FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE0399, 1105 aa 1>>>pF1KE0399 1105 - 1105 aa - 1105 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.4092+/-0.000514; mu= -22.4963+/- 0.032 mean_var=700.7142+/-148.598, 0's: 0 Z-trim(124.3): 58 B-trim: 2355 in 2/59 Lambda= 0.048451 statistics sampled from 45699 (45838) to 45699 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.797), E-opt: 0.2 (0.537), width: 16 Scan time: 12.560 The best scores are: opt bits E(85289) NP_003065 (OMIM: 601732) SWI/SNF complex subunit S (1105) 7547 543.5 2.5e-153 XP_011532336 (OMIM: 601732) PREDICTED: SWI/SNF com ( 996) 6819 492.6 4.9e-138 XP_005269160 (OMIM: 601734) PREDICTED: SWI/SNF com (1213) 4071 300.6 3.8e-80 XP_016875375 (OMIM: 601734) PREDICTED: SWI/SNF com (1099) 4064 300.0 4.9e-80 NP_003066 (OMIM: 601734) SWI/SNF complex subunit S (1214) 4059 299.7 6.8e-80 XP_016875374 (OMIM: 601734) PREDICTED: SWI/SNF com (1121) 4057 299.6 7e-80 NP_620706 (OMIM: 601734) SWI/SNF complex subunit S (1130) 2812 212.5 1.1e-53 NP_001123892 (OMIM: 601734) SWI/SNF complex subuni (1152) 2812 212.5 1.1e-53 NP_001317217 (OMIM: 601734) SWI/SNF complex subuni (1245) 2812 212.6 1.2e-53 XP_016875373 (OMIM: 601734) PREDICTED: SWI/SNF com (1129) 2810 212.4 1.2e-53 XP_005269161 (OMIM: 601734) PREDICTED: SWI/SNF com (1151) 2810 212.4 1.2e-53 XP_005269159 (OMIM: 601734) PREDICTED: SWI/SNF com (1244) 2810 212.4 1.3e-53 XP_016875376 (OMIM: 601734) PREDICTED: SWI/SNF com ( 963) 2766 209.3 9.2e-53 XP_011536995 (OMIM: 601734) PREDICTED: SWI/SNF com ( 994) 1398 113.7 5.7e-24 >>NP_003065 (OMIM: 601732) SWI/SNF complex subunit SMARC (1105 aa) initn: 7547 init1: 7547 opt: 7547 Z-score: 2873.6 bits: 543.5 E(85289): 2.5e-153 Smith-Waterman score: 7547; 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64.1% identity (82.8% similar) in 1111 aa overlap (28-1093:1-1097) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 MAAAAGGGGPGTAVGATGSGIAAAAAGLAVYRRKDGGPATKFWESPETVSQLDSVRVWLG .:: :.::::: .:..:. .::.:.:.::.::: XP_005 MAV-RKKDGGPNVKYYEAADTVTQFDNVRLWLG 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE0 KHYKKYVHADAPTNKTLAGLVVQLLQFQEDAFGKHVTNPAFTKLPAKCFMDFKAGGALCH :.::::..:. ::::.:..::::::::::..:::::.: .:::: :::.::::::.::: XP_005 KNYKKYIQAEPPTNKSLSSLVVQLLQFQEEVFGKHVSNAPLTKLPIKCFLDFKAGGSLCH 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE0 ILGAAYKYKNEQGWRRFDLQNPSRMDRNVEMFMNIEKTLVQNNCLTRPNIYLIPDIDLKL ::.::::.:..:::::.:.::::::::::::::.:::.:::::::.::::.: :.:. :: XP_005 ILAAAYKFKSDQGWRRYDFQNPSRMDRNVEMFMTIEKSLVQNNCLSRPNIFLCPEIEPKL 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KE0 ANKLKDIIKRHQGTFTDEKSKASHHIYPYSSSQDDEEWLRPVMRKEKQVLVHWGFYPDSY .:::::::::::: :..:..::: .:: .. ..:::.::::...::::.:::.::::: XP_005 LGKLKDIIKRHQGTVTEDKNNASHVVYPVPGNLEEEEWVRPVMKRDKQVLLHWGYYPDSY 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KE0 DTWVHSNDVDAEIEDPPIPEKPWKVHVKWILDTDIFNEWMNEEDYEVDENRKPVSFRQRI :::. .....: .:: : :::: :::.::::::: ::::::::::::.....::: :..: XP_005 DTWIPASEIEASVEDAPTPEKPRKVHAKWILDTDTFNEWMNEEDYEVNDDKNPVSRRKKI 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 pF1KE0 STKN-EEPVRSPE--RRDRKASANARKRKHSPSPPPPTPTESRKKSGKKGQASLYGKRRS :.:. . : ::. :::.:.. : .:::.:::: : :: :..::..::: .. : : . 