Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE0461
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0461, 215 aa
1>>>pF1KE0461 215 - 215 aa - 215 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2861+/-0.00091; mu= 14.2776+/- 0.055
mean_var=82.1571+/-16.193, 0's: 0 Z-trim(107.8): 206 B-trim: 379 in 1/51
Lambda= 0.141498
statistics sampled from 9559 (9793) to 9559 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.685), E-opt: 0.2 (0.301), width: 16
Scan time: 2.110
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 1422 299.6 9.5e-82
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 835 179.8 1.1e-45
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 825 177.8 4.6e-45
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 821 176.9 8.1e-45
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 803 173.3 1e-43
CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 665 145.1 2.8e-35
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 601 132.0 2.7e-31
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 590 129.8 1.3e-30
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 581 128.0 4.6e-30
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 575 126.7 1e-29
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 562 124.1 6.7e-29
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 555 122.6 1.8e-28
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 553 122.2 2.3e-28
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 550 121.6 3.6e-28
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 548 121.2 4.9e-28
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 539 119.4 1.7e-27
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 527 116.9 9.1e-27
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 527 116.9 9.4e-27
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 522 115.8 1.5e-26
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 522 115.9 1.9e-26
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 521 115.7 2.3e-26
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 520 115.5 2.4e-26
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 518 115.1 3.2e-26
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 518 115.1 3.5e-26
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 517 114.9 3.7e-26
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 515 114.5 5.1e-26
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 513 114.1 7.8e-26
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 512 113.9 8.1e-26
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 509 113.2 1.2e-25
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 507 112.9 1.8e-25
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 498 111.0 6e-25
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 494 110.2 9.2e-25
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 494 110.2 1e-24
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 489 109.2 2.1e-24
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 479 107.1 8.5e-24
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 479 107.2 9.4e-24
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 471 105.5 2.5e-23
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 471 105.5 2.6e-23
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 468 104.9 4e-23
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 462 103.7 9.7e-23
CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 ( 212) 458 102.8 1.6e-22
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 453 101.8 3.3e-22
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 448 100.8 6.3e-22
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 431 97.3 7.3e-21
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 429 97.0 1e-20
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 421 95.3 3e-20
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 421 95.3 3.3e-20
CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 420 95.1 3.4e-20
CCDS54162.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 186) 418 94.6 4.2e-20
CCDS14515.1 RAB9B gene_id:51209|Hs108|chrX ( 201) 418 94.7 4.5e-20
>>CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 (215 aa)
initn: 1422 init1: 1422 opt: 1422 Z-score: 1581.1 bits: 299.6 E(32554): 9.5e-82
Smith-Waterman score: 1422; 100.0% identity (100.0% similar) in 215 aa overlap (1-215:1-215)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MATAPYNYSYIFKYIIIGDMGVGKSCLLHQFTEKKFMADCPHTIGVEFGTRIIEVSGQKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 MATAPYNYSYIFKYIIIGDMGVGKSCLLHQFTEKKFMADCPHTIGVEFGTRIIEVSGQKI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 KLQIWDTAGQERFRAVTRSYYRGAAGALMVYDITRRSTYNHLSSWLTDARNLTNPNTVII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 KLQIWDTAGQERFRAVTRSYYRGAAGALMVYDITRRSTYNHLSSWLTDARNLTNPNTVII
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LIGNKADLEAQRDVTYEEAKQFAEENGLLFLEASAKTGENVEDAFLEAAKKIYQNIQDGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 LIGNKADLEAQRDVTYEEAKQFAEENGLLFLEASAKTGENVEDAFLEAAKKIYQNIQDGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KE0 LDLNAAESGVQHKPSAPQGGRLTSEPQPQREGCGC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 LDLNAAESGVQHKPSAPQGGRLTSEPQPQREGCGC
190 200 210
>>CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 (218 aa)
initn: 840 init1: 793 opt: 835 Z-score: 933.4 bits: 179.8 E(32554): 1.1e-45
Smith-Waterman score: 835; 60.8% identity (82.3% similar) in 209 aa overlap (8-215:10-218)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MATAPYNYSYIFKYIIIGDMGVGKSCLLHQFTEKKFMADCPHTIGVEFGTRIIEVSGQ
:...::...::. :.::::::::: :::: : ::::::::..::.:.:.
CCDS31 MSQTAMSETYDFLFKFLVIGNAGTGKSCLLHQFIEKKFKDDSNHTIGVEFGSKIINVGGK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 KIKLQIWDTAGQERFRAVTRSYYRGAAGALMVYDITRRSTYNHLSSWLTDARNLTNPNTV
.::::::::::::::.:::::::::::::.::::: : ::: :..:::::: :.. : :
CCDS31 YVKLQIWDTAGQERFRSVTRSYYRGAAGALLVYDITSRETYNALTNWLTDARMLASQNIV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 IILIGNKADLEAQRDVTYEEAKQFAEENGLLFLEASAKTGENVEDAFLEAAKKIYQNIQD
::: ::: ::.:.:.::. ::..::.:: :.:::.:: ::::::.::.. :.:: ..:..
