Result of FASTA (ccds) for pFN21AE1094
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE1094, 911 aa
  1>>>pF1KE1094 911 - 911 aa - 911 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7036+/-0.00104; mu= 18.5766+/- 0.062
 mean_var=62.1850+/-12.362, 0's: 0 Z-trim(103.0): 31  B-trim: 0 in 0/49
 Lambda= 0.162642
 statistics sampled from 7193 (7203) to 7193 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.587), E-opt: 0.2 (0.221), width:  16
 Scan time:  3.820

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS9508.1 LIG4 gene_id:3981|Hs108|chr13           ( 911) 6111 1443.1       0
CCDS81779.1 LIG4 gene_id:3981|Hs108|chr13          ( 844) 5658 1336.8       0
CCDS11285.2 LIG3 gene_id:3980|Hs108|chr17          ( 949)  571 143.2 2.2e-33
CCDS11284.2 LIG3 gene_id:3980|Hs108|chr17          (1009)  571 143.2 2.4e-33
CCDS74410.1 LIG1 gene_id:3978|Hs108|chr19          ( 851)  436 111.5 6.9e-24
CCDS74409.1 LIG1 gene_id:3978|Hs108|chr19          ( 888)  436 111.5 7.2e-24
CCDS12711.1 LIG1 gene_id:3978|Hs108|chr19          ( 919)  436 111.5 7.4e-24


>>CCDS9508.1 LIG4 gene_id:3981|Hs108|chr13                (911 aa)
 initn: 6111 init1: 6111 opt: 6111  Z-score: 7738.3  bits: 1443.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6111; 100.0% identity (100.0% similar) in 911 aa overlap (1-911:1-911)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE1 MAASQTSQTVASHVPFADLCSTLERIQKSKGRAEKIRHFREFLDSWRKFHDALHKNHKDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 MAASQTSQTVASHVPFADLCSTLERIQKSKGRAEKIRHFREFLDSWRKFHDALHKNHKDV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE1 TDSFYPAMRLILPQLERERMAYGIKETMLAKLYIELLNLPRDGKDALKLLNYRTPTGTHG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 TDSFYPAMRLILPQLERERMAYGIKETMLAKLYIELLNLPRDGKDALKLLNYRTPTGTHG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE1 DAGDFAMIAYFVLKPRCLQKGSLTIQQVNDLLDSIASNNSAKRKDLIKKSLLQLITQSSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 DAGDFAMIAYFVLKPRCLQKGSLTIQQVNDLLDSIASNNSAKRKDLIKKSLLQLITQSSA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE1 LEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAAELHNVTTDLEKVCRQLHDPSVGLSDISI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 LEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAAELHNVTTDLEKVCRQLHDPSVGLSDISI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE1 TLFSAFKPMLAAIADIEHIEKDMKHQSFYIETKLDGERMQMHKDGDVYKYFSRNGYNYTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 TLFSAFKPMLAAIADIEHIEKDMKHQSFYIETKLDGERMQMHKDGDVYKYFSRNGYNYTD
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE1 QFGASPTEGSLTPFIHNAFKADIQICILDGEMMAYNPNTQTFMQKGTKFDIKRMVEDSDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 QFGASPTEGSLTPFIHNAFKADIQICILDGEMMAYNPNTQTFMQKGTKFDIKRMVEDSDL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE1 QTCYCVFDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSSIFTPIPGRIEIVQKTQAHTKNEVIDALNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 QTCYCVFDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSSIFTPIPGRIEIVQKTQAHTKNEVIDALNE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE1 AIDKREEGIMVKQPLSIYKPDKRGEGWLKIKPEYVSGLMDELDILIVGGYWGKGSRGGMM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 AIDKREEGIMVKQPLSIYKPDKRGEGWLKIKPEYVSGLMDELDILIVGGYWGKGSRGGMM
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE1 SHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSGCTMKELYDLGLKLAKYWKPFHRKAPPSSILC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 SHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSGCTMKELYDLGLKLAKYWKPFHRKAPPSSILC
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE1 GTEKPEVYIEPCNSVIVQIKAAEIVPSDMYKTGCTLRFPRIEKIRDDKEWHECMTLDDLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 GTEKPEVYIEPCNSVIVQIKAAEIVPSDMYKTGCTLRFPRIEKIRDDKEWHECMTLDDLE
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE1 QLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQEKKRKAAPKMKKVIGIIEHLKAPNLTNVNKISNIFE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 QLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQEKKRKAAPKMKKVIGIIEHLKAPNLTNVNKISNIFE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE1 DVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAEFGGYIVQNPGPDTYCVIAGSENIRVKNIILSNKHDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 DVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAEFGGYIVQNPGPDTYCVIAGSENIRVKNIILSNKHDV
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE1 VKPAWLLECFKTKSFVPWQPRFMIHMCPSTKEHFAREYDCYGDSYFIDTDLNQLKEVFSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 VKPAWLLECFKTKSFVPWQPRFMIHMCPSTKEHFAREYDCYGDSYFIDTDLNQLKEVFSG
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE1 IKNSNEQTPEEMASLIADLEYRYSWDCSPLSMFRRHTVYLDSYAVINDLSTKNEGTRLAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 IKNSNEQTPEEMASLIADLEYRYSWDCSPLSMFRRHTVYLDSYAVINDLSTKNEGTRLAI
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KE1 KALELRFHGAKVVSCLAEGVSHVIIGEDHSRVADFKAFRRTFKRKFKILKESWVTDSIDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 KALELRFHGAKVVSCLAEGVSHVIIGEDHSRVADFKAFRRTFKRKFKILKESWVTDSIDK
              850       860       870       880       890       900

