FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6722, 765 aa 1>>>pF1KE6722 765 - 765 aa - 765 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7855+/-0.000383; mu= 18.2156+/- 0.024 mean_var=81.3239+/-16.172, 0's: 0 Z-trim(113.7): 37 B-trim: 405 in 1/54 Lambda= 0.142222 statistics sampled from 23190 (23226) to 23190 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.635), E-opt: 0.2 (0.272), width: 16 Scan time: 8.370 The best scores are: opt bits E(85289) NP_006355 (OMIM: 607812,610511) protein transport ( 765) 5193 1075.8 0 XP_016876417 (OMIM: 607812,610511) PREDICTED: prot ( 748) 5026 1041.5 0 NP_116780 (OMIM: 224100,610512,616858) protein tra ( 767) 4539 941.6 0 XP_016883082 (OMIM: 224100,610512,616858) PREDICTE ( 767) 4539 941.6 0 NP_006354 (OMIM: 224100,610512,616858) protein tra ( 767) 4539 941.6 0 NP_001166216 (OMIM: 224100,610512,616858) protein ( 767) 4539 941.6 0 NP_116781 (OMIM: 224100,610512,616858) protein tra ( 767) 4539 941.6 0 XP_011534657 (OMIM: 607812,610511) PREDICTED: prot ( 772) 3939 818.5 0 XP_005267319 (OMIM: 607812,610511) PREDICTED: prot ( 789) 3939 818.5 0 NP_001166217 (OMIM: 224100,610512,616858) protein ( 749) 3663 761.8 0 XP_011529842 (OMIM: 607184) PREDICTED: protein tra ( 733) 174 45.9 0.00071 XP_016863141 (OMIM: 607184) PREDICTED: protein tra (1172) 174 46.1 0.001 XP_011529841 (OMIM: 607184) PREDICTED: protein tra (1203) 174 46.1 0.0011 XP_011529839 (OMIM: 607184) PREDICTED: protein tra (1241) 174 46.1 0.0011 XP_011529838 (OMIM: 607184) PREDICTED: protein tra (1244) 174 46.1 0.0011 NP_001305014 (OMIM: 607184) protein transport prot (1267) 174 46.1 0.0011 NP_006314 (OMIM: 607184) protein transport protein (1268) 174 46.1 0.0011 NP_001287742 (OMIM: 607184) protein transport prot (1298) 174 46.1 0.0011 XP_005262745 (OMIM: 607184) PREDICTED: protein tra (1299) 174 46.1 0.0011 XP_016864452 (OMIM: 607183) PREDICTED: protein tra ( 555) 159 42.8 0.0048 NP_001239160 (OMIM: 607183) protein transport prot ( 613) 159 42.8 0.0052 XP_006714586 (OMIM: 607183) PREDICTED: protein tra (1035) 159 42.9 0.0079 XP_016864450 (OMIM: 607183) PREDICTED: protein tra (1067) 159 43.0 0.0082 NP_068817 (OMIM: 607183) protein transport protein (1093) 159 43.0 0.0083 >>NP_006355 (OMIM: 607812,610511) protein transport prot (765 aa) initn: 5193 init1: 5193 opt: 5193 Z-score: 5755.8 bits: 1075.8 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5193; 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XP_016 LEMKCCANLTGGYMVMGDSFNTSLFKQTFQRIFTKDFNGDFRMAFGATLDVKTSRELKIA 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE6 GAIGPCVSLNSKGPCVSENEIGTGGTCQWKICGLSPTTTLAIYFEVVNQHNAPIPQGGRG :::::::::: :::::::::.:.::: :::::::.::.::.::::::::::.:::::::: XP_016 GAIGPCVSLNVKGPCVSENELGVGGTSQWKICGLDPTSTLGIYFEVVNQHNTPIPQGGRG 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE6 AIQFVTQYQHSSGQRRIRVTTIARNWADAQTQIQNIAASFDQEAAAILMARLAIYRAETE ::::::.::::: :::::::::::::::.:.:...: :.:::::::.:::::...:::.: XP_016 AIQFVTHYQHSSTQRRIRVTTIARNWADVQSQLRHIEAAFDQEAAAVLMARLGVFRAESE 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KE6 EGPDVLRWLDRQLIRLCQKFGEYHKDDPSSFRFSETFSLYPQFMFHLRRSSFLQVFNNSP :::::::::::::::::::::.:.:.::.:::.:..:::::::::::::: ::::::::: XP_016 EGPDVLRWLDRQLIRLCQKFGQYNKEDPTSFRLSDSFSLYPQFMFHLRRSPFLQVFNNSP 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KE6 DESSYYRHHFMRQDLTQSLIMIQPIMYAYSFSGPPEPVLLDSSSILADRILLMDTFFQIL :::::::::: ::::::::::::::.:.::: :::::::::::::::::::::::::::. 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NP_006 LEMKCCANLTGGYMVMGDSFNTSLFKQTFQRIFTKDFNGDFRMAFGATLDVKTSRELKIA 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE6 GAIGPCVSLNSKGPCVSENEIGTGGTCQWKICGLSPTTTLAIYFEVVNQHNAPIPQGGRG :::::::::: :::::::::.:.::: :::::::.::.::.::::::::::.:::::::: NP_006 GAIGPCVSLNVKGPCVSENELGVGGTSQWKICGLDPTSTLGIYFEVVNQHNTPIPQGGRG 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE6 AIQFVTQYQHSSGQRRIRVTTIARNWADAQTQIQNIAASFDQEAAAILMARLAIYRAETE ::::::.::::: :::::::::::::::.:.:...: :.:::::::.:::::...:::.: NP_006 AIQFVTHYQHSSTQRRIRVTTIARNWADVQSQLRHIEAAFDQEAAAVLMARLGVFRAESE 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KE6 EGPDVLRWLDRQLIRLCQKFGEYHKDDPSSFRFSETFSLYPQFMFHLRRSSFLQVFNNSP :::::::::::::::::::::.:.:.::.:::.:..:::::::::::::: ::::::::: NP_006 EGPDVLRWLDRQLIRLCQKFGQYNKEDPTSFRLSDSFSLYPQFMFHLRRSPFLQVFNNSP 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KE6 DESSYYRHHFMRQDLTQSLIMIQPIMYAYSFSGPPEPVLLDSSSILADRILLMDTFFQIL :::::::::: ::::::::::::::.:.::: :::::::::::::::::::::::::::. NP_006 DESSYYRHHFARQDLTQSLIMIQPILYSYSFHGPPEPVLLDSSSILADRILLMDTFFQIV 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KE6 IYHGETIAQWRKSGYQDMPEYENFRHLLQAPVDDAQEILHSRFPMPRYIDTEHGGSQARF :: :::::::::.:::::::::::.::::::.:::::::..::::::::.:::::::::: NP_006 IYLGETIAQWRKAGYQDMPEYENFKHLLQAPLDDAQEILQARFPMPRYINTEHGGSQARF 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 pF1KE6 LLSKVNPSQTHNNMYAWGQESGAPILTDDVSLQVFMDHLKKLAVSSAA :::::::::::::.::::::.:::::::::::::::::::::::::: NP_006 LLSKVNPSQTHNNLYAWGQETGAPILTDDVSLQVFMDHLKKLAVSSAC 720 730 740 750 760 >>NP_001166216 (OMIM: 224100,610512,616858) protein tran (767 aa) initn: 3268 init1: 3268 opt: 4539 Z-score: 5030.6 bits: 941.6 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 4539; 84.9% identity (95.8% similar) in 767 aa overlap (1-764:1-766) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 MTTYLEFIQQNEERDGVRFSWNVWPSSRLEATRMVVPVAALFTPLKERPDLPPIQYEPVL :.