Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5888
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5888, 521 aa
1>>>pF1KB5888 521 - 521 aa - 521 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7265+/-0.000928; mu= 16.1513+/- 0.056
mean_var=79.7665+/-16.256, 0's: 0 Z-trim(105.6): 59 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.143603
statistics sampled from 8482 (8540) to 8482 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.627), E-opt: 0.2 (0.262), width: 16
Scan time: 3.340
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9421.1 KPNA3 gene_id:3839|Hs108|chr13 ( 521) 3415 717.6 8.8e-207
CCDS3191.1 KPNA4 gene_id:3840|Hs108|chr3 ( 521) 3004 632.4 3.8e-181
CCDS32713.1 KPNA2 gene_id:3838|Hs108|chr17 ( 529) 1685 359.1 6.9e-99
CCDS352.1 KPNA6 gene_id:23633|Hs108|chr1 ( 536) 1556 332.4 7.8e-91
CCDS47651.1 KPNA7 gene_id:402569|Hs108|chr7 ( 516) 1448 310.0 4.1e-84
CCDS5111.1 KPNA5 gene_id:3841|Hs108|chr6 ( 539) 1446 309.6 5.7e-84
CCDS3013.1 KPNA1 gene_id:3836|Hs108|chr3 ( 538) 1407 301.5 1.5e-81
>>CCDS9421.1 KPNA3 gene_id:3839|Hs108|chr13 (521 aa)
initn: 3415 init1: 3415 opt: 3415 Z-score: 3825.9 bits: 717.6 E(32554): 8.8e-207
Smith-Waterman score: 3415; 100.0% identity (100.0% similar) in 521 aa overlap (1-521:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAENPSLENHRIKSFKNKGRDVETMRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVPQEESLEDS
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CCDS94 MAENPSLENHRIKSFKNKGRDVETMRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVPQEESLEDS
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 DVDADFKAQNVTLEAILQNATSDNPVVQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 KCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSPHQNVCEQAVWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 KCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSPHQNVCEQAVWA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 LGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVIVNLCRNKDPPPPMETV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 QEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFLVPLLSHQEVKV
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CCDS94 QEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFLVPLLSHQEVKV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
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CCDS94 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 VQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQQNVIPPFCNLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 VQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQQNVIPPFCNLL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 SVKDSQVVQVVLDGLKNILIMAGDEASTIAEIIEECGGLEKIEVLQQHENEDIYKLAFEI
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CCDS94 SVKDSQVVQVVLDGLKNILIMAGDEASTIAEIIEECGGLEKIEVLQQHENEDIYKLAFEI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB5 IDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF
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CCDS94 IDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF
490 500 510 520
>>CCDS3191.1 KPNA4 gene_id:3840|Hs108|chr3 (521 aa)
initn: 3370 init1: 3004 opt: 3004 Z-score: 3365.7 bits: 632.4 E(32554): 3.8e-181
Smith-Waterman score: 3004; 85.8% identity (96.2% similar) in 521 aa overlap (1-521:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAENPSLENHRIKSFKNKGRDVETMRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVPQEESLEDS
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CCDS31 MADNEKLDNQRLKNFKNKGRDLETMRRQRNEVVVELRKNKRDEHLLKRRNVPHEDICEDS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DVDADFKAQNVTLEAILQNATSDNPVVQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILV
:.:.:...::..::::.:::.::: .:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DIDGDYRVQNTSLEAIVQNASSDNQGIQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 KCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSPHQNVCEQAVWA
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CCDS31 HCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSEQTQAVVQSNAVPLFLRLLHSPHQNVCEQAVWA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVIVNLCRNKDPPPPMETV
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CCDS31 LGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVMVNLCRHKDPPPPMETI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 QEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFLVPLLSHQEVKV
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CCDS31 QEILPALCVLIHHTDVNILVDTVWALSYLTDAGNEQIQMVIDSGIVPHLVPLLSHQEVKV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
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CCDS31 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDALSHFPALLTHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 VQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQQNVIPPFCNLL
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CCDS31 VQAVIDANLVPMIIHLLDKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVAYLIQQNVIPPFCNLL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 SVKDSQVVQVVLDGLKNILIMAGDEASTIAEIIEECGGLEKIEVLQQHENEDIYKLAFEI
