FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2238, 332 aa 1>>>pF1KE2238 332 - 332 aa - 332 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0392+/-0.00112; mu= 12.1781+/- 0.067 mean_var=82.0470+/-16.883, 0's: 0 Z-trim(103.6): 64 B-trim: 425 in 1/48 Lambda= 0.141593 statistics sampled from 7420 (7481) to 7420 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.604), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16 Scan time: 1.880 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS53394.1 SLAMF6 gene_id:114836|Hs108|chr1 ( 332) 2141 447.4 7.4e-126 CCDS1205.1 SLAMF6 gene_id:114836|Hs108|chr1 ( 331) 2124 443.9 8.2e-125 CCDS53393.1 SLAMF6 gene_id:114836|Hs108|chr1 ( 221) 1314 278.4 3.8e-75 CCDS81388.1 CD84 gene_id:8832|Hs108|chr1 ( 339) 465 105.0 8.7e-23 CCDS1206.1 CD84 gene_id:8832|Hs108|chr1 ( 328) 454 102.8 4e-22 CCDS53397.1 CD84 gene_id:8832|Hs108|chr1 ( 272) 435 98.9 5.1e-21 CCDS53396.1 CD84 gene_id:8832|Hs108|chr1 ( 345) 435 98.9 6.2e-21 CCDS1209.1 SLAMF7 gene_id:57823|Hs108|chr1 ( 335) 399 91.6 9.9e-19 CCDS1191.1 SLAMF9 gene_id:89886|Hs108|chr1 ( 289) 377 87.0 2e-17 CCDS60321.1 SLAMF7 gene_id:57823|Hs108|chr1 ( 296) 345 80.5 1.9e-15 CCDS65696.1 LY9 gene_id:4063|Hs108|chr1 ( 565) 338 79.2 8.7e-15 CCDS65695.1 LY9 gene_id:4063|Hs108|chr1 ( 641) 338 79.2 9.7e-15 CCDS30916.1 LY9 gene_id:4063|Hs108|chr1 ( 655) 338 79.2 9.9e-15 >>CCDS53394.1 SLAMF6 gene_id:114836|Hs108|chr1 (332 aa) initn: 2141 init1: 2141 opt: 2141 Z-score: 2373.0 bits: 447.4 E(32554): 7.4e-126 Smith-Waterman score: 2141; 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CCDS81 -SKTSVAYVTPGDSETAPVVTVTHRNYYERIHALGPNYNLVISDLRMEDAGDYKADINTQ 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 TSAKLSS--YTLRILRQLRNIQVTNHSQLFQNMTCELHLTCSVEDADDNVSFRWEALGNT .. .. :.:.: :.: . ..:. . : ::.. :::::: . ::.. : ::. CCDS81 ADPYTTTKRYNLQIYRRLGKPKITQSLMASVNSTCNVTLTCSVEKEEKNVTYNWSPLGEE 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 LSSQPNLTVSWDPRISSEQDYTCIAENAVSNLSFSVSAQKLCEDVKIQYTDTKMILFMVS . : . :. ..: ::: :.: ::: : :.::..:: :. . . . :. : CCDS81 GNV---LQIFQTPE-DQELTYTCTAQNPVSNNSDSISARQLCADIAMGFRTHHTGLLSVL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 GICIVFGFII--LLLLVLRKRRDSLSLSTQRTQGPAESARNLEYVSVSPTNNTVYAS--V .. ... .:. ..:. : :::.. :.: :..: .... :. . . :: : . CCDS81 AMFFLLVLILSSVFLFRLFKRRQGSCLNT-FTKNPYAASKKTIYTYIMASRNTQPAESRI 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE2 THSNRETEIWTPRENDTITIYSTINHSKESKPTFSRATALDNVV .... .:. . :.:: . CCDS81 YDEILQSKVLPSKEEPVNTVYSEVQFADKMGKASTQDSKPPGTSSYEIVI 290 300 310 320 330 >>CCDS1206.1 CD84 gene_id:8832|Hs108|chr1 (328 aa) initn: 288 init1: 119 opt: 454 Z-score: 510.6 bits: 102.8 E(32554): 4e-22 Smith-Waterman score: 454; 30.2% identity (64.5% similar) in 318 aa overlap (2-312:6-302) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MLWLFQSLLFVFCFGPGNVVSQSSLTPLMVNGILGESVTLPLEFPAGEKVNFITWL ::. ::. . : . ..: . . ::::::::::.:... ..:..:.: CCDS12 MAQHHLWI---LLLCLQTWPEAAGKDSEI--FTVNGILGESVTFPVNIQEPRQVKIIAWT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 FNETSLAFIVPHETKS-PEIHVTNPKQGKRLN-FTQSYSLQLSNLKMEDTGSYRAQISTK ..::.:...: .... : . ::. . .:.. . .:.: .:.:.:::.:.:.:.:.:. CCDS12 -SKTSVAYVTPGDSETAPVVTVTHRNYYERIHALGPNYNLVISDLRMEDAGDYKADINTQ 