FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1548, 261 aa 1>>>pF1KE1548 261 - 261 aa - 261 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2549+/-0.0008; mu= 14.3908+/- 0.048 mean_var=62.0701+/-12.722, 0's: 0 Z-trim(106.5): 66 B-trim: 460 in 1/52 Lambda= 0.162792 statistics sampled from 8951 (9022) to 8951 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.277), width: 16 Scan time: 2.100 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS43451.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 ( 261) 1606 385.7 1.8e-107 CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 ( 269) 1586 381.0 4.7e-106 CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 ( 264) 1389 334.7 3.9e-92 CCDS56419.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 ( 227) 1169 283.0 1.2e-76 CCDS4751.1 DRB5 gene_id:3127|Hs108|chr6 ( 266) 1101 267.1 9e-72 CCDS47409.1 DRB1 gene_id:3123|Hs108|chr6 ( 266) 1093 265.2 3.3e-71 CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6 ( 258) 1087 263.8 8.6e-71 CCDS4754.1 DOB gene_id:3112|Hs108|chr6 ( 273) 979 238.4 3.9e-63 CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 260) 330 86.0 2.9e-17 CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 325) 310 81.3 9e-16 CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 337) 310 81.4 9.3e-16 CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 348) 310 81.4 9.5e-16 CCDS5680.1 AZGP1 gene_id:563|Hs108|chr7 ( 298) 288 76.2 3e-14 CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 341) 275 73.1 2.8e-13 CCDS4760.1 DMB gene_id:3109|Hs108|chr6 ( 263) 272 72.4 3.6e-13 CCDS4579.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 256) 258 69.1 3.5e-12 CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 346) 253 68.0 1e-11 CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 442) 253 68.0 1.3e-11 CCDS4763.1 DOA gene_id:3111|Hs108|chr6 ( 250) 247 66.5 2e-11 CCDS53442.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 296) 244 65.8 3.8e-11 CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6 ( 365) 244 65.9 4.6e-11 >>CCDS43451.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 (261 aa) initn: 1606 init1: 1606 opt: 1606 Z-score: 2043.1 bits: 385.7 E(32554): 1.8e-107 Smith-Waterman score: 1606; 91.6% identity (96.2% similar) in 261 aa overlap (1-261:1-261) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MSWKKALRIPGGLRVATVTLMLAMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVT ::::::::::: ::::::::::::::. .:::::::::::.::::::::::::::::::: CCDS43 MSWKKALRIPGDLRVATVTLMLAMLSSLLAEGRDSPEDFVFQFKGMCYFTNGTERVRLVT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQLELR :::::::::::::::::::::::: : : :::::::::::: :::::::::::::.. .: CCDS43 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPQGRPDAEYWNSQKEVLEGTRAELDTVCRHNYEVAFR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 TTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETTGVVSTPLI ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::.:::::::: CCDS43 GILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLI 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQNPIIVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVL :::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :::::::::::::::::.::::: CCDS43 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL 190 200 210 220 230 240 250 260 pF1KE1 GLIFLGLGLIIHHRSQKGLLH :::::::::::..:::::::: CCDS43 GLIFLGLGLIIRQRSQKGLLH 250 260 >>CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 (269 aa) initn: 1586 init1: 1586 opt: 1586 Z-score: 2017.5 bits: 381.0 E(32554): 4.7e-106 Smith-Waterman score: 1586; 91.5% identity (96.1% similar) in 258 aa overlap (1-258:1-258) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MSWKKALRIPGGLRVATVTLMLAMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVT ::::::::::: ::::::::::::::. .:::::::::::.::::::::::::::::::: CCDS59 MSWKKALRIPGDLRVATVTLMLAMLSSLLAEGRDSPEDFVFQFKGMCYFTNGTERVRLVT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQLELR :::::::::::::::::::::::: : : :::::::::::: :::::::::::::.. .: CCDS59 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPQGRPDAEYWNSQKEVLEGTRAELDTVCRHNYEVAFR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 TTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETTGVVSTPLI ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::.:::::::: CCDS59 GILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLI 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQNPIIVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVL :::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :::::::::::::::::.::::: CCDS59 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL 190 200 210 220 230 240 250 260 pF1KE1 GLIFLGLGLIIHHRSQKGLLH :::::::::::..::::: CCDS59 GLIFLGLGLIIRQRSQKGPQGPPPAGLLH 250 260 >>CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 (264 aa) initn: 1390 init1: 993 opt: 1389 Z-score: 1767.6 bits: 334.7 E(32554): 3.9e-92 Smith-Waterman score: 1389; 82.2% identity (92.9% similar) in 253 aa overlap (6-258:2-253) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MSWKKALRIPGGLRVATVTLMLAMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVT ::.::::. .:.::.::.::::::::.:: :.::. :::::::::::::::: :. 