FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2352, 311 aa 1>>>pF1KE2352 311 - 311 aa - 311 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2779+/-0.000761; mu= 16.2905+/- 0.045 mean_var=71.4070+/-14.721, 0's: 0 Z-trim(109.3): 67 B-trim: 714 in 1/49 Lambda= 0.151776 statistics sampled from 10736 (10808) to 10736 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.711), E-opt: 0.2 (0.332), width: 16 Scan time: 2.590 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS1174.1 CD1A gene_id:909|Hs108|chr1 ( 327) 2145 478.5 3e-135 CCDS1176.1 CD1B gene_id:910|Hs108|chr1 ( 333) 1314 296.5 1.8e-80 CCDS1175.1 CD1C gene_id:911|Hs108|chr1 ( 333) 1267 286.2 2.3e-77 CCDS41418.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 376) 1213 274.4 9.2e-74 CCDS41417.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 388) 1213 274.5 9.4e-74 CCDS1173.1 CD1D gene_id:912|Hs108|chr1 ( 335) 1143 259.1 3.5e-69 CCDS41421.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 290) 1012 230.4 1.3e-60 CCDS53387.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 289) 932 212.8 2.5e-55 CCDS41419.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 321) 888 203.2 2.1e-52 CCDS53386.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 286) 629 146.5 2.3e-35 CCDS53385.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 298) 629 146.5 2.4e-35 CCDS41420.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 187) 612 142.6 2.2e-34 CCDS53390.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 199) 612 142.7 2.3e-34 CCDS41422.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 101) 411 98.5 2.4e-21 CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 341) 393 94.9 9.6e-20 CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6 ( 365) 347 84.8 1.1e-16 CCDS5680.1 AZGP1 gene_id:563|Hs108|chr7 ( 298) 336 82.3 4.9e-16 CCDS4668.1 G gene_id:3135|Hs108|chr6 ( 338) 330 81.1 1.4e-15 CCDS12770.1 FCGRT gene_id:2217|Hs108|chr19 ( 365) 319 78.7 7.6e-15 CCDS34379.1 E gene_id:3133|Hs108|chr6 ( 358) 316 78.0 1.2e-14 CCDS34393.1 C gene_id:3107|Hs108|chr6 ( 366) 310 76.7 3e-14 CCDS53384.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 231) 304 75.3 5.2e-14 CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 325) 304 75.4 6.8e-14 CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 337) 304 75.4 7e-14 CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 348) 304 75.4 7.2e-14 CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 346) 299 74.3 1.5e-13 CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 442) 299 74.4 1.9e-13 CCDS53389.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 132) 287 71.4 4.3e-13 CCDS53388.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 144) 287 71.4 4.7e-13 CCDS34394.1 B gene_id:3106|Hs108|chr6 ( 362) 285 71.2 1.3e-12 CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 260) 277 69.4 3.4e-12 CCDS53442.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 296) 275 69.0 5.1e-12 >>CCDS1174.1 CD1A gene_id:909|Hs108|chr1 (327 aa) initn: 2145 init1: 2145 opt: 2145 Z-score: 2541.5 bits: 478.5 E(32554): 3e-135 Smith-Waterman score: 2145; 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CCDS41 IHWGGYSIFLILICLTVIVTLVILVVVDSRLKKQSPVFLMGANTQDTKNSRHQFCLAQVS 300 310 320 330 340 350 >>CCDS41417.