Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6430
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6430, 343 aa
1>>>pF1KB6430 343 - 343 aa - 343 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2484+/-0.000828; mu= 16.9560+/- 0.050
mean_var=74.9563+/-14.855, 0's: 0 Z-trim(108.0): 74 B-trim: 70 in 1/49
Lambda= 0.148139
statistics sampled from 9852 (9927) to 9852 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.685), E-opt: 0.2 (0.305), width: 16
Scan time: 2.560
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4668.1 G gene_id:3135|Hs108|chr6 ( 338) 2320 505.0 3.5e-143
CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6 ( 365) 1968 429.8 1.6e-120
CCDS34394.1 B gene_id:3106|Hs108|chr6 ( 362) 1891 413.4 1.5e-115
CCDS34393.1 C gene_id:3107|Hs108|chr6 ( 366) 1856 405.9 2.6e-113
CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 346) 1841 402.7 2.3e-112
CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 442) 1841 402.8 2.8e-112
CCDS34379.1 E gene_id:3133|Hs108|chr6 ( 358) 1812 396.5 1.8e-110
CCDS43439.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 254) 1033 229.9 1.8e-60
CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 341) 796 179.3 3.9e-45
CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 337) 718 162.7 4.1e-40
CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 348) 718 162.7 4.2e-40
CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 325) 677 153.9 1.7e-37
CCDS5680.1 AZGP1 gene_id:563|Hs108|chr7 ( 298) 658 149.8 2.7e-36
CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 260) 558 128.4 6.5e-30
CCDS56412.1 MICA gene_id:100507436|Hs108|chr6 ( 332) 508 117.8 1.3e-26
CCDS53440.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 249) 486 113.0 2.7e-25
CCDS53441.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 214) 485 112.7 2.8e-25
CCDS43449.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6 ( 383) 464 108.4 9.9e-24
CCDS53442.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 296) 436 102.4 5.1e-22
CCDS75423.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6 ( 351) 433 101.8 9.1e-22
CCDS12770.1 FCGRT gene_id:2217|Hs108|chr19 ( 365) 415 97.9 1.3e-20
CCDS75421.1 MICA gene_id:100507436|Hs108|chr6 ( 235) 363 86.7 2.1e-17
CCDS4579.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 256) 360 86.1 3.5e-17
CCDS4581.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 168) 352 84.2 8.3e-17
CCDS1174.1 CD1A gene_id:909|Hs108|chr1 ( 327) 332 80.2 2.7e-15
CCDS54975.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 246) 327 79.0 4.6e-15
CCDS54974.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 334) 327 79.1 5.8e-15
CCDS47386.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 242) 319 77.3 1.5e-14
CCDS75422.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6 ( 340) 296 72.5 5.8e-13
CCDS1175.1 CD1C gene_id:911|Hs108|chr1 ( 333) 268 66.5 3.6e-11
>>CCDS4668.1 G gene_id:3135|Hs108|chr6 (338 aa)
initn: 2320 init1: 2320 opt: 2320 Z-score: 2684.1 bits: 505.0 E(32554): 3.5e-143
Smith-Waterman score: 2320; 100.0% identity (100.0% similar) in 338 aa overlap (6-343:1-338)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD
300 310 320 330
>>CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6 (365 aa)
initn: 1968 init1: 1968 opt: 1968 Z-score: 2277.0 bits: 429.8 E(32554): 1.6e-120
Smith-Waterman score: 1968; 82.8% identity (95.0% similar) in 338 aa overlap (6-343:1-338)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
:.:::::::.:::::::.::.::::::::::: ..:::::::::::::.::::::
CCDS34 MAVMAPRTLLLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
::::::::.: ::::::::.::::::::..::::.::..::::..: :::::::::::.
CCDS34 QFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNVKAQSQTDRVDLGTLRGYYNQSEAG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
:::.: : :::.:::::.::::.: :::::::.::::::::::::: ::::.::: :::.
CCDS34 SHTIQIMYGCDVGSDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAAH
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
::: ::::.:::::::.:::::::: :::.::::::.::::. :.::::::::::::::
CCDS34 EAEQLRAYLDGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
:: :::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
CCDS34 EITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLT
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD
:::. :: :::::.::.::::.:.::.:::.::::.::.::::
CCDS34 LRWELSSQPTIPIVGIIAGLVLLGAVITGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYTQAASSDSAQG
300 310 320 330 340 350
CCDS34 SDVSLTACKV
360
>>CCDS34394.1 B gene_id:3106|Hs108|chr6 (362 aa)
initn: 1891 init1: 1891 opt: 1891 Z-score: 2188.1 bits: 413.4 E(32554): 1.5e-115
Smith-Waterman score: 1891; 81.0% identity (93.2% similar) in 337 aa overlap (6-342:1-337)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
:.::::::..::::.::.:::::::::::::: ..::::::::::::..::::::
CCDS34 MLVMAPRTVLLLLSAALALTETWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
::::::::.: :: ::::::.::::::::...:. ::.::::: .:..::::::::::.
