FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6444, 510 aa 1>>>pF1KE6444 510 - 510 aa - 510 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4534+/-0.000766; mu= 14.6975+/- 0.046 mean_var=152.2399+/-31.449, 0's: 0 Z-trim(113.3): 118 B-trim: 2 in 1/54 Lambda= 0.103947 statistics sampled from 13842 (13983) to 13842 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.761), E-opt: 0.2 (0.43), width: 16 Scan time: 2.540 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS1216.1 NECTIN4 gene_id:81607|Hs108|chr1 ( 510) 3411 523.3 2.5e-148 CCDS58843.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 487) 712 118.6 1.7e-26 CCDS2957.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 549) 690 115.3 1.8e-25 CCDS58842.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 366) 674 112.7 7.1e-25 CCDS8425.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 458) 555 95.0 1.9e-19 CCDS8426.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 517) 542 93.1 8.1e-19 CCDS8427.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 352) 514 88.7 1.2e-17 CCDS46107.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 392) 474 82.8 7.9e-16 CCDS12640.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 417) 474 82.8 8.3e-16 CCDS46105.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 372) 463 81.1 2.4e-15 CCDS46106.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 364) 457 80.2 4.4e-15 CCDS42576.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 ( 538) 401 72.0 1.9e-12 CCDS12645.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 ( 479) 370 67.3 4.5e-11 >>CCDS1216.1 NECTIN4 gene_id:81607|Hs108|chr1 (510 aa) initn: 3411 init1: 3411 opt: 3411 Z-score: 2776.6 bits: 523.3 E(32554): 2.5e-148 Smith-Waterman score: 3411; 100.0% identity (100.0% similar) in 510 aa overlap (1-510:1-510) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 MPLSLGAEMWGPEAWLLLLLLLASFTGRCPAGELETSDVVTVVLGQDAKLPCFYRGDSGE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 MPLSLGAEMWGPEAWLLLLLLLASFTGRCPAGELETSDVVTVVLGQDAKLPCFYRGDSGE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE6 QVGQVAWARVDAGEGAQELALLHSKYGLHVSPAYEGRVEQPPPPRNPLDGSVLLRNAVQA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 QVGQVAWARVDAGEGAQELALLHSKYGLHVSPAYEGRVEQPPPPRNPLDGSVLLRNAVQA 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE6 DEGEYECRVSTFPAGSFQARLRLRVLVPPLPSLNPGPALEEGQGLTLAASCTAEGSPAPS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 DEGEYECRVSTFPAGSFQARLRLRVLVPPLPSLNPGPALEEGQGLTLAASCTAEGSPAPS 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE6 VTWDTEVKGTTSSRSFKHSRSAAVTSEFHLVPSRSMNGQPLTCVVSHPGLLQDQRITHIL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 VTWDTEVKGTTSSRSFKHSRSAAVTSEFHLVPSRSMNGQPLTCVVSHPGLLQDQRITHIL 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE6 HVSFLAEASVRGLEDQNLWHIGREGAMLKCLSEGQPPPSYNWTRLDGPLPSGVRVDGDTL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 HVSFLAEASVRGLEDQNLWHIGREGAMLKCLSEGQPPPSYNWTRLDGPLPSGVRVDGDTL 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE6 GFPPLTTEHSGIYVCHVSNEFSSRDSQVTVDVLDPQEDSGKQVDLVSASVVVVGVIAALL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 GFPPLTTEHSGIYVCHVSNEFSSRDSQVTVDVLDPQEDSGKQVDLVSASVVVVGVIAALL 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE6 FCLLVVVVVLMSRYHRRKAQQMTQKYEEELTLTRENSIRRLHSHHTDPRSQPEESVGLRA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 FCLLVVVVVLMSRYHRRKAQQMTQKYEEELTLTRENSIRRLHSHHTDPRSQPEESVGLRA 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE6 EGHPDSLKDNSSCSVMSEEPEGRSYSTLTTVREIETQTELLSPGSGRAEEEEDQDEGIKQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 EGHPDSLKDNSSCSVMSEEPEGRSYSTLTTVREIETQTELLSPGSGRAEEEEDQDEGIKQ 430 440 450 460 470 480 490 500 510 pF1KE6 AMNHFVQENGTLRAKPTGNGIYINGRGHLV :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 AMNHFVQENGTLRAKPTGNGIYINGRGHLV 490 500 510 >>CCDS58843.