              910 
pF1KE1 CELQEENQYLI
       :::::::::::
CCDS95 CELQEENQYLI
              910 

>>CCDS81779.1 LIG4 gene_id:3981|Hs108|chr13               (844 aa)
 initn: 5658 init1: 5658 opt: 5658  Z-score: 7164.4  bits: 1336.8 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5658; 100.0% identity (100.0% similar) in 844 aa overlap (68-911:1-844)

        40        50        60        70        80        90       
pF1KE1 HFREFLDSWRKFHDALHKNHKDVTDSFYPAMRLILPQLERERMAYGIKETMLAKLYIELL
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81                               MRLILPQLERERMAYGIKETMLAKLYIELL
                                             10        20        30

       100       110       120       130       140       150       
pF1KE1 NLPRDGKDALKLLNYRTPTGTHGDAGDFAMIAYFVLKPRCLQKGSLTIQQVNDLLDSIAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 NLPRDGKDALKLLNYRTPTGTHGDAGDFAMIAYFVLKPRCLQKGSLTIQQVNDLLDSIAS
               40        50        60        70        80        90

       160       170       180       190       200       210       
pF1KE1 NNSAKRKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAAELHNV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 NNSAKRKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAAELHNV
              100       110       120       130       140       150

       220       230       240       250       260       270       
pF1KE1 TTDLEKVCRQLHDPSVGLSDISITLFSAFKPMLAAIADIEHIEKDMKHQSFYIETKLDGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 TTDLEKVCRQLHDPSVGLSDISITLFSAFKPMLAAIADIEHIEKDMKHQSFYIETKLDGE
              160       170       180       190       200       210

       280       290       300       310       320       330       
pF1KE1 RMQMHKDGDVYKYFSRNGYNYTDQFGASPTEGSLTPFIHNAFKADIQICILDGEMMAYNP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 RMQMHKDGDVYKYFSRNGYNYTDQFGASPTEGSLTPFIHNAFKADIQICILDGEMMAYNP
              220       230       240       250       260       270

       340       350       360       370       380       390       
pF1KE1 NTQTFMQKGTKFDIKRMVEDSDLQTCYCVFDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSSIFTPIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 NTQTFMQKGTKFDIKRMVEDSDLQTCYCVFDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSSIFTPIP
              280       290       300       310       320       330

       400       410       420       430       440       450       
pF1KE1 GRIEIVQKTQAHTKNEVIDALNEAIDKREEGIMVKQPLSIYKPDKRGEGWLKIKPEYVSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GRIEIVQKTQAHTKNEVIDALNEAIDKREEGIMVKQPLSIYKPDKRGEGWLKIKPEYVSG
              340       350       360       370       380       390

       460       470       480       490       500       510       
pF1KE1 LMDELDILIVGGYWGKGSRGGMMSHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSGCTMKELYD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LMDELDILIVGGYWGKGSRGGMMSHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSGCTMKELYD
              400       410       420       430       440       450

       520       530       540       550       560       570       
pF1KE1 LGLKLAKYWKPFHRKAPPSSILCGTEKPEVYIEPCNSVIVQIKAAEIVPSDMYKTGCTLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LGLKLAKYWKPFHRKAPPSSILCGTEKPEVYIEPCNSVIVQIKAAEIVPSDMYKTGCTLR
              460       470       480       490       500       510

       580       590       600       610       620       630       
pF1KE1 FPRIEKIRDDKEWHECMTLDDLEQLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQEKKRKAAPKMKKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 FPRIEKIRDDKEWHECMTLDDLEQLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQEKKRKAAPKMKKV
              520       530       540       550       560       570

       640       650       660       670       680       690       
pF1KE1 IGIIEHLKAPNLTNVNKISNIFEDVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAEFGGYIVQNPGPDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 IGIIEHLKAPNLTNVNKISNIFEDVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAEFGGYIVQNPGPDT
              580       590       600       610       620       630

       700       710       720       730       740       750       
pF1KE1 YCVIAGSENIRVKNIILSNKHDVVKPAWLLECFKTKSFVPWQPRFMIHMCPSTKEHFARE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 YCVIAGSENIRVKNIILSNKHDVVKPAWLLECFKTKSFVPWQPRFMIHMCPSTKEHFARE
              640       650       660       670       680       690