CCDS34 QFVRFDSDAASPREEPRAPWIEQEGPEYWDRNTQIYKAQAQTDRESLRNLRGYYNQSEAG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
::::: : :::.: :::::::..:::::::::.::::::::::::::::::..:: :::
CCDS34 SHTLQSMYGCDVGPDGRLLRGHDQYAYDGKDYIALNEDLRSWTAADTAAQITQRKWEAAR
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
:::::::::: :::::.:::::::. :.:::::::::::::. :.::::::::::::::
CCDS34 EAEQRRAYLEGECVEWLRRYLENGKDKLERADPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
:: :::::::::::::.:::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::.::
CCDS34 EITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDRTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLT
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD
:::. :: :.::.::::::.:::.:: ::.::::. :.:::
CCDS34 LRWEPSSQSTVPIVGIVAGLAVLAVVVIGAVVAAVMCRRKSSGGKGGSYSQAACSDSAQG
300 310 320 330 340 350
CCDS34 SDVSLTA
360
>>CCDS34393.1 C gene_id:3107|Hs108|chr6 (366 aa)
initn: 1898 init1: 1821 opt: 1856 Z-score: 2147.6 bits: 405.9 E(32554): 2.6e-113
Smith-Waterman score: 1856; 80.2% identity (92.6% similar) in 338 aa overlap (6-342:1-338)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
: :::::.:.:::::.:.:::::: :::::::..:::::::::::::..::::::
CCDS34 MRVMAPRALLLLLSGGLALTETWACSHSMRYFDTAVSRPGRGEPRFISVGYVDDT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
::::::::.: :: :::::::::::::::..::.. : .::.::..:..::::::::: .
CCDS34 QFVRFDSDAASPRGEPRAPWVEQEGPEYWDRETQKYKRQAQADRVSLRNLRGYYNQSEDG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
::::: : ::::: ::::::::.: :::::::.::::::::::::::::::..:: :::
CCDS34 SHTLQRMSGCDLGPDGRLLRGYDQSAYDGKDYIALNEDLRSWTAADTAAQITQRKLEAAR
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
.::: ::::::::::::.:::::::: ::::.::::::::::. :.::::::::::::::
CCDS34 AAEQLRAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRAEPPKTHVTHHPLSDHEATLRCWALGFYPA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
:: :::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::.::::: :::
CCDS34 EITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGQEQRYTCHMQHEGLQEPLT
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAV-VTGAAVAAVLWRKKSSD
: :. :: ::::::::::::.::... : ::.:.:.. :.:::
CCDS34 LSWEPSSQPTIPIMGIVAGLAVLVVLAVLGAVVTAMMCRRKSSGGKGGSCSQAACSNSAQ
300 310 320 330 340 350
CCDS34 GSDESLITCKA
360
>>CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 (346 aa)
initn: 1841 init1: 1841 opt: 1841 Z-score: 2130.7 bits: 402.7 E(32554): 2.3e-112
Smith-Waterman score: 1841; 79.1% identity (91.9% similar) in 335 aa overlap (9-343:1-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
::::.:.:::::::.::.:::::::.::::.:::::::::::.::. :::::
CCDS43 MAPRSLLLLLSGALALTDTWAGSHSLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDDT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
::.:::::.: :::::: ::::::::.::: : .::.:::::. :..: ::::::.
CCDS43 QFLRFDSDAAIPRMEPREPWVEQEGPQYWEWTTGYAKANAQTDRVALRNLLRRYNQSEAG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
::::: : :::.: ::::::::.:.:::::::..:::::::::::::.:::..: :: .
CCDS43 SHTLQGMNGCDMGPDGRLLRGYHQHAYDGKDYISLNEDLRSWTAADTVAQITQRFYEAEE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
::. :.:::: :.: :.:::::::: ::::::::.::.:::. :.::::::::::::::
CCDS43 YAEEFRTYLEGECLELLRRYLENGKETLQRADPPKAHVAHHPISDHEATLRCWALGFYPA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
:: ::::::::.::::.:::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::.::.
