Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB3518
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3518, 760 aa
1>>>pF1KB3518 760 - 760 aa - 760 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0313+/-0.000909; mu= 6.9647+/- 0.055
mean_var=281.5035+/-58.517, 0's: 0 Z-trim(115.3): 49 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.076442
statistics sampled from 15844 (15891) to 15844 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.775), E-opt: 0.2 (0.488), width: 16
Scan time: 5.050
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS42581.1 STRN4 gene_id:29888|Hs108|chr19 ( 760) 5129 579.3 7.9e-165
CCDS12690.1 STRN4 gene_id:29888|Hs108|chr19 ( 753) 5058 571.4 1.8e-162
CCDS9641.1 STRN3 gene_id:29966|Hs108|chr14 ( 713) 1616 191.8 3.2e-48
CCDS41938.1 STRN3 gene_id:29966|Hs108|chr14 ( 797) 1603 190.4 9.3e-48
CCDS1784.1 STRN gene_id:6801|Hs108|chr2 ( 780) 1529 182.3 2.6e-45
>>CCDS42581.1 STRN4 gene_id:29888|Hs108|chr19 (760 aa)
initn: 5129 init1: 5129 opt: 5129 Z-score: 3072.7 bits: 579.3 E(32554): 7.9e-165
Smith-Waterman score: 5129; 100.0% identity (100.0% similar) in 760 aa overlap (1-760:1-760)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MMEERAAAAVAAAASSCRPLGSGAGPGPTGAAPVSAPAPGPGPAGKGGGGGGSPGPTAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 EPLSLPGILHFIQHEWARFEAEKARWEAERAELQAQVAFLQGERKGQENLKTDLVRRIKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EPLSLPGILHFIQHEWARFEAEKARWEAERAELQAQVAFLQGERKGQENLKTDLVRRIKM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 LEYALKQERAKYHKLKFGTDLNQGEKKADVSEQVSNGPVESVTLENSPLVWKEGRQLLRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LEYALKQERAKYHKLKFGTDLNQGEKKADVSEQVSNGPVESVTLENSPLVWKEGRQLLRQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 YLEEVGYTDTILDMRSKRVRSLLGRSLELNGAVEPSEGAPRAPPGPAGLSGGESLLVKQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 YLEEVGYTDTILDMRSKRVRSLLGRSLELNGAVEPSEGAPRAPPGPAGLSGGESLLVKQI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 EEQIKRNAAGKDGKERLGGSVLGQIPFLQNCEDEDSDEDDELDSVQHKKQRVKLPSKALV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EEQIKRNAAGKDGKERLGGSVLGQIPFLQNCEDEDSDEDDELDSVQHKKQRVKLPSKALV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PEMEDEDEEDDSEDAINEFDFLGSGEDGEGAPDPRRCTVDGSPHELESRRVKLQGILADL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 RDVDGLPPKVTGPPPGTPQPRPHEGSFGFSSDVFIMDTIGGGEVSLGDLADLTVTNDNDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RDVDGLPPKVTGPPPGTPQPRPHEGSFGFSSDVFIMDTIGGGEVSLGDLADLTVTNDNDL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 SCDLSDSKDAFKKTWNPKFTLRSHYDGIRSLAFHHSQSALLTASEDGTLKLWNLQKAVTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SCDLSDSKDAFKKTWNPKFTLRSHYDGIRSLAFHHSQSALLTASEDGTLKLWNLQKAVTA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 KKNAALDVEPIHAFRAHRGPVLAVAMGSNSEYCYSGGADACIHSWKIPDLSMDPYDGYDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 