FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5712, 720 aa 1>>>pF1KB5712 720 - 720 aa - 720 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.7705+/-0.000393; mu= -9.7291+/- 0.025 mean_var=339.7548+/-70.174, 0's: 0 Z-trim(123.3): 33 B-trim: 614 in 1/53 Lambda= 0.069581 statistics sampled from 42728 (42764) to 42728 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.799), E-opt: 0.2 (0.501), width: 16 Scan time: 12.760 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001284576 (OMIM: 603272) connector enhancer of ( 720) 4938 509.7 1.6e-143 NP_006305 (OMIM: 603272) connector enhancer of kin ( 713) 4868 502.7 2.1e-141 XP_011538787 (OMIM: 603272) PREDICTED: connector e ( 463) 3208 335.9 2.1e-91 NP_001284577 (OMIM: 603272) connector enhancer of ( 455) 3143 329.4 1.9e-89 XP_011538786 (OMIM: 603272) PREDICTED: connector e ( 455) 3143 329.4 1.9e-89 NP_001162120 (OMIM: 300724) connector enhancer of ( 849) 463 60.5 3.1e-08 XP_011543774 (OMIM: 300724) PREDICTED: connector e ( 856) 463 60.5 3.1e-08 NP_001162119 (OMIM: 300724) connector enhancer of ( 898) 463 60.6 3.3e-08 NP_001317699 (OMIM: 300724) connector enhancer of ( 985) 463 60.6 3.5e-08 NP_055742 (OMIM: 300724) connector enhancer of kin (1034) 463 60.6 3.7e-08 NP_001317700 (OMIM: 300724) connector enhancer of ( 819) 454 59.6 5.7e-08 XP_016884847 (OMIM: 300724) PREDICTED: connector e ( 826) 454 59.6 5.7e-08 NP_001317702 (OMIM: 300724) connector enhancer of ( 868) 454 59.6 5.9e-08 XP_011543773 (OMIM: 300724) PREDICTED: connector e ( 875) 454 59.6 6e-08 NP_001317701 (OMIM: 300724) connector enhancer of ( 955) 454 59.7 6.4e-08 NP_001162118 (OMIM: 300724) connector enhancer of (1004) 454 59.7 6.7e-08 >>NP_001284576 (OMIM: 603272) connector enhancer of kina (720 aa) initn: 4938 init1: 4938 opt: 4938 Z-score: 2697.6 bits: 509.7 E(85289): 1.6e-143 Smith-Waterman score: 4938; 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XP_011 -RERIKQEQDYWSESDKEEADTPSTPKQDSPPPPYDTYPRPPSMS-CASPYVEAKHSRLS 630 640 650 660 670 680 570 580 590 600 610 620 pF1KB5 SLTDSSEEALEGMVRGLRQGGVSLLGQPQPLTQEQWRSSFMRRNRDPQLNERVHRVRALQ : :. .. . : :. .. .: : : : :.. . : . .: XP_011 STETSQSQSSHEEFRQEVTGSSAV--SPIRKTASQ-RRSWQDLIETPLTSSGLHY----- 690 700 710 720 730 630 640 650 660 670 680 pF1KB5 STLKAKLQELQVLEEVLGDPE-LTGEKFRQWKEQNRELY-SEGLGAWGVAQAEGSSHILT :: : . . :..: .. :. :: ... . .. : . .:..: ..:. XP_011 ------LQTLPLEDSVFSDSAAISPEHRRQSTLPTQKCHLQDHYGPYPLAESE-RMQVLN 740 750 760 770 780 690 700 710 720 pF1KB5 SDSTEQSPHSLPSDPEEHSHLC---PLTS---ESSLRPPDL ... . .:: : .: : :... .....::.. 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NP_001 TPKQDSPPPPYDTYPRPPSMS-CASPYVEAKHSRLSSTETSQSQSSHEEFRQEVTGSSAV 700 710 720 730 740 750 600 610 620 630 640 650 pF1KB5 LGQPQPLTQEQWRSSFMRRNRDPQLNERVHRVRALQSTLKAKLQELQVLEEVLGDPE-LT .: : : : :.. . : . .: :: : . . :..: .. NP_001 --SPIRKTASQ-RRSWQDLIETPLTSSGLHY-----------LQTLPLEDSVFSDSAAIS 760 770 780 790 800 660 670 680 690 700 pF1KB5 GEKFRQWKEQNRELY-SEGLGAWGVAQAEGSSHILTSDSTEQSPHSLPSDPEEHSHLC-- :. :: ... . .. : . .:..: ..:.... . .:: : .: : NP_001 PEHRRQSTLPTQKCHLQDHYGPYPLAESE-RMQVLNGNGGKPRSFTLPRDSG-FNHCCLN 810 820 830 840 850 710 720 pF1KB5 -PLTS---ESSLRPPDL :... .....::.. NP_001 APVSACDPQDDVQPPEVEEEEEEEEEEGEAAGENIGEKS 860 870 880 890 >>NP_001317699 (OMIM: 300724) connector enhancer of kina (985 aa) initn: 869 init1: 392 opt: 463 Z-score: 267.8 bits: 60.6 E(85289): 3.5e-08 Smith-Waterman score: 620; 23.9% identity (50.6% similar) in 731 aa overlap (106-720:119-827) 80 90 100 110 120 130 pF1KB5 TENLQSLTEGLLGATHDFQSIVQGCLGDCAKTPIDVLCAAVELLHEADALLFWLSRYLFS : : : : ..:.:. : .:: ::.: :. 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