CCDS43 EITLTWQRDGEEQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPPGEEQRYTCHVQHEGLPQPLI
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD
:::.:: :::::.:::::::::.::::::.::::.:::::::
CCDS43 LRWEQSPQPTIPIVGIVAGLVVLGAVVTGAVVAAVMWRKKSSDRNRGSYSQAAV
300 310 320 330 340
>>CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 (442 aa)
initn: 1841 init1: 1841 opt: 1841 Z-score: 2129.2 bits: 402.8 E(32554): 2.8e-112
Smith-Waterman score: 1841; 79.1% identity (91.9% similar) in 335 aa overlap (9-343:1-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
::::.:.:::::::.::.:::::::.::::.:::::::::::.::. :::::
CCDS43 MAPRSLLLLLSGALALTDTWAGSHSLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDDT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
::.:::::.: :::::: ::::::::.::: : .::.:::::. :..: ::::::.
CCDS43 QFLRFDSDAAIPRMEPREPWVEQEGPQYWEWTTGYAKANAQTDRVALRNLLRRYNQSEAG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
::::: : :::.: ::::::::.:.:::::::..:::::::::::::.:::..: :: .
CCDS43 SHTLQGMNGCDMGPDGRLLRGYHQHAYDGKDYISLNEDLRSWTAADTVAQITQRFYEAEE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
::. :.:::: :.: :.:::::::: ::::::::.::.:::. :.::::::::::::::
CCDS43 YAEEFRTYLEGECLELLRRYLENGKETLQRADPPKAHVAHHPISDHEATLRCWALGFYPA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
:: ::::::::.::::.:::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::.::.
CCDS43 EITLTWQRDGEEQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPPGEEQRYTCHVQHEGLPQPLI
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD
:::.:: :::::.:::::::::.::::::.::::.:::::::
CCDS43 LRWEQSPQPTIPIVGIVAGLVVLGAVVTGAVVAAVMWRKKSSDRNRGSYSQAAAYSVVSG
300 310 320 330 340 350
CCDS43 NLMITWWSSLFLLGVLFQGYLGCLRSHSVLGRRKVGDMWILFFLWLWTSFNTAFLALQSL
360 370 380 390 400 410
>>CCDS34379.1 E gene_id:3133|Hs108|chr6 (358 aa)
initn: 1812 init1: 1812 opt: 1812 Z-score: 2097.0 bits: 396.5 E(32554): 1.8e-110
Smith-Waterman score: 1812; 76.9% identity (92.2% similar) in 334 aa overlap (9-342:1-334)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
:. ::.:::: ::.::.:::::::..:: ..::::::::::::..::::::
CCDS34 MVDGTLLLLLSEALALTQTWAGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
::::::.:.: ::: :::::.:::: :::..:::... :: :.::.:::::::::::.
CCDS34 QFVRFDNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
::::::: ::.:: :::.::::::.::::::::.::::::::::.:::::::..: . :.
CCDS34 SHTLQWMHGCELGPDGRFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDAS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
::..::::: :::::::.:::.::: : . .::::::::::. :.::::::::::::::
CCDS34 EAEHQRAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
:: ::::.::: .:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS34 EITLTWQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVT
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD
:::: .: :::::.::.::::.:..::.::.::::.::::::
CCDS34 LRWKPASQPTIPIVGIIAGLVLLGSVVSGAVVAAVIWRKKSSGGKGGSYSKAEWSDSAQG
300 310 320 330 340 350
CCDS34 SESHSL
>>CCDS43439.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 (254 aa)
initn: 1071 init1: 1028 opt: 1033 Z-score: 1199.3 bits: 229.9 E(32554): 1.8e-60
Smith-Waterman score: 1038; 54.9% identity (65.4% similar) in 335 aa overlap (9-343:1-243)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
::::.:.:::::::.::.:::::::.::::.:::::::::::.::. :::::
CCDS43 MAPRSLLLLLSGALALTDTWAGSHSLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDDT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
::.:::::.: :::::: ::::::::.::: : .::.:::::. :..: ::::::.
CCDS43 QFLRFDSDAAIPRMEPREPWVEQEGPQYWEWTTGYAKANAQTDRVALRNLLRRYNQSEAG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
::::: : :::.: ::::::::.:.:::::::..:::::::::::::.:::..: :: .
CCDS43 SHTLQGMNGCDMGPDGRLLRGYHQHAYDGKDYISLNEDLRSWTAADTVAQITQRFYEAEE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
::. :.:::: :.: :.:::::::: ::::.
