNLGGVAQPSGFKHPFAIENIIAREY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KPADAAQYLQQQAKLRLSALAASGTHLPQMPAAAYNLGGVAQPSGFKHPFAIENIIAREY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 KMPGGLAFSAMQPVPAAYPLPNQLTTMGSSLGTGWPHVYGSAGMIDSATPISMASGDYSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KMPGGLAFSAMQPVPAAYPLPNQLTTMGSSLGTGWPHVYGSAGMIDSATPISMASGDYSA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 YGVPLKPLCHAAGQTLPAIPVPIKPTPAAVPALPALPAPIPTLLSNSPPSLSPTSSQTAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 YGVPLKPLCHAAGQTLPAIPVPIKPTPAAVPALPALPAPIPTLLSNSPPSLSPTSSQTAT
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KB9 SQSSPATPSETLTSPASALHSVAVH
:::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SQSSPATPSETLTSPASALHSVAVH
310 320
>>CCDS35045.1 FOXB2 gene_id:442425|Hs108|chr9 (432 aa)
initn: 1148 init1: 771 opt: 771 Z-score: 510.2 bits: 103.1 E(32554): 4.3e-22
Smith-Waterman score: 875; 46.6% identity (59.8% similar) in 363 aa overlap (1-254:1-357)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPEKMLPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNS
:::::...::::::::::::::::::: : :::::::.::::::.:::::::.:::::::
CCDS35 MPRPGKSSYSDQKPPYSYISLTAMAIQHSAEKMLPLSDIYKFIMERFPYYREHTQRWQNS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB9 LRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHPSCGDMFENGSFLRRRKRFKVLKSDHL---
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::..::
CCDS35 LRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHPDCGDMFENGSFLRRRKRFKVLRADHTHLH
70 80 90 100 110 120
120
pF1KB9 ------------------------------------------------APSKPADAAQYL
: : ..:.
CCDS35 AGSTKSAPGAGPGGHLHPHHHHHPHHHHHHHAAAHHHHHHHPPQPPPPPPPPPPHMVHYF
130 140 150 160 170 180
130 140
pF1KB9 QQQ-------------------------------AKLR----------LSALAASGT--H
.:: .:.. .: :: :. .
CCDS35 HQQPPTAPQPPPHLPSQPPQQPPQQSQPQQPSHPGKMQEAAAVAAAAAAAAAAAVGSVGR
190 200 210 220 230 240
150 160 170 180 190
pF1KB9 LPQMP------AAAYNLGGVAQPSGFKHPFAIENIIAREYK---MPGGLAF-SAMQPVPA
: :.: ::: ...:. :::::::::::::.:.:: . ::: . :.:. .
CCDS35 LSQFPPYGLGSAAAAAAAAAASTSGFKHPFAIENIIGRDYKGVLQAGGLPLASVMHHL--
250 260 270 280 290
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 AYPLPNQLTTMGSSLGTGWPHVYGSAGMIDSATPISMASG-----DYSAYGVPLKPLCHA
.::.:.:: .. ::. :::: : . .:. . :.: .:.:.:::.: :::.
CCDS35 GYPVPGQLGNVVSSV---WPHV-GVMDSVAAAAAAAAAAGVPVGPEYGAFGVPVKSLCHS
300 310 320 330 340 350
260 270 280 290 300 310
pF1KB9 AGQTLPAIPVPIKPTPAAVPALPALPAPIPTLLSNSPPSLSPTSSQTATSQSSPATPSET
:.:
CCDS35 ASQSLPAMPVPIKPTPALPPVSALQPGLTVPAASQQPPAPSTVCSAAAASPVASLLEPTA
360 370 380 390 400 410
>>CCDS13147.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 (457 aa)
initn: 591 init1: 563 opt: 608 Z-score: 406.3 bits: 83.9 E(32554): 2.6e-16
Smith-Waterman score: 628; 47.6% identity (67.1% similar) in 225 aa overlap (2-220:148-357)
10 20 30
pF1KB9 MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPE
:. : .:. ::::::::: .::::.::.
CCDS13 AGAMGGLAPYANMNSMSPMYGQAGLSRARDPKTYRRSYTHAKPPYSYISLITMAIQQSPN
120 130 140 150 160 170
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 KMLPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHP
::: :::::..::: ::.::.: ::::::.::.:::::::.:.:: ::.:::::::.:::
CCDS13 KMLTLSEIYQWIMDLFPFYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFLKVPRSPDKPGKGSFWTLHP
180 190 200 210 220 230
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 SCGDMFENGSFLRRRKRFKVLKSDHLAPSKPADAAQYLQQQAKLRLSALAASGTHLPQMP
. :.::::: .:::.:::: : .:: .. : :: .. : :.. . :.