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 TSAKLSS--YTLRILRQLRNIQVTNHSQLFQNMTCELHLTCSVEDADDNVSFRWEALGNT .. .. :.:.: :.: . ..:. . : ::.. :::::: . ::.. : ::. CCDS12 ADPYTTTKRYNLQIYRRLGKPKITQSLMASVNSTCNVTLTCSVEKEEKNVTYNWSPLGEE 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 LSSQPNLTVSWDPRISSEQDYTCIAENAVSNLSFSVSAQKLCEDVKIQYTDTKMILFMVS . : . :. ..: ::: :.: ::: : :.::..:: :. . . . :. : CCDS12 GNV---LQIFQTPE-DQELTYTCTAQNPVSNNSDSISARQLCADIAMGFRTHHTGLLSVL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 GICIVFGFI---ILLLLVLRKRRDSLSLSTQRTQGPAESARNLEYVSVSPTNNTVYASVT .. ... .: ..:. ....:.:. : .: : ..:: . :... .: . CCDS12 AMFFLLVLILSSVFLFRLFKRRQDAASKKTIYTY--IMASRNTQ-----PAESRIYDEIL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE2 HSNRETEIWTPRENDTITIYSTINHSKESKPTFSRATALDNVV .: .. .:. . :.:: . CCDS12 QS----KVLPSKEEPVNTVYSEVQFADKMGKASTQDSKPPGTSSYEIVI 290 300 310 320 >>CCDS53397.1 CD84 gene_id:8832|Hs108|chr1 (272 aa) initn: 195 init1: 115 opt: 435 Z-score: 490.9 bits: 98.9 E(32554): 5.1e-21 Smith-Waterman score: 435; 32.8% identity (67.5% similar) in 268 aa overlap (2-263:6-263) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MLWLFQSLLFVFCFGPGNVVSQSSLTPLMVNGILGESVTLPLEFPAGEKVNFITWL ::. ::. . : . ..: . . ::::::::::.:... ..:..:.: CCDS53 MAQHHLWI---LLLCLQTWPEAAGKDSEI--FTVNGILGESVTFPVNIQEPRQVKIIAWT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 FNETSLAFIVPHETKS-PEIHVTNPKQGKRLN-FTQSYSLQLSNLKMEDTGSYRAQISTK ..::.:...: .... : . ::. . .:.. . .:.: .:.:.:::.:.:.:.:.:. CCDS53 -SKTSVAYVTPGDSETAPVVTVTHRNYYERIHALGPNYNLVISDLRMEDAGDYKADINTQ 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 TSAKLSS--YTLRILRQLRNIQVTNHSQLFQNMTCELHLTCSVEDADDNVSFRWEALGNT .. .. :.:.: :.: . ..:. . : ::.. :::::: . ::.. : ::. CCDS53 ADPYTTTKRYNLQIYRRLGKPKITQSLMASVNSTCNVTLTCSVEKEEKNVTYNWSPLGEE 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 LSSQPNLTVSWDPRISSEQDYTCIAENAVSNLSFSVSAQKLCEDVKIQYTDTKMILFMVS . : . :. ..: ::: :.: ::: : :.::..:: :. . . . :. : CCDS53 GNV---LQIFQTPE-DQELTYTCTAQNPVSNNSDSISARQLCADIAMGFRTHHTGLLSVL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 GICIVFGFII--LLLLVLRKRRDSLSLSTQRTQGPAESARNLEYVSVSPTNNTVYASVTH .. ... .:. ..:. : :::.. ::. . .. CCDS53 AMFFLLVLILSSVFLFRLFKRRQGASLQGRASEHSLFRSAVC 240 250 260 270 300 310 320 330 pF1KE2 SNRETEIWTPRENDTITIYSTINHSKESKPTFSRATALDNVV >>CCDS53396.1 CD84 gene_id:8832|Hs108|chr1 (345 aa) initn: 196 init1: 116 opt: 435 Z-score: 489.3 bits: 98.9 E(32554): 6.2e-21 Smith-Waterman score: 446; 29.9% identity (63.6% similar) in 324 aa overlap (2-312:6-319) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MLWLFQSLLFVFCFGPGNVVSQSSLTPLMVNGILGESVTLPLEFPAGEKVNFITWL ::. ::. . : . ..: . . ::::::::::.:... ..:..:.: CCDS53 MAQHHLWI---LLLCLQTWPEAAGKDSEI--FTVNGILGESVTFPVNIQEPRQVKIIAWT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 FNETSLAFIVPHETKS-PEIHVTNPKQGKRLN-FTQSYSLQLSNLKMEDTGSYRAQISTK ..::.:...: .... : . ::. . .:.. . .:.: .:.:.:::.:.:.:.:.:. CCDS53 -SKTSVAYVTPGDSETAPVVTVTHRNYYERIHALGPNYNLVISDLRMEDAGDYKADINTQ 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 TSAKLSS--YTLRILRQLRNIQVTNHSQLFQNMTCELHLTCSVEDADDNVSFRWEALGNT .. .. :.:.: :.: . ..:. . : ::.. :::::: . ::.. : ::. CCDS53 