       760       770       780       790       800       810       
pF1KE1 YDCYGDSYFIDTDLNQLKEVFSGIKNSNEQTPEEMASLIADLEYRYSWDCSPLSMFRRHT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 YDCYGDSYFIDTDLNQLKEVFSGIKNSNEQTPEEMASLIADLEYRYSWDCSPLSMFRRHT
              700       710       720       730       740       750

       820       830       840       850       860       870       
pF1KE1 VYLDSYAVINDLSTKNEGTRLAIKALELRFHGAKVVSCLAEGVSHVIIGEDHSRVADFKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 VYLDSYAVINDLSTKNEGTRLAIKALELRFHGAKVVSCLAEGVSHVIIGEDHSRVADFKA
              760       770       780       790       800       810

       880       890       900       910 
pF1KE1 FRRTFKRKFKILKESWVTDSIDKCELQEENQYLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 FRRTFKRKFKILKESWVTDSIDKCELQEENQYLI
              820       830       840    

>>CCDS11285.2 LIG3 gene_id:3980|Hs108|chr17               (949 aa)
 initn: 411 init1: 213 opt: 571  Z-score: 712.7  bits: 143.2 E(32554): 2.2e-33
Smith-Waterman score: 592; 26.5% identity (58.2% similar) in 627 aa overlap (16-621:266-845)

                              10        20        30        40     
pF1KE1                MAASQTSQTVASHVPFADLCSTLERIQKSKGRAEKIRHFREFLDS
                                     :  ::.    .  . .   : . ...::  
CCDS11 SGEAPSSPTPKRSLSSSKCDPRHKDCLLREFRKLCAM---VADNPSYNTKTQIIQDFL--
         240       250       260       270          280       290  

          50        60        70        80        90       100     
pF1KE1 WRKFHDALHKNHKDVTDSFYPAMRLILPQLERERMAYGIKETMLAKLYIELLNLPRDGKD
        ::  .:    : ::    : ...:.:: . .   .:.... ...::. ...:   :  :
CCDS11 -RK-GSAGDGFHGDV----YLTVKLLLPGVIKT--VYNLNDKQIVKLFSRIFNCNPD--D
                300           310         320       330         340

         110       120       130          140       150       160  
pF1KE1 ALKLLNYRTPTGTHGDAGDFAMIAYFVLKPRCLQ---KGSLTIQQVNDLLDSIASNNSAK
         . :.       .::...   :  :  . . .    :. ::::.:...:  ...     
CCDS11 MARDLE-------QGDVSE--TIRVFFEQSKSFPPAAKSLLTIQEVDEFLLRLSK---LT
                     350         360       370       380           

            170       180       190       200       210       220  
pF1KE1 RKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAAELHNVTTDLE
       ..:  ...: .. .. .: . : .::.: .:::.. . . .....  .: :  ... .:.
CCDS11 KEDEQQQALQDIASRCTANDLKCIIRLIKHDLKMNSGAKHVLDALDPNAYEAFKASRNLQ
      390       400       410       420       430       440        

             230                240       250        260       270 
pF1KE1 KVC-RQLHD-------PSV--GLSDISITLFSAFKPMLA-AIADIEHIEKDMKHQSFYIE
        :  : ::.       :.   .:: .. .:..  .:::: :  ..:.  :   .  :  :
CCDS11 DVVERVLHNAQEVEKEPGQRRALS-VQASLMTPVQPMLAEACKSVEYAMKKCPNGMFS-E
      450       460       470        480       490       500       

             280       290       300       310       320       330 
pF1KE1 TKLDGERMQMHKDGDVYKYFSRNGYNYTDQFGASPTEGSLTPFIHNAFKADIQICILDGE
        : ::::.:.::.:: ..::::.      .  :      .  .: .:: .  .. :::.:
CCDS11 IKYDGERVQVHKNGDHFSYFSRSLKPVLPHKVAH-----FKDYIPQAFPGGHSM-ILDSE
        510       520       530       540            550        560

             340       350       360       370       380       390 
pF1KE1 MMAYNPNTQTFMQKGTKFDIKRMVEDSDLQTCYCVFDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSS
       ..  . .:   .  :: . ... .  .: ..:  ::: .. :. .:  . : .: ..: .
CCDS11 VLLIDNKTGKPLPFGT-LGVHKKAAFQDANVCLFVFDCIYFNDVSLMDRPLCERRKFLHD
              570        580       590       600       610         

             400       410       420       430       440       450 
pF1KE1 IFTPIPGRIEIVQKTQAHTKNEVIDALNEAIDKREEGIMVKQPLSIYKPDKRGEGWLKIK
        .. ::.:: . .  ..    .. : ....:..  ::...:.  . :.: ::   :::.:
CCDS11 NMVEIPNRIMFSEMKRVTKALDLADMITRVIQEGLEGLVLKDVKGTYEPGKR--HWLKVK
     620       630       640       650       660       670         