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NP_620 VEEAAKVTGKADPAFGLESSGIAGTTSDEPERIEESGNDEARVEGQATDEKKEPKEPREG 750 760 770 780 790 800 800 810 820 830 840 pF1KE0 ---VENETDEG---------DKAQDGENEKNSEK-EQDSEVSEDTKSEEKETEEN--KEL .:.:. : .:...:..::.::: . : :. . ..: :: .:. ::. NP_620 GGAIEEEAKEKTSEAPKKDEEKGKEGDSEKESEKSDGDPIVDPEKEKEPKEGQEEVLKEV 810 820 830 840 850 860 850 860 870 880 890 900 pF1KE0 TDTCKERESDTGKKKVEHEISEGNVATAAAAALASAATKAKHLAAVEERKIKSLVALLVE ... :: : :::..:.:::..::::::::.::.:::::::::::::::::::::: NP_620 VESEGER-----KTKVERDIGEGNLSTAAAAALAAAAVKAKHLAAVEERKIKSLVALLVE 870 880 890 900 910 920 910 920 930 940 950 960 pF1KE0 TQMKKLEIKLRHFEELETIMDREKEALEQQRQQLLTERQNFHMEQLKYAELRARQQMEQQ :::::::::::::::::::::::.:::: ::::::..:: ::::::::::.::::: :: NP_620 TQMKKLEIKLRHFEELETIMDREREALEYQRQQLLADRQAFHMEQLKYAEMRARQQHFQQ 930 940 950 960 970 980 970 980 990 1000 1010 1020 pF1KE0 QHGQNPQQAHQHSGGPGLAPLGAAGHPGMMPHQQPPPYPLMHHQMPPPHPPQPGQIPGP- .: : :: . :: :. .: : :: .: : . .:.: NP_620 MHQQ--QQQPPPALPPGSQPIPPTGAAG------PPA---VHGLAVAP----ASVVPAPA 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 pF1KE0 GSMMPGQHMPGRMIPTVAANIHPSGSGPTP--PGMPPMPGNILGPRVPLTAPNGMYPPPP :: : :: . :. . : .:: :. :.:: . : :: .:.: : : NP_620 GSGAP----PGSLGPSEQIGQAGSTAGPQQQQPAGAPQPGAV-PPGVPPPGPHGPSPFPN 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1080 1090 1100 pF1KE0 QQQPPPPPPADGVPPPPAPGPPASAAP :: :: :. .:: :: NP_620 QQTPPSMMPG-AVPGSGHPGVADPGTPLPPDPTAPSPGTVTPVPPPQ 1090 1100 1110 1120 1130 >>NP_001123892 (OMIM: 601734) SWI/SNF complex subunit SM (1152 aa) initn: 2813 init1: 1791 opt: 2812 Z-score: 1084.6 bits: 212.5 E(85289): 1.1e-53 Smith-Waterman score: 4501; 62.3% identity (80.5% similar) in 1138 aa overlap (28-1103:1-1108) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 MAAAAGGGGPGTAVGATGSGIAAAAAGLAVYRRKDGGPATKFWESPETVSQLDSVRVWLG .:: :.::::: .:..:. .::.:.:.::.::: NP_001 MAV-RKKDGGPNVKYYEAADTVTQFDNVRLWLG 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE0 KHYKKYVHADAPTNKTLAGLVVQLLQFQEDAFGKHVTNPAFTKLPAKCFMDFKAGGALCH :.::::..:. ::::.:..::::::::::..:::::.: .:::: :::.::::::.::: NP_001 KNYKKYIQAEPPTNKSLSSLVVQLLQFQEEVFGKHVSNAPLTKLPIKCFLDFKAGGSLCH 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE0 ILGAAYKYKNEQGWRRFDLQNPSRMDRNVEMFMNIEKTLVQNNCLTRPNIYLIPDIDLKL ::.::::.:..:::::.:.::::::::::::::.:::.:::::::.::::.: :.:. :: NP_001 ILAAAYKFKSDQGWRRYDFQNPSRMDRNVEMFMTIEKSLVQNNCLSRPNIFLCPEIEPKL 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KE0 ANKLKDIIKRHQGTFTDEKSKASHHIYPYSSSQDDEEWLRPVMRKEKQVLVHWGFYPDSY .:::::::::::: :..:..::: .:: .. ..:::.::::...::::.:::.::::: NP_001 LGKLKDIIKRHQGTVTEDKNNASHVVYPVPGNLEEEEWVRPVMKRDKQVLLHWGYYPDSY 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KE0 DTWVHSNDVDAEIEDPPIPEKPWKVHVKWILDTDIFNEWMNEEDYEVDENRKPVSFRQRI :::. .....: .:: : :::: :::.::::::: ::::::::::::.....::: :..: NP_001 DTWIPASEIEASVEDAPTPEKPRKVHAKWILDTDTFNEWMNEEDYEVNDDKNPVSRRKKI 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 pF1KE0 STKN-EEPVRSPE--RRDRKASANARKRKHSPSPPPPTPTESRKKSGKKGQASLYGKRRS :.:. . : ::. :::.:.. : .:::.:::: : :: :..::..::: .. : : . 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NP_001 GHREEEQEDLTKDMDEPSPVPNVEEVTLPKTVNTKKDSESAPVKGGTMTDLDEQEDESME 330 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KE0 AGGK-EDEDPA--KGDQSRSVDLGEDNVTEQTNHIIIPSYASWFDYNCIHVIERRALPEF . :: :::. . ::.:... :: ::::::::.::::::::.::::: .:.::::::::: NP_001 TTGKDEDENSTGNKGEQTKNPDLHEDNVTEQTHHIIIPSYAAWFDYNSVHAIERRALPEF 390 400 410 420 430 440 480 490 500 510 520 530 pF1KE0 FNGKNKSKTPEIYLAYRNFMIDTYRLNPQEYLTSTACRRNLTGDVCAVMRVHAFLEQWGL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:::::::::::: NP_001 FNGKNKSKTPEIYLAYRNFMIDTYRLNPQEYLTSTACRRNLAGDVCAIMRVHAFLEQWGL 450 460 470 480 490 500 540 550 560 570 pF1KE0 VNYQVDPESRPMAMGPPPTPHFNVLADTPSGLVPLHLRSPQ------------------- .::::: :::: :::::: ::.::::::::::::. ..:: NP_001 INYQVDAESRPTPMGPPPTSHFHVLADTPSGLVPLQPKTPQGRQVDADTKAGRKGKELDD 510 520 530 540 550 560 580 590 600 610 620 pF1KE0 -VP------------AAQQMLNFPEKNKEKPVDLQNFGLRTDIYSKKTL-AKSKGA-SAG :: :.:::::::.:.::::.:.::::::::.:.::.. .:::.: :: NP_001 LVPETAKGKPELQTSASQQMLNFPDKGKEKPTDMQNFGLRTDMYTKKNVPSKSKAAASAT 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 pF1KE0 REWTEQETLLLLEALEMYKDDWNKVSEHVGSRTQDECILHFLRLPIEDPYLENSDASLGP ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.::::: NP_001 REWTEQETLLLLEALEMYKDDWNKVSEHVGSRTQDECILHFLRLPIEDPYLEDSEASLGP 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 pF1KE0 LAYQPVPFSQSGNPVMSTVAFLASVVDPRVASAAAKAALEEFSRVREEVPLELVEAHVKK :::::.::::::::::::::::::::::::::::::.::::::...:::: ::::::.: NP_001 LAYQPIPFSQSGNPVMSTVAFLASVVDPRVASAAAKSALEEFSKMKEEVPTALVEAHVRK 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 pF1KE0 VQEAARASGKVDPTYGLESSCIAGTGPDEPEKLE--GAEEEKMEADPDGQQPEKAENK-- :.:::...::.::..::::: :::: ::::..: : .: ..:.. .. : : . 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NP_001 GGAIEEEAKEKTSEAPKKDEEKGKEGDSEKESEKSDGDPIVDPEKEKEPKEGQEEVLKEV 810 820 830 840 850 860 850 860 870 880 890 900 pF1KE0 TDTCKERESDTGKKKVEHEISEGNVATAAAAALASAATKAKHLAAVEERKIKSLVALLVE ... :: : :::..:.:::..::::::::.::.:::::::::::::::::::::: NP_001 VESEGER-----KTKVERDIGEGNLSTAAAAALAAAAVKAKHLAAVEERKIKSLVALLVE 870 880 890 900 910 920 910 920 930 940 950 960 pF1KE0 TQMKKLEIKLRHFEELETIMDREKEALEQQRQQLLTERQNFHMEQLKYAELRARQQMEQQ :::::::::::::::::::::::.:::: ::::::..:: ::::::::::.::::: :: NP_001 TQMKKLEIKLRHFEELETIMDREREALEYQRQQLLADRQAFHMEQLKYAEMRARQQHFQQ 