KKNAALDVEPIHAFRAHRGPVLAVAMGSNSEYCYSGGADACIHSWKIPDLSMDPYDGYDP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 SVLSHVLEGHGDAVWGLAFSPTSQRLASCSADGTVRIWDPSSSSPACLCTFPTASEHGVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SVLSHVLEGHGDAVWGLAFSPTSQRLASCSADGTVRIWDPSSSSPACLCTFPTASEHGVP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 TSVAFTSTEPAHIVASFRSGDTVLYDMEVGSALLTLESRGSSGPTQINQVVSHPNQPLTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TSVAFTSTEPAHIVASFRSGDTVLYDMEVGSALLTLESRGSSGPTQINQVVSHPNQPLTI
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 TAHDDRGIRFLDNRTGKPVHSMVAHLDAVTCLAVDPNGAFLMSGSHDCSLRLWSLDNKTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TAHDDRGIRFLDNRTGKPVHSMVAHLDAVTCLAVDPNGAFLMSGSHDCSLRLWSLDNKTC
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760
pF1KB3 VQEITAHRKKHEEAIHAVACHPSKALIASAGADALAKVFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VQEITAHRKKHEEAIHAVACHPSKALIASAGADALAKVFV
730 740 750 760
>>CCDS12690.1 STRN4 gene_id:29888|Hs108|chr19 (753 aa)
initn: 2597 init1: 2597 opt: 5058 Z-score: 3030.4 bits: 571.4 E(32554): 1.8e-162
Smith-Waterman score: 5058; 99.1% identity (99.1% similar) in 760 aa overlap (1-760:1-753)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MMEERAAAAVAAAASSCRPLGSGAGPGPTGAAPVSAPAPGPGPAGKGGGGGGSPGPTAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MMEERAAAAVAAAASSCRPLGSGAGPGPTGAAPVSAPAPGPGPAGKGGGGGGSPGPTAGP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 EPLSLPGILHFIQHEWARFEAEKARWEAERAELQAQVAFLQGERKGQENLKTDLVRRIKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EPLSLPGILHFIQHEWARFEAEKARWEAERAELQAQVAFLQGERKGQENLKTDLVRRIKM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 LEYALKQERAKYHKLKFGTDLNQGEKKADVSEQVSNGPVESVTLENSPLVWKEGRQLLRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LEYALKQERAKYHKLKFGTDLNQGEKKADVSEQVSNGPVESVTLENSPLVWKEGRQLLRQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 YLEEVGYTDTILDMRSKRVRSLLGRSLELNGAVEPSEGAPRAPPGPAGLSGGESLLVKQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 YLEEVGYTDTILDMRSKRVRSLLGRSLELNGAVEPSEGAPRAPPGPAGLSGGESLLVKQI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 EEQIKRNAAGKDGKERLGGSVLGQIPFLQNCEDEDSDEDDELDSVQHKKQRVKLPSKALV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EEQIKRNAAGKDGKERLGGSVLGQIPFLQNCEDEDSDEDDELDSVQHKKQRVKLPSKALV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 PEMEDEDEEDDSEDAINEFDFLGSGEDGEGAPDPRRCTVDGSPHELESRRVKLQGILADL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PEMEDEDEEDDSEDAINEFDFLGSGEDGEGAPDPRRCTVDGSPHELESRRVKLQGILADL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 RDVDGLPPKVTGPPPGTPQPRPHEGSFGFSSDVFIMDTIGGGEVSLGDLADLTVTNDNDL
:::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RDVDGLPPKVTGPPPGTPQPRPHE-------DVFIMDTIGGGEVSLGDLADLTVTNDNDL
370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 SCDLSDSKDAFKKTWNPKFTLRSHYDGIRSLAFHHSQSALLTASEDGTLKLWNLQKAVTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SCDLSDSKDAFKKTWNPKFTLRSHYDGIRSLAFHHSQSALLTASEDGTLKLWNLQKAVTA
