Result of FASTA (ccds) for pFN21AE2194
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2194, 255 aa
  1>>>pF1KE2194 255 - 255 aa - 255 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6889+/-0.000867; mu= 11.8840+/- 0.052
 mean_var=59.2132+/-11.535, 0's: 0 Z-trim(105.3): 16  B-trim: 48 in 1/47
 Lambda= 0.166673
 statistics sampled from 8323 (8330) to 8323 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.636), E-opt: 0.2 (0.256), width:  16
 Scan time:  2.300

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11001.1 YWHAE gene_id:7531|Hs108|chr17         ( 255) 1641 402.9 1.1e-112
CCDS6290.1 YWHAZ gene_id:7534|Hs108|chr8           ( 245) 1060 263.2 1.2e-70
CCDS13339.1 YWHAB gene_id:7529|Hs108|chr20         ( 246) 1024 254.6 4.7e-68
CCDS5584.1 YWHAG gene_id:7532|Hs108|chr7           ( 247) 1003 249.5 1.6e-66
CCDS1666.1 YWHAQ gene_id:10971|Hs108|chr2          ( 245)  999 248.6   3e-66
CCDS13901.1 YWHAH gene_id:7533|Hs108|chr22         ( 246)  986 245.4 2.7e-65
CCDS288.1 SFN gene_id:2810|Hs108|chr1              ( 248)  949 236.5 1.3e-62


>>CCDS11001.1 YWHAE gene_id:7531|Hs108|chr17              (255 aa)
 initn: 1641 init1: 1641 opt: 1641  Z-score: 2136.8  bits: 402.9 E(32554): 1.1e-112
Smith-Waterman score: 1641; 100.0% identity (100.0% similar) in 255 aa overlap (1-255:1-255)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MDDREDLVYQAKLAEQAERYDEMVESMKKVAGMDVELTVEERNLLSVAYKNVIGARRASW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MDDREDLVYQAKLAEQAERYDEMVESMKKVAGMDVELTVEERNLLSVAYKNVIGARRASW
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 RIISSIEQKEENKGGEDKLKMIREYRQMVETELKLICCDILDVLDKHLIPAANTGESKVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RIISSIEQKEENKGGEDKLKMIREYRQMVETELKLICCDILDVLDKHLIPAANTGESKVF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 YYKMKGDYHRYLAEFATGNDRKEAAENSLVAYKAASDIAMTELPPTHPIRLGLALNFSVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YYKMKGDYHRYLAEFATGNDRKEAAENSLVAYKAASDIAMTELPPTHPIRLGLALNFSVF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 YYEILNSPDRACRLAKAAFDDAIAELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDMQGDGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YYEILNSPDRACRLAKAAFDDAIAELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDMQGDGE
              190       200       210       220       230       240

              250     
pF1KE2 EQNKEALQDVEDENQ
       :::::::::::::::
CCDS11 EQNKEALQDVEDENQ
              250     

>>CCDS6290.1 YWHAZ gene_id:7534|Hs108|chr8                (245 aa)
 initn: 1040 init1: 743 opt: 1060  Z-score: 1382.0  bits: 263.2 E(32554): 1.2e-70
Smith-Waterman score: 1060; 69.0% identity (86.2% similar) in 239 aa overlap (3-241:2-238)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MDDREDLVYQAKLAEQAERYDEMVESMKKVAGMDVELTVEERNLLSVAYKNVIGARRASW
         :...:: .:::::::::::.:.  ::.:. . .::. :::::::::::::.::::.::
CCDS62  MDKNELVQKAKLAEQAERYDDMAACMKSVTEQGAELSNEERNLLSVAYKNVVGARRSSW
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 RIISSIEQKEENKGGEDKLKMIREYRQMVETELKLICCDILDVLDKHLIPAANTGESKVF
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CCDS62 RVVSSIEQKTE--GAEKKQQMAREYREKIETELRDICNDVLSLLEKFLIPNASQAESKVF
      60        70          80        90       100       110       

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 YYKMKGDYHRYLAEFATGNDRKEAAENSLVAYKAASDIAMTELPPTHPIRLGLALNFSVF
       : ::::::.::::: :.:.:.:  ...:  ::. : .:.  :. ::::::::::::::::
CCDS62 YLKMKGDYYRYLAEVAAGDDKKGIVDQSQQAYQEAFEISKKEMQPTHPIRLGLALNFSVF
       120       130       140       150       160       170       

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 YYEILNSPDRACRLAKAAFDDAIAELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDMQGDGE
       ::::::::..:: :::.:::.::::::::::::::::::::::::::::::::: :::  
CCDS62 YYEILNSPEKACSLAKTAFDEAIAELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDTQGDEA
       180       190       200       210       220       230       

