FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5917, 505 aa 1>>>pF1KB5917 505 - 505 aa - 505 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1154+/-0.000372; mu= 6.2086+/- 0.023 mean_var=197.8805+/-41.622, 0's: 0 Z-trim(120.2): 289 B-trim: 1386 in 2/59 Lambda= 0.091174 statistics sampled from 34626 (35035) to 34626 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.411), width: 16 Scan time: 11.350 The best scores are: opt bits E(85289) NP_003089 (OMIM: 601017,612955) alpha-1-syntrophin ( 505) 3322 449.6 1e-125 XP_005260574 (OMIM: 601017,612955) PREDICTED: alph ( 504) 3303 447.1 5.6e-125 XP_011527310 (OMIM: 601017,612955) PREDICTED: alph ( 495) 2695 367.1 6.6e-101 XP_011527309 (OMIM: 601017,612955) PREDICTED: alph ( 496) 2695 367.1 6.6e-101 NP_066301 (OMIM: 600026) beta-1-syntrophin [Homo s ( 538) 1603 223.5 1.2e-57 NP_006741 (OMIM: 600027) beta-2-syntrophin [Homo s ( 540) 1432 201.0 7.2e-51 XP_011515541 (OMIM: 600026) PREDICTED: beta-1-synt ( 382) 933 135.2 3.2e-31 XP_016859863 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 270) 344 57.6 5.2e-08 XP_016859860 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 317) 344 57.7 5.9e-08 XP_016859861 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 317) 344 57.7 5.9e-08 XP_016859859 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 337) 344 57.7 6.1e-08 XP_016859858 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 345) 344 57.7 6.3e-08 XP_016859857 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 349) 344 57.7 6.3e-08 XP_016859855 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 436) 344 57.8 7.4e-08 XP_016859854 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 437) 344 57.8 7.5e-08 XP_016859851 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 537) 344 57.9 8.7e-08 NP_061841 (OMIM: 608715) gamma-2-syntrophin [Homo ( 539) 344 57.9 8.7e-08 XP_016859850 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 540) 344 57.9 8.7e-08 XP_016859852 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 480) 331 56.1 2.6e-07 XP_016869071 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 304) 282 49.5 1.6e-05 XP_016869070 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 316) 282 49.5 1.7e-05 XP_011515850 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 472) 284 49.9 1.9e-05 NP_001308707 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 282 49.7 2.1e-05 NP_001308704 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 282 49.7 2.1e-05 NP_001308706 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 282 49.7 2.1e-05 NP_001308705 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 282 49.7 2.1e-05 NP_001274743 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 480) 282 49.7 2.3e-05 NP_001308702 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 517) 282 49.7 2.4e-05 XP_016869069 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 517) 282 49.7 2.4e-05 NP_061840 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin isofor ( 517) 282 49.7 2.4e-05 XP_016869068 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 