               460       470       480       490       500         
pF1KE1 PEYVS-GLM-DELDILIVGGYWGKGSRGGMMSHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSG
        .:.. : : :  :....:...:.::.::::: :: .  .   :: .   . :... ..:
CCDS11 KDYLNEGAMADTADLVVLGAFYGQGSKGGMMSIFLMGCYD---PGSQK--WCTVTKCAGG
       680       690       700       710          720         730  

        510       520       530       540        550       560     
pF1KE1 ---CTMKELYDLGLKLAKYWKPFHRKAPPSSILCGTEKPEVYI-EPCNSVIVQIKAAEIV
           :. .: .  : ..:  :    : :    .     :.  . .: .... .: .::. 
CCDS11 HDDATLARLQNE-LDMVKISKD-PSKIPSWLKVNKIYYPDFIVPDPKKAAVWEITGAEFS
            740        750        760       770       780       790

         570        580       590       600       610       620    
pF1KE1 PSDMYKT-GCTLRFPRIEKIRDDKEWHECMTLDDLEQLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQ
        :. . . : ..::::  .:::::.:.   .: .:..:   .. :  .    ..::.   
CCDS11 KSEAHTADGISIRFPRCTRIRDDKDWKSATNLPQLKELYQLSKEK--ADFTVVAGDEGSS
              800       810       820       830         840        

          630       640       650       660       670       680    
pF1KE1 EKKRKAAPKMKKVIGIIEHLKAPNLTNVNKISNIFEDVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAE
                                                                   
CCDS11 TTGGSSEENKGPSGSAVSRKAPSKPSASTKKAEGKLSNSNSKDGNMQTAKPSAMKVGEKL
      850       860       870       880       890       900        

>>CCDS11284.2 LIG3 gene_id:3980|Hs108|chr17               (1009 aa)
 initn: 411 init1: 213 opt: 571  Z-score: 712.3  bits: 143.2 E(32554): 2.4e-33
Smith-Waterman score: 592; 26.5% identity (58.2% similar) in 627 aa overlap (16-621:266-845)

                              10        20        30        40     
pF1KE1                MAASQTSQTVASHVPFADLCSTLERIQKSKGRAEKIRHFREFLDS
                                     :  ::.    .  . .   : . ...::  
CCDS11 SGEAPSSPTPKRSLSSSKCDPRHKDCLLREFRKLCAM---VADNPSYNTKTQIIQDFL--
         240       250       260       270          280       290  

          50        60        70        80        90       100     
pF1KE1 WRKFHDALHKNHKDVTDSFYPAMRLILPQLERERMAYGIKETMLAKLYIELLNLPRDGKD
        ::  .:    : ::    : ...:.:: . .   .:.... ...::. ...:   :  :
CCDS11 -RK-GSAGDGFHGDV----YLTVKLLLPGVIKT--VYNLNDKQIVKLFSRIFNCNPD--D
                300           310         320       330         340

         110       120       130          140       150       160  
pF1KE1 ALKLLNYRTPTGTHGDAGDFAMIAYFVLKPRCLQ---KGSLTIQQVNDLLDSIASNNSAK
         . :.       .::...   :  :  . . .    :. ::::.:...:  ...     
CCDS11 MARDLE-------QGDVSE--TIRVFFEQSKSFPPAAKSLLTIQEVDEFLLRLSK---LT
                     350         360       370       380           

            170       180       190       200       210       220  
pF1KE1 RKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAAELHNVTTDLE
       ..:  ...: .. .. .: . : .::.: .:::.. . . .....  .: :  ... .:.
CCDS11 KEDEQQQALQDIASRCTANDLKCIIRLIKHDLKMNSGAKHVLDALDPNAYEAFKASRNLQ
      390       400       410       420       430       440        

             230                240       250        260       270 
pF1KE1 KVC-RQLHD-------PSV--GLSDISITLFSAFKPMLA-AIADIEHIEKDMKHQSFYIE
        :  : ::.       :.   .:: .. .:..  .:::: :  ..:.  :   .  :  :
CCDS11 DVVERVLHNAQEVEKEPGQRRALS-VQASLMTPVQPMLAEACKSVEYAMKKCPNGMFS-E
      450       460       470        480       490       500       

             280       290       300       310       320       330 
pF1KE1 TKLDGERMQMHKDGDVYKYFSRNGYNYTDQFGASPTEGSLTPFIHNAFKADIQICILDGE
        : ::::.:.::.:: ..::::.      .  :      .  .: .:: .  .. :::.:
CCDS11 IKYDGERVQVHKNGDHFSYFSRSLKPVLPHKVAH-----FKDYIPQAFPGGHSM-ILDSE
        510       520       530       540            550        560