              250     
pF1KE2 EQNKEALQDVEDENQ
       :              
CCDS62 EAGEGGEN       
       240            

>>CCDS13339.1 YWHAB gene_id:7529|Hs108|chr20              (246 aa)
 initn: 736 init1: 736 opt: 1024  Z-score: 1335.2  bits: 254.6 E(32554): 4.7e-68
Smith-Waterman score: 1024; 66.1% identity (83.7% similar) in 245 aa overlap (3-243:4-246)

                10        20        30        40        50         
pF1KE2  MDDREDLVYQAKLAEQAERYDEMVESMKKVAGMDVELTVEERNLLSVAYKNVIGARRAS
          :. .:: .:::::::::::.:. .:: :. .  ::. :::::::::::::.::::.:
CCDS13 MTMDKSELVQKAKLAEQAERYDDMAAAMKAVTEQGHELSNEERNLLSVAYKNVVGARRSS
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KE2 WRIISSIEQKEENKGGEDKLKMIREYRQMVETELKLICCDILDVLDKHLIPAANTGESKV
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CCDS13 WRVISSIEQKTERN--EKKQQMGKEYREKIEAELQDICNDVLELLDKYLIPNATQPESKV
               70          80        90       100       110        

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE2 FYYKMKGDYHRYLAEFATGNDRKEAAENSLVAYKAASDIAMTELPPTHPIRLGLALNFSV
       :: :::::: :::.: :.:.... .. ::  ::. : .:.  :. :::::::::::::::
CCDS13 FYLKMKGDYFRYLSEVASGDNKQTTVSNSQQAYQEAFEISKKEMQPTHPIRLGLALNFSV
      120       130       140       150       160       170        

     180       190       200       210       220       230         
pF1KE2 FYYEILNSPDRACRLAKAAFDDAIAELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDMQGD-
       :::::::::..:: :::.:::.::::::::.:::::::::::::::::::::::. ::: 
CCDS13 FYYEILNSPEKACSLAKTAFDEAIAELDTLNEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSENQGDE
      180       190       200       210       220       230        

         240       250     
pF1KE2 ---GEEQNKEALQDVEDENQ
          :: .:            
CCDS13 GDAGEGEN            
      240                  

>>CCDS5584.1 YWHAG gene_id:7532|Hs108|chr7                (247 aa)
 initn: 1024 init1: 584 opt: 1003  Z-score: 1307.9  bits: 249.5 E(32554): 1.6e-66
Smith-Waterman score: 1003; 64.2% identity (83.3% similar) in 246 aa overlap (1-243:1-246)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MDDREDLVYQAKLAEQAERYDEMVESMKKVAGMDVELTVEERNLLSVAYKNVIGARRASW
       : :::.:: .:.:::::::::.:. .::.:. ..  :. :::::::::::::.::::.::
CCDS55 MVDREQLVQKARLAEQAERYDDMAAAMKNVTELNEPLSNEERNLLSVAYKNVVGARRSSW
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110          
pF1KE2 RIISSIEQKEENKGGEDKLKMIREYRQMVETELKLICCDILDVLDKHLIPAANTG--ESK
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CCDS55 RVISSIEQKTSADGNEKKIEMVRAYREKIEKELEAVCQDVLSLLDNYLIKNCSETQYESK
               70        80        90       100       110       120

      120       130       140       150       160       170        
pF1KE2 VFYYKMKGDYHRYLAEFATGNDRKEAAENSLVAYKAASDIAMTELPPTHPIRLGLALNFS
       ::: ::::::.::::: :::. :  ..:.:  ::. : .:.  .. ::::::::::::.:
CCDS55 VFYLKMKGDYYRYLAEVATGEKRATVVESSEKAYSEAHEISKEHMQPTHPIRLGLALNYS
              130       140       150       160       170       180

      180       190       200       210       220       230        
pF1KE2 VFYYEILNSPDRACRLAKAAFDDAIAELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDMQGD
       :::::: :.:..::.:::.::::::::::::.:.::::::::::::::::::::::.: :
CCDS55 VFYYEIQNAPEQACHLAKTAFDDAIAELDTLNEDSYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDQQDD
              190       200       210       220       230       240

