FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1314, 559 aa 1>>>pF1KE1314 559 - 559 aa - 559 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2159+/-0.000556; mu= 8.6652+/- 0.034 mean_var=126.7914+/-24.450, 0's: 0 Z-trim(111.2): 128 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.113901 statistics sampled from 19619 (19749) to 19619 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.584), E-opt: 0.2 (0.232), width: 16 Scan time: 9.010 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001728 (OMIM: 120940,613825,615591) complement ( 559) 3796 636.0 9e-182 NP_000553 (OMIM: 120950,613790) complement compone ( 584) 906 161.2 8.5e-39 XP_011540381 (OMIM: 120950,613790) PREDICTED: comp ( 375) 604 111.4 5.1e-24 XP_016857723 (OMIM: 120950,613790) PREDICTED: comp ( 381) 600 110.8 8.2e-24 NP_001265473 (OMIM: 120960,613789) complement comp ( 529) 488 92.4 3.7e-18 NP_001265472 (OMIM: 120960,613789) complement comp ( 539) 488 92.5 3.8e-18 NP_000057 (OMIM: 120960,613789) complement compone ( 591) 488 92.5 4.1e-18 XP_016857724 (OMIM: 120960,613789) PREDICTED: comp ( 591) 488 92.5 4.1e-18 NP_000056 (OMIM: 217050,612446) complement compone ( 934) 453 86.8 3.2e-16 NP_001108603 (OMIM: 217050,612446) complement comp ( 934) 453 86.8 3.2e-16 XP_005248414 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 943) 453 86.8 3.2e-16 XP_011512421 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 952) 453 86.8 3.3e-16 XP_011512418 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 453 86.9 3.3e-16 XP_006714559 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 453 86.9 3.3e-16 XP_011512419 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 453 86.9 3.3e-16 XP_011512420 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 453 86.9 3.3e-16 XP_016865307 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 453 86.9 3.3e-16 XP_011512417 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 453 86.9 3.3e-16 XP_011512416 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 971) 453 86.9 3.3e-16 NP_000578 (OMIM: 217070,610102) complement compone ( 843) 423 81.9 9e-15 XP_016865308 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 814) 411 79.9 3.4e-14 XP_011512423 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 643) 380 74.8 9.6e-13 XP_016873223 (OMIM: 212780,604270,614305,616304) P (1809) 220 48.7 0.00019 NP_002325 (OMIM: 212780,604270,614305,616304) low- (1905) 220 48.7 0.00019 NP_002323 (OMIM: 107770) prolow-density lipoprotei (4544) 202 46.0 0.0031 XP_016874792 (OMIM: 107770) PREDICTED: prolow-dens (4561) 202 46.0 0.0031 NP_001018066 (OMIM: 192977,224050) very low-densit ( 845) 186 42.9 0.0048 NP_003374 (OMIM: 192977,224050) very low-density l ( 873) 186 43.0 0.0049 XP_016859830 (OMIM: 608766) PREDICTED: low-density (4469) 197 45.2 0.0054 NP_061027 (OMIM: 608766) low-density lipoprotein r (4599) 197 45.2 0.0055 >>NP_001728 (OMIM: 120940,613825,615591) complement comp (559 aa) initn: 3796 init1: 3796 opt: 3796 Z-score: 3384.3 bits: 636.0 E(85289): 9e-182 Smith-Waterman score: 3796; 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XP_016 NANDLLSKVKKDKSDSFGVTIGIG--P-------------AGSPLLVGVG---VSHSQDT 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE1 TYQLFLSYSSKKEKMFLHVKGEIHLGRFVMRNRDVVLTTTFVDDIKALPTTYEKGEYFAF .. :. ..:. .: .. ... ..: ::. :..: ..... :: :. : : : XP_016 SFLNELNKYNEKKFIFTRIFTKVQTAHFKMRKDDIMLDEGMLQSLMELPDQYNYGMYAKF 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KE1 LETYGTHYSSSGSLGGLYELIYVLDKASMKRKGVELKDIKRCLGYHLDVSLAFSEISVGA .. ::::: .:::.::.:: : :.:::.:. 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