930 940 950 960 970 980 970 980 990 1000 1010 1020 pF1KE0 QHGQNPQQAHQHSGGPGLAPLGAAGHPGMMPHQQPPPYPLMHHQMPPPHPPQPGQIPGP- .: : :: . :: :. .: : :: .: : . .:.: NP_001 MHQQ--QQQPPPALPPGSQPIPPTGAAG------PPA---VHGLAVAP----ASVVPAPA 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 pF1KE0 GSMMPGQHMPGRMIPTVAANIHPSGSGPTP--PGMPPMPGNILGPRVPLTAPNGMYPPPP :: : :: . :. . : .:: :. :.:: . : :: .:.: : : NP_001 GSGAP----PGSLGPSEQIGQAGSTAGPQQQQPAGAPQPGAV-PPGVPPPGPHGPSPFPN 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1080 1090 1100 pF1KE0 QQQPPPPPPADGVPPPPAPGPPASAAP :: :: :. .:: :: :.. NP_001 QQTPPSMMPG-AVPGSGHPGVAAQSPAIVAAVQGNLLPSASPLPDPGTPLPPDPTAPSPG 1090 1100 1110 1120 1130 1140 >>NP_001317217 (OMIM: 601734) SWI/SNF complex subunit SM (1245 aa) initn: 2846 init1: 1791 opt: 2812 Z-score: 1084.1 bits: 212.6 E(85289): 1.2e-53 Smith-Waterman score: 4503; 62.4% identity (80.4% similar) in 1140 aa overlap (28-1105:1-1109) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 MAAAAGGGGPGTAVGATGSGIAAAAAGLAVYRRKDGGPATKFWESPETVSQLDSVRVWLG .:: :.::::: .:..:. .::.:.:.::.::: NP_001 MAV-RKKDGGPNVKYYEAADTVTQFDNVRLWLG 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE0 KHYKKYVHADAPTNKTLAGLVVQLLQFQEDAFGKHVTNPAFTKLPAKCFMDFKAGGALCH :.::::..:. ::::.:..::::::::::..:::::.: .:::: :::.::::::.::: NP_001 KNYKKYIQAEPPTNKSLSSLVVQLLQFQEEVFGKHVSNAPLTKLPIKCFLDFKAGGSLCH 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE0 ILGAAYKYKNEQGWRRFDLQNPSRMDRNVEMFMNIEKTLVQNNCLTRPNIYLIPDIDLKL ::.::::.:..:::::.:.::::::::::::::.:::.:::::::.::::.: :.:. :: NP_001 ILAAAYKFKSDQGWRRYDFQNPSRMDRNVEMFMTIEKSLVQNNCLSRPNIFLCPEIEPKL 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KE0 ANKLKDIIKRHQGTFTDEKSKASHHIYPYSSSQDDEEWLRPVMRKEKQVLVHWGFYPDSY .:::::::::::: :..:..::: .:: .. ..:::.::::...::::.:::.::::: NP_001 LGKLKDIIKRHQGTVTEDKNNASHVVYPVPGNLEEEEWVRPVMKRDKQVLLHWGYYPDSY 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KE0 DTWVHSNDVDAEIEDPPIPEKPWKVHVKWILDTDIFNEWMNEEDYEVDENRKPVSFRQRI :::. .....: .:: : :::: :::.::::::: ::::::::::::.....::: :..: NP_001 DTWIPASEIEASVEDAPTPEKPRKVHAKWILDTDTFNEWMNEEDYEVNDDKNPVSRRKKI 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 pF1KE0 STKN-EEPVRSPE--RRDRKASANARKRKHSPSPPPPTPTESRKKSGKKGQASLYGKRRS :.:. . : ::. :::.:.. : .:::.:::: : :: :..::..::: .. : : . NP_001 SAKTLTDEVNSPDSDRRDKKGG-NYKKRKRSPSPSP-TP-EAKKKNAKKGPSTPYTKSKR 280 290 300 310 320 360 370 380 390 400 410 pF1KE0 QKEEDEQEDLTKDMEDPTPVPNIEEVVLPKNVNLKKDSENTPVKGGTVADLDEQDEETVT ..:.:::::::::..:.::::.:::.:::.:: :::::..::::::..:::::..:.. 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NP_001 VEEAAKVTGKADPAFGLESSGIAGTTSDEPERIEESGNDEARVEGQATDEKKEPKEPREG 750 760 770 780 790 800 800 810 820 830 840 pF1KE0 ---VENETDEG---------DKAQDGENEKNSEK-EQDSEVSEDTKSEEKETEEN--KEL .:.:. : .:...:..::.::: . : :. . ..: :: .:. ::. 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