             340       350       360       370       380       390 
pF1KE1 MMAYNPNTQTFMQKGTKFDIKRMVEDSDLQTCYCVFDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSS
       ..  . .:   .  :: . ... .  .: ..:  ::: .. :. .:  . : .: ..: .
CCDS11 VLLIDNKTGKPLPFGT-LGVHKKAAFQDANVCLFVFDCIYFNDVSLMDRPLCERRKFLHD
              570        580       590       600       610         

             400       410       420       430       440       450 
pF1KE1 IFTPIPGRIEIVQKTQAHTKNEVIDALNEAIDKREEGIMVKQPLSIYKPDKRGEGWLKIK
        .. ::.:: . .  ..    .. : ....:..  ::...:.  . :.: ::   :::.:
CCDS11 NMVEIPNRIMFSEMKRVTKALDLADMITRVIQEGLEGLVLKDVKGTYEPGKR--HWLKVK
     620       630       640       650       660       670         

               460       470       480       490       500         
pF1KE1 PEYVS-GLM-DELDILIVGGYWGKGSRGGMMSHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSG
        .:.. : : :  :....:...:.::.::::: :: .  .   :: .   . :... ..:
CCDS11 KDYLNEGAMADTADLVVLGAFYGQGSKGGMMSIFLMGCYD---PGSQK--WCTVTKCAGG
       680       690       700       710          720         730  

        510       520       530       540        550       560     
pF1KE1 ---CTMKELYDLGLKLAKYWKPFHRKAPPSSILCGTEKPEVYI-EPCNSVIVQIKAAEIV
           :. .: .  : ..:  :    : :    .     :.  . .: .... .: .::. 
CCDS11 HDDATLARLQNE-LDMVKISKD-PSKIPSWLKVNKIYYPDFIVPDPKKAAVWEITGAEFS
            740        750        760       770       780       790

         570        580       590       600       610       620    
pF1KE1 PSDMYKT-GCTLRFPRIEKIRDDKEWHECMTLDDLEQLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQ
        :. . . : ..::::  .:::::.:.   .: .:..:   .. :  .    ..::.   
CCDS11 KSEAHTADGISIRFPRCTRIRDDKDWKSATNLPQLKELYQLSKEK--ADFTVVAGDEGSS
              800       810       820       830         840        

          630       640       650       660       670       680    
pF1KE1 EKKRKAAPKMKKVIGIIEHLKAPNLTNVNKISNIFEDVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAE
                                                                   
CCDS11 TTGGSSEENKGPSGSAVSRKAPSKPSASTKKAEGKLSNSNSKDGNMQTAKPSAMKVGEKL
      850       860       870       880       890       900        

>>CCDS74410.1 LIG1 gene_id:3978|Hs108|chr19               (851 aa)
 initn: 206 init1: 154 opt: 436  Z-score: 542.3  bits: 111.5 E(32554): 6.9e-24
Smith-Waterman score: 460; 24.1% identity (52.2% similar) in 672 aa overlap (14-622:219-848)

                                10        20        30        40   
pF1KE1                  MAASQTSQTVASHVPFADLCSTLERIQKSKGRAEKIRHFREFL
                                     ::.  .  :.:.:.. ..: . .. . ..:
CCDS74 AEGPLDPSGYNPAKNNYHPVEDACWKPGQKVPYLAVARTFEKIEEVSARLRMVETLSNLL
      190       200       210       220       230       240        

            50        60        70        80        90       100   
pF1KE1 DSWRKFHDALHKNHKDVTDSFYPAMRLILPQLERERMAYGIKETMLAKLYIELLNLPRDG
        :      ..  .  :.   .: ..  . :   .. .  :. . .: :   .       :
CCDS74 RS------VVALSPPDLLPVLYLSLNHLGP--PQQGLELGVGDGVLLKAVAQAT-----G
      250             260       270         280       290          

           110       120       130           140       150         
pF1KE1 KDALKLLNYRTPTGTHGDAGDFAMIAY----FVLKPRCLQKGSLTIQQVNDLLDSIASNN
       .   .: . :. .. .::.:  :  .     ..: :  :  .: ....  :.    .: .
CCDS74 R---QLESVRAEAAEKGDVGLVAENSRSTQRLMLPPPPLT-ASGVFSKFRDIARLTGSAS
            300       310       320       330        340       350 

     160       170       180       190       200       210         
pF1KE1 SAKRKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAA------E
       .::. :.::     :..     : ... : .   :.::...:...... . ..      :
CCDS74 TAKKIDIIKG----LFVACRHSEARFIARSLSGRLRLGLAEQSVLAALSQAVSLTPPGQE
             360           370       380       390       400       

           220                       230       240                 
pF1KE1 LHNVTTD-------------LEK---VCRQLHDPSVGLSDISITLFS-------------
       .  . .:             ::.   . .:       :. :  .:.              
CCDS74 FPPAMVDAGKGKTAEARKTWLEEQGMILKQTFCEVPDLDRIIPVLLEHGLERLPEHCKLS
       410       420       430       440       450       460       

