Result of FASTA (omim) for
pFN21AB3684
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3684, 597 aa
1>>>pF1KB3684 597 - 597 aa - 597 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0131+/-0.000441; mu= 2.1984+/- 0.028
mean_var=256.5290+/-52.365, 0's: 0 Z-trim(118.4): 35 B-trim: 146 in 1/55
Lambda= 0.080077
statistics sampled from 31371 (31406) to 31371 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.706), E-opt: 0.2 (0.368), width: 16
Scan time: 9.260
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_056541 (OMIM: 610100,615820) DDB1- and CUL4-ass ( 597) 4047 481.3 3.8e-135
NP_001017977 (OMIM: 610494) DDB1- and CUL4-associa ( 860) 461 67.2 2.6e-10
XP_005245390 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and C ( 874) 461 67.2 2.6e-10
NP_060912 (OMIM: 610494) DDB1- and CUL4-associated ( 880) 461 67.2 2.6e-10
XP_005245389 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and C ( 894) 461 67.2 2.6e-10
XP_005245388 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and C ( 937) 461 67.2 2.7e-10
NP_001185885 (OMIM: 610494) DDB1- and CUL4-associa ( 951) 461 67.3 2.8e-10
XP_016857270 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and C ( 713) 366 56.2 4.5e-07
XP_016857269 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and C ( 733) 366 56.2 4.6e-07
XP_016857268 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and C ( 804) 366 56.2 4.9e-07
NP_001185886 (OMIM: 610494) DDB1- and CUL4-associa ( 920) 293 47.8 0.00019
NP_001271137 (OMIM: 603812) DDB1- and CUL4-associa ( 326) 238 41.1 0.0072
>>NP_056541 (OMIM: 610100,615820) DDB1- and CUL4-associa (597 aa)
initn: 4047 init1: 4047 opt: 4047 Z-score: 2547.2 bits: 481.3 E(85289): 3.8e-135
Smith-Waterman score: 4047; 100.0% identity (100.0% similar) in 597 aa overlap (1-597:1-597)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSSKGSSTDGRTDLANGSLSSSPEEMSGAEEGRETSSGIEVEASDLSLSLTGDDGGPNRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MSSKGSSTDGRTDLANGSLSSSPEEMSGAEEGRETSSGIEVEASDLSLSLTGDDGGPNRT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 STESRGTDTESSGEDKDSDSMEDTGHYSINDENRVHDRSEEEEEEEEEEEEEQPRRRVQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 STESRGTDTESSGEDKDSDSMEDTGHYSINDENRVHDRSEEEEEEEEEEEEEQPRRRVQR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELGSSARFVYEACGARVFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 KRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELGSSARFVYEACGARVFV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 QRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVLDFESGHKSNVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 QRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVLDFESGHKSNVF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 QAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKLALEPDSPCTFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 QAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKLALEPDSPCTFL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 SAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEKKVGLYTIYVNPANTHQFAVGGRDQFVRIYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 SAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEKKVGLYTIYVNPANTHQFAVGGRDQFVRIYD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 QRKIDENENNGVLKKFCPHHLVNSESKANITCLVYSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 QRKIDENENNGVLKKFCPHHLVNSESKANITCLVYSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 GAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGSDCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 GAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGSDCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 VNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELTGLKDVIKKNKRERDEDSLHQTDLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELTGLKDVIKKNKRERDEDSLHQTDLF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KB3 DSHMLWFLMHHLRQRRHHRRWREPGVGATDADSDESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 DSHMLWFLMHHLRQRRHHRRWREPGVGATDADSDESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
550 560 570 580 590
>>NP_001017977 (OMIM: 610494) DDB1- and CUL4-associated (860 aa)
initn: 732 init1: 312 opt: 461 Z-score: 306.2 bits: 67.2 E(85289): 2.6e-10
Smith-Waterman score: 502; 32.5% identity (60.3% similar) in 302 aa overlap (142-426:2-291)
120 130 140 150 160
pF1KB3 EQPRRRVQRKRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELG--SSARF
:. .. :. :. .:.: :: . .:.
NP_001 MSRGGSYPHLLWD----VRKRSLGLEDPSRL
10 20
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 VYEACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVL
. : : :.::..:. :. : :::::. .:. : .. ::::: :.:. . :. .
NP_001 RSRYLGRREFIQRLKLEATLNVHDGCVNTICWNDTGEYILSGSDDTKLVISNPYSRKVLT
30 40 50 60 70 80
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 DFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKL
..:::..:.:.::::: ..:. .. :. :: . ... . . . : :.....