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 KKNAALDVEPIHAFRAHRGPVLAVAMGSNSEYCYSGGADACIHSWKIPDLSMDPYDGYDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KKNAALDVEPIHAFRAHRGPVLAVAMGSNSEYCYSGGADACIHSWKIPDLSMDPYDGYDP
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 SVLSHVLEGHGDAVWGLAFSPTSQRLASCSADGTVRIWDPSSSSPACLCTFPTASEHGVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SVLSHVLEGHGDAVWGLAFSPTSQRLASCSADGTVRIWDPSSSSPACLCTFPTASEHGVP
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 TSVAFTSTEPAHIVASFRSGDTVLYDMEVGSALLTLESRGSSGPTQINQVVSHPNQPLTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TSVAFTSTEPAHIVASFRSGDTVLYDMEVGSALLTLESRGSSGPTQINQVVSHPNQPLTI
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 TAHDDRGIRFLDNRTGKPVHSMVAHLDAVTCLAVDPNGAFLMSGSHDCSLRLWSLDNKTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TAHDDRGIRFLDNRTGKPVHSMVAHLDAVTCLAVDPNGAFLMSGSHDCSLRLWSLDNKTC
660 670 680 690 700 710
730 740 750 760
pF1KB3 VQEITAHRKKHEEAIHAVACHPSKALIASAGADALAKVFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VQEITAHRKKHEEAIHAVACHPSKALIASAGADALAKVFV
720 730 740 750
>>CCDS9641.1 STRN3 gene_id:29966|Hs108|chr14 (713 aa)
initn: 2473 init1: 825 opt: 1616 Z-score: 979.2 bits: 191.8 E(32554): 3.2e-48
Smith-Waterman score: 2510; 54.7% identity (74.9% similar) in 769 aa overlap (20-760:4-713)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MMEERAAAAVAAAASSCRPLGSGAGPGPTGAAPVSAPAPGPG------PAGKGGGGGGSP
:..:.: :: ::: ::: :.:.:..:::.:
CCDS96 MDELAGGGGGGPGMAAP-PRQQQGPGGNLGLSPGGNGAAGGGGP
10 20 30 40
60 70 80 90 100
pF1KB3 ------GPTAGPE---P--LSLPGILHFIQHEWARFEAEKARWEAERAELQAQVAFLQGE
::.:::: : ..:::::.::::::::: :.:.::.:::::::..::::::
CCDS96 PASEGAGPAAGPELSRPQQYTIPGILHYIQHEWARFEMERAHWEVERAELQARIAFLQGE
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 RKGQENLKTDLVRRIKMLEYALKQERAKYHKLKFGTDLNQGEKKADVSEQVSNGPVESVT
:::::::: ::::::::::::::::::::::::.::.::::. : . :. . .:. :
CCDS96 RKGQENLKKDLVRRIKMLEYALKQERAKYHKLKYGTELNQGDLKMPTFESEETKDTEAPT
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 L-ENSPLVWKEGRQLLRQYLEEVGYTDTILDMRSKRVRSLLGRS-LELNGAVEPSEGAPR
.:: :.::.:::::::::.::::::::::.::.::::::: : : ::.:: ... .
CCDS96 APQNSQLTWKQGRQLLRQYLQEVGYTDTILDVRSQRVRSLLGLSNSEPNGSVE-TKNLEQ
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 APPGPAGLSGGESLLVKQIEEQIKRNAAGKDGKERLGGSVLGQIPFLQNCEDEDSDED-D
:.:::: :: ..:::.. :.:: . ::.: .: : ::. :
CCDS96 I------LNGGES--PKQKGQEIKRSS----------GDVLETFNFLENADDSDEDEEND
230 240 250 260
290 300 310 320 330
pF1KB3 ELDSV-----QHKKQRVKLPSKALVPEMEDEDEEDDSEDAINEFDFLGSGEDGEGAPDPR
.... .:. .. :. ...:. .. :. :.:.:..::::: ..:::::: . :
CCDS96 MIEGIPEGKDKHRMNKHKIGNEGLAADLTDDP---DTEEALKEFDFLVTAEDGEGAGEAR
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 RCTVDGSPHELESRRVKLQGILADLRDVDGLPPKVTGPPPGTPQPRPHEGSFGFSSDVFI
. ::. . : .: : : :: ..:: .
