FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4427, 444 aa 1>>>pF1KE4427 444 - 444 aa - 444 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2090+/- 0.001; mu= 17.8127+/- 0.060 mean_var=62.7961+/-12.685, 0's: 0 Z-trim(104.6): 25 B-trim: 153 in 1/48 Lambda= 0.161848 statistics sampled from 7970 (7988) to 7970 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.615), E-opt: 0.2 (0.245), width: 16 Scan time: 2.420 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS8011.2 FADS1 gene_id:3992|Hs108|chr11 ( 501) 3127 739.0 2.4e-213 CCDS8012.1 FADS2 gene_id:9415|Hs108|chr11 ( 444) 1973 469.6 2.8e-132 CCDS60808.1 FADS2 gene_id:9415|Hs108|chr11 ( 413) 1748 417.0 1.7e-116 CCDS60807.1 FADS2 gene_id:9415|Hs108|chr11 ( 422) 1745 416.3 2.9e-116 CCDS8013.1 FADS3 gene_id:3995|Hs108|chr11 ( 445) 1670 398.8 5.7e-111 >>CCDS8011.2 FADS1 gene_id:3992|Hs108|chr11 (501 aa) initn: 3127 init1: 3127 opt: 3127 Z-score: 3943.7 bits: 739.0 E(32554): 2.4e-213 Smith-Waterman score: 3127; 99.8% identity (99.8% similar) in 444 aa overlap (1-444:58-501) 10 20 30 pF1KE4 MAPDPVAAETAAQGPTPRYFTWDEVAQRSG :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS80 RQQIHSWSPRTPSTRLTAPAGPARGVARPAMAPDPVAAETAAQGPTPRYFTWDEVAQRSG 30 40 50 60 70 80 40 50 60 70 80 90 pF1KE4 CEERWLVIDRKVYNISEFTRRHPGGSRVISHYAGQDATDPFVAFHINKGLVKKYMNSLLI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS80 CEERWLVIDRKVYNISEFTRRHPGGSRVISHYAGQDATDPFVAFHINKGLVKKYMNSLLI 90 100 110 120 130 140 100 110 120 130 140 150 pF1KE4 GELSPEQPSFEPTKNKELTDEFRELRATVERMGLMKANHVFFLLYLLHILLLDGAAWLTL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS80 GELSPEQPSFEPTKNKELTDEFRELRATVERMGLMKANHVFFLLYLLHILLLDGAAWLTL 150 160 170 180 190 200 160 170 180 190 200 210 pF1KE4 WVFGTSFLPFLLCAVLLSAVQAQAGWLQHDFGHLSVFSTSKWNHLLHHFVIGHLKGAPAS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS80 WVFGTSFLPFLLCAVLLSAVQAQAGWLQHDFGHLSVFSTSKWNHLLHHFVIGHLKGAPAS 210 220 230 240 250 260 220 230 240 250 260 270 pF1KE4 WWNHMHFQHHAKPNCFRKDPDINMHPFFFALGKILSVELGKQKKKYMPYNHQHKYFFLIG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS80 WWNHMHFQHHAKPNCFRKDPDINMHPFFFALGKILSVELGKQKKKYMPYNHQHKYFFLIG 270 280 290 300 310 320 280 290 300 310 320 330 pF1KE4 PSALLPLYFQWYIFYFVIQRKKWVDLAWMITFYVRFFLTYVPLLGLKAFLGLFFIVRFLE : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS80 PPALLPLYFQWYIFYFVIQRKKWVDLAWMITFYVRFFLTYVPLLGLKAFLGLFFIVRFLE 330 340 350 360 370 380 340 350 360 370 380 390 pF1KE4 SNWFVWVTQMNHIPMHIDHDRNMDWVSTQLQATCNVHKSAFNDWFSGHLNFQIEHHLFPT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS80 SNWFVWVTQMNHIPMHIDHDRNMDWVSTQLQATCNVHKSAFNDWFSGHLNFQIEHHLFPT 390 400 410 420 430 440 400 410 420 430 440 pF1KE4 MPRHNYHKVAPLVQSLCAKHGIEYQSKPLLSAFADIIHSLKESGQLWLDAYLHQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS80 