FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6408, 533 aa 1>>>pF1KE6408 533 - 533 aa - 533 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8563+/-0.000938; mu= 15.4386+/- 0.056 mean_var=67.3598+/-13.787, 0's: 0 Z-trim(104.0): 31 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.156269 statistics sampled from 7657 (7672) to 7657 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.603), E-opt: 0.2 (0.236), width: 16 Scan time: 2.500 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS34230.1 P4HA2 gene_id:8974|Hs108|chr5 ( 533) 3567 813.4 0 CCDS4151.1 P4HA2 gene_id:8974|Hs108|chr5 ( 535) 3476 792.9 0 CCDS7320.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 ( 534) 2297 527.1 1.9e-149 CCDS41537.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 ( 534) 2268 520.6 1.8e-147 CCDS44432.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 ( 516) 1673 386.4 4.2e-107 CCDS8230.1 P4HA3 gene_id:283208|Hs108|chr11 ( 544) 1037 243.1 6.4e-64 CCDS73347.1 P4HA3 gene_id:283208|Hs108|chr11 ( 604) 704 168.0 2.8e-41 >>CCDS34230.1 P4HA2 gene_id:8974|Hs108|chr5 (533 aa) initn: 3567 init1: 3567 opt: 3567 Z-score: 4343.8 bits: 813.4 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 3567; 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CCDS73 LELDPEHQRANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGV---AVDYLPERQK 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE6 YESLCRGEGVKLTPRRQKRLFCRYHHGNRAPQLLIAPFKEEDEWDSPHIVRYYDVMSDEE :: ::::::.:.::::::.:::::: ::: :....:: :.:::::.:.:.:..:..:: : CCDS73 YEMLCRGEGIKMTPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAE 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE6 IERIKEIAKPKLARATVRDPKTGVLTVASYRVSKSSWLEEDDDPVVARVNRRMQHITGLT :: .:..:::.:.::::.::.:: ::.:.::::::.:: ..:::.:.: :.: .::: CCDS73 IEIVKDLAKPRLSRATVHDPETGKLTTAQYRVSKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLD 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KE6 VKTAELLQVANYGVGGQYEPHFDFSRRPFDSGLKT--EGNRLATFLNYMSDVEAGGATVF :.::: ::::::::::::::::::.:. ...: :::.::.: ::::: ::::::: CCDS73 VSTAEELQVANYGVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVF 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KE6 PDLGAAIWPKKGTAVFWYNLLRSGEGDYRTRHAACPVLVGCKWVSNKWFHERGQEFLRPC :..::..:::::::::::::. :::::: ::::::::::: :::::::.::::::: ::: CCDS73 PEVGASVWPKKGTAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPC 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE6 GSTEVD .:.. CCDS73 TLSELE 530 >>CCDS41537.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 (534 aa) initn: 2252 init1: 1027 opt: 2268 Z-score: 2761.0 bits: 520.6 E(32554): 1.8e-147 Smith-Waterman score: 2268; 60.9% identity (83.4% similar) in 537 aa overlap (10-533:1-534) 10 20 30 40 50 pF1KE6 MKLWVSALLMAWF----GVL---SCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEA : :. :.: : .. ::::::.:::::..::.:: :::.:: .:: CCDS41 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEED 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE6 KLSKIKSWANKMEALTSKSAADAEGYLAHPVNAYKLVKRLNTDWPALEDLVLQDSAAGFI :: .::.::.:.. ::: .. : ::...:::::.::.:::::.: ::.:::.: . ::: CCDS41 KLEQIKKWAEKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFI 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE6 ANLSVQRQFFPTDEDEIGAAKALMRLQDTYRLDPGTISRGELPGTKYQAMLSVDDCFGMG .::..:::.::.:::..::::::.:::::: :: :::.:.:::.:....:...::: .: CCDS41 SNLTIQRQYFPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE6 RSAYNEGDYYHTVLWMEQVLKQLDAGEEATTTKSQVLDYLSYAVFQLGDLHRALELTRRL . ::.:.::::: :::::.:.::: :: .: : .:::::::::.: ::: .:: ::..: CCDS41 KVAYTEADYYHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE6 LSLDPSHERAGGNLRYFEQLLEEERE--KTLTNQTEAELATPE--GIYERPVDYLPERDV : ::: :.::.:::.::: .. .:.. :. ... . .::. :. :::::::. CCDS41 LELDPEHQRANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGV---AVDYLPERQK 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE6 YESLCRGEGVKLTPRRQKRLFCRYHHGNRAPQLLIAPFKEEDEWDSPHIVRYYDVMSDEE :: ::::::.:.::::::.:::::: ::: :....:: :.:::::.:.:.:..:..:: : CCDS41 YEMLCRGEGIKMTPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAE 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE6 IERIKEIAKPKLARATVRDPKTGVLTVASYRVSKSSWLEEDDDPVVARVNRRMQHITGLT :: .:..:::.: :::. .: :: : .. ::.:::.:: ..:::.:.: :.: .::: CCDS41 IEIVKDLAKPRLRRATISNPITGDLETVHYRISKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLD 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KE6 VKTAELLQVANYGVGGQYEPHFDFSRRPFDSGLKT--EGNRLATFLNYMSDVEAGGATVF :.::: ::::::::::::::::::.:. ...: :::.::.: ::::: ::::::: CCDS41 VSTAEELQVANYGVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVF 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KE6 PDLGAAIWPKKGTAVFWYNLLRSGEGDYRTRHAACPVLVGCKWVSNKWFHERGQEFLRPC :..::..:::::::::::::. :::::: ::::::::::: :::::::.::::::: ::: CCDS41 PEVGASVWPKKGTAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPC 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE6 GSTEVD .:.. CCDS41 TLSELE 530 >>CCDS44432.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 (516 aa) initn: 2151 init1: 1027 opt: 1673 Z-score: 2036.3 bits: 386.4 E(32554): 4.2e-107 Smith-Waterman score: 2137; 59.6% identity (81.9% similar) in 535 aa overlap (10-533:1-516) 10 20 30 40 50 pF1KE6 MKLWVSALLMAWF----GVL---SCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEA : :. :.: : .. ::::::.:::::..::.:: :::.:: .:: CCDS44 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEED 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE6 KLSKIKSWANKMEALTSKSAADAEGYLAHPVNAYKLVKRLNTDWPALEDLVLQDSAAGFI :: .::.::.:.. ::: .. : ::...:::::.::.:::::.: ::.:::.: . ::: CCDS44 KLEQIKKWAEKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFI 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE6 ANLSVQRQFFPTDEDEIGAAKALMRLQDTYRLDPGTISRGELPGTKYQAMLSVDDCFGMG .::..:::.::.:::..::::::.:::::: :: :::.:.:::.:....:...::: .: CCDS44 SNLTIQRQYFPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE6 RSAYNEGDYYHTVLWMEQVLKQLDAGEEATTTKSQVLDYLSYAVFQLGDLHRALELTRRL . ::.:.::::: :::::.:.::: :: .: : .:::::::::.: ::: .:: ::..: CCDS44 KVAYTEADYYHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE6 LSLDPSHERAGGNLRYFEQLLEEERE--KTLTNQTEAELATPE--GIYERPVDYLPERDV : ::: :.::.:::.::: .. .:.. :. ... . .::. :. :::::::. CCDS44 LELDPEHQRANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGV---AVDYLPERQK 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE6 YESLCRGEGVKLTPRRQKRLFCRYHHGNRAPQLLIAPFKEEDEWDSPHIVRYYDVMSDEE :: ::::::.:.::::::.:::::: ::: :....:: :.:::::.:.:.:..:..:: : CCDS44 YEMLCRGEGIKMTPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAE 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE6 IERIKEIAKPKLARATVRDPKTGVLTVASYRVSKSSWLEEDDDPVVARVNRRMQHITGLT :: .:..:::.:.::::.::.:: ::.:.::::::.:: ..:::.:.: :.: .::: CCDS44 IEIVKDLAKPRLSRATVHDPETGKLTTAQYRVSKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLD 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KE6 VKTAELLQVANYGVGGQYEPHFDFSRRPFDSGLKTEGNRLATFLNYMSDVEAGGATVFPD :.::: :: . :: : .. : : :::.::.: ::::: ::::::::. CCDS44 VSTAEELQ--------KDEP--DAFKE-----LGT-GNRIATWLFYMSDVSAGGATVFPE 410 420 430 440 450 470 480 490 500 510 520 pF1KE6 LGAAIWPKKGTAVFWYNLLRSGEGDYRTRHAACPVLVGCKWVSNKWFHERGQEFLRPCGS .::..:::::::::::::. :::::: ::::::::::: :::::::.::::::: ::: CCDS44 VGASVWPKKGTAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPCTL 460 470 480 490 500 510 530 pF1KE6 TEVD .:.. CCDS44 SELE >>CCDS8230.1 P4HA3 gene_id:283208|Hs108|chr11 (544 aa) initn: 914 init1: 369 opt: 1037 Z-score: 1261.0 bits: 243.1 E(32554): 6.4e-64 Smith-Waterman score: 1112; 37.6% identity (66.2% similar) in 535 aa overlap (20-533:27-544) 10 20 30 40 50 pF1KE6 MKLWVSALLMAWFGVLSCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEA ... :... .. . :..:. :..:. ::: CCDS82 MGPGARLAALLAVLALGTGDPERAAARGDTFSALTSVARALAPERRLLGLLRRYLRGEEA 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE6 KLSKIKSWANKMEALTSKSAADAEGYLAHPVNAYKLVKRLNTDW-PALEDLVLQDSAAGF .: . . .:. .: :.. .:.:. :. :.:::..:: ....: ... .. CCDS82 RLRDLTRFYDKVLSLHEDSTTP----VANPLLAFTLIKRLQSDWRNVVHSLEASENIRAL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KE6 IANLSVQRQFFPTDEDEIGAAKALMRLQDTYRLDPGTISRG-----------ELPGTKYQ . .: .:. :: :::.:::::::.: :. ..:: .: . : CCDS82 KDGYEKVEQDLPAFEDLEGAARALMRLQDVYMLNVKGLARGVFQRVTGSAITDLYSPKRL 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 pF1KE6 AMLSVDDCFGMGRSAYNEGDYYHTVLWMEQVLKQLDA--GEEATTTKSQV---LDYLSYA :. :::: .:. ::. :::::.. :.:.... . . :: : .... ::.:..: CCDS82 FSLTGDDCFQVGKVAYDMGDYYHAIPWLEEAVSLFRGSYGEWKTEDEASLEDALDHLAFA 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KE6 VFQLGDLHRALELTRRLLSLDPSHERAGGNLRYFEQLLEEEREKTLTNQTEAELATPEGI :. :.. :: :.:..: .:...: . :. .:.:: : :.. :: .. 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CCDS82 MIYLSSVEAGGATAFIYANLSVPVVRNAALFWWNLHRSGEGDSDTLHAGCPVLVGDKWVA 470 480 490 500 510 520 520 530 pF1KE6 NKWFHERGQEFLRPCGSTEVD :::.:: :::: :::.:. : CCDS82 NKWIHEYGQEFRRPCSSSPED 530 540 >>CCDS73347.1 P4HA3 gene_id:283208|Hs108|chr11 (604 aa) initn: 652 init1: 130 opt: 704 Z-score: 854.5 bits: 168.0 E(32554): 2.8e-41 Smith-Waterman score: 850; 35.0% identity (64.8% similar) in 469 aa overlap (20-467:27-478) 10 20 30 40 50 pF1KE6 MKLWVSALLMAWFGVLSCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEA ... :... .. . :..:. :..:. ::: CCDS73 MGPGARLAALLAVLALGTGDPERAAARGDTFSALTSVARALAPERRLLGLLRRYLRGEEA 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE6 KLSKIKSWANKMEALTSKSAADAEGYLAHPVNAYKLVKRLNTDW-PALEDLVLQDSAAGF .: . . .:. .: :.. .:.:. :. :.:::..:: ....: ... .. CCDS73 RLRDLTRFYDKVLSLHEDSTTP----VANPLLAFTLIKRLQSDWRNVVHSLEASENIRAL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KE6 IANLSVQRQFFPTDEDEIGAAKALMRLQDTYRLDPGTISRG-----------ELPGTKYQ . .: .:. :: :::.:::::::.: :. ..:: .: . : CCDS73 KDGYEKVEQDLPAFEDLEGAARALMRLQDVYMLNVKGLARGVFQRVTGSAITDLYSPKRL 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 pF1KE6 AMLSVDDCFGMGRSAYNEGDYYHTVLWMEQVLKQLDA--GEEATTTKSQV---LDYLSYA :. :::: .:. ::. :::::.. :.:.... . . :: : .... ::.:..: CCDS73 FSLTGDDCFQVGKVAYDMGDYYHAIPWLEEAVSLFRGSYGEWKTEDEASLEDALDHLAFA 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KE6 VFQLGDLHRALELTRRLLSLDPSHERAGGNLRYFEQLLEEEREKTLTNQTEAELATPEGI :. :.. :: :.:..: .:...: . :. .:.:: : :.. :: .. CCDS73 YFRAGNVSCALSLSREFLLYSPDNKRMARNVLKYERLLAES-----PNHVVAE-----AV 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KE6 YERP-VDYLPERDVYESLCRGEGVKLTPRRQKRLFCRYHHGNRAPQLLIAPFKEEDEWDS .:: . .: ::.::.::. : . : . :.: :. .. : ::. :...: CCDS73 IQRPNIPHLQTRDTYEGLCQTLGSQPTLYQIPSLYCSYETNSNA-YLLLQPIRKEVIHLE 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 390 pF1KE6 PHIVRYYDVMSDEEIERIKEIAKPKLARATVRDPKTGVLTVASYRVSKSSWLEEDDDPVV :.:. :.: .:: : ..:.:.:.: : :..: . . : : ::.:::.::.. :: . 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