Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5994
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5994, 609 aa
1>>>pF1KB5994 609 - 609 aa - 609 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1796+/-0.000411; mu= 20.6216+/- 0.026
mean_var=79.0957+/-15.558, 0's: 0 Z-trim(111.3): 34 B-trim: 33 in 1/53
Lambda= 0.144211
statistics sampled from 19814 (19847) to 19814 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.571), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16
Scan time: 7.360
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000468 (OMIM: 103600,615999,616000) serum album ( 609) 4118 867.0 0
NP_001125 (OMIM: 104150,615969,615970) alpha-fetop ( 609) 1727 369.5 1.8e-101
NP_001124 (OMIM: 104145) afamin precursor [Homo sa ( 599) 1452 312.3 3e-84
XP_016863331 (OMIM: 104145) PREDICTED: afamin isof ( 494) 1089 236.7 1.4e-61
XP_016863333 (OMIM: 104145) PREDICTED: afamin isof ( 423) 974 212.7 2e-54
XP_016863332 (OMIM: 104145) PREDICTED: afamin isof ( 425) 963 210.5 9.8e-54
NP_000574 (OMIM: 139200) vitamin D-binding protein ( 474) 593 133.5 1.6e-30
NP_001191235 (OMIM: 139200) vitamin D-binding prot ( 474) 593 133.5 1.6e-30
NP_001191236 (OMIM: 139200) vitamin D-binding prot ( 493) 593 133.5 1.6e-30
XP_006714240 (OMIM: 139200) PREDICTED: vitamin D-b ( 425) 557 126.0 2.6e-28
>>NP_000468 (OMIM: 103600,615999,616000) serum albumin p (609 aa)
initn: 4118 init1: 4118 opt: 4118 Z-score: 4631.1 bits: 867.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4118; 100.0% identity (100.0% similar) in 609 aa overlap (1-609:1-609)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQCPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQCPF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 EDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAKQEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 EDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAKQEP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ERNECFLQHKDDNPNLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYFYAPELLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ERNECFLQHKDDNPNLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYFYAPELLF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 FAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGERAFKAWAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGERAFKAWAV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 ARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICENQDSISSKLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICENQDSISSKLK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 ECCEKPLLEKSHCIAEVENDEMPADLPSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGMFLYEYAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ECCEKPLLEKSHCIAEVENDEMPADLPSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGMFLYEYAR
310 320 330 340 350 360
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pF1KB5 RHPDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVEEPQNLIKQNCELFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RHPDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVEEPQNLIKQNCELFE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 QLGEYKFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCAEDYLSVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QLGEYKFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCAEDYLSVV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 LNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAETFTFHADICTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAETFTFHADICTL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 SEKERQIKKQTALVELVKHKPKATKEQLKAVMDDFAAFVEKCCKADDKETCFAEEGKKLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SEKERQIKKQTALVELVKHKPKATKEQLKAVMDDFAAFVEKCCKADDKETCFAEEGKKLV
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 AASQAALGL
:::::::::
NP_000 AASQAALGL
>>NP_001125 (OMIM: 104150,615969,615970) alpha-fetoprote (609 aa)
initn: 2021 init1: 1666 opt: 1727 Z-score: 1942.7 bits: 369.5 E(85289): 1.8e-101
Smith-Waterman score: 1727; 40.0% identity (71.0% similar) in 610 aa overlap (1-609:1-609)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQCPF
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NP_001 MKWVESIFLIFLLNFTESRTLHRNEYGIASILDSYQCTAEISLADLATIFFAQFVQEATY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 EDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAKQEP
.. :.:... . ..::.. .: .. : ..:: . : ::. .:::...:
NP_001 KEVSKMVKDALTAIEKPTGDEQSSGCLENQLPAFLEELCHEKEILEKYGH-SDCCSQSEE
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB5 ERNECFLQHKDDNP-NLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYFYAPELL
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NP_001 GRHNCFLAHKKPTPASIPLFQVPEPVTSCEAYEEDRETFMNKFIYEIARRHPFLYAPTIL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 FFAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGERAFKAWA
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NP_001 LWAARYDKIIPSCCKAENAVECFQTKAATVTKELRESSLLNQHACAVMKNFGTRTFQAIT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 VARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICENQDSISSKL
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NP_001 VTKLSQKFTKVNFTEIQKLVLDVAHVHEHCCRGDVLDCLQDGEKIMSYICSQQDTLSNKI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 KECCEKPLLEKSHCIAEVENDEMPADLPSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGMFLYEYA
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NP_001 TECCKLTTLERGQCIIHAENDEKPEGLSPNLNRFLGDRDFNQFSSGEKNIFLASFVHEYS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 RRHPDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVEEPQNLIKQNCELF
::::. .: ..::.:: :. :::: . .: :: : .:.. ..: : : :..: ::
NP_001 RRHPQLAVSVILRVAKGYQELLEKCFQTENPLECQDKGEEELQKYIQESQALAKRSCGLF
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 EQLGEYKFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCAEDYLSV
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NP_001 QKLGEYYLQNAFLVAYTKKAPQLTSSELMAITRKMAATAATCCQLSEDKLLACGEGAADI
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 VLNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAETFTFHADICT
....::. :: :::. : .::: : .:::::::.: ::::::: :. . : :: :.:
NP_001 IIGHLCIRHEMTPVNPGVGQCCTSSYANRRPCFSSLVVDETYVPPAFSDDKFIFHKDLCQ
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 LSEKERQIKKQTALVELVKHKPKATKEQLKAVMDDFAAFVEKCCKADDKETCFAEEGKKL
. : :: :..:::.::. :.:::.::. ::....::::.....:.::::::.::
NP_001 AQGVALQTMKQEFLINLVKQKPQITEEQLEAVIADFSGLLEKCCQGQEQEVCFAEEGQKL
540 550 560 570 580 590
600
pF1KB5 VAASQAALGL
.. ..::::.
