Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1042
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1042, 501 aa
1>>>pF1KE1042 501 - 501 aa - 501 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4237+/-0.00131; mu= -0.7929+/- 0.077
mean_var=297.9527+/-72.139, 0's: 0 Z-trim(109.2): 25 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.074302
statistics sampled from 10680 (10694) to 10680 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.685), E-opt: 0.2 (0.329), width: 16
Scan time: 3.080
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7013.1 TRAF2 gene_id:7186|Hs108|chr9 ( 501) 3465 385.6 6.8e-107
CCDS6825.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 ( 416) 879 108.3 1.7e-23
CCDS55335.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 ( 294) 871 107.3 2.4e-23
CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 485) 776 97.4 3.9e-20
CCDS9976.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 543) 766 96.3 8.9e-20
CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 568) 729 92.4 1.4e-18
CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1 ( 557) 707 90.0 7.3e-18
>>CCDS7013.1 TRAF2 gene_id:7186|Hs108|chr9 (501 aa)
initn: 3465 init1: 3465 opt: 3465 Z-score: 2032.6 bits: 385.6 E(32554): 6.8e-107
Smith-Waterman score: 3465; 100.0% identity (100.0% similar) in 501 aa overlap (1-501:1-501)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAAASVTPPGSLELLQPGFSKTLLGTKLEAKYLCSACRNVLRRPFQAQCGHRYCSFCLAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS70 MAAASVTPPGSLELLQPGFSKTLLGTKLEAKYLCSACRNVLRRPFQAQCGHRYCSFCLAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 ILSSGPQNCAACVHEGIYEEGISILESSSAFPDNAARREVESLPAVCPSDGCTWKGTLKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS70 ILSSGPQNCAACVHEGIYEEGISILESSSAFPDNAARREVESLPAVCPSDGCTWKGTLKE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 YESCHEGRCPLMLTECPACKGLVRLGEKERHLEHECPERSLSCRHCRAPCCGADVKAHHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS70 YESCHEGRCPLMLTECPACKGLVRLGEKERHLEHECPERSLSCRHCRAPCCGADVKAHHE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 VCPKFPLTCDGCGKKKIPREKFQDHVKTCGKCRVPCRFHAIGCLETVEGEKQQEHEVQWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS70 VCPKFPLTCDGCGKKKIPREKFQDHVKTCGKCRVPCRFHAIGCLETVEGEKQQEHEVQWL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 REHLAMLLSSVLEAKPLLGDQSHAGSELLQRCESLEKKTATFENIVCVLNREVERVAMTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS70 REHLAMLLSSVLEAKPLLGDQSHAGSELLQRCESLEKKTATFENIVCVLNREVERVAMTA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 EACSRQHRLDQDKIEALSSKVQQLERSIGLKDLAMADLEQKVLEMEASTYDGVFIWKISD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS70 EACSRQHRLDQDKIEALSSKVQQLERSIGLKDLAMADLEQKVLEMEASTYDGVFIWKISD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 FARKRQEAVAGRIPAIFSPAFYTSRYGYKMCLRIYLNGDGTGRGTHLSLFFVVMKGPNDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS70 FARKRQEAVAGRIPAIFSPAFYTSRYGYKMCLRIYLNGDGTGRGTHLSLFFVVMKGPNDA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 LLRWPFNQKVTLMLLDQNNREHVIDAFRPDVTSSSFQRPVNDMNIASGCPLFCPVSKMEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS70 LLRWPFNQKVTLMLLDQNNREHVIDAFRPDVTSSSFQRPVNDMNIASGCPLFCPVSKMEA
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KE1 KNSYVRDDAIFIKAIVDLTGL
:::::::::::::::::::::
CCDS70 KNSYVRDDAIFIKAIVDLTGL
490 500
>>CCDS6825.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 (416 aa)
