FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1431, 764 aa 1>>>pF1KE1431 764 - 764 aa - 764 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8827+/-0.00104; mu= 17.6237+/- 0.063 mean_var=106.6322+/-21.871, 0's: 0 Z-trim(106.2): 168 B-trim: 216 in 1/49 Lambda= 0.124202 statistics sampled from 8630 (8844) to 8630 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.633), E-opt: 0.2 (0.272), width: 16 Scan time: 3.200 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS4729.1 CFB gene_id:629|Hs108|chr6 ( 764) 5255 953.3 0 CCDS4728.1 C2 gene_id:717|Hs108|chr6 ( 752) 1846 342.5 1.5e-93 CCDS54991.1 C2 gene_id:717|Hs108|chr6 ( 620) 1434 268.6 2.2e-71 CCDS75428.1 C2 gene_id:717|Hs108|chr6 ( 506) 1099 208.5 2.2e-53 CCDS75427.1 C2 gene_id:717|Hs108|chr6 ( 328) 752 146.1 8.3e-35 >>CCDS4729.1 CFB gene_id:629|Hs108|chr6 (764 aa) initn: 5255 init1: 5255 opt: 5255 Z-score: 5094.2 bits: 953.3 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5255; 99.9% identity (99.9% similar) in 764 aa overlap (1-764:1-764) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MGSNLSPQLCLMPFILGLLSGGVTTTPWSLAWPQGSCSLEGVEIKGGSFRLLQEGQALEY ::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 MGSNLSPQLCLMPFILGLLSGGVTTTPWSLARPQGSCSLEGVEIKGGSFRLLQEGQALEY 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 VCPSGFYPYPVQTRTCRSTGSWSTLKTQDQKTVRKAECRAIHCPRPHDFENGEYWPRSPY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 VCPSGFYPYPVQTRTCRSTGSWSTLKTQDQKTVRKAECRAIHCPRPHDFENGEYWPRSPY 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 YNVSDEISFHCYDGYTLRGSANRTCQVNGRWSGQTAICDNGAGYCSNPGIPIGTRKVGSQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 YNVSDEISFHCYDGYTLRGSANRTCQVNGRWSGQTAICDNGAGYCSNPGIPIGTRKVGSQ 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 YRLEDSVTYHCSRGLTLRGSQRRTCQEGGSWSGTEPSCQDSFMYDTPQEVAEAFLSSLTE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 YRLEDSVTYHCSRGLTLRGSQRRTCQEGGSWSGTEPSCQDSFMYDTPQEVAEAFLSSLTE 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 TIEGVDAEDGHGPGEQQKRKIVLDPSGSMNIYLVLDGSDSIGASNFTGAKKCLVNLIEKV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 TIEGVDAEDGHGPGEQQKRKIVLDPSGSMNIYLVLDGSDSIGASNFTGAKKCLVNLIEKV 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 ASYGVKPRYGLVTYATYPKIWVKVSEADSSNADWVTKQLNEINYEDHKLKSGTNTKKALQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 ASYGVKPRYGLVTYATYPKIWVKVSEADSSNADWVTKQLNEINYEDHKLKSGTNTKKALQ 