FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE0399, 1105 aa 1>>>pF1KE0399 1105 - 1105 aa - 1105 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.1945+/-0.00129; mu= -9.4765+/- 0.078 mean_var=601.7840+/-123.686, 0's: 0 Z-trim(116.2): 49 B-trim: 446 in 1/53 Lambda= 0.052282 statistics sampled from 16785 (16828) to 16785 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.78), E-opt: 0.2 (0.517), width: 16 Scan time: 5.290 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS2758.1 SMARCC1 gene_id:6599|Hs108|chr3 (1105) 7547 585.0 3.2e-166 CCDS8907.1 SMARCC2 gene_id:6601|Hs108|chr12 (1214) 4059 321.9 5.3e-87 CCDS8908.1 SMARCC2 gene_id:6601|Hs108|chr12 (1130) 2812 227.9 1e-58 CCDS55835.1 SMARCC2 gene_id:6601|Hs108|chr12 (1152) 2812 227.9 1.1e-58 CCDS81698.1 SMARCC2 gene_id:6601|Hs108|chr12 (1245) 2812 227.9 1.1e-58 >>CCDS2758.1 SMARCC1 gene_id:6599|Hs108|chr3 (1105 aa) initn: 7547 init1: 7547 opt: 7547 Z-score: 3097.8 bits: 585.0 E(32554): 3.2e-166 Smith-Waterman score: 7547; 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CCDS89 RIEESGNDEARVEGQATDEKKEPKEPREGGGAIEEEAKEKTSEAPKKDEEKGKEGDSEKE 750 760 770 780 790 800 820 830 840 850 860 870 pF1KE0 SEK-EQDSEVSEDTKSEEKETEEN--KELTDTCKERESDTGKKKVEHEISEGNVATAAAA ::: . : :. . ..: :: .:. ::.... :: : :::..:.:::..::::: CCDS89 SEKSDGDPIVDPEKEKEPKEGQEEVLKEVVESEGER-----KTKVERDIGEGNLSTAAAA 810 820 830 840 850 860 880 890 900 910 920 930 pF1KE0 ALASAATKAKHLAAVEERKIKSLVALLVETQMKKLEIKLRHFEELETIMDREKEALEQQR :::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::: :: CCDS89 ALAAAAVKAKHLAAVEERKIKSLVALLVETQMKKLEIKLRHFEELETIMDREREALEYQR 870 880 890 900 910 920 940 950 960 970 980 pF1KE0 QQLLTERQNFHMEQLKYAELRARQQMEQQQHGQNPQQAHQHSGGPG---LAPLGAAGHPG ::::..:: ::::::::::.::::: ::.: : :: . :: . : :::: :. 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CCDS89 SAKTLTDEVNSPDSDRRDKKGG-NYKKRKRSPSPSP-TP-EAKKKNAKKGPSTPYTKSKR 280 290 300 310 320 360 370 380 390 400 410 pF1KE0 QKEEDEQEDLTKDMEDPTPVPNIEEVVLPKNVNLKKDSENTPVKGGTVADLDEQDEETVT ..:.:::::::::..:.::::.:::.:::.:: :::::..::::::..:::::..:.. 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