NP_001 ISKTRAALGV
600
>>NP_001124 (OMIM: 104145) afamin precursor [Homo sapien (599 aa)
initn: 1413 init1: 1023 opt: 1452 Z-score: 1633.6 bits: 312.3 E(85289): 3e-84
Smith-Waterman score: 1452; 35.5% identity (69.0% similar) in 603 aa overlap (1-599:4-597)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQ
.: . :: .::... . . . :: .. . ...: :.:.. ...::::::.:.
NP_001 MKLLKLTGFIFFLFFLTESLTLPTQPRDIENFNSTQKFI---EDNIEYITIIAFAQYVQE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 CPFEDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAK
::. :::....:. :.::.. .:.: .... .:.:.. : . .. .. ::.:
NP_001 ATFEEMEKLVKDMVEYKDRCMADKTLPECSKLPNNVLQEKICAMEGLPQKHN-FSHCCSK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 QEPERNECFLQHKDDN----PNLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYF
. .: ::. .: .. : .: : :: : :...:.:..:...:::.:::.:.
NP_001 VDAQRRLCFFYNKKSDVGFLPPFPTL-DPEEK--CQAYESNRESLLNHFLYEVARRNPFV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 YAPELLFFAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGER
.:: :: : ... . ::. .:. :: . . . :: :. :. :..: ::: .
NP_001 FAPTLLTVAVHFEEVAKSCCEEQNKVNCLQTRAIPVTQYLKAFSSYQKHVCGALLKFGTK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 AFKAWAVARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICENQD
. . .: :::.::: :: :. .:: :... . ::.::...: : . . ..:: .::
NP_001 VVHFIYIAILSQKFPKIEFKELISLVEDVSSNYDGCCEGDVVQCIRDTSKVMNHICSKQD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 SISSKLKECCEKPLLEKSHCIAEVENDEMPADLPSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGM
:::::.:::::: . :...:: . ..:. : :: . :..:..::.. :.:..
NP_001 SISSKIKECCEKKIPERGQCIINSNKDDRPKDLSLREGKFTDSENVCQERDADPDTFFAK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 FLYEYARRHPDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVEEPQNLIK
: .::.::::: :. :::... :. :..:: . .: :: . :.:. .:. ....
NP_001 FTFEYSRRHPDLSIPELLRIVQIYKDLLRNCCNTENPPGCYRYAEDKFNETTEKSLKMVQ
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 QNCELFEQLGEYKFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCA
:.:. :..::. .. :.: :: .::.:: :: ..... . . :: : .. :.
NP_001 QECKHFQNLGKDGLKYHYLIRLTKIAPQLSTEELVSLGEKMVTAFTTCCTLSE--EFACV
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 EDYLSVVLNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAETFTF
.. ..:...:: ..:. .. : .:: ... ::::: .:..:.:::: :. . :::
NP_001 DNLADLVFGELCGVNENRTINPAVDHCCKTNFAFRRPCFESLKADKTYVPPPFSQDLFTF
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 HADICTLSEKERQIKKQTALVELVKHKPKATKEQLKAVMDDFAAFVEKCCKADDKETCFA
:::.: ...: : : . ::.::: : . : :.:.... .:: :.:::::.. :.::
NP_001 HADMCQSQNEELQRKTDRFLVNLVKLKHELTDEELQSLFTNFANVVDKCCKAESPEVCFN
540 550 560 570 580 590
600
pF1KB5 EEGKKLVAASQAALGL
::. :.