initn: 956 init1: 809 opt: 879 Z-score: 535.4 bits: 108.3 E(32554): 1.7e-23
Smith-Waterman score: 908; 42.0% identity (65.4% similar) in 393 aa overlap (159-499:34-415)
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 CPLMLTECPACKGLVRLGEKERHLEHECPERSLSCRHC--RAPCCGADVKAHHEVCPKFP
:.: : : . : : : ..:::
CCDS68 SSGSSPRPAPDENEFPFGCPPTVCQDPKEPRALCCAGCLSENPRNGED-----QICPK--
10 20 30 40 50
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 LTCDGCGKKKI-PREKFQDHVKT---CGKCRVPCRFHAIGCLETVEGEKQ--QEHEVQWL
: : ..: : ... . :. .. . : : ..:: . .: : :::::
CCDS68 --CRGEDLQSISPGSRLRTQEKAHPEVAEAGIGCPFAGVGC--SFKGSPQSVQEHEVTSQ
60 70 80 90 100 110
250 260 270
pF1KE1 REHLAMLLSSV----------LEAKPL-----LGD-QSHAGSE----LLQRC------ES
:: .::. . ::. :. :.: : .:. : : : ::
CCDS68 TSHLNLLLGFMKQWKARLGCGLESGPMALEQNLSDLQLQAAVEVAGDLEVDCYRAPCSES
120 130 140 150 160 170
280 290 300 310
pF1KE1 -----------------LEKKTATFENIVCVLNREVERVAMTAEACSRQHRLDQDKIEAL
:: : .::::: :::.::: .. . .: .::...: .:
CCDS68 QEELALQHFMKEKLLAELEGKLRVFENIVAVLNKEVEASHLALATSIHQSQLDRERILSL
180 190 200 210 220 230
320 330 340 350 360 370
pF1KE1 SSKVQQLERSIGLKDLAMADLEQKVLEMEASTYDGVFIWKISDFARKRQEAVAGRIPAIF
..: .:..... :: :.. :::.. :: ...::.:.:::.. .:. .:.. :: ..:
CCDS68 EQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWKITNVTRRCHESACGRTVSLF
240 250 260 270 280 290
380 390 400 410 420 430
pF1KE1 SPAFYTSRYGYKMCLRIYLNGDGTGRGTHLSLFFVVMKGPNDALLRWPFNQKVTLMLLDQ
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CCDS68 SPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGEYDALLPWPFRNKVTFMLLDQ
300 310 320 330 340 350
440 450 460 470 480 490
pF1KE1 NNREHVIDAFRPDVTSSSFQRPVNDMNIASGCPLFCPVSKMEA-KNSYVRDDAIFIKAIV
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CCDS68 NNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSKLQSPKHAYVKDDTMFLKCIV
360 370 380 390 400 410
500
pF1KE1 DLTGL
. .
CCDS68 ETST
>>CCDS55335.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 (294 aa)
initn: 907 init1: 809 opt: 871 Z-score: 532.7 bits: 107.3 E(32554): 2.4e-23
Smith-Waterman score: 871; 47.9% identity (77.1% similar) in 288 aa overlap (221-499:8-293)
200 210 220 230 240
pF1KE1 GCGKKKIPREKFQDHVKTCGKCRVPCRFHAIGC-LETVEGEKQQEHEVQWLREHLAMLLS
.:: ::. : :.... :. . :. ..
CCDS55 MKQWKARLGCGLES--GPMALEQNLSDLQLQAAVEVA
10 20 30
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 SVLEAKPLLGDQSHAGSEL-LQRCES------LEKKTATFENIVCVLNREVERVAMTAEA
. ::. . :.. :: ::. . :: : .::::: :::.::: .. .
CCDS55 GDLEVDCYRAPCSESQEELALQHFMKEKLLAELEGKLRVFENIVAVLNKEVEASHLALAT
40 50 60 70 80 90
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 CSRQHRLDQDKIEALSSKVQQLERSIGLKDLAMADLEQKVLEMEASTYDGVFIWKISDFA
.: .::...: .: ..: .:..... :: :.. :::.. :: ...::.:.:::.. .
CCDS55 SIHQSQLDRERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWKITNVT
100 110 120 130 140 150
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 RKRQEAVAGRIPAIFSPAFYTSRYGYKMCLRIYLNGDGTGRGTHLSLFFVVMKGPNDALL
:. .:.. :: ..:::::::..::::.:::.::::::::. ::::::.:.:.: ::::
CCDS55 RRCHESACGRTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGEYDALL
160 170 180 190 200 210
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 RWPFNQKVTLMLLDQNNREHVIDAFRPDVTSSSFQRPVNDMNIASGCPLFCPVSKMEA-K
::: .:::.::::::::::.:::::::..:.::::: .. :.::::::: :.::... :
CCDS55 PWPFRNKVTFMLLDQNNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSKLQSPK
220 230 240 250 260 270
490 500
pF1KE1 NSYVRDDAIFIKAIVDLTGL
..::.::..:.: ::. .