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 AVYSMMSWPDDVPPEGWNRTRHVIILMTDGLHNMGGDPITVIDEIRDLLYIGKDRKNPRE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 AVYSMMSWPDDVPPEGWNRTRHVIILMTDGLHNMGGDPITVIDEIRDLLYIGKDRKNPRE 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE1 DYLDVYVFGVGPLVNQVNINALASKKDNEQHVFKVKDMENLEDVFYQMIDESQSLSLCGM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 DYLDVYVFGVGPLVNQVNINALASKKDNEQHVFKVKDMENLEDVFYQMIDESQSLSLCGM 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE1 VWEHRKGTDYHKQPWQAKISVIRPSKGHESCMGAVVSEYFVLTAAHCFTVDDKEHSIKVS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 VWEHRKGTDYHKQPWQAKISVIRPSKGHESCMGAVVSEYFVLTAAHCFTVDDKEHSIKVS 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE1 VGGEKRDLEIEVVLFHPNYNINGKKEAGIPEFYDYDVALIKLKNKLKYGQTIRPICLPCT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 VGGEKRDLEIEVVLFHPNYNINGKKEAGIPEFYDYDVALIKLKNKLKYGQTIRPICLPCT 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KE1 EGTTRALRLPPTTTCQQQKEELLPAQDIKALFVSEEEKKLTRKEVYIKNGDKKGSCERDA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 EGTTRALRLPPTTTCQQQKEELLPAQDIKALFVSEEEKKLTRKEVYIKNGDKKGSCERDA 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 pF1KE1 QYAPGYDKVKDISEVVTPRFLCTGGVSPYADPNTCRGDSGGPLIVHKRSRFIQVGVISWG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 QYAPGYDKVKDISEVVTPRFLCTGGVSPYADPNTCRGDSGGPLIVHKRSRFIQVGVISWG 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 pF1KE1 VVDVCKNQKRQKQVPAHARDFHINLFQVLPWLKEKLQDEDLGFL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 VVDVCKNQKRQKQVPAHARDFHINLFQVLPWLKEKLQDEDLGFL 730 740 750 760 >>CCDS4728.1 C2 gene_id:717|Hs108|chr6 (752 aa) initn: 1524 init1: 548 opt: 1846 Z-score: 1793.0 bits: 342.5 E(32554): 1.5e-93 Smith-Waterman score: 1846; 39.8% identity (69.6% similar) in 757 aa overlap (30-764:17-750) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MGSNLSPQLCLMPFILGLLSGGVTTTPWSLAWPQGSCSLEGVEIKGGSFRLLQ---EGQA :: :: ..:.:.::.: : . :. CCDS47 MGPLMVLFCLLFLYPGLADSAPSCP-QNVNISGGTFTLSHGWAPGSL 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 LEYVCPSGFYPYPVQTRTCRSTGSWSTLKTQDQKTVRKAECRAIHCPRPHDFENGEYWPR : : ::.:.:: :. .: :.:.:.:.: ... :: :. ..:: : .:::: : :: CCDS47 LTYSCPQGLYPSPA-SRLCKSSGQWQT--PGATRSLSKAVCKPVRCPAPVSFENGIYTPR 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 SPYYNVSDEISFHCYDGYTLRGSANRTCQVNGRWSGQTAICDNGAGYCSNPGIPIGTRKV : :. ..::.: ::. :::: : :. :: :.:.::.::::::.: :::: .:. .. CCDS47 