Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5888
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5888, 521 aa
1>>>pF1KB5888 521 - 521 aa - 521 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2508+/-0.000387; mu= 19.2418+/- 0.024
mean_var=84.5946+/-17.651, 0's: 0 Z-trim(113.3): 162 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.139445
statistics sampled from 22357 (22527) to 22357 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.622), E-opt: 0.2 (0.264), width: 16
Scan time: 10.240
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002258 (OMIM: 601892) importin subunit alpha-4 ( 521) 3415 697.3 2.8e-200
XP_016876050 (OMIM: 601892) PREDICTED: importin su ( 497) 3258 665.7 8.6e-191
NP_002259 (OMIM: 602970) importin subunit alpha-3 ( 521) 3004 614.7 2.2e-175
NP_002257 (OMIM: 600685) importin subunit alpha-1 ( 529) 1685 349.3 1.7e-95
NP_001307540 (OMIM: 600685) importin subunit alpha ( 529) 1685 349.3 1.7e-95
NP_036448 (OMIM: 610563) importin subunit alpha-7 ( 536) 1556 323.4 1.1e-87
XP_005270768 (OMIM: 610563) PREDICTED: importin su ( 566) 1556 323.4 1.1e-87
NP_001139187 (OMIM: 614107) importin subunit alpha ( 516) 1448 301.6 3.7e-81
XP_011514517 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 543) 1448 301.6 3.8e-81
XP_016866329 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 536) 1446 301.2 5e-81
NP_002260 (OMIM: 604545) importin subunit alpha-6 ( 539) 1446 301.2 5e-81
XP_016866328 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 539) 1446 301.2 5e-81
XP_016866327 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 559) 1446 301.3 5.1e-81
XP_011534107 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 559) 1446 301.3 5.1e-81
XP_016867700 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 522) 1437 299.4 1.7e-80
XP_016867702 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521) 1432 298.4 3.4e-80
XP_016867701 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521) 1432 298.4 3.4e-80
XP_016867703 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521) 1432 298.4 3.4e-80
XP_016867699 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 537) 1432 298.4 3.5e-80
XP_016867697 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 548) 1432 298.4 3.6e-80
NP_002255 (OMIM: 600686) importin subunit alpha-5 ( 538) 1407 293.4 1.1e-78
XP_005247494 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 538) 1407 293.4 1.1e-78
XP_016867698 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 544) 1395 291.0 6.1e-78
XP_011511097 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 477) 1387 289.3 1.7e-77
XP_016867705 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 425) 1231 257.9 4.4e-68
XP_016867704 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 487) 1171 245.9 2.1e-64
XP_016861853 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 1004 212.1 2.1e-54
XP_016861854 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 1004 212.1 2.1e-54
XP_011511099 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 1004 212.1 2.1e-54
XP_005247496 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 1004 212.1 2.1e-54
XP_016861852 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 1004 212.1 2.1e-54
XP_016866330 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 332) 958 202.9 1.2e-51
XP_016866331 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 327) 953 201.9 2.5e-51
XP_016866332 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 327) 953 201.9 2.5e-51
XP_016858908 (OMIM: 609803) PREDICTED: ankyrin and ( 898) 209 52.6 5.9e-06
XP_005252703 (OMIM: 605730) PREDICTED: sperm-assoc ( 451) 184 47.3 0.00012
NP_758442 (OMIM: 605730) sperm-associated antigen ( 458) 184 47.3 0.00012
NP_001240784 (OMIM: 605730) sperm-associated antig ( 484) 184 47.3 0.00012
XP_005252702 (OMIM: 605730) PREDICTED: sperm-assoc ( 506) 184 47.3 0.00013
NP_036575 (OMIM: 605730) sperm-associated antigen ( 509) 184 47.3 0.00013
NP_001240783 (OMIM: 605730) sperm-associated antig ( 484) 176 45.7 0.00038
>>NP_002258 (OMIM: 601892) importin subunit alpha-4 [Hom (521 aa)
initn: 3415 init1: 3415 opt: 3415 Z-score: 3716.7 bits: 697.3 E(85289): 2.8e-200