ADPYTTTKRYNLQIYRRLGKPKITQSLMASVNSTCNVTLTCSVEKEEKNVTYNWSPLGEE 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 LSSQPNLTVSWDPRISSEQDYTCIAENAVSNLSFSVSAQKLCEDVKIQYTDTKMILFMVS . : . :. ..: ::: :.: ::: : :.::..:: :. . . . :. : CCDS53 GNV---LQIFQTPE-DQELTYTCTAQNPVSNNSDSISARQLCADIAMGFRTHHTGLLSVL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 GICIVFGFII--LLLLVLRKRRDSL-----SLSTQRTQGPAESARNLEYVSVSPTNNTVY .. ... .:. ..:. : :::.. : . :..: .... :. . . :: CCDS53 AMFFLLVLILSSVFLFRLFKRRQGRIFPEGSCLNTFTKNPYAASKKTIYTYIMASRNTQP 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 pF1KE2 AS--VTHSNRETEIWTPRENDTITIYSTINHSKESKPTFSRATALDNVV : . .... .:. . :.:: . CCDS53 AESRIYDEILQSKVLPSKEEPVNTVYSEVQFADKMGKASTQDSKPPGTSSYEIVI 300 310 320 330 340 >>CCDS1209.1 SLAMF7 gene_id:57823|Hs108|chr1 (335 aa) initn: 199 init1: 102 opt: 399 Z-score: 449.8 bits: 91.6 E(32554): 9.9e-19 Smith-Waterman score: 399; 29.5% identity (61.1% similar) in 319 aa overlap (32-332:31-335) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 LWLFQSLLFVFCFGPGNVVSQSSLTPLMVNGILGESVTLPLEFPAGEKVNFITWLFNETS : .: .::.::. . ..:. :.: :: : CCDS12 MAGSPTCLTLIYILWQLTGSAASGPVKELVGSVGGAVTFPLKSKV-KQVDSIVWTFNTTP 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 LAFIVPHETKSPEIHVTNPKQGKRLNFTQS-YSLQLSNLKMEDTGSYRAQISTKTSAKLS :. : : .. : ::. .. .:..: .. :::.::.:: .:.: : . : ... . : CCDS12 LVTIQP---EGGTIIVTQNRNRERVDFPDGGYSLKLSKLKKNDSGIYYVGIYSSSLQQPS 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KE2 S--YTLRILRQLRNIQVTNHSQLFQNMTCELHLTCSVEDADDNVSFRWEALGNTLSSQPN . :.:.. ..: . .:: : .: :: .::: .: ....: . :.:::.. . . : CCDS12 TQEYVLHVYEHLSKPKVTMGLQSNKNGTCVTNLTCCMEHGEEDVIYTWKALGQAANESHN 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 ---LTVSWDPRIS-SEQDYTCIAENAVS-NLSFSVSAQKLCEDVKIQYTDTKMILFMVSG : .:: : . :.. . :.:.: :: :.: . :.:::: . . :..:.:. . CCDS12 GSILPISW--RWGESDMTFICVARNPVSRNFSSPILARKLCEGAA-DDPDSSMVLLCLLL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 ICIVFGFIILLLLV--LRKRRDSLSLSTQRTQGPAESARNLEYVSVSPTNNTVYASVTHS . .......: :.. :...:. . .. .. :. . .:: : .. :. CCDS12 VPLLLSLFVLGLFLWFLKRERQEEYIEEKKR---VDICRETPNICPHSGENTEYDTIPHT 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE2 NRETEIWTPRENDTITIYSTIN--------HSKESKPTFSRATALDNVV :: .:. . :.:::.. :: . : : : .::. CCDS12 NRTIL----KEDPANTVYSTVEIPKKMENPHSLLTMPDTPRLFAYENVI 300 310 320 330 >>CCDS1191.1 SLAMF9 gene_id:89886|Hs108|chr1 (289 aa) initn: 263 init1: 110 opt: 377 Z-score: 426.4 bits: 87.0 E(32554): 2e-17 Smith-Waterman score: 377; 35.1% identity (63.6% similar) in 228 aa overlap (30-248:30-249) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MLWLFQSLLFVFCFGPGNVVSQSSLTPLMVNGILGESVTLPLEFPAGEKVNFITWLFNET : ..: ::..::::.: :.:. : : .. 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CCDS60 GSILPISW--RWGESDMTFICVARNPVSRNFSSPILARKLCEGAA-DDPDSSMVLLCLLL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 ICIVFGFIIL-LLLVLRKRRDSLSLSTQRTQGPAESARNLEYVSVSPTNNTVYASVTHSN . .......: :.: . :: CCDS60 VPLLLSLFVLGLFLWFLKRERQEENNPKGRSSKYGLLHCGNTEKDGKSPLTAHDARHTKA 240 250 260 270 280 290 332 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 21:49:03 2016 done: Sun Nov 6 21:49:03 2016 Total Scan time: 1.880 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]