LGSYPVGGNVSFECEDGFILRGSPVRQCRPNGMWDGETAVCDNGAGHCPNPGISLGAVRT 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 GSQYRLEDSVTYHCSRGLTLRGSQRRTCQEGGSWSGTEPSCQDSFMYDTPQEVAEAFLSS : .. :.: :.:: .:.: ::..: :: .: :::::: :.. . :: :..:: :. .: CCDS47 GFRFGHGDKVRYRCSSNLVLTGSSERECQGNGVWSGTEPICRQPYSYDFPEDVAPALGTS 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 LTETIEGVDAEDGHGPGEQQKRKIVLDPSGSMNIYLVLDGSDSIGASNFTGAKKCLVNLI ... . ... . :. ::: .. :: .:.::.:: :.:.. ..: :. .. CCDS47 FSHMLGATNPT--QKTKESLGRKIQIQRSGHLNLYLLLDCSQSVSENDFLIFKESASLMV 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 EKVASYGVKPRYGLVTYATYPKIWVKVSEADSSNADWVTKQLNEINYEDHKLKSGTNTKK ... :. .. ...:.:. ::. ..: . .: . : ..:.. ::.::. .:::: CCDS47 DRIFSFEINVSVAIITFASEPKVLMSVLNDNSRDMTEVISSLENANYKDHENGTGTNTYA 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KE1 ALQAVYSMMSWPD---DVPPEGWNRTRHVIILMTDGLHNMGGDPITVIDEIRDLLYIGKD ::..:: ::. . .:.. ::.:::.::: ::::.: :..:.::..: :.. CCDS47 ALNSVYLMMNNQMRLLGMETMAWQEIRHAIILLTDGKSNMGGSPKTAVDHIREILNINQK 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KE1 RKNPREDYLDVYVFGVGPL-VNQVNINALASKKDNEQHVFKVKDMENLEDVFYQMIDESQ : .::::.:..::: : :. ..: :.::::.:.:.: ..: . :..:: .:.: :. CCDS47 R----NDYLDIYAIGVGKLDVDWRELNELGSKKDGERHAFILQDTKALHQVFEHMLDVSK 410 420 430 440 450 480 490 500 510 520 530 pF1KE1 -SLSLCGMVWEHRKGTDYHKQPWQAKISVIRPSKGHESCMGAVVSEYFVLTAAHCFTVDD . ..::. ...: .. ::.. .:.: :..:.: ::..:. .:::::::: : CCDS47 LTDTICGVGNMSANASDQERTPWHV---TIKP-KSQETCRGALISDQWVLTAAHCFR-DG 460 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 pF1KE1 KEHSI-KVSVGGEK----RDLEIEVVLFHPNYNINGKKEAGIPEFYDYDVALIKLKNKLK ..::. .:.:: : ... :: ... :.... .::. :: ::: :.::.:: .:.: CCDS47 NDHSLWRVNVGDPKSQWGKEFLIEKAVISPGFDVFAKKNQGILEFYGDDIALLKLAQKVK 520 530 540 550 560 570 590 600 610 620 630 640 pF1KE1 YGQTIRPICLPCTEGTTRALRLPPTTTCQQQKEELLPAQDIKALFVSEEEKKLTRKEVYI .. :::::::: .. ::: : .::.....::: :.. : ::. . .:: .. . CCDS47 MSTHARPICLPCTMEANLALRRPQGSTCRDHENELLNKQSVPAHFVALNGSKL---NINL 580 590 600 610 620 650 660 670 680 690 700 pF1KE1 KNGDKKGSC-ERDAQYAPGYDKVKDISEVVTPRFLCTGGVSPYADPNTCRGDSGGPLIVH : : . :: : .: . .. :. :::: .:::.: : . :.:.::: .... CCDS47 KMGVEWTSCAEVVSQEKTMFPNLTDVREVVTDQFLCSG---TQEDESPCKGESGGAVFLE 630 640 650 660 670 680 710 720 730 740 750 pF1KE1 KRSRFIQVGVISWGVVDVC-----KNQKRQ---KQVPAHARDFHINLFQVLPWLKEKLQD .: ::.:::..:::. . : ::.... ..:: ::::::::.. :::...: : CCDS47 RRFRFFQVGLVSWGLYNPCLGSADKNSRKRAPRSKVPP-PRDFHINLFRMQPWLRQHLGD 