CCDS96 S-SGDGT---------------------EWAEP-ITFPSGGGK-------SFIMGSDDVL
330 340 350
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 MDTIGGGEVSLGDLADLTVTNDNDLSCDLSDSKDAFKKTWNPKFTLRSHYDGIRSLAFHH
....: :::::::::::: : : :: .::::.::::::.:::::.::.:.::::
CCDS96 LSVLG-----LGDLADLTVTNDADYSYDLPANKDAFRKTWNPKYTLRSHFDGVRALAFHP
360 370 380 390 400
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 SQSALLTASEDGTLKLWNLQKAVTAKKNAALDVEPIHAFRAHRGPVLAVAMGSNSEYCYS
. .:.::::: :::::::::.: :::.:.::::::..:::: ::::..:..::.: :.:
CCDS96 VEPVLVTASEDHTLKLWNLQKTVPAKKSASLDVEPIYTFRAHIGPVLSLAISSNGEQCFS
410 420 430 440 450 460
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 GGADACIHSWKIPDLSMDPYDGYDPSVLSHVLEGHGDAVWGLAFSPTSQRLASCSADGTV
:: :: :. :..:. :.:::: :.:.::. .: :: :::::::.: ...: ::::::::
CCDS96 GGIDATIQWWNMPSPSVDPYDTYEPNVLAGTLVGHTDAVWGLAYSGIKNQLLSCSADGTV
470 480 490 500 510 520
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 RIWDPSSSSPACLCTFPTASEHGVPTSVAFTSTEPAHIVASFRSGDTVLYDMEVGSALLT
:.:.:. . : :.::. ..::.:::: : . .:::.:.:: .:..:.::.:....:.
CCDS96 RLWNPQEKLP-CICTYNGDKKHGIPTSVDFIGCDPAHMVTSFNTGSAVIYDLETSQSLVI
530 540 550 560 570 580
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 LESRGSSG---PTQINQVVSHPNQPLTITAHDDRGIRFLDNRTGKPVHSMVAHLDAVTCL
: :. .:: ..::.:::::. :.:::::.:: :.:.::.::: .::::::::::: :
CCDS96 LSSQVDSGLQSNNHINRVVSHPTLPVTITAHEDRHIKFFDNKTGKMIHSMVAHLDAVTSL
590 600 610 620 630 640
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 AVDPNGAFLMSGSHDCSLRLWSLDNKTCVQEITAHRKKHEEAIHAVACHPSKALIASAGA
:::::: .:::::::::.:::.::.::::::::::::: .:.:. :: : ::: ::::::
CCDS96 AVDPNGIYLMSGSHDCSIRLWNLDSKTCVQEITAHRKKLDESIYDVAFHSSKAYIASAGA
650 660 670 680 690 700
760
pF1KB3 DALAKVFV
::::::::
CCDS96 DALAKVFV
710
>>CCDS41938.1 STRN3 gene_id:29966|Hs108|chr14 (797 aa)
initn: 2471 init1: 825 opt: 1603 Z-score: 970.9 bits: 190.4 E(32554): 9.3e-48
Smith-Waterman score: 2510; 53.0% identity (72.7% similar) in 820 aa overlap (20-760:4-797)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MMEERAAAAVAAAASSCRPLGSGAGPGPTGAAPVSAPAPGPG------PAGKGGGGGGSP
:..:.: :: ::: ::: :.:.:..:::.:
CCDS41 MDELAGGGGGGPGMAAP-PRQQQGPGGNLGLSPGGNGAAGGGGP
10 20 30 40
60 70 80 90 100
pF1KB3 ------GPTAGPE---P--LSLPGILHFIQHEWARFEAEKARWEAERAELQAQVAFLQGE
::.:::: : ..:::::.::::::::: :.:.::.:::::::..::::::
CCDS41 PASEGAGPAAGPELSRPQQYTIPGILHYIQHEWARFEMERAHWEVERAELQARIAFLQGE
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 RKGQENLKTDLVRRIKMLEYALKQERAKYHKLKFGTDLNQGEKKADVSEQVSNGPVESVT
:::::::: ::::::::::::::::::::::::.::.::::. : . :. . .:. :
CCDS41 RKGQENLKKDLVRRIKMLEYALKQERAKYHKLKYGTELNQGDLKMPTFESEETKDTEAPT
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 L-ENSPLVWKEGRQLLRQYLEEVGYTDTILDMRSKRVRSLLGRS-LELNGAVEPSEGAPR
.:: :.::.:::::::::.::::::::::.::.::::::: : : ::.:: ... .