MPRHNYHKVAPLVQSLCAKHGIEYQSKPLLSAFADIIHSLKESGQLWLDAYLHQ 450 460 470 480 490 500 >>CCDS8012.1 FADS2 gene_id:9415|Hs108|chr11 (444 aa) initn: 2017 init1: 1019 opt: 1973 Z-score: 2488.2 bits: 469.6 E(32554): 2.8e-132 Smith-Waterman score: 1973; 63.1% identity (83.8% similar) in 439 aa overlap (7-444:11-444) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MAPDPVAAETAAQGPTPRYFTWDEVAQRSGCEERWLVIDRKVYNISEFTRRHPGGS ::: .. :: :.:.:. ... .::::::::::::.... .::::. CCDS80 MGKGGNQGEGAAEREVSVPT---FSWEEIQKHNLRTDRWLVIDRKVYNITKWSIQHPGGQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 RVISHYAGQDATDPFVAFHINKGLVKKYMNSLLIGELSPEQPSFEPTKNKELTDEFRELR :::.::::.:::: : ::: . .: :... ::::::.::.:: . ::...:..:: :: CCDS80 RVIGHYAGEDATDAFRAFHPDLEFVGKFLKPLLIGELAPEEPSQDHGKNSKITEDFRALR 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 ATVERMGLMKANHVFFLLYLLHILLLDGAAWLTLWVFGTSFLPFLLCAVLLSAVQAQAGW :.: :.:.:.::::::: : ::. :.. ::.:.. ::....: :. : .:.. :::::: CCDS80 KTAEDMNLFKTNHVFFLLLLAHIIALESIAWFTVFYFGNGWIPTLITAFVLATSQAQAGW 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 LQHDFGHLSVFSTSKWNHLLHHFVIGHLKGAPASWWNHMHFQHHAKPNCFRKDPDINMHP ::::.:::::. :::::.:.::::::::: :.:::: ::::::::: :.::::.:: CCDS80 LQHDYGHLSVYRKPKWNHLVHKFVIGHLKGASANWWNHRHFQHHAKPNIFHKDPDVNML- 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 FFFALGKILSVELGKQKKKYMPYNHQHKYFFLIGPSALLPLYFQWYIFYFVIQRKKWVDL :.::. .: ::.: ::.::::::.::::::: :.:.:::. :.. .: .:.:::: CCDS80 HVFVLGEWQPIEYGKKKLKYLPYNHQHEYFFLIGPPLLIPMYFQYQIIMTMIVHKNWVDL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 AWMITFYVRFFLTYVPLLG-LKAFLGLFFIVRFLESNWFVWVTQMNHIPMHIDHDRNMDW :: ...:.:::.::.:. : : :.: : :: :::::.::::::::::: :.::.. :: CCDS80 AWAVSYYIRFFITYIPFYGILGALLFLNFI-RFLESHWFVWVTQMNHIVMEIDQEAYRDW 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 VSTQLQATCNVHKSAFNDWFSGHLNFQIEHHLFPTMPRHNYHKVAPLVQSLCAKHGIEYQ :.:: :::::..: ::::::::::::::::::::::::: ::.::::.::::::::::: CCDS80 FSSQLTATCNVEQSFFNDWFSGHLNFQIEHHLFPTMPRHNLHKIAPLVKSLCAKHGIEYQ 360 370 380 390 400 410 420 430 440 pF1KE4 SKPLLSAFADIIHSLKESGQLWLDAYLHQ :::: :. :::.:::.::.::::::::. CCDS80 EKPLLRALLDIIRSLKKSGKLWLDAYLHK 420 430 440 >>CCDS60808.1 FADS2 gene_id:9415|Hs108|chr11 (413 aa) initn: 1849 init1: 1019 opt: 1748 Z-score: 2204.7 bits: 417.0 E(32554): 1.7e-116 Smith-Waterman score: 1748; 61.4% identity (81.4% similar) in 409 aa overlap (40-444:9-413) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 TAAQGPTPRYFTWDEVAQRSGCEERWLVIDRKVYNISEFTRRHPGGSRVISHYA--GQDA :.: .. .: : . : :: . .. CCDS60 MTREPPGCRRVNSLMLYTLRSITSHRS-SHPERWATSS 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 TDPFVAFHINKGLVKKYMNSLLIGELSPEQPSFEPTKNKELTDEFRELRATVERMGLMKA : : ::: . .: :... ::::::.::.:: . ::...:..:: :: :.: :.:.:. CCDS60 