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 (388 aa) initn: 1210 init1: 854 opt: 1213 Z-score: 1437.5 bits: 274.5 E(32554): 9.4e-74 Smith-Waterman score: 1213; 58.6% identity (82.7% similar) in 295 aa overlap (6-299:32-323) 10 20 30 pF1KE2 MWNWLKEPLSFHVIWIASFYNHSWKQNLVSGWLSD .: :::... .:: :::: .. ::::.: CCDS41 LLLFLLFEGLCCPGENTAAPQALQSYHLAAEEQLSFRMLQTSSFANHSWAHSEGSGWLGD 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KE2 LQTHTWDSNSSTIVFLWPWSRGNFSNEEWKELETLFRIRTIRSFEGIRRYAHELQFEYPF :::: ::. .:: :: :::.::::..: :.:..::.. .. .. : ..:.:::: CCDS41 LQTHGWDTVLGTIRFLKPWSHGNFSKQELKNLQSLFQLYFHSFIQIVQASAGQFQLEYPF 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 pF1KE2 EIQVTGGCELHSGKVSGSFLQLAYQGSDFVSFQNNSWLPYPVAGNMAKHFCKVLNQNQHE :::. .::.... .. ::..:::::::.:::. :: : : :: :...:::::. CCDS41 EIQILAGCRMNAPQI---FLNMAYQGSDFLSFQGISWEPSPGAGIRAQNICKVLNRYLDI 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 pF1KE2 NDITHNLLSDTCPRFILGLLDAGKAHLQRQVKPEAWLSHGPSPGPGHLQLVCHVSGFYPK ..: ..::. :::::. ::..::...:.:.:::::::: :::::::.::::::::::::: CCDS41 KEILQSLLGHTCPRFLAGLMEAGESELKRKVKPEAWLSCGPSPGPGRLQLVCHVSGFYPK 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KE2 PVWVMWMRGEQEQQGTQRGDILPSADGTWYLRATLEVAAGEAADLSCRVKHSSLEGQDIV :::::::::::::.::::::.::.:: ::::::::.::::::: :::::::::: :.:.. CCDS41 PVWVMWMRGEQEQRGTQRGDVLPNADETWYLRATLDVAAGEAAGLSCRVKHSSLGGHDLI 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 pF1KE2 LYWEHHSSVGFII-LAVIVPLLLLIGLALWFRKRCFC ..: .: ..: :.::: :..:. CCDS41 IHWGGYSIFLILICLTVIVTLVILVVVDSRLKKQSSNKNILSPHTPSPVFLMGANTQDTK 300 310 320 330 340 350 >>CCDS1173.1 CD1D gene_id:912|Hs108|chr1 (335 aa) initn: 1097 init1: 1097 opt: 1143 Z-score: 1355.6 bits: 259.1 E(32554): 3.5e-69 Smith-Waterman score: 1143; 52.1% identity (80.5% similar) in 313 aa overlap (2-308:16-328) 10 20 30 40 pF1KE2 MWNWLKEP---LSFHVIWIASFYNHSWKQNLVSGWLSDLQTHTWDS :. . : . .. . :.:: : :: .. .::..::::.:.. CCDS11 MGCLLFLLLWALLQAWGSAEVPQRLFPLRCLQISSFANSSWTRTDGLAWLGELQTHSWSN 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE2 NSSTIVFLWPWSRGNFSNEEWKELETLFRIRTIRSFEGIRRYAHELQFEYPFEIQVTGGC .:.:. : :::.:.::...:. :. .::. . ....:. :.. ::.:.::..:: CCDS11 DSDTVRSLKPWSQGTFSDQQWETLQHIFRVYRSSFTRDVKEFAKMLRLSYPLELQVSAGC 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 ELHSGKVSGSFLQLAYQGSDFVSFQNNSWLPYPVAGNMAKHFCKVLNQNQHENDITHNLL :.: :..:..:...:.::.:..:::..:: : : .. .::::.. . .. :: CCDS11 EVHPGNASNNFFHVAFQGKDILSFQGTSWEPTQEAPLWVNLAIQVLNQDKWTRETVQWLL 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 SDTCPRFILGLLDAGKAHLQRQVKPEAWLSHGPSPGPGHLQLVCHVSGFYPKPVWVMWMR . :::.:. :::..::..:..::::.::::.:::::::.: ::::::::::::::: ::: CCDS11 NGTCPQFVSGLLESGKSELKKQVKPKAWLSRGPSPGPGRLLLVCHVSGFYPKPVWVKWMR 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 GEQEQQGTQRGDILPSADGTWYLRATLEVAAGEAADLSCRVKHSSLEGQDIVLYWE-HHS ::::::::: :::::.:: ::::::::.:.::::: ::::::::::::::::::: .. 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CCDS53 PVWVMWMRGEQEQRGTQRGDVLPNADETWYLRATLDVAAGEAAGLSCRVKHSSLGGHDLI 150 160 170 180 190 200 280 290 300 310 pF1KE2 LYWEHHSSVGFII-LAVIVPLLLLIGLALWFRKRCFC ..: .: ..: :.::: :..:. CCDS53 IHWGGYSIFLILICLTVIVTLVILVVVDSRLKKQSPVFLMGANTQDTKNSRHQFCLAQVS 210 220 230 240 250 260 311 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 22:26:22 2016 done: Sun Nov 6 22:26:23 2016 Total Scan time: 2.590 Total Display time: 0.020 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]