FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4471, 492 aa 1>>>pF1KE4471 492 - 492 aa - 492 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2148+/-0.00107; mu= 12.9930+/- 0.064 mean_var=73.1112+/-14.685, 0's: 0 Z-trim(103.0): 71 B-trim: 2 in 1/51 Lambda= 0.149997 statistics sampled from 7148 (7219) to 7148 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.572), E-opt: 0.2 (0.222), width: 16 Scan time: 2.630 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 3225 707.6 7.6e-204 CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 ( 462) 1913 423.7 2.1e-118 CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 1907 422.4 5.1e-118 CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 1905 422.0 6.8e-118 CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 1869 414.2 1.7e-115 CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 1695 376.5 3.3e-104 CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 1644 365.5 8.3e-101 CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 1253 280.9 2.1e-75 CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 1185 266.2 5.6e-71 CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 1182 265.5 8.8e-71 CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 ( 465) 1173 263.6 3.4e-70 CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX ( 506) 973 220.3 3.9e-57 CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 457) 937 212.5 7.9e-55 CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 464) 920 208.8 1e-53 CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 859 195.6 9.6e-50 CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 857 195.2 1.3e-49 CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 856 195.0 1.5e-49 CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 847 193.0 5.7e-49 CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 449) 846 192.8 6.5e-49 CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 449) 845 192.6 7.6e-49 CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 845 192.6 7.6e-49 CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 845 192.6 8.1e-49 CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 843 192.2 1.1e-48 CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 840 191.5 1.6e-48 CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 837 190.9 2.9e-48 CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 836 190.6 3.1e-48 CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX ( 417) 825 188.3 1.4e-47 CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 820 187.2 2.8e-47 CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 816 186.3 6.1e-47 CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 815 186.1 6.7e-47 CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 783 179.2 8.6e-45 CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 402) 750 172.0 1.1e-42 CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 752 172.5 1.2e-42 CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 363) 745 170.9 2e-42 CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 388) 729 167.5 2.4e-41 CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 672 155.2 1.6e-37 CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 253) 659 152.3 5.8e-37 CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 515) 605 140.7 3.7e-33 CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 580 135.2 9.2e-32 CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 544 127.4 2.1e-29 CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 317 78.3 2.1e-14 CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 312 77.3 4.1e-14 CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 312 77.3 4.3e-14 CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 296 73.8 4.9e-13 CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 292 72.9 9.1e-13 CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 284 71.2 2.8e-12 CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 283 71.0 4.2e-12 CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 273 68.8 1.4e-11 CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 264 66.9 5.9e-11 >>CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX (492 aa) initn: 3225 init1: 3225 opt: 3225 Z-score: 3773.2 bits: 707.6 E(32554): 7.6e-204 Smith-Waterman score: 3225; 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CCDS43 KKVKDPLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSA--------TI--EPKEVKPET 360 370 380 390 400 450 460 470 480 490 pF1KE4 SPTETK-TYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ .: : : :.:::::.:..::: ::.::.::::::::::.::: .: CCDS43 KPPEPKKTFNSVSKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ 410 420 430 440 450 >>CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 (451 aa) initn: 2096 init1: 1850 opt: 1905 Z-score: 2230.1 bits: 422.0 E(32554): 6.8e-118 Smith-Waterman score: 2090; 74.8% identity (88.6% similar) in 429 aa overlap (58-485:33-447) 30 40 50 60 70 80 pF1KE4 GQGESRRQEPGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLG :.. .::::::::::::::::::::::::: CCDS34 TKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLG 10 20 30 40 50 60 90 100 110 120 130 140 pF1KE4 DAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIW :..::: :.:::::::::::::::::::::::: :.:::::: :::.:: ::::.::::: CCDS34 DSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKIW 70 80 90 100 110 120 150 160 170 180 190 200 pF1KE4 TPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLPYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPL :::::::::::::::::: ::::::. :.::: ::::::..:::::::::::::.:.::: CCDS34 TPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCPL 130 140 150 160 170 180 210 220 230 240 250 260 pF1KE4 KFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTT :::::::::.::.: :: . . ::.:: ::::::::::::. .: : :.::::::.:::. CCDS34 KFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMTA 190 200 210 220 230 240 270 280 290 300 310 320 pF1KE4 HFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 HFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARN 250 260 270 280 290 300 330 340 350 360 370 380 pF1KE4 SLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKVPEALEMKKKTPAA ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.::.: .. ::: :. CCDS34 SLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSV---VNDKKKEKAS 310 320 330 340 350 390 400 410 420 430 440 pF1KE4 PAKKTSTTFNIVGTTYPINLAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQDSPTETK .... . .. ..: ::.:: .:::::.: .:: .: ...:.:.: CCDS34 VMIQNNA-YAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSA-----TTPEPNKKP-----ENKPAEAK 360 370 380 390 400 450 460 470 480 490 pF1KE4 -TYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ :.:::::.:..:::.:::::. :::::::::.::: .. CCDS34 KTFNSVSKIDRMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP 410 420 430 440 450 >>CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 (511 aa) initn: 2081 init1: 1850 opt: 1869 Z-score: 2187.1 bits: 414.2 E(32554): 1.7e-115 Smith-Waterman score: 1962; 67.3% identity (79.0% similar) in 477 aa overlap (58-477:33-499) 30 40 50 60 70 80 pF1KE4 GQGESRRQEPGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLG :.. .::::::::::::::::::::::::: CCDS82 TKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLG 10 20 30 40 50 60 90 100 110 120 130 140 pF1KE4 DAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIW :..::: :.:::::::::::::::::::::::: :.:::::: :::.:: ::::.::::: CCDS82 DSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKIW 70 80 90 100 110 120 150 160 170 180 190 200 pF1KE4 TPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLPYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPL :::::::::::::::::: ::::::. :.::: ::::::..:::::::::::::.:.::: CCDS82 TPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCPL 130 140 150 160 170 180 210 220 230 240 250 260 pF1KE4 KFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTT :::::::::.::.: :: . . ::.:: ::::::::::::. .: : :.::::::.:::. CCDS82 KFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMTA 190 200 210 220 230 240 270 280 290 300 310 320 pF1KE4 HFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS82 HFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARN 250 260 270 280 290 300 330 340 350 360 370 pF1KE4 SLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKV-----P------- ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.::.: : CCDS82 SLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKSPSIKAEGI 310 320 330 340 350 360 380 390 pF1KE4 --------------------------------EALEMKKK-----TPAAPAKKTSTTFNI ..::. .: : .:: ... : CCDS82 TLTYNSVKAILQGAKLIWSKYIAFSWPSLFQEKTLEYLEKWMDCLTFKQSSKKEKASVMI 370 380 390 400 410 420 400 410 420 430 440 450 pF1KE4 VGTTYPI-------NLAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQDSPTETK-TYN ...: . ::.:: .:::::.: .:: .: ...:.:.: :.: CCDS82 QNNAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSA-----TTPEPNKKP-----ENKPAEAKKTFN 430 440 450 460 470 460 470 480 490 pF1KE4 SVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ ::::.:..:::.:::::. :::::::: CCDS82 SVSKIDRMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP 480 490 500 510 >>CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 (453 aa) initn: 1690 init1: 1566 opt: 1695 Z-score: 1984.4 bits: 376.5 E(32554): 3.3e-104 Smith-Waterman score: 1697; 61.0% identity (82.7% similar) in 423 aa overlap (68-483:33-445) 40 50 60 70 80 90 pF1KE4 GDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTDI .:::: ::.:::::::::.: ::::::::: CCDS43 SSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYDNRLRPGFGGAVTEVKTDI 10 20 30 40 50 60 100 110 120 130 140 150 pF1KE4 YVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNGK ::::::::::..::::.:::::::: :::::: :: .:: ::::..::::::::::.::: CCDS43 YVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSKIWTPDTFFRNGK 70 80 90 100 110 120 160 170 180 190 200 210 pF1KE4 KSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLPYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTTA ::.::::::::::.:...:::. :::::::.:.:::.: .:::: :::::::::::: . CCDS43 KSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHACPLKFGSYAYPKS 130 140 150 160 170 180 220 230 240 250 260 270 pF1KE4 EVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGY :..:.: : :::: ...: : ::::.:..:..: :.:.:::::.::..:::.::.:: CCDS43 EIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIMTVYFHLQRKMGY 190 200 210 220 230 240 280 290 300 310 320 330 pF1KE4 FVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATA :.:: : ::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::::::.:::::.:::: CCDS43 FMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYATA 250 260 270 280 290 300 340 350 360 370 380 390 pF1KE4 MDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKVPEALEMKKKTPAAPAKKTSTTFN ::::::::.:::::::::::.:::::. . .:. : :.. .:.. .. CCDS43 MDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQKAKRKAQFA-----APPTVTISKATEPLE 310 320 330 340 350 400 410 420 430 440 450 pF1KE4 IVGTTYPINLAKDTEF---STISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQDSPTE----TKTYN . .: :... . :.. . : .::. . . .: .:..:. . ... CCDS43 AEIVLHP-----DSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQSTPVTPPPLSPAFG 360 370 380 390 400 410 460 470 480 490 pF1KE4 SVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ ..::.:. :::.::: :: ::::::..:..... CCDS43 GTSKIDQYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE 420 430 440 450 >>CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 (554 aa) initn: 1769 init1: 1590 opt: 1644 Z-score: 1923.3 bits: 365.5 E(32554): 8.3e-101 Smith-Waterman score: 1654; 62.7% identity (84.5% similar) in 399 aa overlap (67-455:48-445) 40 50 60 70 80 90 pF1KE4 PGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTD :::::: ::::::::::::.: ::::::: CCDS34 FALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKTD 20 30 40 50 60 70 100 110 120 130 140 150 pF1KE4 IYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNG :::::::::::..::::.:::::::: :.:::.:::..:: :::....:.:::::::.:: CCDS34 IYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKVWTPDTFFRNG 80 90 100 110 120 130 160 170 180 190 200 210 pF1KE4 KKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLPYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTT ::::.::::.::::.:.. :::. ::::::: :::::.: ::::: :::::::::::: CCDS34 KKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYPK 140 150 160 170 180 190 220 230 240 250 260 270 pF1KE4 AEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIG .:..:.:: : .::::: ...: : ::::.:..:..: :.: ::::.:::..:::.::.: CCDS34 SEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRKMG 200 210 220 230 240 250 280 290 300 310 320 330 pF1KE4 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT ::.::::.::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::::::.:::::.::: CCDS34 YFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYAT 260 270 280 290 300 310 340 350 360 370 380 pF1KE4 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFT-------KRSWAWEGKKVPEALEMKKKTPAAPA :::::::::.:::::::::::.::::: ::. . ..:: : ...: : :: CCDS34 AMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPEAPL 320 330 340 350 360 370 390 400 410 420 430 440 pF1KE4 KKTSTTFNIVGTTYPINLAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKAT---YVQDSPTET ..:....:. : . . .... .. .. . :..:. .. : :.: :. .::. CCDS34 QNTNANLNMRKRTNAL-VHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRSYLASSPNPF 380 390 400 410 420 430 450 460 470 480 490 pF1KE4 KTYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ . :.. . CCDS34 SRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASVGSASTRHVFGSRLQRIKTTVNTIGAT 440 450 460 470 480 490 >>CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (475 aa) initn: 1234 init1: 641 opt: 1253 Z-score: 1467.2 bits: 280.9 E(32554): 2.1e-75 Smith-Waterman score: 1284; 44.3% identity (73.6% similar) in 469 aa overlap (16-479:27-473) 10 20 30 40 pF1KE4 MIITQTSHCYMTSLGILFLINILPGTTGQGESRRQEPGDFVKQDIGGLS ::.:... :: :.: . : :.... :. CCDS43 MSSPNIWSTGSSVYSTPVFSQKMTVWILLLLSLYPGFTSQKSDDDYE--DYASNKTWVLT 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KE4 PKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTD :: .:. ..:. ::. ::.::::.::: .: : ..::.::.:.:::. . CCDS43 PK----VPE---GDVTV---ILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHTDMYVNSIGPVNAIN 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KE4 MEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNK ::::::.:: :::.:.::::.. .:.: ::. ...::: :::::.:.::. :: .::::. CCDS43 MEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSKKADAHWITTPNR 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KE4 LLRLVDNGTLPYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNK .::. ..: . ::.:::: ::: ..:..:::: :.:::.:.::.: :.::.: : . CCDS43 MLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPREEIVYQW---KRS 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE4 SVEVAQDGS-RLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIM ::::.. : :: :....: ::......:.::::...: :.:..:::.::::.:: . CCDS43 SVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMGYFTIQTYIPCTL 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE4 TVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAF :.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.:::: :..::. : CCDS43 IVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIF 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE4 VFSALIEFATVNYFT---KRSWAWEGKKVPEALEMKK-KTPAAPAKKTSTTFNIVGTTYP :::::.:..:..::. : : . :: :.: . :.:. . :.:... ..:. CCDS43 VFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKDKDKKKKNPLLRMFSFKAPTIDIRPRSATIQMNNATHL 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KE4 INLAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQDSPTETKTYNSVSKVDKISRIIFP . .: :.. . :: . ... . . . ..:.:. .::.:: CCDS43 QE--RDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHG-----RIHIRIAKMDSYARIFFP 410 420 430 440 450 470 480 490 pF1KE4 VLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ . : .::::::..:. CCDS43 TAFCLFNLVYWVSYLYL 460 470 >>CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 (467 aa) initn: 1199 init1: 590 opt: 1185 Z-score: 1387.8 bits: 266.2 E(32554): 5.6e-71 Smith-Waterman score: 1189; 41.4% identity (71.9% similar) in 474 aa overlap (16-479:5-465) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MIITQTSHCYMTSLGILFLINILPGTTGQGESRRQEPGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDS .:.:. .. : ...::. : .. .: . : .. : .. CCDS45 MAPKLLLLLCLFSGL--HARSRKVEEDEY--ED--SSSNQKWVLAPKSQ 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 TDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQ ..:. ::..:: ::..::: .: : . .::::.:.::::. .::: ::.:: : CCDS45 DTDVTL---ILNKLLREYDKKLRPDIGIKPTVIDVDIYVNSIGPVSSINMEYQIDIFFAQ 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 TWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLP :: : ::.:.. :::: ::. ... :: :::.:.:.: . :: .::::.:::. ..: . CCDS45 TWTDSRLRFNSTMKILTLNSNMVGLIWIPDTIFRNSKTAEAHWITTPNQLLRIWNDGKIL 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 pF1KE4 YTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGS-R ::.::::.::: ..:..:::: :.::: :.::.: :..: : ...:::.:.. : : CCDS45 YTLRLTINAECQLQLHNFPMDEHSCPLIFSSYGYPKEEMIYRW---RKNSVEAADQKSWR 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 LNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWL : :.:..: :::. .:.:.::::: .:.:.:..:::.::::.:::.::.:: ::::. CCDS45 LYQFDFMGLRNTTEIVTTSAGDYVVMTIYFELSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWI 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 NRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATV .....::::..:.:::::::::: ::.:::.:.:.:::: :..::. :::.::.:.::. CCDS45 KKDATPARTALGITTVLTMTTLSTIARKSLPRVSYVTAMDLFVTVCFLFVFAALMEYATL 280 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 NYFTKRSWAWEGKKVPEAL--EMKKKTPAAPAKKTSTTFNIVGTTYP----INLAKDT-- ::... ::. : . .. : . .. ...... : :.: ... CCDS45 NYYSSCRKPTTTKKTTSLLHPDSSRWIPERISLQAPSNYSLLDMRPPPTAMITLNNSVYW 340 350 360 370 380 390 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 -EFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQDSPTETKTYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIF :: .... ... . . : . . . .. ..:. ::..::. : .: CCDS45 QEFEDTCVYECLDGKDCQSFFCCYEECK-SGSWRKGRIHIDILELDSYSRVFFPTSFLLF 400 410 420 430 440 450 480 490 pF1KE4 NLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ :::::. :. CCDS45 NLVYWVGYLYL 460 >>CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (467 aa) initn: 1234 init1: 641 opt: 1182 Z-score: 1384.2 bits: 265.5 E(32554): 8.8e-71 Smith-Waterman score: 1282; 44.1% identity (73.7% similar) in 467 aa overlap (16-479:27-465) 10 20 30 40 pF1KE4 MIITQTSHCYMTSLGILFLINILPGTTGQGESRRQEPGDFVKQDIGGLS ::.:... :: :.: . : :.... :. CCDS43 MSSPNIWSTGSSVYSTPVFSQKMTVWILLLLSLYPGFTSQKSDDDYE--DYASNKTWVLT 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KE4 PKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTD :: .:. ..:. ::. ::.::::.::: .: : ..::.::.:.:::. . CCDS43 PK----VPE---GDVTV---ILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHTDMYVNSIGPVNAIN 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KE4 MEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNK ::::::.:: :::.:.::::.. .:.: ::. ...::: :::::.:.::. :: .::::. CCDS43 MEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSKKADAHWITTPNR 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KE4 LLRLVDNGTLPYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNK .::. ..: . ::.:::: ::: ..:..:::: :.:::.:.::.: :.::.: : . CCDS43 MLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPREEIVYQW---KRS 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE4 SVEVAQDGS-RLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIM ::::.. : :: :....: ::......:.::::...: :.:..:::.::::.:: . CCDS43 SVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMGYFTIQTYIPCTL 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE4 TVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAF :.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.:::: :..::. : CCDS43 IVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIF 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE4 VFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKVPEALEMKKKTPAAPA--KKTSTTFNIVGTTYPIN :::::.:..:..::.. ..: . . :::.:: . :.:... ..:. . CCDS43 VFSALVEYGTLHYFVS------NRKPSKDKDKKKKNPAPTIDIRPRSATIQMNNATHLQE 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 pF1KE4 LAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQDSPTETKTYNSVSKVDKISRIIFPVL .: :.. . :: . ... . . . ..:.:. .::.::. CCDS43 --RDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHG-----RIHIRIAKMDSYARIFFPTA 400 410 420 430 440 450 470 480 490 pF1KE4 FAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ : .::::::..:. CCDS43 FCLFNLVYWVSYLYL 460 492 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 00:28:56 2016 done: Sun Nov 6 00:28:57 2016 Total Scan time: 2.630 Total Display time: 0.110 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]