FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3656, 685 aa 1>>>pF1KE3656 685 - 685 aa - 685 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8204+/-0.00117; mu= 7.9287+/- 0.070 mean_var=154.0326+/-31.880, 0's: 0 Z-trim(106.2): 78 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.103340 statistics sampled from 8755 (8824) to 8755 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.621), E-opt: 0.2 (0.271), width: 16 Scan time: 3.840 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS9316.1 RNF6 gene_id:6049|Hs108|chr13 ( 685) 4550 691.1 1.4e-198 CCDS14427.1 RLIM gene_id:51132|Hs108|chrX ( 624) 544 93.8 7.9e-19 >>CCDS9316.1 RNF6 gene_id:6049|Hs108|chr13 (685 aa) initn: 4550 init1: 4550 opt: 4550 Z-score: 3678.8 bits: 691.1 E(32554): 1.4e-198 Smith-Waterman score: 4550; 100.0% identity (100.0% similar) in 685 aa overlap (1-685:1-685) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MNQSRSRSDGGSEETLPQDHNHHENERRWQQERLHREEAYYQFINELNDEDYRLMRDHNL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS93 MNQSRSRSDGGSEETLPQDHNHHENERRWQQERLHREEAYYQFINELNDEDYRLMRDHNL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 LGTPGEITSEELQQRLDGVKEQLASQPDLRDGTNYRDSEVPRESSHEDSLLEWLNTFRRT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS93 LGTPGEITSEELQQRLDGVKEQLASQPDLRDGTNYRDSEVPRESSHEDSLLEWLNTFRRT 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 GNATRSGQNGNQTWRAVSRTNPNNGEFRFSLEIHVNHENRGFEIHGEDYTDIPLSDSNRD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS93 GNATRSGQNGNQTWRAVSRTNPNNGEFRFSLEIHVNHENRGFEIHGEDYTDIPLSDSNRD 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 HTANRQQRSTSPVARRTRSQTSVNFNGSSSNIPRTRLASRGQNPAEGSFSTLGRLRNGIG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS93 HTANRQQRSTSPVARRTRSQTSVNFNGSSSNIPRTRLASRGQNPAEGSFSTLGRLRNGIG 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 GAAGIPRANASRTNFSSHTNQSGGSELRQREGQRFGAAHVWENGARSNVTVRNTNQRLEP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS93 GAAGIPRANASRTNFSSHTNQSGGSELRQREGQRFGAAHVWENGARSNVTVRNTNQRLEP 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 IRLRSTSNSRSRSPIQRQSGTVYHNSQRESRPVQQTTRRSVRRRGRTRVFLEQDRERERR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS93 IRLRSTSNSRSRSPIQRQSGTVYHNSQRESRPVQQTTRRSVRRRGRTRVFLEQDRERERR 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 GTAYTPFSNSRLVSRITVEEGEESSRSSTAVRRHPTITLDLQVRRIRPGENRDRDSIANR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS93 GTAYTPFSNSRLVSRITVEEGEESSRSSTAVRRHPTITLDLQVRRIRPGENRDRDSIANR 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE3 TRSRVGLAENTVTIESNSGGFRRTISRLERSGIRTYVSTITVPLRRISENELVEPSSVAL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS93 TRSRVGLAENTVTIESNSGGFRRTISRLERSGIRTYVSTITVPLRRISENELVEPSSVAL 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE3 RSILRQIMTGFGELSSLMEADSESELQRNGQHLPDMHSELSNLGTDNNRSQHREGSSQDR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS93 RSILRQIMTGFGELSSLMEADSESELQRNGQHLPDMHSELSNLGTDNNRSQHREGSSQDR 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE3 QAQGDSTEMHGENETTQPHTRNSDSRGGRQLRNPNNLVETGTLPILRLAHFFLLNESDDD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS93 QAQGDSTEMHGENETTQPHTRNSDSRGGRQLRNPNNLVETGTLPILRLAHFFLLNESDDD 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KE3 DRIRGLTKEQIDNLSTRHYEHNSIDSELGKICSVCISDYVTGNKLRQLPCMHEFHIHCID :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS93 DRIRGLTKEQIDNLSTRHYEHNSIDSELGKICSVCISDYVTGNKLRQLPCMHEFHIHCID 610 620 630 640 650 660 670 680 pF1KE3 RWLSENCTCPICRQPVLGSNIANNG ::::::::::::::::::::::::: CCDS93 RWLSENCTCPICRQPVLGSNIANNG 670 680 >>CCDS14427.1 RLIM gene_id:51132|Hs108|chrX (624 aa) initn: 1280 init1: 482 opt: 544 Z-score: 451.6 bits: 93.8 E(32554): 7.9e-19 Smith-Waterman score: 1430; 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CCDS14 TFEHPLVNETEGSSRTR----------HHVTLR-----QQISGPELLSRG---LFAASGT 250 260 270 280 290 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 ERERRGTAYTPFSNSRLVSRITVEEGEESSRSSTAVRRHPTITLDLQVRRIRPGENRDRD . .:.. : :. :: :. . .: :::.:::::::.:::: :.:: CCDS14 RNASQGAG----------SSDTAASGE----STGSGQRPPTIVLDLQVRRVRPGEYRQRD 300 310 320 330 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 SIANRTRSRVGLAENTVTIESNSGGFRRTISRLERSGIRTYVSTITVPLRRISENELVEP :::.::::: .:::: ::. ::::::.:: ::.:.::::::: .:.::: .. : : CCDS14 SIASRTRSRSQTPNNTVTYESERGGFRRTFSRSERAGVRTYVSTIRIPIRRILNTGLSET 340 350 360 370 380 390 480 490 500 510 pF1KE3 SSVALRSILRQIMTGFGELSSLMEADSESE-----LQRNGQHLPDMH------------S .:::....:::::::::::: .: .::.:: .:: .. . : CCDS14 TSVAIQTMLRQIMTGFGELSYFMYSDSDSEPTGSVSNRNMERAESRSGRGGSGGGSSSGS 400 410 420 430 440 450 520 530 540 550 560 570 pF1KE3 ELSNLGTDNNRSQHREGSSQDRQAQGDSTE-----MHGENETTQPHTRNSDSRGGRQLRN :. ..... :. .:: . .. :.:.: ..: :: .. .. : ::. : CCDS14 SSSSSSSSSSSSSSSSSSSPSSSSGGESSETSSDLFEGSNEGSSSSGSSGARREGRH-RA 460 470 480 490 500 510 580 590 600 610 620 630 pF1KE3 PNNLVETGTLPILRLAHFFLLNESDDDDRIRGLTKEQIDNLSTRHYEHNSIDSELGKICS : .. :.:.::.: ::.:::::: ::::. :::::::::::. : . .: :. : :: CCDS14 PVTFDESGSLPFLSLAQFFLLNE-DDDDQPRGLTKEQIDNLAMRSFGEN--DAL--KTCS 520 530 540 550 560 570 640 650 660 670 680 pF1KE3 VCISDYVTGNKLRQLPCMHEFHIHCIDRWLSENCTCPICRQPVLGSNIANNG :::..:. :::::.::: ::.:.:::::::::: ::::::. ::.: CCDS14 VCITEYTEGNKLRKLPCSHEYHVHCIDRWLSENSTCPICRRAVLASGNRESVV 580 590 600 610 620 685 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 23:57:07 2016 done: Sun Nov 6 23:57:07 2016 Total Scan time: 3.840 Total Display time: 0.020 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]