Smith-Waterman score: 3415; 100.0% identity (100.0% similar) in 521 aa overlap (1-521:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAENPSLENHRIKSFKNKGRDVETMRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVPQEESLEDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MAENPSLENHRIKSFKNKGRDVETMRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVPQEESLEDS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DVDADFKAQNVTLEAILQNATSDNPVVQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DVDADFKAQNVTLEAILQNATSDNPVVQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 KCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSPHQNVCEQAVWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSPHQNVCEQAVWA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVIVNLCRNKDPPPPMETV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVIVNLCRNKDPPPPMETV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 QEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFLVPLLSHQEVKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFLVPLLSHQEVKV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 VQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQQNVIPPFCNLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQQNVIPPFCNLL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 SVKDSQVVQVVLDGLKNILIMAGDEASTIAEIIEECGGLEKIEVLQQHENEDIYKLAFEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SVKDSQVVQVVLDGLKNILIMAGDEASTIAEIIEECGGLEKIEVLQQHENEDIYKLAFEI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB5 IDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF
490 500 510 520
>>XP_016876050 (OMIM: 601892) PREDICTED: importin subuni (497 aa)
initn: 3258 init1: 3258 opt: 3258 Z-score: 3546.3 bits: 665.7 E(85289): 8.6e-191
Smith-Waterman score: 3258; 100.0% identity (100.0% similar) in 497 aa overlap (25-521:1-497)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAENPSLENHRIKSFKNKGRDVETMRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVPQEESLEDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVPQEESLEDS
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DVDADFKAQNVTLEAILQNATSDNPVVQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DVDADFKAQNVTLEAILQNATSDNPVVQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILV
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 KCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSPHQNVCEQAVWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSPHQNVCEQAVWA
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVIVNLCRNKDPPPPMETV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVIVNLCRNKDPPPPMETV
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 QEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFLVPLLSHQEVKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFLVPLLSHQEVKV
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 VQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQQNVIPPFCNLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQQNVIPPFCNLL
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 SVKDSQVVQVVLDGLKNILIMAGDEASTIAEIIEECGGLEKIEVLQQHENEDIYKLAFEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SVKDSQVVQVVLDGLKNILIMAGDEASTIAEIIEECGGLEKIEVLQQHENEDIYKLAFEI
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520
pF1KB5 IDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF
460 470 480 490
>>NP_002259 (OMIM: 602970) importin subunit alpha-3 [Hom (521 aa)
initn: 3370 init1: 3004 opt: 3004 Z-score: 3269.8 bits: 614.7 E(85289): 2.2e-175
Smith-Waterman score: 3004; 85.8% identity (96.2% similar) in 521 aa overlap (1-521:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAENPSLENHRIKSFKNKGRDVETMRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVPQEESLEDS
::.: .:.:.:.:.:::::::.:::::.::::.::::::::::::::.::::.:. :::
NP_002 MADNEKLDNQRLKNFKNKGRDLETMRRQRNEVVVELRKNKRDEHLLKRRNVPHEDICEDS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DVDADFKAQNVTLEAILQNATSDNPVVQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILV
:.:.:...::..::::.:::.::: .:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DIDGDYRVQNTSLEAIVQNASSDNQGIQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 KCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSPHQNVCEQAVWA
.:::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::.:::::::::::::
NP_002 HCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSEQTQAVVQSNAVPLFLRLLHSPHQNVCEQAVWA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVIVNLCRNKDPPPPMETV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:::::::::.