             250        260       270       280        290         
pF1KE1 ---AFKPMLA-AIADIEHIEKDMKHQSFYIETKLDGERMQMHK-DGDVYKYFSRNGYNYT
           .:::::     : .. : ... .:  : : ::.: :.:  .:   : ::::     
CCDS74 PGIPLKPMLAHPTRGISEVLKRFEEAAFTCEYKYDGQRAQIHALEGGEVKIFSRN---QE
       470       480       490       500       510       520       

     300       310       320       330          340       350      
pF1KE1 DQFGASPTEGSLTPFIHNAFKADIQICILDGEMMAYN---PNTQTFMQKGTKFDIKRMVE
       :. :  :   :  : :.     ..   ::: : .:..    . : :.   :.   .. :.
CCDS74 DNTGKYPDIISRIPKIK---LPSVTSFILDTEAVAWDREKKQIQPFQVLTTR--KRKEVD
          530       540          550       560       570           

        360         370       380       390       400       410    
pF1KE1 DSDLQTCYCV--FDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSSIFTPIPGRIEIVQKTQAHTKN--
        :..:.  :.  ::....:...: .: : .: ..:   :.   :  :.:  :.  ::.  
CCDS74 ASEIQVQVCLYAFDLIYLNGESLVREPLSRRRQLLRENFVETEG--EFVFATSLDTKDIE
     580       590       600       610       620         630       

            420       430          440       450       460         
pF1KE1 EVIDALNEAIDKREEGIMVKQPLSI---YKPDKRGEGWLKIKPEYVSGLMDELDILIVGG
       .. . :....    ::.:::  :..   :.  ::...:::.: .:..:. : ::....:.
CCDS74 QIAEFLEQSVKDSCEGLMVKT-LDVDATYEIAKRSHNWLKLKKDYLDGVGDTLDLVVIGA
       640       650        660       670       680       690      

     470       480       490       500       510       520         
pF1KE1 YWGKGSRGGMMSHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSGCTMKELYDLGLKLAKYWKPF
       : :.:.:.: .. :: :  .     :    .... ..:.: . .:: .   .:     : 
CCDS74 YLGRGKRAGRYGGFLLASYD-----EDSEELQAICKLGTGFSDEELEEHHQSLKALVLPS
        700       710            720       730       740       750 

     530       540       550       560       570                580
pF1KE1 HRKAPPSSILCGTEKPEVYIEPCNSVIVQIKAAEIVPSDMYKT---------GCTLRFPR
        :   :   . :.  :. ...:  :.. ..: :..  : .: .         : .:::::
CCDS74 PR---PYVRIDGAVIPDHWLDP--SAVWEVKCADLSLSPIYPAARGLVDSDKGISLRFPR
                760       770         780       790       800      

              590       600       610       620       630       640
pF1KE1 IEKIRDDKEWHECMTLDDLEQLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQEKKRKAAPKMKKVIGI
       . ..:.::. ..  :  ..  :  : :    ..    :.: :                  
CCDS74 FIRVREDKQPEQATTSAQVACLYRKQSQIQNQQGEDSGSDPEDTY               
        810       820       830       840       850                

              650       660       670       680       690       700
pF1KE1 IEHLKAPNLTNVNKISNIFEDVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAEFGGYIVQNPGPDTYCV

>>CCDS74409.1 LIG1 gene_id:3978|Hs108|chr19               (888 aa)
 initn: 206 init1: 154 opt: 436  Z-score: 542.0  bits: 111.5 E(32554): 7.2e-24
Smith-Waterman score: 460; 24.1% identity (52.2% similar) in 672 aa overlap (14-622:256-885)

                                10        20        30        40   
pF1KE1                  MAASQTSQTVASHVPFADLCSTLERIQKSKGRAEKIRHFREFL
                                     ::.  .  :.:.:.. ..: . .. . ..:
CCDS74 AEGPLDPSGYNPAKNNYHPVEDACWKPGQKVPYLAVARTFEKIEEVSARLRMVETLSNLL
         230       240       250       260       270       280     

            50        60        70        80        90       100   
pF1KE1 DSWRKFHDALHKNHKDVTDSFYPAMRLILPQLERERMAYGIKETMLAKLYIELLNLPRDG
        :      ..  .  :.   .: ..  . :   .. .  :. . .: :   .       :
CCDS74 RS------VVALSPPDLLPVLYLSLNHLGP--PQQGLELGVGDGVLLKAVAQAT-----G
               290       300         310       320       330       

           110       120       130           140       150         
pF1KE1 KDALKLLNYRTPTGTHGDAGDFAMIAY----FVLKPRCLQKGSLTIQQVNDLLDSIASNN
       .   .: . :. .. .::.:  :  .     ..: :  :  .: ....  :.    .: .
CCDS74 R---QLESVRAEAAEKGDVGLVAENSRSTQRLMLPPPPLT-ASGVFSKFRDIARLTGSAS
               340       350       360        370       380        

