FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1404, 338 aa 1>>>pF1KE1404 338 - 338 aa - 338 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2942+/-0.000463; mu= 11.0036+/- 0.028 mean_var=114.0595+/-23.619, 0's: 0 Z-trim(113.3): 348 B-trim: 949 in 1/49 Lambda= 0.120090 statistics sampled from 22050 (22536) to 22050 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.648), E-opt: 0.2 (0.264), width: 16 Scan time: 7.690 The best scores are: opt bits E(85289) NP_002336 (OMIM: 600616) lumican precursor [Homo s ( 338) 2224 396.6 3.9e-110 NP_002014 (OMIM: 600245) fibromodulin precursor [H ( 376) 1030 189.8 8e-48 NP_958505 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo ( 382) 775 145.6 1.6e-34 NP_002716 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo ( 382) 775 145.6 1.6e-34 NP_008966 (OMIM: 217300,603288) keratocan precurso ( 352) 747 140.7 4.4e-33 NP_598010 (OMIM: 125255,610048) decorin isoform a ( 359) 478 94.1 4.8e-19 XP_006719333 (OMIM: 125255,610048) PREDICTED: deco ( 359) 478 94.1 4.8e-19 XP_016874406 (OMIM: 125255,610048) PREDICTED: deco ( 359) 478 94.1 4.8e-19 XP_005268750 (OMIM: 125255,610048) PREDICTED: deco ( 359) 478 94.1 4.8e-19 NP_001911 (OMIM: 125255,610048) decorin isoform a ( 359) 478 94.1 4.8e-19 NP_056379 (OMIM: 610868) leucine-rich repeat trans ( 516) 359 73.6 1e-12 NP_079269 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat trans ( 518) 349 71.9 3.4e-12 NP_001269857 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 519) 349 71.9 3.4e-12 XP_016859476 (OMIM: 610867) PREDICTED: leucine-ric ( 522) 349 71.9 3.4e-12 NP_849161 (OMIM: 610867) leucine-rich repeat trans ( 522) 349 71.9 3.4e-12 XP_016859475 (OMIM: 610867) PREDICTED: leucine-ric ( 522) 349 71.9 3.4e-12 NP_001128217 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 590) 349 72.0 3.7e-12 NP_001269853 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 590) 349 72.0 3.7e-12 NP_001317299 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 591) 349 72.0 3.7e-12 XP_005270514 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 613) 325 67.8 6.8e-11 NP_001186009 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 325 67.8 7e-11 NP_001186010 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 325 67.8 7e-11 XP_016855783 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 652) 325 67.8 7.1e-11 NP_714914 (OMIM: 608661) podocan isoform 1 [Homo s ( 661) 325 67.8 7.2e-11 NP_570718 (OMIM: 219050,606655) relaxin receptor 2 ( 754) 317 66.5 2.1e-10 XP_016875878 (OMIM: 219050,606655) PREDICTED: rela ( 383) 307 64.5 4.1e-10 XP_011543185 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 306 64.6 7.2e-10 NP_037412 (OMIM: 604806) leucine-rich repeat trans ( 674) 306 64.6 7.2e-10 XP_005273918 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 306 64.6 7.2e-10 NP_001159530 (OMIM: 219050,606655) relaxin recepto ( 730) 302 63.9 1.2e-09 XP_011527507 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 299 63.3 1.6e-09 XP_011527506 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 299 63.3 1.6e-09 NP_938205 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 299 63.3 1.6e-09 XP_005260739 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 299 63.3 1.6e-09 NP_037413 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 299 63.3 1.6e-09 XP_011538979 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 402) 294 62.3 2e-09 XP_011530481 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 412) 281 60.1 9.9e-09 XP_011508141 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 900) 284 60.8 1.3e-08 NP_067649 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-conta ( 915) 284 60.9 1.3e-08 XP_011530476 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 783) 283 60.6 1.3e-08 XP_005245461 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 924) 284 60.9 1.3e-08 NP_001017403 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-co ( 967) 284 60.9 1.3e-08 XP_016857485 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 876) 283 60.7 1.4e-08 XP_016864008 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 703) 281 60.2 1.5e-08 XP_016864009 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 703) 281 60.2 1.5e-08 NP_001240656 (OMIM: 606654) relaxin receptor 1 iso ( 784) 281 60.3 1.6e-08 XP_016864012 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 385) 275 59.0 1.9e-08 XP_016864007 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 756) 277 59.6 2.5e-08 NP_067647 (OMIM: 606654) relaxin receptor 1 isofor ( 757) 275 59.2 3.2e-08 XP_016864011 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 675) 273 58.8 3.8e-08 >>NP_002336 (OMIM: 600616) lumican