FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4548, 647 aa 1>>>pF1KE4548 647 - 647 aa - 647 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.4696+/-0.000406; mu= -7.6090+/- 0.026 mean_var=356.8312+/-71.532, 0's: 0 Z-trim(122.3): 11 B-trim: 0 in 0/61 Lambda= 0.067896 statistics sampled from 40277 (40288) to 40277 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.745), E-opt: 0.2 (0.472), width: 16 Scan time: 12.930 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001922 (OMIM: 245348,608770) dihydrolipoyllysin ( 647) 4303 435.6 2.7e-121 XP_011540949 (OMIM: 245348,608770) PREDICTED: dihy ( 611) 2928 300.9 9.2e-81 XP_011518692 (OMIM: 245349,608769) PREDICTED: pyru ( 441) 781 90.4 1.4e-17 NP_001128496 (OMIM: 245349,608769) pyruvate dehydr ( 486) 781 90.5 1.6e-17 NP_003468 (OMIM: 245349,608769) pyruvate dehydroge ( 501) 781 90.5 1.6e-17 NP_001159630 (OMIM: 245349,608769) pyruvate dehydr ( 274) 485 61.3 5.3e-09 NP_001909 (OMIM: 248600,248610) lipoamide acyltran ( 482) 409 54.0 1.4e-06 XP_005270602 (OMIM: 248600,248610) PREDICTED: lipo ( 301) 401 53.1 1.7e-06 XP_016855958 (OMIM: 248600,248610) PREDICTED: lipo ( 301) 401 53.1 1.7e-06 XP_016855957 (OMIM: 248600,248610) PREDICTED: lipo ( 301) 401 53.1 1.7e-06 NP_001924 (OMIM: 126063) dihydrolipoyllysine-resid ( 453) 395 52.6 3.6e-06 >>NP_001922 (OMIM: 245348,608770) dihydrolipoyllysine-re (647 aa) initn: 4303 init1: 4303 opt: 4303 Z-score: 2298.5 bits: 435.6 E(85289): 2.7e-121 Smith-Waterman score: 4303; 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NP_001 ITVTMSSDSRVVDDELATRFLKSFKANLENPIRLA 460 470 480 >>NP_003468 (OMIM: 245349,608769) pyruvate dehydrogenase (501 aa) initn: 1052 init1: 456 opt: 781 Z-score: 435.6 bits: 90.5 E(85289): 1.6e-17 Smith-Waterman score: 1078; 41.6% identity (67.7% similar) in 461 aa overlap (219-645:57-500) 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 PQAAPAPTPAATASPPTPSAQAPGSSYPPHMQVLLPALSPTMTMGTVQRWEKKVGEKLSE ...:.:.::::: :.. .: :: :: .: NP_003 GLVKGALGWSVSRGANWRWFHSTQWLRGDPIKILMPSLSPTMEEGNIVKWLKKEGEAVSA 30 40 50 60 70 80 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 GDLLAEIETDKATIGFEVQEEGYLAKILVPEGTRDVPLGTPLCIIVEKEADISAFADYRP :: : :::::::.. ......: ::::.: ::.... ::. . .::: :.. :.. NP_003 GDALCEIETDKAVVTLDASDDGILAKIVVEEGSKNIRLGSLIGLIVE-EGE-----DWKH 90 100 110 120 130 140 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 TEVTDLKPQVPPPTPPPVAAVPPTPQPLAPTPSAPCPATPAGPKG--RVFVSPLAKKLAV .:. :. : ::::. : :.: .: :. :. : : .:: :... NP_003 VEI----PKDVGP-PPPVSK-PSEPRP-SPEPQISIPVKKEHIPGTLRFRLSPAARNILE 150 160 170 180 190 370 380 390 400 pF1KE4 EKGIDLTQVKGTGPDGRITKKDIDSFVP---------SKVAPAPAA-------------- ....: .: .::: : .::.: ..: :. .:::.: NP_003 KHSLDASQGTATGPRGIFTKEDALKLVQLKQTGKITESRPTPAPTATPTAPSPLQATAGP 200 210 220 230 240 250 410 420 430 440 450 pF1KE4 -----VVPPTG-PGMAPVPTGVFTDIPISNIRRVIAQRLMQSKQTIPHYYLSIDVNMGEV :.::.. ::. : .:.::.:: ::::::::.:: .::.:.:: : . : ..: : NP_003 SYPRPVIPPVSTPGQ-PNAVGTFTEIPASNIRRVIAKRLTESKSTVPHAYATADCDLGAV 260 270 280 290 300 310 460 470 480 490 500 510 pF1KE4 LLVRKELNKILEGRSKISVNDFIIKASALACLKVPEANSSWMDTVIRQNHVVDVSVAVST : ::..: : :.:::::::::.:.. ..:..: :: .: .:.::::.: NP_003 LKVRQDLVK---DDIKVSVNDFIIKAAAVTLKQMPDVNVSWDGEGPKQLPFIDISVAVAT 320 330 340 350 360 520 530 540 550 560 570 pF1KE4 PAGLITPIVFNAHIKGVETIANDVVSLATKAREGKLQPHEFQGGTFTISNLGMFGIKNFS ::.:::. .: ::.. ::..: .:. :::.::: :.:.:::.:.::::::::: .:. NP_003 