517) 282 49.7 2.4e-05 NP_001274742 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 517) 282 49.7 2.4e-05 NP_001017408 (OMIM: 606845) Golgi-associated PDZ a ( 454) 247 45.1 0.00053 NP_065132 (OMIM: 606845) Golgi-associated PDZ and ( 462) 247 45.1 0.00054 >>NP_003089 (OMIM: 601017,612955) alpha-1-syntrophin [Ho (505 aa) initn: 3322 init1: 3322 opt: 3322 Z-score: 2378.2 bits: 449.6 E(85289): 1e-125 Smith-Waterman score: 3322; 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NP_066 DEAVQALKRAGKEVLLEVKYMREATPYVKKGSPVSEIGWETPPPESPRLGGSTSDPPSSQ 180 190 200 210 220 230 210 220 230 240 250 260 pF1KB5 NFS---EAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICSADGQDTLFLRAKDEASARSWATAI .:: . : . ::: ::.. . ::: : ::: : :.. :..::.:: :.:..: .:: NP_066 SFSFHRDRKSIPLKMCYVTRSMALADPENRQLEIHSPDAKHTVILRSKDSATAQAWFSAI 240 250 260 270 280 290 270 280 290 300 310 320 pF1KB5 QAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAGSQDIKQIGWLTEQLPSGGTA---PTLALLTEKEL ...:: : :: :.. :. :. :::..:...:::.:..:. . :.:..::::.: NP_066 HSNVNDLLTRVIAEVREQLGKTGIAGSREIRHLGWLAEKVPGESKKQWKPALVVLTEKDL 300 310 320 330 340 350 330 340 350 360 370 380 pF1KB5 LLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPYDAELSFALRTGTRHGVDTHLF :.: :.:. .:: :..: ::.:::::::::.::: ..:::: :::::.:..:::: NP_066 LIYDSMPRRKEAWFSPVHTYPLLATRLVHSGPGKGSPQAGVDLSFATRTGTRQGIETHLF 360 370 380 390 400 410 390 400 410 420 430 pF1KB5 SVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTACTWNGRPCSLSVHIDKGFTLWAAEP--G .:. ..:. :::..:.::: .:: . :.:::::.... : :..: ..::.. ..:: : NP_066 RAETSRDLSHWTRSIVQGCHNSAELIAEISTACTYKNQECRLTIHYENGFSI-TTEPQEG 420 430 440 450 460 470 440 450 460 470 480 490 pF1KB5 AARAVLLRQPFEKLQMSSDDGASLLFLDFGGAEGEIQLDLHSCPKTIVFIIHSFLSAKVT : .....:.:::.:::::: .:.::::: .:::::::::::: ::::::::::::.: NP_066 AFPKTIIQSPYEKLKMSSDDGIRMLYLDFGGKDGEIQLDLHSCPKPIVFIIHSFLSAKIT 480 490 500 510 520 530 500 pF1KB5 RLGLLA ::::.: NP_066 RLGLVA >>NP_006741 (OMIM: 600027) beta-2-syntrophin [Homo sapie (540 aa) initn: 1422 init1: 443 opt: 1432 Z-score: 1034.2 bits: 201.0 E(85289): 7.2e-51 Smith-Waterman score: 1458; 47.6% identity (71.4% similar) in 532 aa overlap (1-504:16-539) 10 20 30 40 pF1KB5 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVS-- :: :: ..::.:: ::: ::. :. . :... NP_006 MRVAAATAAAGAGPAMAVWTRATKAGLVELLLR-------ERWVRVVAELSGESLSLTGD 10 20 30 40 50 50 60 70 80 pF1KB5 --PADGDP--GPEP----GAPREQEPAQ-LNGAAEPGAGPPQLP--------EALLLQR- :. .: :: : : .. : :. : :::. : :: NP_006 AAAAELEPALGPAAAAFNGLPNGGGAGDSLPGSPSRGLGPPSPPAPPRGPAGEAGASPPV 60 70 80 90 100 110 90 100 110 120 130 140 pF1KB5 RRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKGLAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSS ::: : : .::::::::::::::.::::::::: ::::::..:: .::::::::: :: . NP_006 RRVRVVKQEAGGLGISIKGGRENRMPILISKIFPGLAADQSRALRLGDAILSVNGTDLRQ 120 130 140 150 160 170 150 160 170 180 190 200 pF1KB5 ATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNSTGGTSVGWD-SPPASP-LQRQPSSPG ::::.:::.::..::::.::::....:.::.:. . ... :. . : :: .. . .: . NP_006 