FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6601, 407 aa 1>>>pF1KB6601 407 - 407 aa - 407 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5114+/-0.000902; mu= 16.5387+/- 0.054 mean_var=152.4811+/-44.885, 0's: 0 Z-trim(109.0): 148 B-trim: 660 in 1/48 Lambda= 0.103864 statistics sampled from 10426 (10621) to 10426 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.326), width: 16 Scan time: 3.290 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS54198.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 ( 407) 2731 421.6 6.7e-118 CCDS42467.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 ( 343) 2213 343.8 1.4e-94 CCDS686.1 PTGFR gene_id:5737|Hs108|chr1 ( 359) 652 110.0 3.7e-24 CCDS30759.1 PTGFR gene_id:5737|Hs108|chr1 ( 297) 509 88.4 9.5e-18 CCDS12686.1 PTGIR gene_id:5739|Hs108|chr19 ( 386) 465 82.0 1.1e-15 CCDS12309.1 PTGER1 gene_id:5731|Hs108|chr19 ( 402) 428 76.5 5.1e-14 CCDS44160.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 365) 401 72.4 7.9e-13 CCDS652.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 374) 401 72.4 8.1e-13 CCDS658.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 388) 401 72.4 8.2e-13 CCDS656.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 390) 401 72.4 8.3e-13 CCDS657.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 390) 401 72.4 8.3e-13 CCDS655.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 418) 401 72.4 8.6e-13 CCDS9708.1 PTGER2 gene_id:5732|Hs108|chr14 ( 358) 366 67.1 3e-11 >>CCDS54198.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 (407 aa) initn: 2731 init1: 2731 opt: 2731 Z-score: 2230.2 bits: 421.6 E(32554): 6.7e-118 Smith-Waterman score: 2731; 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CCDS68 KIQASRTWCFYNTEDIKDWEDRFYLLLFSFLGLLALGVSLLCNAITGITLLRVKFKSQQ- 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 AQQRPRDSEVEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLVFIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTTEKELL ... :. ..::. :::.:: :. .:: :.:: .:. .. :. : : . : CCDS68 -HRQGRSHHLEMVIQLLAIMCVSCICWSPFLVTMAN--------IGINGNHSLETCETTL 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 IYLRVATWNQILDPWVYILFRRAVLRRLQPRLSTRPRRSLTLWPSLEYSGTISAHCNLRL . ::.::::::::::::::.:.:::. : CCDS68 FALRMATWNQILDPWVYILLRKAVLKNLYKLASQCCGVHVISLHIWELSSIKNSLKVAAI 290 300 310 320 330 340 >>CCDS30759.1 PTGFR gene_id:5737|Hs108|chr1 (297 aa) initn: 522 init1: 311 opt: 509 Z-score: 432.1 bits: 88.4 E(32554): 9.5e-18 Smith-Waterman score: 509; 38.3% identity (65.6% similar) in 253 aa overlap (15-262:18-266) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MWPNGSSLGPCFRPTNITLE-ERRLIASPWFAASFCVVGLASNLLALSVLAGARQG- .: : . : :: : .:.. : .::. :: ::...: : : CCDS30 MSMNNSKQLVSPAAALLSNTTCQTENRL--SVFFSVIFMTVGILSNSLAIAILMKAYQRF 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 GSHTRSSFLTFLCGLVLTDFLGLLVTGTIVVSQHAALFEWHAVDPGCRLCRFMGVVMIFF .....::: . :::.:::.: :..:.:.: .:. :: : . :: ..:. :.: CCDS30 RQKSKASFLLLASGLVITDFFGHLINGAIAVFVYASDKEWIRFDQSNVLCSIFGICMVFS 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 GLSPLLLGAAMASERYLGITRP-FSRPAVASQRRAWATVGLVWAAALALGLLPLLGVGRY :: :::::..:: :: .:.:.: : ..:.. :. :.. ..:::.:: : CCDS30 GLCPLLLGSVMAIERCIGVTKPIFHSTKITSKHVKMMLSGVCLFAVF-IALLPILGHRDY 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 TVQYPGSWCFLTLG--AESGDVAFGLLFSMLGGLSVGLSFLLNTVSVATLCHVYHGQEAA .: .::: . . : . ::::.:: :..:.:.: :... :: .: .. CCDS30 KIQASRTWCFYNTEDIKDWEDRFYLLLFSFLGLLALGVSLLCNAITGITLLRVKFKSQQH 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 QQRPRDSEVEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLVFIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTTEKELLI .: :. ..::. :::.:: :. .:: :.: CCDS30 RQ-GRSHHLEMVIQLLAIMCVSCICWSPFLGYRIILNGKEKYKVYEEQSDFLHRLQWPTL 240 250 260 270 280 290 >>CCDS12686.1 PTGIR gene_id:5739|Hs108|chr19 (386 aa) initn: 424 init1: 195 opt: 465 Z-score: 395.3 bits: 82.0 E(32554): 1.1e-15 Smith-Waterman score: 465; 33.6% identity (62.2% similar) in 304 aa overlap (28-320:17-304) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MWPNGSSLGPCFRPTNITLEERRLIASPWFAASFCVVGLASNLLALSVLAGARQGGSHTR : .. . :.:...: :::..:.. : . CCDS12 MADSCRNLTYVRGSVGPATSTLMFVAGVVGNGLALGILSARRPA---RP 10 20 30 40 70 80 90 100 110 pF1KB6 SSFLTFLCGLVLTDFLGL-LVTGTIVVS--QHAALFEWHAVDPGCRLCRFMGVVMIFFGL :.: ... ::. ::.:: ... .. :. ....:. :. :: .. .: :::: CCDS12 SAFAVLVTGLAATDLLGTSFLSPAVFVAYARNSSLLGLARGGPA--LCDAFAFAMTFFGL 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 SPLLLGAAMASERYLGITRPFSRPAVASQRRAWATVGLVWAAALALGLLPLLGVGRYTVQ . .:. ::: :: :....:. . . : : .. ..: . . :::::.:.. CCDS12 ASMLILFAMAVERCLALSHPYLYAQLDGPRCARLALPAIYAFCVLFCALPLLGLGQHQQY 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 YPGSWCFLTLG-AESGDVAFGLLFSMLGGLSVGLSFLLNTVSVATLCHVYHGQEAAQ--- ::::::: . :. : .::.: .. : .: :. :: : . .::..:. :. : CCDS12 CPGSWCFLRMRWAQPGGAAFSLAYAGLVALLVAAIFLCNGSVTLSLCRMYRQQKRHQGSL 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 pF1KB6 -QRPR--DSEVEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLV-FIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTTEKE ::: ..::. . : . :: .:: ::: . ..:.: : . : :.: CCDS12 GPRPRTGEDEVDHLILLALMTVVMAVCSLPLTIRCFTQAV--APDSSSEMGDL------- 230 240 250 260 270 290 300 310 320 330 340 pF1KB6 LLIYLRVATWNQILDPWVYILFRRAVLRRLQPRLSTRPRRSLTLWPSLEYSGTISAHCNL . .: ..: ::::::.::::.::..::. CCDS12 --LAFRFYAFNPILDPWVFILFRKAVFQRLKLWVCCLCLGPAHGDSQTPLSQLASGRRDP 280 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 pF1KB6 RLPGSSDSRASASRAAGITGVSHCARPCMLFDPEFDLLAGVQLLPFEPPTGKALSRKD CCDS12 RAPSAPVGKEGSCVPLSAWGEGQVEPLPPTQQSSGSAVGTSSKAEASVACSLC 340 350 360 370 380 >>CCDS12309.1 PTGER1 gene_id:5731|Hs108|chr19 (402 aa) initn: 571 init1: 292 opt: 428 Z-score: 365.2 bits: 76.5 E(32554): 5.1e-14 Smith-Waterman score: 624; 35.4% identity (57.6% similar) in 384 aa overlap (8-326:1-369) 10 20 30 40 pF1KB6 MWPNGSSLGPCFRPTNITLE-ERRLIASPWFAASFCV---------------VGLASNLL ..:: : :..: : :.:: . : .: .:::: CCDS12 MSPC-GPLNLSLAGEATTCAAPWVPNTSAVPPSGASPALPIFSMTLGAVSNLL 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KB6 ALSVLAGARQGGSHTRS--SFLTFLCGLVLTDFLGLLVTGTIVVSQHAALFEWHAVDPGC ::..:: : . :: .:: :. .:. ::. : .. :..:. ..: . :. CCDS12 ALALLAQAAGRLRRRRSAATFLLFVASLLATDLAGHVIPGALVLRLYTA-----GRAPAG 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KB6 RLCRFMGVVMIFFGLSPLLLGAAMASERYLGITRPFSRPAVASQRRAWATVGLVWAAALA :.:.: :.:::: ::::: .:: :: .:.:::. . : .: :: ... : :.::: CCDS12 GACHFLGGCMVFFGLCPLLLGCGMAVERCVGVTRPLLHAARVSVARARLALAAVAAVALA 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KB6 LGLLPLLGVGRYTVQYPGSWCFLTLGAESG--DVAFGLLFSMLGGLSVGLSFLLNTVSVA ..:::: :::: .::::.:::. :: .: .. .. ::. :: ... ... ::.: CCDS12 VALLPLARVGRYELQYPGTWCFIGLGPPGGWRQALLAGLFASLGLVALLAALVCNTLSGL 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 TLCHVY----------------------HGQEAAQ-----------------------QR .: .. :: ..:. .: CCDS12 ALLRARWRRRSRRPPPASGPDSRRRWGAHGPRSASASSASSIASASTFFGGSRSSGSARR 230 240 250 260 270 280 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 PRDSEVEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLVFIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTTEKELLIYLR : .:::..::.:::::. .:: :.::..: .: .: : . .. :.. .: CCDS12 ARAHDVEMVGQLVGIMVVSCICWSPMLVLVALAV---------GGWSSTSLQRPLFLAVR 290 300 310 320 330 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 VATWNQILDPWVYILFRRAVLRRLQPRLSTRPRRSLTLWPSLEYSGTISAHCNLRLPGSS .:.::::::::::::.:.::::.: : : CCDS12 LASWNQILDPWVYILLRQAVLRQLLRLLPPRAGAKGGPAGLGLTPSAWEASSLRSSRHSG 340 350 360 370 380 390 360 370 380 390 400 pF1KB6 DSRASASRAAGITGVSHCARPCMLFDPEFDLLAGVQLLPFEPPTGKALSRKD CCDS12 LSHF 400 >>CCDS44160.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 (365 aa) initn: 571 init1: 371 opt: 401 Z-score: 343.7 bits: 72.4 E(32554): 7.9e-13 Smith-Waterman score: 614; 35.2% identity (66.1% similar) in 304 aa overlap (30-319:54-357) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MWPNGSSLGPCFRPTNITLEERRLIASPWFAASFCVVGLASNLLALSVLAGA-RQGGSH : .. ..:...: ::. ... . :. :. 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