     160       170       180       190       200       210         
pF1KE1 SAKRKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAA------E
       .::. :.::     :..     : ... : .   :.::...:...... . ..      :
CCDS74 TAKKIDIIKG----LFVACRHSEARFIARSLSGRLRLGLAEQSVLAALSQAVSLTPPGQE
      390           400       410       420       430       440    

           220                       230       240                 
pF1KE1 LHNVTTD-------------LEK---VCRQLHDPSVGLSDISITLFS-------------
       .  . .:             ::.   . .:       :. :  .:.              
CCDS74 FPPAMVDAGKGKTAEARKTWLEEQGMILKQTFCEVPDLDRIIPVLLEHGLERLPEHCKLS
          450       460       470       480       490       500    

             250        260       270       280        290         
pF1KE1 ---AFKPMLA-AIADIEHIEKDMKHQSFYIETKLDGERMQMHK-DGDVYKYFSRNGYNYT
           .:::::     : .. : ... .:  : : ::.: :.:  .:   : ::::     
CCDS74 PGIPLKPMLAHPTRGISEVLKRFEEAAFTCEYKYDGQRAQIHALEGGEVKIFSRN---QE
          510       520       530       540       550          560 

     300       310       320       330          340       350      
pF1KE1 DQFGASPTEGSLTPFIHNAFKADIQICILDGEMMAYN---PNTQTFMQKGTKFDIKRMVE
       :. :  :   :  : :.     ..   ::: : .:..    . : :.   :.   .. :.
CCDS74 DNTGKYPDIISRIPKIK---LPSVTSFILDTEAVAWDREKKQIQPFQVLTTR--KRKEVD
             570          580       590       600       610        

        360         370       380       390       400       410    
pF1KE1 DSDLQTCYCV--FDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSSIFTPIPGRIEIVQKTQAHTKN--
        :..:.  :.  ::....:...: .: : .: ..:   :.   :  :.:  :.  ::.  
CCDS74 ASEIQVQVCLYAFDLIYLNGESLVREPLSRRRQLLRENFVETEG--EFVFATSLDTKDIE
        620       630       640       650       660         670    

            420       430          440       450       460         
pF1KE1 EVIDALNEAIDKREEGIMVKQPLSI---YKPDKRGEGWLKIKPEYVSGLMDELDILIVGG
       .. . :....    ::.:::  :..   :.  ::...:::.: .:..:. : ::....:.
CCDS74 QIAEFLEQSVKDSCEGLMVKT-LDVDATYEIAKRSHNWLKLKKDYLDGVGDTLDLVVIGA
          680       690        700       710       720       730   

     470       480       490       500       510       520         
pF1KE1 YWGKGSRGGMMSHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSGCTMKELYDLGLKLAKYWKPF
       : :.:.:.: .. :: :  .     :    .... ..:.: . .:: .   .:     : 
CCDS74 YLGRGKRAGRYGGFLLASYD-----EDSEELQAICKLGTGFSDEELEEHHQSLKALVLPS
           740       750            760       770       780        

     530       540       550       560       570                580
pF1KE1 HRKAPPSSILCGTEKPEVYIEPCNSVIVQIKAAEIVPSDMYKT---------GCTLRFPR
        :   :   . :.  :. ...:  :.. ..: :..  : .: .         : .:::::
CCDS74 PR---PYVRIDGAVIPDHWLDP--SAVWEVKCADLSLSPIYPAARGLVDSDKGISLRFPR
      790          800         810       820       830       840   

              590       600       610       620       630       640
pF1KE1 IEKIRDDKEWHECMTLDDLEQLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQEKKRKAAPKMKKVIGI
       . ..:.::. ..  :  ..  :  : :    ..    :.: :                  
CCDS74 FIRVREDKQPEQATTSAQVACLYRKQSQIQNQQGEDSGSDPEDTY               
           850       860       870       880                       

              650       660       670       680       690       700
pF1KE1 IEHLKAPNLTNVNKISNIFEDVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAEFGGYIVQNPGPDTYCV

>>CCDS12711.1 LIG1 gene_id:3978|Hs108|chr19               (919 aa)
 initn: 206 init1: 154 opt: 436  Z-score: 541.7  bits: 111.5 E(32554): 7.4e-24
Smith-Waterman score: 460; 24.1% identity (52.2% similar) in 672 aa overlap (14-622:287-916)

                                10        20        30        40   
pF1KE1                  MAASQTSQTVASHVPFADLCSTLERIQKSKGRAEKIRHFREFL
                                     ::.  .  :.:.:.. ..: . .. . ..:
CCDS12 AEGPLDPSGYNPAKNNYHPVEDACWKPGQKVPYLAVARTFEKIEEVSARLRMVETLSNLL
        260       270       280       290       300       310      