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CCDS47 MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLD 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQLELR ::.::.:: .::::::: .:::: :: : ::::::::..::..:: .:: ::::: . 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CCDS47 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQ--RFLE 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQLELR ::::::::.:::::::: .:::: :: ::::::::::..::. :: : .:::::.: CCDS47 RYIYNREEFARFDSDVGEFRAVTELGRPAAEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGP 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 TTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETTGVVSTPLI ::::::.: :..:::. :.::::::: ::::::..:.:::: : ::::.::::: :: CCDS47 MTLQRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLI 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQNPIIVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVL ::::::::::::::::::.::::::.::: ::..:. :::.:::.::.:: :.: ::::: CCDS47 RNGDWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVL 180 190 200 210 220 230 250 260 pF1KE1 GLIFLGLGLIIHHRSQKGLLH :::. :.:...:.::.: CCDS47 GLIICGVGIFMHRRSKKVQRGSA 240 250 >>CCDS4754.1 DOB gene_id:3112|Hs108|chr6 (273 aa) initn: 979 init1: 979 opt: 979 Z-score: 1247.0 bits: 238.4 E(32554): 3.9e-63 Smith-Waterman score: 979; 59.0% identity (80.7% similar) in 244 aa overlap (15-258:9-252) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MSWKKALRIPGGLRVATVTLMLAMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVT :... . :. :.. ...: ::::::: : :. ::::::::.:..:. CCDS47 MGSGWVPWVVALLVNLTRLDSSMTQGTDSPEDFVIQAKADCYFTNGTEKVQFVV 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQLELR :.:.: :::.:::::::.. :.: :: : :: :::. ..:::.: .: ::::::.: CCDS47 RFIFNLEEYVRFDSDVGMFVALTKLGQPDAEQWNSRLDLLERSRQAVDGVCRHNYRLGAP 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 TTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETTGVVSTPLI :. :.:.: ::. : :: :..:::: :::: :::..::..:: : ::: .::.:: : CCDS47 FTVGRKVQPEVTVYPERTPLLHQHNLLHCSVTGFYPGDIKIKWFLNGQEERAGVMSTGPI 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQNPIIVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVL :::::::: .:::::::. : :::: :.: :: .:. :::::::: . ::::::..:.: CCDS47 RNGDWTFQTVVMLEMTPELGHVYTCLVDHSSLLSPVSVEWRAQSEYSWRKMLSGIAAFLL 180 190 200 210 220 230 250 260 pF1KE1 GLIFLGLGLIIHHRSQKGLLH ::::: .:..:. :.::: CCDS47 GLIFLLVGIVIQLRAQKGYVRTQMSGNEVSRAVLLPQSC 240 250 260 270 >>CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 (260 aa) initn: 161 init1: 144 opt: 330 Z-score: 423.5 bits: 86.0 E(32554): 2.9e-17 Smith-Waterman score: 330; 29.8% identity (59.1% similar) in 252 aa overlap (12-256:2-245) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MSWKKALRIPGGLRVATVTLMLAMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFT--NGTERVRL : :. . :.: .:.: : .:: . . : : . :.:: CCDS45 MGPRARPALLLLMLLQTAVLQGRLLQSHTLQVILG-CEMQEDNSTEGYW- 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 VTRYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQ-- .: :. ... .: :. .::. : . :. :. .: ...:: :. : . : CCDS45 --KYGYDGQDHLEFCPDTLDWRAAEPRAWPTKLEWERHKIRARQNRAYLERDCPAQLQQL 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 LEL-RTTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQE-ETTGV ::: : .:...: : : .. : .. . : : . ..:: .: ..:... : .. CCDS45 LELGRGVLDQQVPPLVKVTHHVTSSV---TTLRCRALNYYPQNITMKWLKDKQPMDAKEF 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 VSTPLIRNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQNPIIVEWR-AQSESAQSKMLS .. ::: :.: . : . : . . :::.::::.:..:.:: :. . : . ..: CCDS45 EPKDVLPNGDGTYQGWITLAVPPGEEQRYTCQVEHPGLDQPLIVIWEPSPSGTLVIGVIS 170 180 190 200 210 220 240 250 260 pF1KE1 GIGGFVLGLIFLGLGLIIHHRSQKGLLH ::. ::. ..:.:. .:: .. : CCDS45 GIAVFVV-ILFIGILFIILRKRQGSRGAMGHYVLAERE 230 240 250 260 >>CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 (325 aa) initn: 169 init1: 144 opt: 310 Z-score: 396.6 bits: 81.3 E(32554): 9e-16 Smith-Waterman score: 310; 30.3% identity (62.2% similar) in 201 aa overlap (61-256:114-310) 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 EGRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVTRYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAA .: :. ... .: :. .::. : . :. 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