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :.:::::::::::.:::::: NP_001 MATYLEFIQQNEERDGVRFSWNVWPSSRLEATRMVVPLACLLTPLKERPDLPPVQYEPVL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE6 CSRTTCRAVLNPLCQVDYRAKLWACNFCYQRNQFPPSYAGISELNQPAELLPQFSSIEYV ::: ::.:::::::::::::::::::::.:::::::.:.::::.::::::.::::.:::: NP_001 CSRPTCKAVLNPLCQVDYRAKLWACNFCFQRNQFPPAYGGISEVNQPAELMPQFSTIEYV 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE6 VLRGPQMPLIFLYVVDTCMEDEDLQALKESMQMSLSLLPPTALVGLITFGRMVQVHELGC . :: : :::::::::::.:..::::::::.::::::::: :::::::::::::::::.: NP_001 IQRGAQSPLIFLYVVDTCLEEDDLQALKESLQMSLSLLPPDALVGLITFGRMVQVHELSC 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE6 EGISKSYVFRGTKDLSAKQLQEMLGLSK--VPVTQATRGPQVQQPP-PSNRFLQPVQKID :::::::::::::::.:::.:.::::.: .:. :: : : :. : :.::::::.::: NP_001 EGISKSYVFRGTKDLTAKQIQDMLGLTKPAMPMQQA-RPAQPQEHPFASSRFLQPVHKID 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE6 MNLTDLLGELQRDPWPVPQGKRPLRSSGVALSIAVGLLECTFPNTGARIMMFIGGPATQG ::::::::::::::::: ::::::::.:::::::::::: ::::::::::.: ::: ::: NP_001 MNLTDLLGELQRDPWPVTQGKRPLRSTGVALSIAVGLLEGTFPNTGARIMLFTGGPPTQG 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE6 PGMVVGDELKTPIRSWHDIDKDNAKYVKKGTKHFEALANRAATTGHVIDIYACALDQTGL :::::::::: ::::::::.::::...::.:::.: ::::.:..:: ::::::::::::: NP_001 PGMVVGDELKIPIRSWHDIEKDNARFMKKATKHYEMLANRTAANGHCIDIYACALDQTGL 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE6 LEMKCCPNLTGGYMVMGDSFNTSLFKQTFQRVFTKDMHGQFKMGFGGTLEIKTSREIKIS :::::: ::::::::::::::::::::::::.::::..:.:.:.::.::..:::::.::. NP_001 LEMKCCANLTGGYMVMGDSFNTSLFKQTFQRIFTKDFNGDFRMAFGATLDVKTSRELKIA 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE6 GAIGPCVSLNSKGPCVSENEIGTGGTCQWKICGLSPTTTLAIYFEVVNQHNAPIPQGGRG :::::::::: :::::::::.:.::: :::::::.::.::.::::::::::.:::::::: NP_001 GAIGPCVSLNVKGPCVSENELGVGGTSQWKICGLDPTSTLGIYFEVVNQHNTPIPQGGRG 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE6 AIQFVTQYQHSSGQRRIRVTTIARNWADAQTQIQNIAASFDQEAAAILMARLAIYRAETE ::::::.::::: :::::::::::::::.:.:...: :.:::::::.:::::...:::.: NP_001 AIQFVTHYQHSSTQRRIRVTTIARNWADVQSQLRHIEAAFDQEAAAVLMARLGVFRAESE 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KE6 EGPDVLRWLDRQLIRLCQKFGEYHKDDPSSFRFSETFSLYPQFMFHLRRSSFLQVFNNSP :::::::::::::::::::::.:.:.::.:::.:..:::::::::::::: ::::::::: NP_001 EGPDVLRWLDRQLIRLCQKFGQYNKEDPTSFRLSDSFSLYPQFMFHLRRSPFLQVFNNSP 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KE6 DESSYYRHHFMRQDLTQSLIMIQPIMYAYSFSGPPEPVLLDSSSILADRILLMDTFFQIL :::::::::: ::::::::::::::.:.::: :::::::::::::::::::::::::::. 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