NP_001 EESPKIGN
>>XP_016863331 (OMIM: 104145) PREDICTED: afamin isoform (494 aa)
initn: 1022 init1: 1022 opt: 1089 Z-score: 1226.5 bits: 236.7 E(85289): 1.4e-61
Smith-Waterman score: 1089; 33.8% identity (67.4% similar) in 485 aa overlap (1-481:4-479)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQ
.: . :: .::... . . . :: .. . ...: :.:.. ...::::::.:.
XP_016 MKLLKLTGFIFFLFFLTESLTLPTQPRDIENFNSTQKFI---EDNIEYITIIAFAQYVQE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 CPFEDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAK
::. :::....:. :.::.. .:.: .... .:.:.. : . .. .. ::.:
XP_016 ATFEEMEKLVKDMVEYKDRCMADKTLPECSKLPNNVLQEKICAMEGLPQKHN-FSHCCSK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 QEPERNECFLQHKDDN----PNLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYF
. .: ::. .: .. : .: : :: : :...:.:..:...:::.:::.:.
XP_016 VDAQRRLCFFYNKKSDVGFLPPFPTL-DPEEK--CQAYESNRESLLNHFLYEVARRNPFV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 YAPELLFFAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGER
.:: :: : ... . ::. .:. :: . . . :: :. :. :..: ::: .
XP_016 FAPTLLTVAVHFEEVAKSCCEEQNKVNCLQTRAIPVTQYLKAFSSYQKHVCGALLKFGTK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 AFKAWAVARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICENQD
. . .: :::.::: :: :. .:: :... . ::.::...: : . . ..:: .::
XP_016 VVHFIYIAILSQKFPKIEFKELISLVEDVSSNYDGCCEGDVVQCIRDTSKVMNHICSKQD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 SISSKLKECCEKPLLEKSHCIAEVENDEMPADLPSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGM
:::::.:::::: . :...:: . ..:. : :: . :..:..::.. :.:..
XP_016 SISSKIKECCEKKIPERGQCIINSNKDDRPKDLSLREGKFTDSENVCQERDADPDTFFAK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 FLYEYARRHPDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVEEPQNLIK
: .::.::::: :. :::... :. :..:: . .: :: . :.:. .:. ....
XP_016 FTFEYSRRHPDLSIPELLRIVQIYKDLLRNCCNTENPPGCYRYAEDKFNETTEKSLKMVQ
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 QNCELFEQLGEYKFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCA
:.:. :..::. .. :.: :: .::.:: :: ..... . . :: : .. :.
XP_016 QECKHFQNLGKDGLKYHYLIRLTKIAPQLSTEELVSLGEKMVTAFTTCCTLSE--EFACV
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 EDYLSVVLNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAETFTF
.. : :
XP_016 DNLTCVNLRMRSFRGRQTGFLST
480 490
>>XP_016863333 (OMIM: 104145) PREDICTED: afamin isoform (423 aa)
initn: 886 init1: 886 opt: 974 Z-score: 1098.1 bits: 212.7 E(85289): 2e-54
Smith-Waterman score: 974; 34.4% identity (68.2% similar) in 418 aa overlap (1-414:4-414)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQ
.: . :: .::... . . . :: .. . ...: :.:.. ...::::::.:.
XP_016 MKLLKLTGFIFFLFFLTESLTLPTQPRDIENFNSTQKFI---EDNIEYITIIAFAQYVQE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 CPFEDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAK
::. :::....:. :.::.. .:.: .... .:.:.. : . .. .. ::.:
XP_016 ATFEEMEKLVKDMVEYKDRCMADKTLPECSKLPNNVLQEKICAMEGLPQKHN-FSHCCSK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 QEPERNECFLQHKDDN----PNLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYF
. .: ::. .: .. : .: : :: : :...:.:..:...:::.:::.:.
XP_016 VDAQRRLCFFYNKKSDVGFLPPFPTL-DPEEK--CQAYESNRESLLNHFLYEVARRNPFV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 YAPELLFFAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGER
.:: :: : ... . ::. .:. :: . . . :: :. :. :..: ::: .
XP_016 FAPTLLTVAVHFEEVAKSCCEEQNKVNCLQTRAIPVTQYLKAFSSYQKHVCGALLKFGTK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 AFKAWAVARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICENQD
. . .: :::.::: :: :. .:: :... . ::.::...: : . . ..:: .::
XP_016 VVHFIYIAILSQKFPKIEFKELISLVEDVSSNYDGCCEGDVVQCIRDTSKVMNHICSKQD
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