ATHDQAVQALKRAGKEVLLEVKFIREVTPYIKKPSLVSDLPWEGAAPQSPSFSGSEDSGS 180 190 200 210 220 230 210 220 230 240 250 260 pF1KB5 PTPRNFSEAKHM-SLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICSADGQDTLFLRAKDEASARSWAT : .: .. ... ::: .... . : : : .:. : :...::.:: :: :.:.:: . NP_006 PKHQNSTKDRKIIPLKMCFAARNLSMPDLENRLIELHSPDSRNTLILRCKDTATAHSWFV 240 250 260 270 280 290 270 280 290 300 310 pF1KB5 AIQAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAG-SQDIKQIGWLTEQLP-SGGTA---PTLALLT ::.... .: :.: ::.:.:.:::::: :...:.:.::.:: .:: :.: .: NP_006 AIHTNIMALLPQVLAELNAMLGATSTAGGSKEVKHIAWLAEQAKLDGGRQQWRPVLMAVT 300 310 320 330 340 350 320 330 340 350 360 370 pF1KB5 EKELLLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPYDAELSFALRTGTRHGVD ::.:::: .: ::.: . : .. ::.:::::::: . : ..:.:: :::.:.:.. NP_006 EKDLLLYDCMPWTRDAWASPCHSYPLVATRLVHSGSGCRSPSLGSDLTFATRTGSRQGIE 360 370 380 390 400 410 380 390 400 410 420 430 pF1KB5 THLFSVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTACTWNGRPCSLSVHIDKGFTLWAAE ::: ::. ..:..::: ::.::: ::: ..::: .: ::. :..: ..:::. . : NP_006 MHLFRVETHRDLSSWTRILVQGCHAAAELIKEVSLGCMLNGQEVRLTIHYENGFTI-SRE 420 430 440 450 460 470 440 450 460 470 480 490 pF1KB5 PGAARAVLLRQPFEKLQMSSDDGASLLFLDFGGAEGEIQLDLHSCPKTIVFIIHSFLSAK :.. ..: : :::.:.::.::: :.::::: :::. .::::::: :::..:.::::: NP_006 NGGSSSILYRYPFERLKMSADDGIRNLYLDFGGPEGELTMDLHSCPKPIVFVLHTFLSAK 480 490 500 510 520 530 500 pF1KB5 VTRLGLLA :::.::: NP_006 VTRMGLLV 540 >>XP_011515541 (OMIM: 600026) PREDICTED: beta-1-syntroph (382 aa) initn: 1040 init1: 541 opt: 933 Z-score: 681.5 bits: 135.2 E(85289): 3.2e-31 Smith-Waterman score: 995; 46.9% identity (71.4% similar) in 371 aa overlap (2-346:15-378) 10 20 30 40 pF1KB5 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADG :.: :: :.::::. . .::..::..:.::.:..: .: XP_011 MAVAAAAAAAGPAGAGGGRAQRSGLLEVLVR-------DRWHKVLVNLSEDALVLSSEEG 10 20 30 40 50 50 60 70 80 pF1KB5 DPGPEP-GAPREQEPAQLNGAAEPGAG---PP---------------QLPEALLLQRRRV . . :. . . ::..:::: :: :.::.. :.: : XP_011 AAAYNGIGTATNGSFCRGAGAGHPGAGGAQPPDSPAGVRTAFTDLPEQVPESISNQKRGV 60 70 80 90 100 110 90 100 110 120 130 140 pF1KB5 TVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKGLAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATH : : . ::::::::::.::::::::::::::::::::.::.:::::::::: :: .::: XP_011 KVLKQELGGLGISIKGGKENKMPILISKIFKGLAADQTQALYVGDAILSVNGADLRDATH 120 130 140 150 160 170 150 160 170 180 190 200 pF1KB5 DEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNSTGGTSVGWDSPPA-SPLQRQPSSPGPTPR :::::.::..::::.::::::....:: :... . .::..:: :: .: :. . 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XP_016 SKIFEDQAADQTGMLFVGDAVLQVNGIHVENATHEEVVHLLRNAGDEVTITVEYLREAPA 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB5 YFKNSTG--GTSVGWDSPPASPLQRQPSSPGPTPRNFSEAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPE ..: : : : .: .::: XP_016 FLKLPLGSPGPSSDHSSGASSPLFDSGLHLNGNSSTTVECVRGARPGRSQLWDPPVLHSP 170 180 190 200 210 220 >>XP_016859860 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syntrop (317 aa) initn: 372 init1: 327 opt: 344 Z-score: 263.8 