NP_001 TIRSGHRANIFSAKFLPCTNDKQIVSCSGDGVIFYTNVEQDAETNRQCQFTCHYGTTYEI
90 100 110 120 130 140
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 ALEPDSPCTFLSAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEK-------KVGLYTIYVNPA
:..: :::: :::..: .: : : ::: : . . .. . :
NP_001 MTVPNDPYTFLSCGEDGTVRWFDTRI-----KTSCTKEDCKDDILINCRRAATSVAICPP
150 160 170 180 190 200
350 360 370 380 390
pF1KB3 NTHQFAVGGRDQFVRIYDQRKIDENENN--------GVLKKFCPHHLVNSESKANITCLV
. .::: :. :::::.: . .. :.. .: : :: :. . .: :
NP_001 IPYYLAVGCSDSSVRIYDRRMLGTRATGNYAGRGTTGMVARFIPSHLNNKSCR--VTSLC
210 220 230 240 250 260
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 YSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGS
::.:: :.:.::... ::::. . .: :. .:
NP_001 YSEDGQEILVSYSSDYIYLFDPK-DDTARELKTPSAEERREELRQPPVKRLRLRGDWSDT
270 280 290 300 310
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 DCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTE
NP_001 GPRARPESERERDGEQSPNVSLMQRMSDMLSRWFEEASEVAQSNRGRGRSRPRGGTSQSD
320 330 340 350 360 370
>--
initn: 363 init1: 172 opt: 366 Z-score: 246.9 bits: 56.2 E(85289): 5.2e-07
Smith-Waterman score: 366; 41.4% identity (67.1% similar) in 152 aa overlap (428-575:713-859)
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 DGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNAT-VKGVNFYGPKSEFVVSGSDC
::::::. : .: .::.: ..::.:::::
NP_001 IQEFFRRRKERKEMEELDTLNIRRPLVKMVYKGHRNSRTMIKEANFWG--ANFVMSGSDC
690 700 710 720 730 740
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 GHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELT
::::.:.. . . ....:.:. :::::.::: :.::.::.:.:.:::.: :.
NP_001 GHIFIWDRHTAEHLMLLEADNH-VVNCLQPHPFDPILASSGIDYDIKIWSPLEESRIFNR
750 760 770 780 790
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 GLKD-VIKKNKRERDEDSLHQTDLFDSHMLWFL--MHHLRQRRHHRRWREPGVGATDADS
: : :: .:. :.. . . : :: .: ..:.: : . : : : . .
NP_001 KLADEVITRNELML-EETRNTITVPASFMLRMLASLNHIRADRLEGD-RSEGSGQENENE
800 810 820 830 840 850
580 590
pF1KB3 DESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
::
NP_001 DEE
860
>>XP_005245390 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and CUL4- (874 aa)
initn: 732 init1: 312 opt: 461 Z-score: 306.1 bits: 67.2 E(85289): 2.6e-10
Smith-Waterman score: 502; 32.5% identity (60.3% similar) in 302 aa overlap (142-426:2-291)
120 130 140 150 160
pF1KB3 EQPRRRVQRKRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELG--SSARF
:. .. :. :. .:.: :: . .:.
XP_005 MSRGGSYPHLLWD----VRKRSLGLEDPSRL
10 20
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 VYEACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVL
. : : :.::..:. :. : :::::. .:. : .. ::::: :.:. . :. .
XP_005 RSRYLGRREFIQRLKLEATLNVHDGCVNTICWNDTGEYILSGSDDTKLVISNPYSRKVLT
30 40 50 60 70 80
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 DFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKL
..:::..:.:.::::: ..:. .. :. :: . ... . . . : :.....
XP_005 TIRSGHRANIFSAKFLPCTNDKQIVSCSGDGVIFYTNVEQDAETNRQCQFTCHYGTTYEI
90 100 110 120 130 140
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pF1KB3 ALEPDSPCTFLSAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEK-------KVGLYTIYVNPA
:..: :::: :::..: .: : : ::: : . . .. . :
XP_005 MTVPNDPYTFLSCGEDGTVRWFDTRI-----KTSCTKEDCKDDILINCRRAATSVAICPP
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350 360 370 380 390
pF1KB3 NTHQFAVGGRDQFVRIYDQRKIDENENN--------GVLKKFCPHHLVNSESKANITCLV
. .::: :. :::::.: . .. :.. .: : :: :. . .: :
XP_005 IPYYLAVGCSDSSVRIYDRRMLGTRATGNYAGRGTTGMVARFIPSHLNNKSCR--VTSLC
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400 410 420 430 440 450
pF1KB3 YSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGS
::.:: :.:.::... ::::. . .: :. .:
XP_005 YSEDGQEILVSYSSDYIYLFDPK-DDTARELKTPSAEERREELRQPPVKRLRLRGDWSDT
270 280 290 300 310
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 DCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTE
XP_005 GPRARPESERERDGEQSPNVSLMQRMSDMLSRWFEEASEVAQSNRGRGRSRPRGGTSQSD
320 330 340 350 360 370
>--
initn: 363 init1: 172 opt: 366 Z-score: 246.8 bits: 56.2 E(85289): 5.2e-07
Smith-Waterman score: 366; 41.4% identity (67.1% similar) in 152 aa overlap (428-575:727-873)
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 DGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNAT-VKGVNFYGPKSEFVVSGSDC
::::::. : .: .::.: ..::.:::::
XP_005 IQEFFRRRKERKEMEELDTLNIRRPLVKMVYKGHRNSRTMIKEANFWG--ANFVMSGSDC
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460 470 480 490 500 510
pF1KB3 GHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELT
::::.:.. . . ....:.:. :::::.::: :.::.::.:.:.:::.: :.