       240       250     
pF1KE2 -GEEQNKEALQDVEDENQ
        : : :            
CCDS55 DGGEGNN           
                         

>>CCDS1666.1 YWHAQ gene_id:10971|Hs108|chr2               (245 aa)
 initn: 1000 init1: 727 opt: 999  Z-score: 1302.8  bits: 248.6 E(32554): 3e-66
Smith-Waterman score: 999; 65.3% identity (85.2% similar) in 236 aa overlap (3-238:2-235)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MDDREDLVYQAKLAEQAERYDEMVESMKKVAGMDVELTVEERNLLSVAYKNVIGARRASW
         .. .:. .:::::::::::.:.  :: :. . .::. :::::::::::::.:.::..:
CCDS16  MEKTELIQKAKLAEQAERYDDMATCMKAVTEQGAELSNEERNLLSVAYKNVVGGRRSAW
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 RIISSIEQKEENKGGEDKLKMIREYRQMVETELKLICCDILDVLDKHLIPAANTGESKVF
       :.::::::: ...  . ::..:..::. ::.::. ::  .:..:::.::  :.. :::::
CCDS16 RVISSIEQKTDTS--DKKLQLIKDYREKVESELRSICTTVLELLDKYLIANATNPESKVF
      60        70          80        90       100       110       

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 YYKMKGDYHRYLAEFATGNDRKEAAENSLVAYKAASDIAMTELPPTHPIRLGLALNFSVF
       : :::::: ::::: : :.:::.. .::  ::. : ::.  :. ::::::::::::::::
CCDS16 YLKMKGDYFRYLAEVACGDDRKQTIDNSQGAYQEAFDISKKEMQPTHPIRLGLALNFSVF
       120       130       140       150       160       170       

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 YYEILNSPDRACRLAKAAFDDAIAELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDMQGDGE
       ::::::.:. :: :::.:::.::::::::.:.::::::::::::::::::::::  :.  
CCDS16 YYEILNNPELACTLAKTAFDEAIAELDTLNEDSYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDSAGEEC
       180       190       200       210       220       230       

              250     
pF1KE2 EQNKEALQDVEDENQ
                      
CCDS16 DAAEGAEN       
       240            

>>CCDS13901.1 YWHAH gene_id:7533|Hs108|chr22              (246 aa)
 initn: 1010 init1: 579 opt: 986  Z-score: 1285.8  bits: 245.4 E(32554): 2.7e-65
Smith-Waterman score: 986; 63.8% identity (82.5% similar) in 240 aa overlap (1-238:1-240)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MDDREDLVYQAKLAEQAERYDEMVESMKKVAGMDVELTVEERNLLSVAYKNVIGARRASW
       : :::.:. .:.:::::::::.:. .:: :. ..  :. :.:::::::::::.::::.::
CCDS13 MGDREQLLQRARLAEQAERYDDMASAMKAVTELNEPLSNEDRNLLSVAYKNVVGARRSSW
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110          
pF1KE2 RIISSIEQKEENKGGEDKLKMIREYRQMVETELKLICCDILDVLDKHLIPAANT--GESK
       :.:::::::    :.: ::. .. ::. .: ::. .: :.:..::: ::   :    :::
CCDS13 RVISSIEQKTMADGNEKKLEKVKAYREKIEKELETVCNDVLSLLDKFLIKNCNDFQYESK
               70        80        90       100       110       120

      120       130       140       150       160       170        
pF1KE2 VFYYKMKGDYHRYLAEFATGNDRKEAAENSLVAYKAASDIAMTELPPTHPIRLGLALNFS
       ::: ::::::.::::: :.:. .. ..: : .::: : .:.  .. ::::::::::::::
CCDS13 VFYLKMKGDYYRYLAEVASGEKKNSVVEASEAAYKEAFEISKEQMQPTHPIRLGLALNFS
              130       140       150       160       170       180

      180       190       200       210       220       230        
pF1KE2 VFYYEILNSPDRACRLAKAAFDDAIAELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDMQGD
       :::::: :.:..:: ::: ::::::::::::.:.::::::::::::::::::::::.: .
CCDS13 VFYYEIQNAPEQACLLAKQAFDDAIAELDTLNEDSYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDQQDE
              190       200       210       220       230       240

      240       250     
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CCDS13 EAGEGN           
                        

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         .: .:. .::::::::::..:.  :: ..    ::. :::::::::::::.:..::.:
CCDS28  MERASLIQKAKLAEQAERYEDMAAFMKGAVEKGEELSCEERNLLSVAYKNVVGGQRAAW
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       :..:::::: ...:.:.:   .::::. :::::. .:  .: .::.:::  :. .::.::
CCDS28 RVLSSIEQKSNEEGSEEKGPEVREYREKVETELQGVCDTVLGLLDSHLIKEAGDAESRVF
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       : ::::::.::::: :::.:.:.  ...  ::. : ::.  :.:::.:::::::::::::
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       .::: :::..:  :::..::.:.:.: ::::.::::::::::::::::::::.:  :. :
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     240       250     
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        :  .:          
CCDS28 GEAPQEPQS       
     240               




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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