CCDS13 DSGNMFENGCYLRRQKRFKCEK--QLALKEAAGAAGSGKKAA-------AGAQASQAQLG
240 250 260 270 280
160 170 180 190 200
pF1KB9 AAAYNLGGVAQ-PSGFKHPFAIENIIAREYKMPG-----GLAFSAMQPVPAAYPLPNQLT
:: : ... :.: . : . . .:.: : : .:..: : : :.:
CCDS13 EAA---GPASETPAGTESPHSSASP-CQEHKRGGLGELKGTPAAALSP-PEPAPSPGQQQ
290 300 310 320 330 340
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 TMGSSLGTGWPHVYGSAGMIDSATPISMASGDYSAYGVPLKPLCHAAGQTLPAIPVPIKP
.. : : :: :
CCDS13 QAAAHL-LGPPHHPGLPPEAHLKPEHHYAFNHPFSINNLMSSEQQHHHSHHHHQPHKMDL
350 360 370 380 390 400
>>CCDS46585.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 (463 aa)
initn: 591 init1: 563 opt: 608 Z-score: 406.2 bits: 83.9 E(32554): 2.6e-16
Smith-Waterman score: 628; 47.6% identity (67.1% similar) in 225 aa overlap (2-220:154-363)
10 20 30
pF1KB9 MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPE
:. : .:. ::::::::: .::::.::.
CCDS46 AGAMGGLAPYANMNSMSPMYGQAGLSRARDPKTYRRSYTHAKPPYSYISLITMAIQQSPN
130 140 150 160 170 180
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 KMLPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHP
::: :::::..::: ::.::.: ::::::.::.:::::::.:.:: ::.:::::::.:::
CCDS46 KMLTLSEIYQWIMDLFPFYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFLKVPRSPDKPGKGSFWTLHP
190 200 210 220 230 240
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 SCGDMFENGSFLRRRKRFKVLKSDHLAPSKPADAAQYLQQQAKLRLSALAASGTHLPQMP
. :.::::: .:::.:::: : .:: .. : :: .. : :.. . :.
CCDS46 DSGNMFENGCYLRRQKRFKCEK--QLALKEAAGAAGSGKKAA-------AGAQASQAQLG
250 260 270 280 290
160 170 180 190 200
pF1KB9 AAAYNLGGVAQ-PSGFKHPFAIENIIAREYKMPG-----GLAFSAMQPVPAAYPLPNQLT
:: : ... :.: . : . . .:.: : : .:..: : : :.:
CCDS46 EAA---GPASETPAGTESPHSSASP-CQEHKRGGLGELKGTPAAALSP-PEPAPSPGQQQ
300 310 320 330 340
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 TMGSSLGTGWPHVYGSAGMIDSATPISMASGDYSAYGVPLKPLCHAAGQTLPAIPVPIKP
.. : : :: :
CCDS46 QAAAHL-LGPPHHPGLPPEAHLKPEHHYAFNHPFSINNLMSSEQQHHHSHHHHQPHKMDL
350 360 370 380 390 400
>>CCDS12677.1 FOXA3 gene_id:3171|Hs108|chr19 (350 aa)
initn: 614 init1: 578 opt: 588 Z-score: 395.2 bits: 81.5 E(32554): 1.1e-15
Smith-Waterman score: 588; 57.1% identity (74.7% similar) in 154 aa overlap (1-154:105-257)
10 20 30
pF1KB9 MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSP
::. : . ::::::::: .::::..:
CCDS12 GPTFPGLGVSGGSSSSGYGAPGPGLVHGKEMPKGYRRPLAHAKPPYSYISLITMAIQQAP
80 90 100 110 120 130
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 EKMLPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALH
::: :::::..::: ::::::: ::::::.::.:::::::.:. : ::.:::::.::::
CCDS12 GKMLTLSEIYQWIMDLFPYYRENQQRWQNSIRHSLSFNDCFVKVARSPDKPGKGSYWALH
140 150 160 170 180 190
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 PSCGDMFENGSFLRRRKRFKVLKSDHLAPSKPADAAQYLQQQAKLRLSALAASGTHLPQM
:: :.::::: .:::.::::. .. . . : : ... .: . ::. : ::
CCDS12 PSSGNMFENGCYLRRQKRFKLEEKVKKGGSGAATTTRNGTGSAASTTTP-AATVTSPPQP
200 210 220 230 240 250
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 PAAAYNLGGVAQPSGFKHPFAIENIIAREYKMPGGLAFSAMQPVPAAYPLPNQLTTMGSS
: :
CCDS12 PPPAPEPEAQGGEDVGALDCGSPASSTPYFTGLELPGELKLDAPYNFNHPFSINNLMSEQ
260 270 280 290 300 310
>>CCDS75259.1 FOXD1 gene_id:2297|Hs108|chr5 (465 aa)
initn: 601 init1: 492 opt: 583 Z-score: 390.3 bits: 81.0 E(32554): 2e-15
Smith-Waterman score: 583; 38.4% identity (58.8% similar) in 323 aa overlap (13-323:125-433)
10 20 30 40
pF1KB9 MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPEKMLPLSEIYKF
:::::::.: .::: .::.: : :::: .:
CCDS75 AAGAGAGGGGGGGGAGGGGSAGSGAKNPLVKPPYSYIALITMAILQSPKKRLTLSEICEF
100 110 120 130 140 150
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 IMDRFPYYRENTQRWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHPSCGDMFENGSF
: :::::::. ::::.:::::.::::.::::.: .::::..:.: : .:::.::::
CCDS75 ISGRFPYYREKFPAWQNSIRHNLSLNDCFVKIPREPGNPGKGNYWTLDPESADMFDNGSF
160 170 180 190 200 210
110 120 130 140 150
pF1KB9 LRRRKRFKVLKSDHLAPSKPADAAQYLQQQAKLRLSAL--AASGTHLPQMPAA---AYNL
:::::::: . : : . : : . : . : .: ::... .: : ::.