CCDS31 IILCGNKKDLDADREVTFLEASRFAQENELMFLETSALTGENVEEAFVQCARKILNKIES
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210
pF1KE0 GSLDLNAAESGVQHKPSAPQGGRLTSEPQ-PQREGCGC
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CCDS31 GELDPERMGSGIQYGDAALRQLRSPRRAQAPNAQECGC
190 200 210
>>CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 (212 aa)
initn: 806 init1: 787 opt: 825 Z-score: 922.6 bits: 177.8 E(32554): 4.6e-45
Smith-Waterman score: 825; 58.9% identity (84.2% similar) in 209 aa overlap (8-215:3-211)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MATAPYNYSYIFKYIIIGDMGVGKSCLLHQFTEKKFMADCPHTIGVEFGTRIIEVSGQKI
:.:.:::::::: :::::::: :::.:.:. :::::::.:.: ..:..:
CCDS61 MAYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMITIDGKQI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 KLQIWDTAGQERFRAVTRSYYRGAAGALMVYDITRRSTYNHLSSWLTDARNLTNPNTVII
::::::::::: ::..::::::::::::.:::::::.:.:::..:: :::. .: : ::.
CCDS61 KLQIWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRDTFNHLTTWLEDARQHSNSNMVIM
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LIGNKADLEAQRDVTYEEAKQFAEENGLLFLEASAKTGENVEDAFLEAAKKIYQNIQDGS
:::::.:::..:.: ::.. ::.:.::.:.:.::::. :::.::...::.::..::.:
CCDS61 LIGNKSDLESRREVKKEEGEAFAREHGLIFMETSAKTASNVEEAFINTAKEIYEKIQEGV
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KE0 LDLNAAESGVQHKPS-APQGGRLTSEPQPQREGCGC
.:.: .:.. :. : .. ... :. : ::
CCDS61 FDINNEANGIKIGPQHAATNATHAGNQGGQQAGGGCC
180 190 200 210
>>CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 (213 aa)
initn: 834 init1: 788 opt: 821 Z-score: 918.1 bits: 176.9 E(32554): 8.1e-45
Smith-Waterman score: 821; 57.9% identity (81.8% similar) in 214 aa overlap (8-215:5-213)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MATAPYNYSYIFKYIIIGDMGVGKSCLLHQFTEKKFMADCPHTIGVEFGTRIIEVSGQKI
:...::...::. :.::::::::: :.:: : ::::::::.:...:.:. .
CCDS33 MAETYDFLFKFLVIGSAGTGKSCLLHQFIENKFKQDSNHTIGVEFGSRVVNVGGKTV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 KLQIWDTAGQERFRAVTRSYYRGAAGALMVYDITRRSTYNHLSSWLTDARNLTNPNTVII
::::::::::::::.:::::::::::::.::::: : ::: :..::::::.:..:: :.:
CCDS33 KLQIWDTAGQERFRSVTRSYYRGAAGALLVYDITSRETYNSLAAWLTDARTLASPNIVVI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LIGNKADLEAQRDVTYEEAKQFAEENGLLFLEASAKTGENVEDAFLEAAKKIYQNIQDGS
: ::: ::. .:.::. ::..::.:: :.:::.:: ::::::.:::. :. : ..:..:
CCDS33 LCGNKKDLDPEREVTFLEASRFAQENELMFLETSALTGENVEEAFLKCARTILNKIDSGE
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KE0 LDLNAAESGVQHKPSA------PQGGRLTSEPQPQREGCGC
:: . ::.:. .. :.... .. ::: :::
CCDS33 LDPERMGSGIQYGDASLRQLRQPRSAQAVA-PQP----CGC
180 190 200 210
>>CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 (216 aa)
initn: 777 init1: 777 opt: 803 Z-score: 898.2 bits: 173.3 E(32554): 1e-43
Smith-Waterman score: 803; 56.7% identity (82.8% similar) in 215 aa overlap (8-215:3-216)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MATAPYNYSYIFKYIIIGDMGVGKSCLLHQFTEKKFMADCPHTIGVEFGTRIIEVSGQKI
:.:.:::::::: :::::::: :::.:.:. :::::::.:.....:..:
CCDS95 MTYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMVNIDGKQI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 KLQIWDTAGQERFRAVTRSYYRGAAGALMVYDITRRSTYNHLSSWLTDARNLTNPNTVII
::::::::::: ::..::::::::::::.::::::: :.:::.::: :::. .. : ::.