NP_002 LGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVMVNLCRHKDPPPPMETI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 QEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFLVPLLSHQEVKV
:::::::::::.:::.:::::::::::::::.::::::::::::.:: ::::::::::::
NP_002 QEILPALCVLIHHTDVNILVDTVWALSYLTDAGNEQIQMVIDSGIVPHLVPLLSHQEVKV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
::::::::::::::::::::::::::.::::: ::.::::::::::::::::::::::::
NP_002 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDALSHFPALLTHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 VQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQQNVIPPFCNLL
:::::::.:.::::: : :::::::::::::::::::::::::: ::.::::::::::::
NP_002 VQAVIDANLVPMIIHLLDKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVAYLIQQNVIPPFCNLL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 SVKDSQVVQVVLDGLKNILIMAGDEASTIAEIIEECGGLEKIEVLQQHENEDIYKLAFEI
.:::.::::::::::.::: :: ::: ::...::::::::::: ::.::::::::::.::
NP_002 TVKDAQVVQVVLDGLSNILKMAEDEAETIGNLIEECGGLEKIEQLQNHENEDIYKLAYEI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB5 IDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF
:::.::.::::::: :.::: ::::..:. .::. :. :.:
NP_002 IDQFFSSDDIDEDPSLVPEAIQGGTFGFNSSANVPTEGFQF
490 500 510 520
>>NP_002257 (OMIM: 600685) importin subunit alpha-1 [Hom (529 aa)
initn: 1942 init1: 853 opt: 1685 Z-score: 1835.7 bits: 349.3 E(85289): 1.7e-95
Smith-Waterman score: 1685; 49.8% identity (77.7% similar) in 528 aa overlap (3-521:5-529)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAENPSLENHRIKSFKNKGRDVETMRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVPQEESLE
:: . :.. :::::.: :::.: ::.::::: :.:...::.::: . .
NP_002 MSTNENANTPAARLHRFKNKGKDSTEMRRRRIEVNVELRKAKKDDQMLKRRNVSSFPDDA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 DSDVDADFKAQ---NVTLEAILQNATSDNPVVQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGI
: .. . . : : ... :... .:.: ::.:.:::::::: ...::::..:..:.
NP_002 TSPLQENRNNQGTVNWSVDDIVKGINSSNVENQLQATQAARKLLSREKQPPIDNIIRAGL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LPILVKCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSPHQNVCE
.: .:. : : : .:::.:::::::::::: ::.:::...:.: :. :: ::: .. :
NP_002 IPKFVSFLGRTDCSPIQFESAWALTNIASGTSEQTKAVVDGGAIPAFISLLASPHAHISE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 QAVWALGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFIS-P---SIPITFLRNVTWVIVNLCRNK
::::::::: ::: :: ::. :.: :::.... : :. .:::.::.. ::::::
NP_002 QAVWALGNIAGDGSVFRDLVIKYGAVDPLLALLAVPDMSSLACGYLRNLTWTLSNLCRNK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 DPPPPMETVQEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFLVP
.: ::...:..:::.: :..: : ..:.:: ::.:::::: ::.: ::. .:::: ::
NP_002 NPAPPIDAVEQILPTLVRLLHHDDPEVLADTCWAISYLTDGPNERIGMVVKTGVVPQLVK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 LLSHQEVKVQTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWFLS
::. .:. . : ::::.::::::::::::::.. .:. ::.::..:: .:.:::.: .:
NP_002 LLGASELPIVTPALRAIGNIVTGTDEQTQVVIDAGALAVFPSLLTNPKTNIQKEATWTMS
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 NITAGNQQQVQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQQN
::::: :.:.: :.. ::.:... :.:.:: :::::.::..: : .: .:. :::. .
NP_002 NITAGRQDQIQQVVNHGLVPFLVSVLSKADFKTQKEAVWAVTNYTSGGTVEQIVYLVHCG
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460
pF1KB5 VIPPFCNLLSVKDSQVVQVVLDGLKNILIMAGD--EASTIAEIIEECGGLEKIEVLQQHE
.: :. :::..::.... :.::...::. : :. .. .:::::::.:::.::.::
NP_002 IIEPLMNLLTAKDTKIILVILDAISNIFQAAEKLGETEKLSIMIEECGGLDKIEALQNHE
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 NEDIYKLAFEIIDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF
::..:: .. .:..::: .. .:: ..::.:. : :.:. . . :::
NP_002 NESVYKASLSLIEKYFSVEE-EEDQNVVPETTSEG-YTFQ-VQDGAPGTFNF
490 500 510 520
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:.. .
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NP_001 LLTAPDVKIVLIILDVISCILQAAEKRSEKENLCLLIEELGGIDRIEALQLHENRQIGQS
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540
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