precursor [Homo sapie (338 aa) initn: 2224 init1: 2224 opt: 2224 Z-score: 2098.2 bits: 396.6 E(85289): 3.9e-110 Smith-Waterman score: 2224; 100.0% identity (100.0% similar) in 338 aa overlap (1-338:1-338) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDELKLKS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_002 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDELKLKS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 VPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKLKQLKK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_002 VPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKLKQLKK 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 LHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKLGSFEGLVNLTFIHLQHNRLKEDAVSAAF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_002 LHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKLGSFEGLVNLTFIHLQHNRLKEDAVSAAF 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 KGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQYLRLSHNE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_002 KGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQYLRLSHNE 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 LADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIKSFCKILGP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_002 LADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIKSFCKILGP 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE1 LSYSKIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_002 LSYSKIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN 310 320 330 >>NP_002014 (OMIM: 600245) fibromodulin precursor [Homo (376 aa) initn: 1216 init1: 920 opt: 1030 Z-score: 979.6 bits: 189.8 E(85289): 8e-48 Smith-Waterman score: 1030; 46.5% identity (79.2% similar) in 318 aa overlap (26-337:61-376) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSP----NCAPECNCPESYPSAM : ::. :: .: ::.:: ..:.:: NP_002 LRSQQSTYYDPYDPYPYETYEPYPYGVDEGPAYTYGSPSPPDPRDCPQECDCPPNFPTAM 40 50 60 70 80 90 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 YCDELKLKSVPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRV :::. .:: .:.:: .::.:..:::: :.: .:.:.: : :. : : . ..:. .: NP_002 YCDNRNLKYLPFVPSRMKYVYFQNNQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKV 100 110 120 130 140 150 120 130 140 150 160 pF1KE1 FSKLKQLKKLHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHN ::::..:..:...:::::. ::::.::..:.: ::.:... ...::: ::: ..:::: NP_002 FSKLRHLERLYLDHNNLTRMPGPLPRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHN 160 170 180 190 200 210 170 180 190 200 210 220 pF1KE1 RLKEDAVSAAFKGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFN ...: :.....::.:: ::::.:.. ..:.::: .: ::...:.. ..:: ::. NP_002 EIQE--VGSSMRGLRSLILLDLSYNHLRKVPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAP 220 230 240 250 260 230 240 250 260 270 280 pF1KE1 ALQYLRLSHNELADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKF : :.::::: :...:. .:.:: :::.:::::::.:..:: :: :::: ::. :....: NP_002 KLLYVRLSHNSLTNNGLASNTFNSSSLLELDLSYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEF 270 280 290 300 310 320 290 300 310 320 330 pF1KE1 DIKSFCKILGPLSYSKIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN .:.::: .. ...::.. ::::::.:.....: : :::.:. . . NP_002 SISSFCTVVDVVNFSKLQVLRLDGNEIKRSAMPADAPLCLRLASLIEI 330 340 350 360 370 >>NP_958505 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo sap (382 aa) initn: 770 init1: 344 opt: 775 Z-score: 740.7 bits: 145.6 E(85289): 1.6e-34 Smith-Waterman score: 805; 39.8% identity (72.8% similar) in 324 aa overlap (26-337:66-382) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDE : ::. :.: :: :: ..:::.::: NP_958 PRPRPRPTPSFPQPDEPAEPTDLPPPLPPGPPSIF----PDCPRECYCPPDFPSALYCDS 40 50 60 70 80 90 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 LKLKSVPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKL .:..::..:: :.::::.:: : .. ..:.:.: :.:. ::.: .. :: ::. :: NP_958 RNLRKVPVIPPRIHYLYLQNNFITELPVESFQNATGLRWINLDNNRIR--KIDQRVLEKL 100 110 120 130 140 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 KQLKKLHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHNRLKE : :....:.: : . ::..::.:.:..:.:... : : : :: .. ::::::.. NP_958 PGLVFLYMEKNQLEEVPSALPRNLEQLRLSQNHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSD 150 160 170 180 190 200 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 DAVSA-AFKGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQ . . .:.:::.: :.:. : . ..: .:... ::::.::: .::. ::: : : NP_958 GVFKPDTFHGLKNLMQLNLAHNILRKMPPRVPTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLA 210 220 230 240 250 260 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 YLRLSHNELADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIK ..::..:.:.: :.: ::::.:.:. : ::.:.....:..:. ::. ::. :..::.. NP_958 FIRLNYNKLTDRGLPKNSFNISNLLVLHLSHNRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGT 270 280 290 300 310 320 300 310 320 330 pF1KE1 SFCK--ILGPLSYSK-------IKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN ..: ... ..:. ...:::::: . . .: :.. :.:. . :.. NP_958 QICPNDLVAFHDFSSDLENVPHLRYLRLDGNYL-KPPIPLDLMMCFRLLQSVVI 330 340 350 360 370 380 >>NP_002716 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo sap (382 aa) initn: 770 init1: 344 opt: 775 Z-score: 740.7 bits: 145.6 E(85289): 1.6e-34 Smith-Waterman score: 805; 39.8% identity (72.8% similar) in 324 aa overlap (26-337:66-382) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDE : ::. :.: :: :: ..:::.::: NP_002 PRPRPRPTPSFPQPDEPAEPTDLPPPLPPGPPSIF----PDCPRECYCPPDFPSALYCDS 40 50 60 70 80 90 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 LKLKSVPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKL .:..::..:: :.::::.:: : .. ..:.:.: :.:. ::.: .. :: ::. :: NP_002 RNLRKVPVIPPRIHYLYLQNNFITELPVESFQNATGLRWINLDNNRIR--KIDQRVLEKL 100 110 120 130 140 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 KQLKKLHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHNRLKE : :....:.: : . ::..::.:.:..:.:... : : : :: .. ::::::.. NP_002 PGLVFLYMEKNQLEEVPSALPRNLEQLRLSQNHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSD 150 160 170 180 190 200 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 DAVSA-AFKGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQ . . .:.:::.: :.:. : . ..: .:... ::::.::: .::. ::: : : NP_002 GVFKPDTFHGLKNLMQLNLAHNILRKMPPRVPTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLA 210 220 230 240 250 260 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 YLRLSHNELADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIK ..::..:.:.: :.: ::::.:.:. : ::.:.....:..:. ::. ::. :..::.. NP_002 FIRLNYNKLTDRGLPKNSFNISNLLVLHLSHNRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGT 270 280 290 300 310 320 300 310 320 330 pF1KE1 SFCK--ILGPLSYSK-------IKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN ..: ... ..:. ...:::::: . . .: :.. :.:. . :.. NP_002 QICPNDLVAFHDFSSDLENVPHLRYLRLDGNYL-KPPIPLDLMMCFRLLQSVVI 330 340 350 360 370 380 >>NP_008966 (OMIM: 217300,603288) keratocan precursor [H (352 aa) initn: 757 init1: 370 opt: 747 Z-score: 715.0 bits: 140.7 E(85289): 4.4e-33 Smith-Waterman score: 790; 39.4% identity (73.7% similar) in 312 aa overlap (37-337:42-352) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 TLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDELKLKSVPMVPP : :: :: :.:.:.::.. :: .: .: NP_008 LFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPAIPS 20 30 40 50 60 70 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 GIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKLKQLKKLHINHN : ::::.:: :. : :: :::.:.:.:. :..: . : :. ..:.::.: : .. : NP_008 RIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLEDN 80 90 100 110 120 130 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 NLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHNRLKEDAVSA-AFKGL .: : .:::.:::.:::..::.... :.: .: :::.. ::.:.: ..: . .:::: NP_008 ELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVDNAFQRDTFKGL 140 150 160 170 180 190 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 KSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQYLRLSHNELAD :.: :... : . .: ::.. . :.::::.: .::..::. . . .:::.::.:.: NP_008 KNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVAFLRLNHNKLSD 200 210 220 230 240 250 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 SGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIKSFCKI--LGP- :.:. .:.:::...:.::.:.: ..: .. .:.. .:. :.... ... .: . : NP_008 EGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSMLPA 260 270 280 290 300 310 310 320 330 pF1KE1 ----LSYS-KIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN .::. ....::::::.: . .: .. :.:. . : . NP_008 ERDSFSYGPHLRYLRLDGNEI-KPPIPMALMTCFRLLQAVII 320 330 340 350 >>NP_598010 (OMIM: 125255,610048) decorin isoform a prep (359 aa) initn: 289 init1: 159 opt: 478 Z-score: 463.0 bits: 94.1 E(85289): 4.8e-19 Smith-Waterman score: 478; 31.5% identity (62.7% similar) in 324 aa overlap (22-337:43-355) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAM : :: :. .: : .:.: . .. NP_598 VSWAGPFQQRGLFDFMLEDEASGIGPEVPDDRDFEPSL----GPVCPFRCQC---HLRVV 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 YCDELKLKSVPM-VPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGR :..: : .:: .:: : :.::.: .: . :.:. .:. ::: .: . ::.. 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