CCDS95 KLQIWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFNHLTSWLEDARQHSSSNMVIM
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LIGNKADLEAQRDVTYEEAKQFAEENGLLFLEASAKTGENVEDAFLEAAKKIYQNIQDGS
:::::.:::..::: ::.. ::.:.::.:.:.::::. :::.::...::.::..::.:
CCDS95 LIGNKSDLESRRDVKREEGEAFAREHGLIFMETSAKTACNVEEAFINTAKEIYRKIQQGL
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KE0 LDLNAAESGVQHKPS-------APQGGRLTSEPQPQREGCGC
.:.. .:.. :. .:.... .:. . :: :
CCDS95 FDVHNEANGIKIGPQQSISTSVGPSASQRNSRDIGSNSGC-C
180 190 200 210
>>CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 (188 aa)
initn: 735 init1: 646 opt: 665 Z-score: 746.7 bits: 145.1 E(32554): 2.8e-35
Smith-Waterman score: 678; 51.7% identity (75.6% similar) in 209 aa overlap (8-215:3-187)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MATAPYNYSYIFKYIIIGDMGVGKSCLLHQFTEKKFMADCPHTIGVEFGTRIIEVSGQKI
:.:.:::::::: :: :::.:.: ..:..:
CCDS56 MAYAYLFKYIIIGDTGV------------------------EFGARMITIDGKQI
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 KLQIWDTAGQERFRAVTRSYYRGAAGALMVYDITRRSTYNHLSSWLTDARNLTNPNTVII
::::::::::: ::..::::::::::::.:::::::.:.:::..:: :::. .: : ::.
CCDS56 KLQIWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRDTFNHLTTWLEDARQHSNSNMVIM
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LIGNKADLEAQRDVTYEEAKQFAEENGLLFLEASAKTGENVEDAFLEAAKKIYQNIQDGS
:::::.:::..:.: ::.. ::.:.::.:.:.::::. :::.::...::.::..::.:
CCDS56 LIGNKSDLESRREVKKEEGEAFAREHGLIFMETSAKTASNVEEAFINTAKEIYEKIQEGV
100 110 120 130 140 150
190 200 210
pF1KE0 LDLNAAESGVQHKPS-APQGGRLTSEPQPQREGCGC
.:.: .:.. :. : .. ... :. : ::
CCDS56 FDINNEANGIKIGPQHAATNATHAGNQGGQQAGGGCC
160 170 180
>>CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 (216 aa)
initn: 603 init1: 568 opt: 601 Z-score: 675.3 bits: 132.0 E(32554): 2.7e-31
Smith-Waterman score: 601; 45.5% identity (71.8% similar) in 213 aa overlap (1-213:1-213)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MATAPYNYSYIFKYIIIGDMGVGKSCLLHQFTEKKFMADCPHTIGVEFGTRIIEVSGQKI
:.: .:.:.:: ..::: ::::: :: .::...: . ::::::.:: :.:.:. :
CCDS10 MGTRDDEYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFNLESKSTIGVEFATRSIQVDGKTI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 KLQIWDTAGQERFRAVTRSYYRGAAGALMVYDITRRSTYNHLSSWLTDARNLTNPNTVII
: ::::::::::.::.: .:::::.:::.::::... ::... :: . :. .. : ::.
CCDS10 KAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHADSNIVIM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LIGNKADLEAQRDVTYEEAKQFAEENGLLFLEASAKTGENVEDAFLEAAKKIYQNIQDGS
:.:::.::. : : .::. :::.::: :.:.:: . ::: :: .::. ... .
CCDS10 LVGNKSDLRHLRAVPTDEARAFAEKNGLSFIETSALDSTNVEAAFQTILTEIYRIVSQKQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KE0 LDLNAAESGVQHKPSAPQGGRLTSEPQPQREGCGC
.. .. . .: :.: .:. . :
CCDS10 MSDRRENDMSPSNNVVPIHVPPTTENKPKVQCCQNI
190 200 210
>>CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 (218 aa)
initn: 584 init1: 584 opt: 590 Z-score: 663.1 bits: 129.8 E(32554): 1.3e-30
Smith-Waterman score: 590; 50.0% identity (76.9% similar) in 186 aa overlap (1-186:1-186)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MATAPYNYSYIFKYIIIGDMGVGKSCLLHQFTEKKFMADCPHTIGVEFGTRIIEVSGQKI
:.: .:.:.:: ..::: ::::: :: .::...: . ::::::.:: :.:.:. :
CCDS12 MGTRDDEYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFNLESKSTIGVEFATRSIQVDGKTI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 KLQIWDTAGQERFRAVTRSYYRGAAGALMVYDITRRSTYNHLSSWLTDARNLTNPNTVII
: ::::::::::.::.: .:::::.:::.::::... ::... :: . :. .. : ::.
CCDS12 KAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHADSNIVIM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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. ::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]