690 700 710 720 730 740 760 pF1KE1 EDLGFL :.:: CCDS47 V-LNFLPL 750 >>CCDS54991.1 C2 gene_id:717|Hs108|chr6 (620 aa) initn: 1351 init1: 266 opt: 1434 Z-score: 1395.2 bits: 268.6 E(32554): 2.2e-71 Smith-Waterman score: 1434; 38.6% identity (69.9% similar) in 622 aa overlap (162-764:16-618) 140 150 160 170 180 190 pF1KE1 YDGYTLRGSANRTCQVNGRWSGQTAICDNGAGYCSNPGIPIGTRKVGSQYRLEDSVTYHC ::.: :::: .:. ..: .. :.: :.: CCDS54 MGPLMVLFCLLFLYPAGHCPNPGISLGAVRTGFRFGHGDKVRYRC 10 20 30 40 200 210 220 230 240 250 pF1KE1 SRGLTLRGSQRRTCQEGGSWSGTEPSCQDSFMYDTPQEVAEAFLSSLTETIEGVDAEDGH : .:.: ::..: :: .: :::::: :.. . :: :..:: :. .:... . ... . CCDS54 SSNLVLTGSSERECQGNGVWSGTEPICRQPYSYDFPEDVAPALGTSFSHMLGATNPT--Q 50 60 70 80 90 100 260 270 280 290 300 310 pF1KE1 GPGEQQKRKIVLDPSGSMNIYLVLDGSDSIGASNFTGAKKCLVNLIEKVASYGVKPRYGL :. ::: .. :: .:.::.:: :.:.. ..: :. ..... :. .. .. CCDS54 KTKESLGRKIQIQRSGHLNLYLLLDCSQSVSENDFLIFKESASLMVDRIFSFEINVSVAI 110 120 130 140 150 160 320 330 340 350 360 370 pF1KE1 VTYATYPKIWVKVSEADSSNADWVTKQLNEINYEDHKLKSGTNTKKALQAVYSMMSWPD- .:.:. ::. ..: . .: . : ..:.. ::.::. .:::: ::..:: ::. CCDS54 ITFASEPKVLMSVLNDNSRDMTEVISSLENANYKDHENGTGTNTYAALNSVYLMMNNQMR 170 180 190 200 210 220 380 390 400 410 420 pF1KE1 --DVPPEGWNRTRHVIILMTDGLHNMGGDPITVIDEIRDLLYIGKDRKNPREDYLDVYVF . .:.. ::.:::.::: ::::.: :..:.::..: :.. : .::::.:.. CCDS54 LLGMETMAWQEIRHAIILLTDGKSNMGGSPKTAVDHIREILNINQKR----NDYLDIYAI 230 240 250 260 270 430 440 450 460 470 480 pF1KE1 GVGPL-VNQVNINALASKKDNEQHVFKVKDMENLEDVFYQMIDESQ-SLSLCGMVWEHRK ::: : :. ..: :.::::.:.:.: ..: . :..:: .:.: :. . ..::. . CCDS54 GVGKLDVDWRELNELGSKKDGERHAFILQDTKALHQVFEHMLDVSKLTDTICGVGNMSAN 280 290 300 310 320 330 490 500 510 520 530 540 pF1KE1 GTDYHKQPWQAKISVIRPSKGHESCMGAVVSEYFVLTAAHCFTVDDKEHSI-KVSVGGEK ..: .. ::.. .:.: :..:.: ::..:. .:::::::: : ..::. .:.:: : CCDS54 ASDQERTPWHV---TIKP-KSQETCRGALISDQWVLTAAHCFR-DGNDHSLWRVNVGDPK 340 350 360 370 380 390 550 560 570 580 590 600 pF1KE1 ----RDLEIEVVLFHPNYNINGKKEAGIPEFYDYDVALIKLKNKLKYGQTIRPICLPCTE ... :: ... :.... .::. :: ::: :.::.:: .:.:.. :::::::: CCDS54 SQWGKEFLIEKAVISPGFDVFAKKNQGILEFYGDDIALLKLAQKVKMSTHARPICLPCTM 400 410 420 430 440 450 610 620 630 640 650 660 pF1KE1 GTTRALRLPPTTTCQQQKEELLPAQDIKALFVSEEEKKLTRKEVYIKNGDKKGSC-ERDA .. ::: : .::.....::: :.. : ::. . .::. . .: : . :: : . CCDS54 EANLALRRPQGSTCRDHENELLNKQSVPAHFVALNGSKLN---INLKMGVEWTSCAEVVS 460 470 480 490 500 510 670 680 690 700 710 720 pF1KE1 