XP_005 GHIFIWDRHTAEHLMLLEADNH-VVNCLQPHPFDPILASSGIDYDIKIWSPLEESRIFNR
760 770 780 790 800 810
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pF1KB3 GLKD-VIKKNKRERDEDSLHQTDLFDSHMLWFL--MHHLRQRRHHRRWREPGVGATDADS
: : :: .:. :.. . . : :: .: ..:.: : . : : : . .
XP_005 KLADEVITRNELML-EETRNTITVPASFMLRMLASLNHIRADRLEGD-RSEGSGQENENE
820 830 840 850 860 870
580 590
pF1KB3 DESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
::
XP_005 DEE
>>NP_060912 (OMIM: 610494) DDB1- and CUL4-associated fac (880 aa)
initn: 732 init1: 312 opt: 461 Z-score: 306.1 bits: 67.2 E(85289): 2.6e-10
Smith-Waterman score: 502; 32.5% identity (60.3% similar) in 302 aa overlap (142-426:2-291)
120 130 140 150 160
pF1KB3 EQPRRRVQRKRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELG--SSARF
:. .. :. :. .:.: :: . .:.
NP_060 MSRGGSYPHLLWD----VRKRSLGLEDPSRL
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pF1KB3 VYEACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVL
. : : :.::..:. :. : :::::. .:. : .. ::::: :.:. . :. .
NP_060 RSRYLGRREFIQRLKLEATLNVHDGCVNTICWNDTGEYILSGSDDTKLVISNPYSRKVLT
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pF1KB3 DFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKL
..:::..:.:.::::: ..:. .. :. :: . ... . . . : :.....
NP_060 TIRSGHRANIFSAKFLPCTNDKQIVSCSGDGVIFYTNVEQDAETNRQCQFTCHYGTTYEI
90 100 110 120 130 140
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pF1KB3 ALEPDSPCTFLSAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEK-------KVGLYTIYVNPA
:..: :::: :::..: .: : : ::: : . . .. . :
NP_060 MTVPNDPYTFLSCGEDGTVRWFDTRI-----KTSCTKEDCKDDILINCRRAATSVAICPP
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. .::: :. :::::.: . .. :.. .: : :: :. . .: :
NP_060 IPYYLAVGCSDSSVRIYDRRMLGTRATGNYAGRGTTGMVARFIPSHLNNKSCR--VTSLC
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pF1KB3 YSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGS
::.:: :.:.::... ::::. . .: :. .:
NP_060 YSEDGQEILVSYSSDYIYLFDPK-DDTARELKTPSAEERREELRQPPVKRLRLRGDWSDT
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pF1KB3 DCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTE
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>--
initn: 363 init1: 172 opt: 366 Z-score: 246.8 bits: 56.2 E(85289): 5.2e-07
Smith-Waterman score: 366; 41.4% identity (67.1% similar) in 152 aa overlap (428-575:733-879)
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 DGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNAT-VKGVNFYGPKSEFVVSGSDC
::::::. : .: .::.: ..::.:::::
NP_060 IQEFFRRRKERKEMEELDTLNIRRPLVKMVYKGHRNSRTMIKEANFWG--ANFVMSGSDC
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::::.:.. . . ....:.:. :::::.::: :.::.::.:.:.:::.: :.
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NP_060 KLADEVITRNELML-EETRNTITVPASFMLRMLASLNHIRADRLEGD-RSEGSGQENENE
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pF1KB3 DESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
::
NP_060 DEE
880
>>XP_005245389 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and CUL4- (894 aa)
initn: 732 init1: 312 opt: 461 Z-score: 306.0 bits: 67.2 E(85289): 2.6e-10
Smith-Waterman score: 502; 32.5% identity (60.3% similar) in 302 aa overlap (142-426:2-291)
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pF1KB3 EQPRRRVQRKRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELG--SSARF
:. .. :. :. .:.: :: . .:.
XP_005 MSRGGSYPHLLWD----VRKRSLGLEDPSRL
10 20
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 VYEACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVL
. : : :.::..:. :. : :::::. .:. : .. ::::: :.:. . :. .
XP_005 RSRYLGRREFIQRLKLEATLNVHDGCVNTICWNDTGEYILSGSDDTKLVISNPYSRKVLT
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pF1KB3 DFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKL
..:::..:.:.::::: ..:. .. :. :: . ... . . . : :.....
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XP_016 DEE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]