bits: 57.7 E(85289): 5.9e-08 Smith-Waterman score: 383; 34.7% identity (60.5% similar) in 248 aa overlap (85-308:72-310) 60 70 80 90 100 110 pF1KB5 APREQEPAQLNGAAEPGAGPPQLPEALLLQRRRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILI :: ::.:. .::::.::::: :...:..: XP_016 YDIRLKLTKEVLTIQKQDVVCVGGSHQGRNRRTVTLRRQPVGGLGLSIKGGSEHNVPVVI 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB5 SKIFKGLAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSP ::::. ::::: ::::::.:.::: . .:::.:.:..:...: ::.. :.:.... XP_016 SKIFEDQAADQTGMLFVGDAVLQVNGIHVENATHEEVVHLLRNAGDEVTITVEYLREAPA 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 pF1KB5 YFKNSTG--GTSVGWDSPPASPL------------QRQPSSPG-PTPRNFSEAKH----- ..: : : : .: .::: ::::. : .. :. XP_016 FLKLPLGSPGPSSDHSSGASSPLFDSGLHLNGNSSTTAPSSPSSPIAKDPRYEKRWLDTL 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KB5 -MSLKMAYVSKRCTPNDPEPRY--LEICSADGQDTLFLRAKDEASARSWATAIQAQVNTL . :.:: .: : . . :. .:. . :: .. .:: .. .: :..:.. : XP_016 SVPLSMARIS-RYKAGTEKLRWNAFEVLALDGVSSGILRFYTAQDGTDWLRAVSANIREL 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KB5 TPRVKDELQAL-LAATSTAGSQDIKQIGWLTEQLPSGGTAPTLALLTEKELLLYLSLPET : :: . .: . :...:. . .: ::: XP_016 T------LQNMKMANKCCSPSDQLKEK--TSCMLSSGGRLTNYLD 290 300 310 340 350 360 370 380 390 pF1KB5 REALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPYDAELSFALRTGTRHGVDTHLFSVESPQELA >>XP_016859861 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syntrop (317 aa) initn: 372 init1: 327 opt: 344 Z-score: 263.8 bits: 57.7 E(85289): 5.9e-08 Smith-Waterman score: 383; 34.7% identity (60.5% similar) in 248 aa overlap (85-308:72-310) 60 70 80 90 100 110 pF1KB5 APREQEPAQLNGAAEPGAGPPQLPEALLLQRRRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILI :: ::.:. .::::.::::: :...:..: XP_016 YDIRLKLTKEVLTIQKQDVVCVGGSHQGRNRRTVTLRRQPVGGLGLSIKGGSEHNVPVVI 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB5 SKIFKGLAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSP ::::. ::::: ::::::.:.::: . .:::.:.:..:...: ::.. :.:.... XP_016 SKIFEDQAADQTGMLFVGDAVLQVNGIHVENATHEEVVHLLRNAGDEVTITVEYLREAPA 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 pF1KB5 YFKNSTG--GTSVGWDSPPASPL------------QRQPSSPG-PTPRNFSEAKH----- ..: : : : .: .::: ::::. : .. :. XP_016 FLKLPLGSPGPSSDHSSGASSPLFDSGLHLNGNSSTTAPSSPSSPIAKDPRYEKRWLDTL 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KB5 -MSLKMAYVSKRCTPNDPEPRY--LEICSADGQDTLFLRAKDEASARSWATAIQAQVNTL . :.:: .: : . . :. .:. . :: .. .:: .. .: :..:.. : XP_016 SVPLSMARIS-RYKAGTEKLRWNAFEVLALDGVSSGILRFYTAQDGTDWLRAVSANIREL 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KB5 TPRVKDELQAL-LAATSTAGSQDIKQIGWLTEQLPSGGTAPTLALLTEKELLLYLSLPET : :: . .: . :...:. . .: ::: XP_016 T------LQNMKMANKCCSPSDQLKEK--TSCMLSSGGRLTNYLD 290 300 310 340 350 360 370 380 390 pF1KB5 REALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPYDAELSFALRTGTRHGVDTHLFSVESPQELA 505 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Nov 7 00:28:25 2016 done: Mon Nov 7 00:28:27 2016 Total Scan time: 11.350 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]