FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1094, 911 aa 1>>>pF1KE1094 911 - 911 aa - 911 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7036+/-0.00104; mu= 18.5766+/- 0.062 mean_var=62.1850+/-12.362, 0's: 0 Z-trim(103.0): 31 B-trim: 0 in 0/49 Lambda= 0.162642 statistics sampled from 7193 (7203) to 7193 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.587), E-opt: 0.2 (0.221), width: 16 Scan time: 3.820 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS9508.1 LIG4 gene_id:3981|Hs108|chr13 ( 911) 6111 1443.1 0 CCDS81779.1 LIG4 gene_id:3981|Hs108|chr13 ( 844) 5658 1336.8 0 CCDS11285.2 LIG3 gene_id:3980|Hs108|chr17 ( 949) 571 143.2 2.2e-33 CCDS11284.2 LIG3 gene_id:3980|Hs108|chr17 (1009) 571 143.2 2.4e-33 CCDS74410.1 LIG1 gene_id:3978|Hs108|chr19 ( 851) 436 111.5 6.9e-24 CCDS74409.1 LIG1 gene_id:3978|Hs108|chr19 ( 888) 436 111.5 7.2e-24 CCDS12711.1 LIG1 gene_id:3978|Hs108|chr19 ( 919) 436 111.5 7.4e-24 >>CCDS9508.1 LIG4 gene_id:3981|Hs108|chr13 (911 aa) initn: 6111 init1: 6111 opt: 6111 Z-score: 7738.3 bits: 1443.1 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 6111; 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CCDS11 MARDLE-------QGDVSE--TIRVFFEQSKSFPPAAKSLLTIQEVDEFLLRLSK---LT 350 360 370 380 170 180 190 200 210 220 pF1KE1 RKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAAELHNVTTDLE ..: ...: .. .. .: . : .::.: .:::.. . . ..... .: : ... .:. CCDS11 KEDEQQQALQDIASRCTANDLKCIIRLIKHDLKMNSGAKHVLDALDPNAYEAFKASRNLQ 390 400 410 420 430 440 230 240 250 260 270 pF1KE1 KVC-RQLHD-------PSV--GLSDISITLFSAFKPMLA-AIADIEHIEKDMKHQSFYIE : : ::. :. .:: .. .:.. .:::: : ..:. : . : : CCDS11 DVVERVLHNAQEVEKEPGQRRALS-VQASLMTPVQPMLAEACKSVEYAMKKCPNGMFS-E 450 460 470 480 490 500 280 290 300 310 320 330 pF1KE1 TKLDGERMQMHKDGDVYKYFSRNGYNYTDQFGASPTEGSLTPFIHNAFKADIQICILDGE : ::::.:.::.:: ..::::. . : . .: .:: . .. :::.: CCDS11 IKYDGERVQVHKNGDHFSYFSRSLKPVLPHKVAH-----FKDYIPQAFPGGHSM-ILDSE 510 520 530 540 550 560 340 350 360 370 380 390 pF1KE1 MMAYNPNTQTFMQKGTKFDIKRMVEDSDLQTCYCVFDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSS .. . .: . :: . ... . .: ..: ::: .. :. .: . : .: ..: . CCDS11 VLLIDNKTGKPLPFGT-LGVHKKAAFQDANVCLFVFDCIYFNDVSLMDRPLCERRKFLHD 570 580 590 600 610 400 410 420 430 440 450 pF1KE1 IFTPIPGRIEIVQKTQAHTKNEVIDALNEAIDKREEGIMVKQPLSIYKPDKRGEGWLKIK .. ::.:: . . .. .. : ....:.. ::...:. . :.: :: :::.: CCDS11 NMVEIPNRIMFSEMKRVTKALDLADMITRVIQEGLEGLVLKDVKGTYEPGKR--HWLKVK 620 630 640 650 660 670 460 470 480 490 500 pF1KE1 PEYVS-GLM-DELDILIVGGYWGKGSRGGMMSHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSG .:.. : : : :....:...:.::.::::: :: . . :: . . :... ..: CCDS11 KDYLNEGAMADTADLVVLGAFYGQGSKGGMMSIFLMGCYD---PGSQK--WCTVTKCAGG 680 690 700 710 720 730 510 520 530 540 550 560 pF1KE1 ---CTMKELYDLGLKLAKYWKPFHRKAPPSSILCGTEKPEVYI-EPCNSVIVQIKAAEIV :. .: . : ..: : : : . :. . .: .... .: .::. CCDS11 HDDATLARLQNE-LDMVKISKD-PSKIPSWLKVNKIYYPDFIVPDPKKAAVWEITGAEFS 740 750 760 770 780 790 570 580 590 600 610 620 pF1KE1 PSDMYKT-GCTLRFPRIEKIRDDKEWHECMTLDDLEQLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQ :. . . : ..:::: .:::::.:. .: .:..: .. : . ..::. CCDS11 KSEAHTADGISIRFPRCTRIRDDKDWKSATNLPQLKELYQLSKEK--ADFTVVAGDEGSS 800 810 820 830 840 630 640 650 660 670 680 pF1KE1 EKKRKAAPKMKKVIGIIEHLKAPNLTNVNKISNIFEDVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAE CCDS11 TTGGSSEENKGPSGSAVSRKAPSKPSASTKKAEGKLSNSNSKDGNMQTAKPSAMKVGEKL 850 860 870 880 890 900 >>CCDS11284.2 LIG3 gene_id:3980|Hs108|chr17 (1009 aa) initn: 411 init1: 213 opt: 571 Z-score: 712.3 bits: 143.2 E(32554): 2.4e-33 Smith-Waterman score: 592; 26.5% identity (58.2% similar) in 627 aa overlap (16-621:266-845) 10 20 30 40 pF1KE1 MAASQTSQTVASHVPFADLCSTLERIQKSKGRAEKIRHFREFLDS : ::. . . . : . ...:: CCDS11 SGEAPSSPTPKRSLSSSKCDPRHKDCLLREFRKLCAM---VADNPSYNTKTQIIQDFL-- 240 250 260 270 280 290 50 60 70 80 90 100 pF1KE1 WRKFHDALHKNHKDVTDSFYPAMRLILPQLERERMAYGIKETMLAKLYIELLNLPRDGKD :: .: : :: : ...:.:: . . .:.... ...::. ...: : : CCDS11 -RK-GSAGDGFHGDV----YLTVKLLLPGVIKT--VYNLNDKQIVKLFSRIFNCNPD--D 300 310 320 330 340 110 120 130 140 150 160 pF1KE1 ALKLLNYRTPTGTHGDAGDFAMIAYFVLKPRCLQ---KGSLTIQQVNDLLDSIASNNSAK . :. .::... : : . . . :. ::::.:...: ... CCDS11 MARDLE-------QGDVSE--TIRVFFEQSKSFPPAAKSLLTIQEVDEFLLRLSK---LT 350 360 370 380 170 180 190 200 210 220 pF1KE1 RKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAAELHNVTTDLE ..: ...: .. .. .: . : .::.: .:::.. . . ..... .: : ... .:. CCDS11 KEDEQQQALQDIASRCTANDLKCIIRLIKHDLKMNSGAKHVLDALDPNAYEAFKASRNLQ 390 400 410 420 430 440 230 240 250 260 270 pF1KE1 KVC-RQLHD-------PSV--GLSDISITLFSAFKPMLA-AIADIEHIEKDMKHQSFYIE : : ::. :. .:: .. .:.. .:::: : ..:. : . : : CCDS11 DVVERVLHNAQEVEKEPGQRRALS-VQASLMTPVQPMLAEACKSVEYAMKKCPNGMFS-E 450 460 470 480 490 500 280 290 300 310 320 330 pF1KE1 TKLDGERMQMHKDGDVYKYFSRNGYNYTDQFGASPTEGSLTPFIHNAFKADIQICILDGE : ::::.:.::.:: ..::::. . : . .: .:: . .. :::.: CCDS11 IKYDGERVQVHKNGDHFSYFSRSLKPVLPHKVAH-----FKDYIPQAFPGGHSM-ILDSE 510 520 530 540 550 560 340 350 360 370 380 390 pF1KE1 MMAYNPNTQTFMQKGTKFDIKRMVEDSDLQTCYCVFDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSS .. . .: . :: . ... . .: ..: ::: .. :. .: . : .: ..: . 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CCDS12 R---QLESVRAEAAEKGDVGLVAENSRSTQRLMLPPPPLT-ASGVFSKFRDIARLTGSAS 370 380 390 400 410 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 SAKRKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAA------E .::. :.:: :.. : ... : . :.::...:...... . .. : CCDS12 TAKKIDIIKG----LFVACRHSEARFIARSLSGRLRLGLAEQSVLAALSQAVSLTPPGQE 420 430 440 450 460 470 220 230 240 pF1KE1 LHNVTTD-------------LEK---VCRQLHDPSVGLSDISITLFS------------- . . .: ::. . .: :. : .:. CCDS12 FPPAMVDAGKGKTAEARKTWLEEQGMILKQTFCEVPDLDRIIPVLLEHGLERLPEHCKLS 480 490 500 510 520 530 250 260 270 280 290 pF1KE1 ---AFKPMLA-AIADIEHIEKDMKHQSFYIETKLDGERMQMHK-DGDVYKYFSRNGYNYT .::::: : .. : ... .: : : ::.: :.: .: : :::: CCDS12 PGIPLKPMLAHPTRGISEVLKRFEEAAFTCEYKYDGQRAQIHALEGGEVKIFSRN---QE 540 550 560 570 580 590 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 DQFGASPTEGSLTPFIHNAFKADIQICILDGEMMAYN---PNTQTFMQKGTKFDIKRMVE :. : : : : :. .. ::: : .:.. . : :. :. .. :. 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