QDAFRAFHPDLEFVGKFLKPLLIGELAPEEPSQDHGKNSKITEDFRALRKTAEDMNLFKT 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 NHVFFLLYLLHILLLDGAAWLTLWVFGTSFLPFLLCAVLLSAVQAQAGWLQHDFGHLSVF ::::::: : ::. :.. ::.:.. ::....: :. : .:.. ::::::::::.:::::. CCDS60 NHVFFLLLLAHIIALESIAWFTVFYFGNGWIPTLITAFVLATSQAQAGWLQHDYGHLSVY 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 STSKWNHLLHHFVIGHLKGAPASWWNHMHFQHHAKPNCFRKDPDINM-HPFFFALGKILS :::::.:.::::::::: :.:::: ::::::::: :.::::.:: : :.::. CCDS60 RKPKWNHLVHKFVIGHLKGASANWWNHRHFQHHAKPNIFHKDPDVNMLH--VFVLGEWQP 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 VELGKQKKKYMPYNHQHKYFFLIGPSALLPLYFQWYIFYFVIQRKKWVDLAWMITFYVRF .: ::.: ::.::::::.::::::: :.:.:::. :.. .: .:.:::::: ...:.:: CCDS60 IEYGKKKLKYLPYNHQHEYFFLIGPPLLIPMYFQYQIIMTMIVHKNWVDLAWAVSYYIRF 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 FLTYVPLLG-LKAFLGLFFIVRFLESNWFVWVTQMNHIPMHIDHDRNMDWVSTQLQATCN :.::.:. : : :.: : :: :::::.::::::::::: :.::.. :: :.:: :::: CCDS60 FITYIPFYGILGALLFLNFI-RFLESHWFVWVTQMNHIVMEIDQEAYRDWFSSQLTATCN 280 290 300 310 320 330 370 380 390 400 410 420 pF1KE4 VHKSAFNDWFSGHLNFQIEHHLFPTMPRHNYHKVAPLVQSLCAKHGIEYQSKPLLSAFAD :..: ::::::::::::::::::::::::: ::.::::.::::::::::: :::: :. : CCDS60 VEQSFFNDWFSGHLNFQIEHHLFPTMPRHNLHKIAPLVKSLCAKHGIEYQEKPLLRALLD 340 350 360 370 380 390 430 440 pF1KE4 IIHSLKESGQLWLDAYLHQ ::.:::.::.::::::::. CCDS60 IIRSLKKSGKLWLDAYLHK 400 410 >>CCDS60807.1 FADS2 gene_id:9415|Hs108|chr11 (422 aa) initn: 1825 init1: 1019 opt: 1745 Z-score: 2200.8 bits: 416.3 E(32554): 2.9e-116 Smith-Waterman score: 1745; 62.9% identity (83.1% similar) in 396 aa overlap (52-444:35-422) 30 40 50 60 70 80 pF1KE4 WDEVAQRSGCEERWLVIDRKVYNISEFTRRHPGGSRVISH-YAGQDATDPFVAFHINKGL ::... .: .::. : : ::: . . CCDS60 EAGPFVCVCVLLASIPTPQTPLLQASLPPFHPASA---GHPITGQQ--DAFRAFHPDLEF 10 20 30 40 50 90 100 110 120 130 140 pF1KE4 VKKYMNSLLIGELSPEQPSFEPTKNKELTDEFRELRATVERMGLMKANHVFFLLYLLHIL : :... ::::::.::.:: . ::...:..:: :: :.: :.:.:.::::::: : ::. CCDS60 VGKFLKPLLIGELAPEEPSQDHGKNSKITEDFRALRKTAEDMNLFKTNHVFFLLLLAHII 60 70 80 90 100 110 150 160 170 180 190 200 pF1KE4 LLDGAAWLTLWVFGTSFLPFLLCAVLLSAVQAQAGWLQHDFGHLSVFSTSKWNHLLHHFV :.. ::.:.. ::....: :. : .:.. ::::::::::.:::::. :::::.:.:: CCDS60 ALESIAWFTVFYFGNGWIPTLITAFVLATSQAQAGWLQHDYGHLSVYRKPKWNHLVHKFV 120 130 140 150 160 170 210 220 230 240 250 pF1KE4 IGHLKGAPASWWNHMHFQHHAKPNCFRKDPDINM-HPFFFALGKILSVELGKQKKKYMPY ::::::: :.:::: ::::::::: :.::::.:: : :.::. .: ::.: ::.:: CCDS60 IGHLKGASANWWNHRHFQHHAKPNIFHKDPDVNMLH--VFVLGEWQPIEYGKKKLKYLPY 180 190 200 210 220 230 260 270 280 290 300 310 pF1KE4 NHQHKYFFLIGPSALLPLYFQWYIFYFVIQRKKWVDLAWMITFYVRFFLTYVPLLG-LKA ::::.::::::: :.:.:::. :.. .: .:.:::::: ...:.:::.::.:. : : : CCDS60 NHQHEYFFLIGPPLLIPMYFQYQIIMTMIVHKNWVDLAWAVSYYIRFFITYIPFYGILGA 240 250 260 270 280 