CCDS41 APQNSQLTWKQGRQLLRQYLQEVGYTDTILDVRSQRVRSLLGLSNSEPNGSVE-TKNLEQ
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 APPGPAGLSGGESLLVKQIEEQIKRNAAGKDGKERLGGSVLGQIPFLQNCEDEDSDED-D
:.:::: :: ..:::.. :.:: . ::.: .: : ::. :
CCDS41 I------LNGGES--PKQKGQEIKRSS----------GDVLETFNFLENADDSDEDEEND
230 240 250 260
290 300 310 320 330
pF1KB3 ELDSV-----QHKKQRVKLPSKALVPEMEDEDEEDDSEDAINEFDFLGSGEDGEGAPDPR
.... .:. .. :. ...:. .. :. :.:.:..::::: ..:::::: . :
CCDS41 MIEGIPEGKDKHRMNKHKIGNEGLAADLTDDP---DTEEALKEFDFLVTAEDGEGAGEAR
270 280 290 300 310 320
340 350 360
pF1KB3 RCTVDG--------SP------------------HELESR---------RVKLQGILADL
. :: :: .. : . :.:: ..:::
CCDS41 S-SGDGTEWDKDDLSPTAEVWDVDQGLISKLKEQYKKERKGKKGVKRANRTKLYDMIADL
330 340 350 360 370 380
370 380 390 400
pF1KB3 RDVDGLPPKVTG----PPPGTPQPRPHEGS-------FGFSSD---VFIM--DTIGGGEV
: : :: .: .. . :::. . : : ::: : . . .
CCDS41 GD-DELPHIPSGIINQSRSASTRMTDHEGARAEEAEPITFPSGGGKSFIMGSDDVLLSVL
390 400 410 420 430
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 SLGDLADLTVTNDNDLSCDLSDSKDAFKKTWNPKFTLRSHYDGIRSLAFHHSQSALLTAS
.:::::::::::: : : :: .::::.::::::.:::::.::.:.:::: . .:.:::
CCDS41 GLGDLADLTVTNDADYSYDLPANKDAFRKTWNPKYTLRSHFDGVRALAFHPVEPVLVTAS
440 450 460 470 480 490
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 EDGTLKLWNLQKAVTAKKNAALDVEPIHAFRAHRGPVLAVAMGSNSEYCYSGGADACIHS
:: :::::::::.: :::.:.::::::..:::: ::::..:..::.: :.::: :: :.
CCDS41 EDHTLKLWNLQKTVPAKKSASLDVEPIYTFRAHIGPVLSLAISSNGEQCFSGGIDATIQW
500 510 520 530 540 550
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 WKIPDLSMDPYDGYDPSVLSHVLEGHGDAVWGLAFSPTSQRLASCSADGTVRIWDPSSSS
:..:. :.:::: :.:.::. .: :: :::::::.: ...: :::::::::.:.:. .
CCDS41 WNMPSPSVDPYDTYEPNVLAGTLVGHTDAVWGLAYSGIKNQLLSCSADGTVRLWNPQEKL
560 570 580 590 600 610
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 PACLCTFPTASEHGVPTSVAFTSTEPAHIVASFRSGDTVLYDMEVGSALLTLESRGSSG-
: :.::. ..::.:::: : . .:::.:.:: .:..:.::.:....:. : :. .::
CCDS41 P-CICTYNGDKKHGIPTSVDFIGCDPAHMVTSFNTGSAVIYDLETSQSLVILSSQVDSGL
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