FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6310, 417 aa 1>>>pF1KE6310 417 - 417 aa - 417 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9510+/-0.000896; mu= 14.6201+/- 0.054 mean_var=78.1667+/-15.590, 0's: 0 Z-trim(107.2): 10 B-trim: 40 in 1/50 Lambda= 0.145065 statistics sampled from 9426 (9433) to 9426 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.656), E-opt: 0.2 (0.29), width: 16 Scan time: 2.510 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS7977.1 GIF gene_id:2694|Hs108|chr11 ( 417) 2707 576.0 2.3e-164 CCDS7978.1 TCN1 gene_id:6947|Hs108|chr11 ( 433) 613 137.8 2e-32 CCDS54519.1 TCN2 gene_id:6948|Hs108|chr22 ( 400) 283 68.7 1.2e-11 >>CCDS7977.1 GIF gene_id:2694|Hs108|chr11 (417 aa) initn: 2707 init1: 2707 opt: 2707 Z-score: 3064.3 bits: 576.0 E(32554): 2.3e-164 Smith-Waterman score: 2707; 100.0% identity (100.0% similar) in 417 aa overlap (1-417:1-417) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 MAWFALYLLSLLWATAGTSTQTQSSCSVPSAQEPLVNGIQVLMENSVTSSAYPNPSILIA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 MAWFALYLLSLLWATAGTSTQTQSSCSVPSAQEPLVNGIQVLMENSVTSSAYPNPSILIA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE6 MNLAGAYNLKAQKLLTYQLMSSDNNDLTIGQLGLTIMALTSSCRDPGDKVSILQRQMENW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 MNLAGAYNLKAQKLLTYQLMSSDNNDLTIGQLGLTIMALTSSCRDPGDKVSILQRQMENW 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE6 APSSPNAEASAFYGPSLAILALCQKNSEATLPIAVRFAKTLLANSSPFNVDTGAMATLAL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 APSSPNAEASAFYGPSLAILALCQKNSEATLPIAVRFAKTLLANSSPFNVDTGAMATLAL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE6 TCMYNKIPVGSEEGYRSLFGQVLKDIVEKISMKIKDNGIIGDIYSTGLAMQALSVTPEPS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 TCMYNKIPVGSEEGYRSLFGQVLKDIVEKISMKIKDNGIIGDIYSTGLAMQALSVTPEPS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE6 KKEWNCKKTTDMILNEIKQGKFHNPMSIAQILPSLKGKTYLDVPQVTCSPDHEVQPTLPS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 KKEWNCKKTTDMILNEIKQGKFHNPMSIAQILPSLKGKTYLDVPQVTCSPDHEVQPTLPS 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE6 NPGPGPTSASNITVIYTINNQLRGVELLFNETINVSVKSGSVLLVVLEEAQRKNPMFKFE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 NPGPGPTSASNITVIYTINNQLRGVELLFNETINVSVKSGSVLLVVLEEAQRKNPMFKFE 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE6 TTMTSWGLVVSSINNIAENVNHKTYWQFLSGVTPLNEGVADYIPFNHEHITANFTQY ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 TTMTSWGLVVSSINNIAENVNHKTYWQFLSGVTPLNEGVADYIPFNHEHITANFTQY 370 380 390 400 410 >>CCDS7978.1 TCN1 gene_id:6947|Hs108|chr11 (433 aa) initn: 505 init1: 179 opt: 613 Z-score: 695.6 bits: 137.8 E(32554): 2e-32 Smith-Waterman score: 649; 33.9% identity (61.7% similar) in 410 aa overlap (33-417:37-433) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 WFALYLLSLLWATAGTSTQTQSSCSVPSAQEPLVNGIQVLMENSVTSSAYPNPSILIAMN .::.: . : ::.. ....... 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