            50        60        70        80        90       100   
pF1KE1 DSWRKFHDALHKNHKDVTDSFYPAMRLILPQLERERMAYGIKETMLAKLYIELLNLPRDG
        :      ..  .  :.   .: ..  . :   .. .  :. . .: :   .       :
CCDS12 RS------VVALSPPDLLPVLYLSLNHLGP--PQQGLELGVGDGVLLKAVAQAT-----G
              320       330       340         350       360        

           110       120       130           140       150         
pF1KE1 KDALKLLNYRTPTGTHGDAGDFAMIAY----FVLKPRCLQKGSLTIQQVNDLLDSIASNN
       .   .: . :. .. .::.:  :  .     ..: :  :  .: ....  :.    .: .
CCDS12 R---QLESVRAEAAEKGDVGLVAENSRSTQRLMLPPPPLT-ASGVFSKFRDIARLTGSAS
              370       380       390       400        410         

     160       170       180       190       200       210         
pF1KE1 SAKRKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAA------E
       .::. :.::     :..     : ... : .   :.::...:...... . ..      :
CCDS12 TAKKIDIIKG----LFVACRHSEARFIARSLSGRLRLGLAEQSVLAALSQAVSLTPPGQE
     420           430       440       450       460       470     

           220                       230       240                 
pF1KE1 LHNVTTD-------------LEK---VCRQLHDPSVGLSDISITLFS-------------
       .  . .:             ::.   . .:       :. :  .:.              
CCDS12 FPPAMVDAGKGKTAEARKTWLEEQGMILKQTFCEVPDLDRIIPVLLEHGLERLPEHCKLS
         480       490       500       510       520       530     

             250        260       270       280        290         
pF1KE1 ---AFKPMLA-AIADIEHIEKDMKHQSFYIETKLDGERMQMHK-DGDVYKYFSRNGYNYT
           .:::::     : .. : ... .:  : : ::.: :.:  .:   : ::::     
CCDS12 PGIPLKPMLAHPTRGISEVLKRFEEAAFTCEYKYDGQRAQIHALEGGEVKIFSRN---QE
         540       550       560       570       580       590     

     300       310       320       330          340       350      
pF1KE1 DQFGASPTEGSLTPFIHNAFKADIQICILDGEMMAYN---PNTQTFMQKGTKFDIKRMVE
       :. :  :   :  : :.     ..   ::: : .:..    . : :.   :.   .. :.
CCDS12 DNTGKYPDIISRIPKIK---LPSVTSFILDTEAVAWDREKKQIQPFQVLTTR--KRKEVD
            600          610       620       630       640         

        360         370       380       390       400       410    
pF1KE1 DSDLQTCYCV--FDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSSIFTPIPGRIEIVQKTQAHTKN--
        :..:.  :.  ::....:...: .: : .: ..:   :.   :  :.:  :.  ::.  
CCDS12 ASEIQVQVCLYAFDLIYLNGESLVREPLSRRRQLLRENFVETEG--EFVFATSLDTKDIE
       650       660       670       680       690         700     

            420       430          440       450       460         
pF1KE1 EVIDALNEAIDKREEGIMVKQPLSI---YKPDKRGEGWLKIKPEYVSGLMDELDILIVGG
       .. . :....    ::.:::  :..   :.  ::...:::.: .:..:. : ::....:.
CCDS12 QIAEFLEQSVKDSCEGLMVKT-LDVDATYEIAKRSHNWLKLKKDYLDGVGDTLDLVVIGA
         710       720        730       740       750       760    

     470       480       490       500       510       520         
pF1KE1 YWGKGSRGGMMSHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSGCTMKELYDLGLKLAKYWKPF
       : :.:.:.: .. :: :  .     :    .... ..:.: . .:: .   .:     : 
CCDS12 YLGRGKRAGRYGGFLLASYD-----EDSEELQAICKLGTGFSDEELEEHHQSLKALVLPS
          770       780            790       800       810         

     530       540       550       560       570                580
pF1KE1 HRKAPPSSILCGTEKPEVYIEPCNSVIVQIKAAEIVPSDMYKT---------GCTLRFPR
        :   :   . :.  :. ...:  :.. ..: :..  : .: .         : .:::::
CCDS12 PR---PYVRIDGAVIPDHWLDP--SAVWEVKCADLSLSPIYPAARGLVDSDKGISLRFPR
     820          830         840       850       860       870    

              590       600       610       620       630       640
pF1KE1 IEKIRDDKEWHECMTLDDLEQLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQEKKRKAAPKMKKVIGI
       . ..:.::. ..  :  ..  :  : :    ..    :.: :                  
CCDS12 FIRVREDKQPEQATTSAQVACLYRKQSQIQNQQGEDSGSDPEDTY               
          880       890       900       910                        

              650       660       670       680       690       700
pF1KE1 IEHLKAPNLTNVNKISNIFEDVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAEFGGYIVQNPGPDTYCV




911 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sun Nov  6 22:16:29 2016 done: Sun Nov  6 22:16:30 2016
 Total Scan time:  3.820 Total Display time:  0.180

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com