CCDS55 HAYVKDDTMFLKCIVETST
280 290
>>CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (485 aa)
initn: 840 init1: 495 opt: 776 Z-score: 474.9 bits: 97.4 E(32554): 3.9e-20
Smith-Waterman score: 973; 34.9% identity (61.8% similar) in 495 aa overlap (16-501:36-482)
10 20 30 40
pF1KE1 MAAASVTPPGSLELLQPGFSKTLLGTKLEAKYLCSACRNVLRRPF
: :... .. : .: :: : :. :: :
CCDS55 KMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKT-VEDKYKCEKCHLVLCSPK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 QAQCGHRYCSFCLASILSSGPQNCAACVHEGIYEEGISILESSSAFPDNAARREVESLPA
:..::::.: :.:..:::. .:.:: .:.: .. . : :: .::. .:
CCDS55 QTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTAC-QESIVKDKV--------FKDNCCKREILALQI
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 VC--PSDGCTWKGTLKEYESCHEGRCPLMLTEC--PACKGLVRLGEKERHLEHECPERSL
: : ::. . : . .. : . : : :: : . . :.:. : :
CCDS55 YCRNESRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREA
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 SCRHCRAPCCGADVKAHHEVCPKFPLTCDGCGKKKIPREKFQDHVKTCGKCRVPCRFHAI
.: ::.. : . : . .... ..: ... .:
CCDS55 TCSHCKSQ------------VPMIALQVSLLQNESVEKNK---SIQS---------LHNQ
180 190 200 210
230 240 250 260 270
pF1KE1 GCLETVEGEKQQE----HEVQWLREHLAMLLSSVLEAKPLLGDQSHAGSELLQRCESLEK
: .: :.:.: .: . : :: ...: : : . . . .. .:...
CCDS55 ICSFEIEIERQKEMLRNNESKIL--HLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKS
220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KE1 KTATFENIVCVLNREVERVAMTAEACSRQHRLDQDKIEALSSKVQQLERSIGLKDLAMAD
.. ...: : :.: : .: .:. : : :.... .. ....:. .::
CCDS55 SVESLQNRVT----ELESVDKSAGQVARNTGL-------LESQLSRHDQMLSVHDIRLAD
270 280 290 300 310
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 LEQKVLEMEASTYDGVFIWKISDFARKRQEAVAGRIPAIFSPAFYTSRYGYKMCLRIYLN
.. . .:...:.::.:::: :. :..:::: :. ...: :::. .::::: :.:::
CCDS55 MDLRFQVLETASYNGVLIWKIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLN
320 330 340 350 360 370
400 410 420 430 440 450
pF1KE1 GDGTGRGTHLSLFFVVMKGPNDALLRWPFNQKVTLMLLDQ-NNREHVIDAFRPDVTSSSF
::: :.:::::::::.:.: :::: :::.:::::::.:: ..:.:. :::.:: .::::
CCDS55 GDGMGKGTHLSLFFVIMRGEYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSF
380 390 400 410 420 430
460 470 480 490 500
pF1KE1 QRPVNDMNIASGCPLFCPVSKMEAKNSYVRDDAIFIKAIVDLTGL
..:...::::::::.: . .: ...:..::.::::.::: . :
CCDS55 KKPTGEMNIASGCPVFVAQTVLE-NGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
440 450 460 470 480
>>CCDS9976.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (543 aa)
initn: 876 init1: 495 opt: 766 Z-score: 468.5 bits: 96.3 E(32554): 8.9e-20
Smith-Waterman score: 989; 34.4% identity (61.8% similar) in 523 aa overlap (16-501:36-540)
10 20 30 40
pF1KE1 MAAASVTPPGSLELLQPGFSKTLLGTKLEAKYLCSACRNVLRRPF
: :... .. : .: :: : :. :: :
CCDS99 KMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKT-VEDKYKCEKCHLVLCSPK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 QAQCGHRYCSFCLASILSSGPQNCAACVHEGIYEEGISILESSSAFPDNAARREVESLPA
:..::::.: :.:..:::. .:.:: .:.: .. . : :: .::. .:
CCDS99 QTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTAC-QESIVKDKV--------FKDNCCKREILALQI
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 VC--PSDGCTWKGTLKEYESCHEGRCPLMLTEC--PACKGLVRLGEKERHLEHECPERSL
: : ::. . : . .. : . : : :: : . . :.:. : :
CCDS99 YCRNESRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREA
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KE1 SCRHCRAPCCGADVKAHHEV-CPKFPLTCDG-CGKKKIPR-----EKFQDHVKTCGKCRV
.: ::.. .. :... :: ..: :. . . : .... : . . .:
CCDS99 TCSHCKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSEGTNQQIKAHEASSAVQHV
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250
pF1KE1 PCRFHAIGCLE---------TVEGEK--QQEH--------EVQWLREHLAMLLSSVLEAK
. . :: .:: .: :. : :.. .: : :..:. .