DKGLLTPIIKDAAAKGIQEIADSVKALSKKARDGKLLPEEYQGGSFSISNLGMFGIDEFT 370 380 390 400 410 420 580 590 600 610 620 630 pF1KE4 AIINPPQACILAIGASEDKLVPADNEKG---FDVASMMSVTLSCDHRVVDGAVGAQWLAE :.::::::::::.: . : ...:.: .. ....::.: : :::: .....: NP_003 AVINPPQACILAVGRFRPVLKLTEDEEGNAKLQQRQLITVTMSSDSRVVDDELATRFLKS 430 440 450 460 470 480 640 pF1KE4 FRKYLEKPITMLL :. ::.:: . NP_003 FKANLENPIRLA 490 500 >>NP_001159630 (OMIM: 245349,608769) pyruvate dehydrogen (274 aa) initn: 689 init1: 380 opt: 485 Z-score: 282.5 bits: 61.3 E(85289): 5.3e-09 Smith-Waterman score: 485; 46.2% identity (75.6% similar) in 160 aa overlap (489-645:114-273) 460 470 480 490 500 510 pF1KE4 LVRKELNKILEGRSKISVNDFIIKASALACLKVPEANSSWMDTVIRQNHVVDVSVAVSTP ...:..: :: .: .:.::::.: NP_001 VSAGDALCEIETDKAVVTLDASDDGILAKIVQMPDVNVSWDGEGPKQLPFIDISVAVATD 90 100 110 120 130 140 520 530 540 550 560 570 pF1KE4 AGLITPIVFNAHIKGVETIANDVVSLATKAREGKLQPHEFQGGTFTISNLGMFGIKNFSA ::.:::. .: ::.. ::..: .:. :::.::: :.:.:::.:.::::::::: .:.: NP_001 KGLLTPIIKDAAAKGIQEIADSVKALSKKARDGKLLPEEYQGGSFSISNLGMFGIDEFTA 150 160 170 180 190 200 580 590 600 610 620 630 pF1KE4 IINPPQACILAIGASEDKLVPADNEKG---FDVASMMSVTLSCDHRVVDGAVGAQWLAEF .::::::::::.: . : ...:.: .. ....::.: : :::: .....: : NP_001 VINPPQACILAVGRFRPVLKLTEDEEGNAKLQQRQLITVTMSSDSRVVDDELATRFLKSF 210 220 230 240 250 260 640 pF1KE4 RKYLEKPITMLL . ::.:: . NP_001 KANLENPIRLA 270 >>NP_001909 (OMIM: 248600,248610) lipoamide acyltransfer (482 aa) initn: 409 init1: 151 opt: 409 Z-score: 238.9 bits: 54.0 E(85289): 1.4e-06 Smith-Waterman score: 550; 29.9% identity (59.4% similar) in 438 aa overlap (234-647:80-479) 210 220 230 240 250 260 pF1KE4 PTPSAQAPGSSYPPHMQVLLPALSPTMTMGTVQRWEKKVGEKLSEGDLLAEIETDKATIG ::..: : :. .:. : . :...:::.. NP_001 PHHFLKTTAALRGQVVQFKLSDIGEGIREVTVKEWYVKEGDTVSQFDSICEVQSDKASVT 50 60 70 80 90 100 270 280 290 300 310 320 pF1KE4 FEVQEEGYLAKILVPEGTRDVP-LGTPLCIIVEKEADISAFADYRPTEVTDLKPQVPPPT . . .: . :. . :. .: :: . .: :: .. : : NP_001 ITSRYDGVIKKLYY--NLDDIAYVGKPL-VDIETEALKDSEEDVVET------------- 110 120 130 140 150 330 340 350 360 370 380 pF1KE4 PPPVAAVPPTPQPLAPTPSAPCPATPAGPKGR-VFVSPLAKKLAVEKGIDLTQVKGTGPD : :. : : . ::: ....: ...::.:..: :..: :.: : NP_001 -PAVSHDEHTHQEI---------------KGRKTLATPAVRRLAMENNIKLSEVVGSGKD 160 170 180 190 390 400 410 420 pF1KE4 GRITKKDIDSFVPSKVA----PAPAAVV--PPTGPGMAPVPT-----GVFTDI----PIS ::: :.:: ... .... :.: . . :: : :: ::: ::. NP_001 GRILKEDILNYLEKQTGAILPPSPKVEIMPPPPKPKDMTVPILVSKPPVFTGKDKTEPIK 200 210 220 230 240 250 430 440 450 460 470 480 pF1KE4 NIRRVIAQRLMQSKQTIPHYYLSIDVNMGEVLLVRKELNKILEGRS-KISVNDFIIKASA ....... . :.. :::. .... :.. .:.::. : .:. :.: :..::.. 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XP_016 QTGAILPPSPKVEIMPPPPKPKDMTVPILVSKPPVFTGKDKTEPIKGFQKAMV-KTMSAA 40 50 60 70 80 450 460 470 480 490 pF1KE4 QTIPHYYLSIDVNMGEVLLVRKELNKILEGRS-KISVNDFIIKASALACLKVPEANSSW- :::. .... :.. .:.::. : .:. :.: :..::..:. :. : :.: XP_016 LKIPHFGYCDEIDLTELVKLREELKPIAFARGIKLSFMPFFLKAASLGLLQFPILNASVD 90 100 110 120 130 140 500 510 520 530 540 550 pF1KE4 ---MDTVIRQNHVVDVSVAVSTPAGLITPIVFNAHIKGVETIANDVVSLATKAREGKLQP .. . . .: ....:..: :::.: : :..: .. ::... : . ..:. XP_016 ENCQNITYKASH--NIGIAMDTEQGLIVPNVKNVQICSIFDIATELNRLQKLGSVSQLST 150 160 170 180 190 200 560 570 580 590 600 610 pF1KE4 HEFQGGTFTISNLGMFGIKNFSAIINPPQACILAIGASEDKLVPADNEKGFDV--ASMMS .. :::::.::.: .: . .: ::.. : :.:. : .: :.:: .: :..:. 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