QYAPGYDKVKDISEVVTPRFLCTGGVSPYADPNTCRGDSGGPLIVHKRSRFIQVGVISWG : . .. :. :::: .:::.: : . :.:.::: .....: ::.:::..::: CCDS54 QEKTMFPNLTDVREVVTDQFLCSG---TQEDESPCKGESGGAVFLERRFRFFQVGLVSWG 520 530 540 550 560 730 740 750 760 pF1KE1 VVDVC-----KNQKRQ---KQVPAHARDFHINLFQVLPWLKEKLQDEDLGFL . . : ::.... ..:: ::::::::.. :::...: : :.:: CCDS54 LYNPCLGSADKNSRKRAPRSKVPP-PRDFHINLFRMQPWLRQHLGDV-LNFLPL 570 580 590 600 610 620 >>CCDS75428.1 C2 gene_id:717|Hs108|chr6 (506 aa) initn: 894 init1: 256 opt: 1099 Z-score: 1071.9 bits: 208.5 E(32554): 2.2e-53 Smith-Waterman score: 1099; 39.0% identity (70.0% similar) in 484 aa overlap (300-764:38-504) 270 280 290 300 310 320 pF1KE1 NIYLVLDGSDSIGASNFTGAKKCLVNLIEKVASYGVKPRYGLVTYATYPKIWVKVSEADS . :. .. ...:.:. ::. ..: . .: CCDS75 AAPRILCSRGLRSGSARATGSGVERSPSAAIFSFEINVSVAIITFASEPKVLMSVLNDNS 10 20 30 40 50 60 330 340 350 360 370 380 pF1KE1 SNADWVTKQLNEINYEDHKLKSGTNTKKALQAVYSMMSWPD---DVPPEGWNRTRHVIIL . : ..:.. ::.::. .:::: ::..:: ::. . .:.. ::.::: CCDS75 RDMTEVISSLENANYKDHENGTGTNTYAALNSVYLMMNNQMRLLGMETMAWQEIRHAIIL 70 80 90 100 110 120 390 400 410 420 430 440 pF1KE1 MTDGLHNMGGDPITVIDEIRDLLYIGKDRKNPREDYLDVYVFGVGPL-VNQVNINALASK .::: ::::.: :..:.::..: :.. :. ::::.:..::: : :. ..: :.:: CCDS75 LTDGKSNMGGSPKTAVDHIREILNINQKRN----DYLDIYAIGVGKLDVDWRELNELGSK 130 140 150 160 170 180 450 460 470 480 490 500 pF1KE1 KDNEQHVFKVKDMENLEDVFYQMIDESQ-SLSLCGMVWEHRKGTDYHKQPWQAKISVIRP ::.:.:.: ..: . :..:: .:.: :. . ..::. ...: .. ::.. .:.: CCDS75 KDGERHAFILQDTKALHQVFEHMLDVSKLTDTICGVGNMSANASDQERTPWHV---TIKP 190 200 210 220 230 240 510 520 530 540 550 pF1KE1 SKGHESCMGAVVSEYFVLTAAHCFTVDDKEHSI-KVSVGGEK----RDLEIEVVLFHPNY :..:.: ::..:. .:::::::: : ..::. .:.:: : ... :: ... :.. CCDS75 -KSQETCRGALISDQWVLTAAHCFR-DGNDHSLWRVNVGDPKSQWGKEFLIEKAVISPGF 250 260 270 280 290 560 570 580 590 600 610 pF1KE1 NINGKKEAGIPEFYDYDVALIKLKNKLKYGQTIRPICLPCTEGTTRALRLPPTTTCQQQK .. .::. :: ::: :.::.:: .:.:.. :::::::: .. ::: : .::.... CCDS75 DVFAKKNQGILEFYGDDIALLKLAQKVKMSTHARPICLPCTMEANLALRRPQGSTCRDHE 300 310 320 330 340 350 620 630 640 650 660 670 pF1KE1 EELLPAQDIKALFVSEEEKKLTRKEVYIKNGDKKGSC-ERDAQYAPGYDKVKDISEVVTP .::: :.. : ::. . .:: .. .: : . :: : .: . .. :. :::: CCDS75 NELLNKQSVPAHFVALNGSKL---NINLKMGVEWTSCAEVVSQEKTMFPNLTDVREVVTD 360 370 380 390 400 410 680 690 700 710 720 730 pF1KE1 RFLCTGGVSPYADPNTCRGDSGGPLIVHKRSRFIQVGVISWGVVDVC-----KNQKRQ-- .:::.: : . :.:.::: .....: ::.:::..:::. . : ::.... 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