CCDS43 YAEEFRTYLEGECLELLRRYLENGKETLQRAE----------------------------
180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
CCDS43 ------------------------------------------------------------
310 320 330 340
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD
:: :::::.:::::::::.::::::.::::.:::::::
CCDS43 ----QSPQPTIPIVGIVAGLVVLGAVVTGAVVAAVMWRKKSSDRNRGSYSQAAV
210 220 230 240 250
>>CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 (341 aa)
initn: 703 init1: 383 opt: 796 Z-score: 923.7 bits: 179.3 E(32554): 3.9e-45
Smith-Waterman score: 796; 40.2% identity (69.5% similar) in 331 aa overlap (15-340:7-326)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLL-LSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDD
::: : .: . .. . .::.::: .:: : .: :.::..::::.
CCDS13 MGELMAFLLPLIIVLMVKHSDSRTHSLRYFRLGVSDPIHGVPEFISVGYVDS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 TQFVRFDSDSACPRMEPRAPWV-EQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSE
.. .:: . . ::::::. :. .:..::. :. .. : ...:. :. .::.:
CCDS13 HPITTYDS--VTRQKEPRAPWMAENLAPDHWERYTQLLRGWQQMFKVELKRLQRHYNHS-
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 ASSHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEA
.::: : ::::.: :: :. ::::::.:.: .:.: :: :.:..:. :. ::
CCDS13 -GSHTYQRMIGCELLEDGSTT-GFLQYAYDGQDFLIFNKDTLSWLAVDNVAHTIKQAWEA
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 ANVAE--QRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALG
: : .. .:: :. ::.:.:: ::. :::..:: ..:... .: ..: : : :
CCDS13 -NQHELLYQKNWLEEECIAWLKRFLEYGKDTLQRTEPPLVRVNRKETFPGVTALFCKAHG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 FYPAEIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLP
::: :: .::...::. .:... . :.::::.: ::.. . . :.:::.: :.
CCDS13 FYPPEIYMTWMKNGEEIVQEIDYGDILPSGDGTYQAWASIELDPQSSNLYSCHVEHCGVH
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KB6 EPLMLRWKQSSLPTIP-IMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD
..:. : : ::: .: :.: .::. :..: :....::..
CCDS13 --MVLQVPQES-ETIPLVMKAVSGSIVLVIVLAG--VGVLVWRRRPREQNGAIYLPTPDR
290 300 310 320 330 340
>>CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 (337 aa)
initn: 377 init1: 288 opt: 718 Z-score: 833.7 bits: 162.7 E(32554): 4.1e-40
Smith-Waterman score: 718; 36.2% identity (65.9% similar) in 337 aa overlap (11-342:7-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
: :.:.: . .: :::..:. ..:. : : :.:::::
CCDS75 MGPRARPALLLLMLLQTAVLQGRLLRSHSLHYLFMGASEQDLGLSLFEALGYVDDQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQE-GPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEA
:: .: .: :.:::.::: .. . ..: . ... :. . ... :. .:.:.
CCDS75 LFVFYDHESR--RVEPRTPWVSSRISSQMWLQLSQSLKGWDHMFTVDFWTIMENHNHSKE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 SSHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAA
: :::: ..::.. :. .:: .:.:::.:.: . : .: ::. : .: . :
CCDS75 S-HTLQVILGCEMQEDNST-EGYWKYGYDGQDHLEFCPDTLDWRAAEPRAWPTKLEWERH
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 NV-AEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFY
.. :.: ::::: : :.. :: :. .:.. :: ..:::: : . .:::: ::..:
CCDS75 KIRARQNRAYLERDCPAQLQQLLELGRGVLDQQVPPLVKVTHH-VTSSVTTLRCRALNYY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 PAEIILTWQRDGEDQTQDVELVETR---PAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGL
: .: . : .: : .:.. : . : ::::.: : ...:: ::::::::.:.: ::
CCDS75 PQNITMKWLKD--KQPMDAKEFEPKDVLPNGDGTYQGWITLAVPPGEEQRYTCQVEHPGL
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KB6 PEPLMLRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD
.::.. :. : :. ..:...:..:..... . . .: ....:
CCDS75 DQPLIVIWEPSPSGTL-VIGVISGIAVFVVILFIGILFIILRKRQGSSF
290 300 310 320 330
343 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 16:45:26 2016 done: Fri Nov 4 16:45:26 2016
Total Scan time: 2.560 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]