FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6931, 207 aa 1>>>pF1KB6931 207 - 207 aa - 207 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2304+/-0.00116; mu= 14.2044+/- 0.071 mean_var=77.4582+/-15.186, 0's: 0 Z-trim(102.9): 214 B-trim: 0 in 0/48 Lambda= 0.145727 statistics sampled from 6943 (7178) to 6943 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.586), E-opt: 0.2 (0.22), width: 16 Scan time: 1.920 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 1346 292.5 1.2e-79 CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 1144 250.1 7.4e-67 CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 892 197.1 6.4e-51 CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 857 189.7 1.1e-48 CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 753 167.9 4.1e-42 CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 720 160.9 4.9e-40 CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 695 155.7 2e-38 CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 694 155.5 2.3e-38 CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 682 153.0 1.3e-37 CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 675 151.5 3.8e-37 CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 658 147.9 4.5e-36 CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 657 147.8 5.7e-36 CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 651 146.4 1.1e-35 CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 650 146.2 1.4e-35 CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 646 145.3 2.3e-35 CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 646 145.4 2.6e-35 CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 629 141.8 2.7e-34 CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 628 141.6 3.5e-34 CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 609 137.6 5.4e-33 CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 606 137.0 8.5e-33 CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 596 134.9 4e-32 CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 584 132.3 2.1e-31 CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 582 131.9 2.8e-31 CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 580 131.5 3.8e-31 CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 569 129.2 1.9e-30 CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 567 128.7 2.4e-30 CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 565 128.3 3.3e-30 CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 547 124.6 4.6e-29 CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 539 122.9 1.5e-28 CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 537 122.5 2e-28 CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 523 119.5 1.5e-27 CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 519 118.7 2.7e-27 CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 518 118.5 3.1e-27 CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 520 119.3 6e-27 CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 500 114.6 3.3e-26 CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 503 115.4 3.4e-26 CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 500 114.7 4.6e-26 CCDS54162.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 186) 496 113.8 7e-26 CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 495 113.5 7e-26 CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 493 113.2 1.2e-25 CCDS9768.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 208) 492 113.0 1.4e-25 CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 490 112.5 1.7e-25 CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 490 112.6 1.9e-25 CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 489 112.4 2.2e-25 CCDS10413.1 RAB40C gene_id:57799|Hs108|chr16 ( 281) 490 112.7 2.3e-25 CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 488 112.1 2.4e-25 CCDS35357.1 RAB40A gene_id:142684|Hs108|chrX ( 277) 485 111.6 4.7e-25 CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 490 113.0 4.7e-25 CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 482 110.9 5.5e-25 CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 483 111.1 5.6e-25 >>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa) initn: 1346 init1: 1346 opt: 1346 Z-score: 1543.3 bits: 292.5 E(32554): 1.2e-79 Smith-Waterman score: 1346; 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CCDS10 NKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDS 130 140 150 160 170 180 190 200 pF1KB6 SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL . :.. :::: ...:..::::: :: CCDS10 NSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL 190 200 >>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa) initn: 886 init1: 886 opt: 892 Z-score: 1027.7 bits: 197.1 E(32554): 6.4e-51 Smith-Waterman score: 892; 76.0% identity (91.6% similar) in 179 aa overlap (3-181:4-181) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKL :::: ::::::::::::::::::::::.::::.::::::::::::.:.::.::.::: CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 QIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMIL :::::::::::.::::.:::::::::::::::: :::.:: .:.:::.:::. :::.:.: CCDS17 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 GNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEG :::::..::: : : .::..: ..::.:.:::::::::.:.::.:::.:: : : : CCDS17 GNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTPVK-EP 130 140 150 160 170 180 190 200 pF1KB6 NSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL :: CCDS17 NSENVDISSGGGVTGWKSKCC 180 190 200 >>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa) initn: 853 init1: 853 opt: 857 Z-score: 987.8 bits: 189.7 E(32554): 1.1e-48 Smith-Waterman score: 857; 62.1% identity (88.3% similar) in 206 aa overlap (1-206:1-202) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQ :::.::.::::::::::::::::...::.:: ::.:.::::::::::::....::.:::: CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB6 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMILG .:::::::::.:::::::::::::.::::::.::::.::.::...:.:.::: ::...:: CCDS10 VWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGVERLLLG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB6 NKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGN ::::.. ::.:.::...::: ..::.:.:::::...::..:: .::::: : . :: CCDS10 NKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSGGRRSGN 130 140 150 160 170 180 190 200 pF1KB6 SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL . . . .: : :... . .: : CCDS10 GNKPPSTDLK-TCDKKNTN---KCSLG 190 200 >>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa) initn: 766 init1: 749 opt: 753 Z-score: 869.6 bits: 167.9 E(32554): 4.1e-42 Smith-Waterman score: 753; 55.1% identity (84.2% similar) in 196 aa overlap (1-196:4-199) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRI : :::::::::::::::::.:.:.::..:... ..:::::.:::::::::::: : CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 KLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKM :::::::::::::::::..::::: ::..:::.:...::.:...:...:...:: .:.:. CCDS46 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 ILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKL ..:::::.. :. :. ....: . :: :.::::: :::..:.:.: .:: .: CCDS46 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA 130 140 150 160 170 180 180 190 200 pF1KB6 EGNSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL ... . :: .. :: .: CCDS46 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC 190 200 >>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa) initn: 711 init1: 711 opt: 720 Z-score: 832.2 bits: 160.9 E(32554): 4.9e-40 Smith-Waterman score: 720; 55.4% identity (82.6% similar) in 195 aa overlap (1-193:1-192) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQ : :::::::::::::::::.:.:.::..:... ..:::::.:::::::::::: :::: CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB6 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMILG ::::::::::::::..::::: ::..:::.:...:. :...:...:...:: .:.:...: CCDS31 IWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLVG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB6 NKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGN :: :.. :. :.. ....: . :: :.::::: :::.::.:.: .:: .: : CCDS31 NKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMG---PGA 130 140 150 160 170 190 200 pF1KB6 SPQGSNQGVKI--TPDQQKRSSFFRCVLL . : ..:: :: CCDS31 ASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC 180 190 200 >>CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 (212 aa) initn: 695 init1: 695 opt: 695 Z-score: 803.5 bits: 155.7 E(32554): 2e-38 Smith-Waterman score: 695; 52.9% identity (84.0% similar) in 187 aa overlap (1-187:1-187) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQ ::: :: ::.:::::::::::::.: ::... :.:. :::::.:::..:::.:: ....: CCDS76 MAKQYDVLFRLLLIGDSGVGKTCLLCRFTDNEFHSSHISTIGVDFKMKTIEVDGIKVRIQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB6 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMILG :::::::::..::: ::: :.::.:::::..:.:...: .:. ...:.: :.:...: CCDS76 IWDTAGQERYQTITKQYYRRAQGIFLVYDISSERSYQHIMKWVSDVDEYAPEGVQKILIG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB6 NKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGN :: : ..::::..:.:..:: .::. :.:::: .:.:....: :.. . :.::: CCDS76 NKADEEQKRQVGREQGQQLAKEYGMDFYETSACTNLNIKESFTRLTELVLQAHRKELEGL 130 140 150 160 170 180 190 200 pF1KB6 SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL ..::. CCDS76 RMRASNELALAELEEEEGKPEGPANSSKTCWC 190 200 210 >>CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 (220 aa) initn: 686 init1: 666 opt: 694 Z-score: 802.1 bits: 155.5 E(32554): 2.3e-38 Smith-Waterman score: 694; 52.6% identity (84.2% similar) in 196 aa overlap (3-196:17-211) 10 20 30 40 pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFK ...::.::.:.::.:.:::: :::...:.:. .:.::.::::: CCDS12 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KB6 IRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNI ..:: . :::::::::::::::.:::::::::::::..:.::::::.::. ...: .: CCDS12 VKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWSTQI 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KB6 EEHASADVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLA . .. ... ...:::::..:.: ::.:::..:: :..:.:.::: ::::...: :. CCDS12 KTYSWDNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDNINVKQTFERLV 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 pF1KB6 RDIKAKMDKKLEGNSPQ--GSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL : ::...:. .: :..:: ... ::: CCDS12 DVICEKMSESLDTADPAVTGAKQGPQLS-DQQVPPHQDCAC 190 200 210 220 >>CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 (219 aa) initn: 680 init1: 680 opt: 682 Z-score: 788.5 bits: 153.0 E(32554): 1.3e-37 Smith-Waterman score: 682; 50.2% identity (78.8% similar) in 203 aa overlap (3-204:17-219) 10 20 30 40 pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFK ...::.:::::::.:.:::: :::...:.:. .:.::.::::: CCDS12 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KB6 IRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNI ..:. :::::::::::::::.:::::::::::::..:.:::.:..:: ...: .: CCDS12 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KB6 EEHASADVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLA . .. ... ...:::::..:.: : : :..:: : :..:.:.::: ::::...: :. CCDS12 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 pF1KB6 RDIKAKMDKKLEGNSPQGSN-QGVKITPDQQKRSSFFRCVLL : ::...:: .: .::: .: . . : : CCDS12 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC 190 200 210 >>CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 (227 aa) initn: 672 init1: 672 opt: 675 Z-score: 780.4 bits: 151.5 E(32554): 3.8e-37 Smith-Waterman score: 675; 52.1% identity (83.0% similar) in 194 aa overlap (3-193:25-218) 10 20 30 pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFI ...::.::::.::.:.:::: :::...:.:.:.:. CCDS39 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KB6 STIGIDFKIRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDN ::.:::::..:. . :::::::::::::::.:::::::::::::..:.::::::.::. 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