CCDS75 LRRRKRFK---RQPLLPPNAAAAESLLLRGAGAAGGAGDPAAAAALFPPAPPPPPHAYGY
220 230 240 250 260 270
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 GGVAQPSGFK-HPFAIEN-IIAREYKMPGGLAFSAMQPVPAAYPLPNQLTTMGSSLGTGW
: . :.. :.: . ..: .. :: .: : : :. .. . . :.
CCDS75 GPYGCGYGLQLPPYAPPSALFAAAAAAAAAAAFHPHSPPPP--PPPHGAAAELARTAFGY
280 290 300 310 320
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 -PHVYGSAGMIDSATPISMA-SGDYSAYGVPLKPLC--HAAGQTL-PAIPVPIKPTPAAV
:: :.: . . : : : .: .: .. .:. : .: :: . ::
CCDS75 RPHPLGAA--LPGPLPASAAKAGGPGASALARSPFSIESIIGGSLGPAAAAAAAAQAAA-
330 340 350 360 370 380
280 290 300 310 320
pF1KB9 PALPALPAPIPTLLSNSPPSLSPTSSQTATSQSSPATPSETLTSPASALHSVAVH
: : :.: :. .:: .: :: . . .. . :. .:: : ..:
CCDS75 -AAQASPSPSPV---AAPP--APGSSGGGCAAQAAVGPAAALTRSLVAAAAAAASSVSSS
390 400 410 420 430 440
CCDS75 AALGTLHQGTALSSVENFTARISNC
450 460
>>CCDS13192.1 FOXS1 gene_id:2307|Hs108|chr20 (330 aa)
initn: 555 init1: 502 opt: 571 Z-score: 384.7 bits: 79.5 E(32554): 4.1e-15
Smith-Waterman score: 571; 38.4% identity (60.9% similar) in 302 aa overlap (1-289:6-298)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPEKMLPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQ
.: :: : :::::::.: :::::::: . :: ::..:: :: .::.:
CCDS13 MQQQPLPGPGAPTTEPTKPPYSYIALIAMAIQSSPGQRATLSGIYRYIMGRFAFYRHNRP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 RWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHPSCGDMFENGSFLRRRKRFKVLKSD
::::.:::::.:.::.:.:: .:::::.:.: :.: ::::.:::::::.:: . ..
CCDS13 GWQNSIRHNLSLNECFVKVPRDDRKPGKGSYWTLDPDCHDMFEHGSFLRRRRRF-TRQTG
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB9 HLAPSKPADAAQY-LQQQAKLRLSALAASGTHL---PQMP-AAAYNLGGV--AQPSGFKH
. :: : . :. .. :..: . :..: . ..::. :.:...
CCDS13 AEGTRGPAKARRGPLRATSQDPGVPNATTGRQCSFPPELPDPKGLSFGGLVGAMPASMC-
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 PFAIENIIAREYKMPGGLAFSAMQPV-PAAYPLPNQLTTMGSSLGTGWPHVYGSAGMIDS
: : . : : . :. .:. :. :. :. .: . :.: .. : ...
CCDS13 P-ATTDGRPRPPMEPKEI--STPKPACPGELPVA---TSSSSCPAFGFPAGFSEAESFNK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 A-TPI-SMASGDYSAYGVPLKPL--CHAAGQTLPAIPVPIKPTPAAVPALP-ALPAPIPT
: ::. : :: :.: :. : : .: : . . :.:: :. : .: ::.:
CCDS13 APTPVLSPESGIGSSYQCRLQALNFCMGADPGLEHLLASAAPSPAP-PTPPGSLRAPLPL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320
pF1KB9 LLSNSPPSLSPTSSQTATSQSSPATPSETLTSPASALHSVAVH
... :
CCDS13 PTDHKEPWVAGGFPVQGGSGYPLGLTPCLYRTPGMFFFE
300 310 320 330
>>CCDS624.1 FOXD3 gene_id:27022|Hs108|chr1 (478 aa)
initn: 571 init1: 498 opt: 561 Z-score: 376.1 bits: 78.4 E(32554): 1.2e-14
Smith-Waterman score: 568; 37.4% identity (59.0% similar) in 334 aa overlap (4-319:132-448)
10 20 30
pF1KB9 MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPEKM
:.. : :::::::.: .::: .::.:
CCDS62 DGCKGGVGGEEGGASGGGPGAGSGSAGGLAPSKPKNSLVKPPYSYIALITMAILQSPQKK
110 120 130 140 150 160
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 LPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHPSC
: :: : .:: .:::::::. ::::.:::::.::::.::::.: .::::..:.: :.
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: :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]