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 (487 aa) initn: 326 init1: 110 opt: 712 Z-score: 589.4 bits: 118.6 E(32554): 1.7e-26 Smith-Waterman score: 712; 34.7% identity (65.6% similar) in 363 aa overlap (20-376:21-373) 10 20 30 40 50 pF1KE6 MPLSLGAEMWGPEAWLLLLLLLASFTG--RCPAGELETSDVVTVVLGQDAKLPCFYRGD :: ::.: : :: . . ::.: :....: :. . 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CCDS84 SANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYH-- 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE6 LQDQRITHILHVSFLAEASVRGLEDQNLWHIGREGAMLKCLSEGQPPPS-YNWTRLDGPL .. . . :.:.. :....:. : : :.. : . : : ....:: . :.:: :.: : CCDS84 MDRFKESLTLNVQYEPEVTIEGF-DGN-WYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE6 PSGVRVDGDTLGFP-PLTTEHSGIYVCHVSNEFSSRDSQVTVDVLD-PQEDSGKQVDLVS :.::.... :: : :.. .: :.:...: ...:..:: :.. . :. . : : : CCDS84 PKGVEAQNRTLFFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEKPRPQRG----LGS 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KE6 ASVVVVGVIAALLFCLLVVVVVLMSRYHRRKA-----------QQMTQKYEEELTLTREN :. ...:..: .: .::.:.... :.:.. : ..:: : . .:.. CCDS84 AARLLAGTVA--VFLILVAVLTVFFLYNRQQKSPPETDGAGTDQPLSQKPEP--SPSRQS 350 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 pF1KE6 SI--RRLHSHHTDP-RSQPEE-----SVGLRAEGHPDSLKDNSSCSVMSEEPEGRSYSTL :. . .. : :: :.: .: ...:. . ... . :: . ::.: CCDS84 SLVPEDIQVVHLDPGRQQQQEEEDLQKLSLQPPYYDLGVSPSYHPSVRTTEPRGECP 410 420 430 440 450 450 460 470 480 490 500 pF1KE6 TTVREIETQTELLSPGSGRAEEEEDQDEGIKQAMNHFVQENGTLRAKPTGNGIYINGRGH >>CCDS8426.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 (517 aa) initn: 287 init1: 108 opt: 542 Z-score: 451.3 bits: 93.1 E(32554): 8.1e-19 Smith-Waterman score: 565; 30.3% identity (61.3% similar) in 403 aa overlap (1-386:4-394) 10 20 30 40 50 pF1KE6 MPLSLGAEMWGPEAWLLLLLLLASFTGRCPAGELETSDVVTVVLGQDAKLPC-FYRG : :. .: : : : : : : : . ....: . .: :. : : : CCDS84 MARMGLAGAAGRW----WGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANP 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE6 DSGEQVGQVAWARVDAGEGAQELALLHSKYGLHVSPAYEGRVEQPPPPRNPLDGSVLLRN . .. ::.: . : . :..:. . ..:. : :. ::: : . ::.. : CCDS84 LPSVKITQVTWQKSTNG-SKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRP--SFTDGTIRLSR 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE6 AVQADEGEYECRVSTFPAGSFQARLRLRVLVPPLPSLNPGPAL---EEGQG-LTLAASCT ::: : :. .:::.:. ...: : :.. : .. :. ..:: .:.:.:: CCDS84 LELEDEGVYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCT 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE6 -AEGSPAPSVTWDTEVKGTTSSRSFKHSR-SAAVTSEFHLVPSRSMNGQPLTCVVSHPGL :.:.: :.:.:..:: . . ... ...: :...::::: . : :.:.:.. CCDS84 SANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYH-- 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE6 LQDQRITHILHVSFLAEASVRGLEDQNLWHIGREGAMLKCLSEGQPPPS-YNWTRLDGPL .. . . :.:.. :....:. : : :.. : . : : ....:: . :.:: :.: : CCDS84 MDRFKESLTLNVQYEPEVTIEGF-DGN-WYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE6 PSGVRVDGDTLGFP-PLTTEHSGIYVCHVSNEFSSRDSQVTVDVLD-PQEDS----GKQV :.::.... :: : :.. .: :.:...: ...:..:: :.. . : : :... CCDS84 PKGVEAQNRTLFFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYTPSPPEHGRRA 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE6 DLVSASVVVVGVIAALLFCLLVV---VVVLMSRYHRRKAQQMTQKYEEELTLTRENSIRR : .... :: ...:. :.:: ::.: : : :.. :.:. 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