290 320 330 340 350 360 370 pF1KE4 FLGLFFIVRFLESNWFVWVTQMNHIPMHIDHDRNMDWVSTQLQATCNVHKSAFNDWFSGH .: : :: :::::.::::::::::: :.::.. :: :.:: :::::..: :::::::: CCDS60 LLFLNFI-RFLESHWFVWVTQMNHIVMEIDQEAYRDWFSSQLTATCNVEQSFFNDWFSGH 300 310 320 330 340 350 380 390 400 410 420 430 pF1KE4 LNFQIEHHLFPTMPRHNYHKVAPLVQSLCAKHGIEYQSKPLLSAFADIIHSLKESGQLWL ::::::::::::::::: ::.::::.::::::::::: :::: :. :::.:::.::.::: CCDS60 LNFQIEHHLFPTMPRHNLHKIAPLVKSLCAKHGIEYQEKPLLRALLDIIRSLKKSGKLWL 360 370 380 390 400 410 440 pF1KE4 DAYLHQ :::::. CCDS60 DAYLHK 420 >>CCDS8013.1 FADS3 gene_id:3995|Hs108|chr11 (445 aa) initn: 1708 init1: 911 opt: 1670 Z-score: 2105.8 bits: 398.8 E(32554): 5.7e-111 Smith-Waterman score: 1670; 52.3% identity (78.1% similar) in 442 aa overlap (3-444:7-445) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MAPDPVAAETAAQGPTPRYFTWDEVAQRSGCEERWLVIDRKVYNISEFTRRHPGGS : : . . .: : : :... .. ..::::.:.::.::....:::::: CCDS80 MGGVGEPGPREGPAQPGAPLPT-FCWEQIRAHDQPGDKWLVIERRVYDISRWAQRHPGGS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 RVISHYAGQDATDPFVAFHINKGLVKKYMNSLLIGELSPEQPSFEPTKNKELTDEFRELR :.:.:....:::: : ::: . ..:.:... ::::::.::.:: . : .:...:: :. CCDS80 RLIGHHGAEDATDAFRAFHQDLNFVRKFLQPLLIGELAPEEPSQDGPLNAQLVEDFRALH 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 ATVERMGLMKANHVFFLLYLLHILLLDGAAWLTLWVFGTSFLPFLLCAVLLSAVQAQAGW ..: : :. :. .:: . : ::: .. ::: ....: ...: : : .:. :::. CCDS80 QAAEDMKLFDASPTFFAFLLGHILAMEVLAWLLIYLLGPGWVPSALAAFILAISQAQSWC 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 LQHDFGHLSVFSTSKWNHLLHHFVIGHLKGAPASWWNHMHFQHHAKPNCFRKDPDINMHP ::::.:: :.:. : :::. ..::.:.::: : ::: ::::::::: :.::::... : CCDS80 LQHDLGHASIFKKSWWNHVAQKFVMGQLKGFSAHWWNFRHFQHHAKPNIFHKDPDVTVAP 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 FFFALGKILSVELGKQKKKYMPYNHQHKYFFLIGPSALLPLYFQWYIFYFVIQRKKWVDL :. ::. ::: ::.:..:.:::.:: ::::::: : . :. . ... .:.:: CCDS80 VFL-LGES-SVEYGKKKRRYLPYNQQHLYFFLIGPPLLTLVNFEVENLAYMLVCMQWADL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 AWMITFYVRFFLTYVPLLGLKAFLGLFFIVRFLESNWFVWVTQMNHIPMHIDHDRNMDWV : .::.::::.:.:. :. . : .: :: :::.::::.::::::: .: :... ::: CCDS80 LWAASFYARFFLSYLPFYGVPGVLLFFVAVRVLESHWFVWITQMNHIPKEIGHEKHRDWV 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 STQLQATCNVHKSAFNDWFSGHLNFQIEHHLFPTMPRHNYHKVAPLVQSLCAKHGIEYQS :.:: :::::. : :..:::::::::::::::: :::::: .:::::.:::::::. :. CCDS80 SSQLAATCNVEPSLFTNWFSGHLNFQIEHHLFPRMPRHNYSRVAPLVKSLCAKHGLSYEV 360 370 380 390 400 410 420 430 440 pF1KE4 KPLLSAFADIIHSLKESGQLWLDAYLHQ ::.:.:..::..:::.::..:::::::: CCDS80 KPFLTALVDIVRSLKKSGDIWLDAYLHQ 420 430 440 444 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 00:40:58 2016 done: Sun Nov 6 00:40:59 2016 Total Scan time: 2.420 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]