CCDS99 NLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEIEIERQKEMLRNNESKILHLQ
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290 300
pF1KE1 PLLGDQSHAGSELLQRC----ESLEKKTATFENIVCVLNR--EVERVAMTAEACSRQHRL
.. .:.. .:: .. .. :. . .. . :: :.: : .: .:. :
CCDS99 RVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNRVTELESVDKSAGQVARNTGL
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 DQDKIEALSSKVQQLERSIGLKDLAMADLEQKVLEMEASTYDGVFIWKISDFARKRQEAV
: :.... .. ....:. .::.. . .:...:.::.:::: :. :..::::
CCDS99 -------LESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIWKIRDYKRRKQEAV
360 370 380 390 400
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 AGRIPAIFSPAFYTSRYGYKMCLRIYLNGDGTGRGTHLSLFFVVMKGPNDALLRWPFNQK
:. ...: :::. .::::: :.:::::: :.:::::::::.:.: :::: :::.::
CCDS99 MGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRGEYDALLPWPFKQK
410 420 430 440 450 460
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 VTLMLLDQ-NNREHVIDAFRPDVTSSSFQRPVNDMNIASGCPLFCPVSKMEAKNSYVRDD
:::::.:: ..:.:. :::.:: .::::..:...::::::::.: . .: ...:..::
CCDS99 VTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQTVLE-NGTYIKDD
470 480 490 500 510 520
490 500
pF1KE1 AIFIKAIVDLTGL
.::::.::: . :
CCDS99 TIFIKVIVDTSDLPDP
530 540
>>CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (568 aa)
initn: 876 init1: 495 opt: 729 Z-score: 446.8 bits: 92.4 E(32554): 1.4e-18
Smith-Waterman score: 1043; 34.8% identity (60.6% similar) in 543 aa overlap (16-501:36-565)
10 20 30 40
pF1KE1 MAAASVTPPGSLELLQPGFSKTLLGTKLEAKYLCSACRNVLRRPF
: :... .. : .: :: : :. :: :
CCDS99 KMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKT-VEDKYKCEKCHLVLCSPK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 QAQCGHRYCSFCLASILSSGPQNCAACVHEGIYEEGISILESSSAFPDNAARREVESLPA
:..::::.: :.:..:::. .:.:: .:.: .. . : :: .::. .:
CCDS99 QTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTAC-QESIVKDKV--------FKDNCCKREILALQI
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 VC--PSDGCTWKGTLKEYESCHEGRCPLMLTEC--PACKGLVRLGEKERHLEHECPERSL
: : ::. . : . .. : . : : :: : . . :.:. : :
CCDS99 YCRNESRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREA
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KE1 SCRHCRAPCCGADVKAHHEV-CPKFPLTCDG-CGKKKIPREKFQDHVKTCGKCRVPCRFH
.: ::.. .. :... :: ..: :. . . : ... :.. : . : :.
CCDS99 TCSHCKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFK
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 AIGCLETVEGEKQQ--EHEVQWLREHLAML--LSSVLEAK-PLLGDQSHAGSELLQR---
::. .: .:: ::.. .:. .: :. :: : :: ..: .. .:
CCDS99 RYGCV--FQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHN
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310
pF1KE1 --CE---SLEKKTATFEN-------IVCVLNREVERVAMTAEACS--RQHRLDQDK----
: .:.. ..: . :.. ..:.. . ::. . :.
CCDS99 QICSFEIEIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSS
300 310 320 330 340 350
320 330 340
pF1KE1 IEALSSKVQQLE----------RSIGL--------------KDLAMADLEQKVLEMEAST
.:.:...: .:: :. :: .:. .::.. . .:...
CCDS99 VESLQNRVTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETAS
360 370 380 390 400 410
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 YDGVFIWKISDFARKRQEAVAGRIPAIFSPAFYTSRYGYKMCLRIYLNGDGTGRGTHLSL
:.::.:::: :. :..:::: :. ...: :::. .::::: :.:::::: :.::::::
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