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CCDS31 TVKDAQVVQVVLDGLSNILKMAEDEAETIGNLIEECGGLEKIEQLQNHENEDIYKLAYEI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB5 IDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF
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CCDS31 IDQFFSSDDIDEDPSLVPEAIQGGTFGFNSSANVPTEGFQF
490 500 510 520
>>CCDS32713.1 KPNA2 gene_id:3838|Hs108|chr17 (529 aa)
initn: 1942 init1: 853 opt: 1685 Z-score: 1888.8 bits: 359.1 E(32554): 6.9e-99
Smith-Waterman score: 1685; 49.8% identity (77.7% similar) in 528 aa overlap (3-521:5-529)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAENPSLENHRIKSFKNKGRDVETMRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVPQEESLE
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CCDS32 MSTNENANTPAARLHRFKNKGKDSTEMRRRRIEVNVELRKAKKDDQMLKRRNVSSFPDDA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 DSDVDADFKAQ---NVTLEAILQNATSDNPVVQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGI
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CCDS32 TSPLQENRNNQGTVNWSVDDIVKGINSSNVENQLQATQAARKLLSREKQPPIDNIIRAGL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LPILVKCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSPHQNVCE
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CCDS32 IPKFVSFLGRTDCSPIQFESAWALTNIASGTSEQTKAVVDGGAIPAFISLLASPHAHISE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 QAVWALGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFIS-P---SIPITFLRNVTWVIVNLCRNK
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CCDS32 QAVWALGNIAGDGSVFRDLVIKYGAVDPLLALLAVPDMSSLACGYLRNLTWTLSNLCRNK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 DPPPPMETVQEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFLVP
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CCDS32 NPAPPIDAVEQILPTLVRLLHHDDPEVLADTCWAISYLTDGPNERIGMVVKTGVVPQLVK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 LLSHQEVKVQTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWFLS
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CCDS32 LLGASELPIVTPALRAIGNIVTGTDEQTQVVIDAGALAVFPSLLTNPKTNIQKEATWTMS
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 NITAGNQQQVQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQQN
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CCDS32 NITAGRQDQIQQVVNHGLVPFLVSVLSKADFKTQKEAVWAVTNYTSGGTVEQIVYLVHCG
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460
pF1KB5 VIPPFCNLLSVKDSQVVQVVLDGLKNILIMAGD--EASTIAEIIEECGGLEKIEVLQQHE
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CCDS32 IIEPLMNLLTAKDTKIILVILDAISNIFQAAEKLGETEKLSIMIEECGGLDKIEALQNHE
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 NEDIYKLAFEIIDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF
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CCDS32 NESVYKASLSLIEKYFSVEE-EEDQNVVPETTSEG-YTFQ-VQDGAPGTFNF
490 500 510 520
>>CCDS352.1 KPNA6 gene_id:23633|Hs108|chr1 (536 aa)
initn: 1345 init1: 1197 opt: 1556 Z-score: 1744.3 bits: 332.4 E(32554): 7.8e-91
Smith-Waterman score: 1556; 48.5% identity (77.3% similar) in 515 aa overlap (4-502:6-517)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAENPSLENHRIKSFKNKGRDVETMRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVP--QEES
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CCDS35 METMASPGKDNYRMKSYKNNALNPEEMRRRREEEGIQLRKQKREQQLFKRRNVELINEEA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 ------LEDSDVDADFKAQNVTLEAILQNATSDNPVVQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDL
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CCDS35 AMFDSLLMDSYVSST-TGESVITREMVEMLFSDDSDLQLATTQKFRKLLSKEPSPPIDEV
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120 130 140 150 160
pF1KB5 IKSG-ILPILVKCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSP
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CCDS35 INTPRVVDRFVEFLKRNENCTLQFEAAWALTNIASGTSQQTKIVIEAGAVPIFIELLNSD
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 HQNVCEQAVWALGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVIVNLCR
..: :::::::::: ::. :::::.. ....:::.... : .:. ::..:.. ::::
CCDS35 FEDVQEQAVWALGNIAGDSSVCRDYVLNCSILNPLLTLLTKSTRLTMTRNAVWALSNLCR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 NKDPPPPMETVQEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFL
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CCDS35 GKNPPPEFAKVSPCLPVLSRLLFSSDSDLLADACWALSYLSDGPNEKIQAVIDSGVCRRL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 VPLLSHQEVKVQTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWF
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CCDS35 VELLMHNDYKVASPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKEACWT
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 LSNITAGNQQQVQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQ
.:::::::. :.::::::...:..:. : :..: :.:::::::.: : .: .:..:::.
CCDS35 ISNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIRYLVS
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 QNVIPPFCNLLSVKDSQVVQVVLDGLKNILIM-------AGDEASTIAEIIEECGGLEKI
. : :.:.::.: ::..:::.:.::.::: . .:. .. .::: ::.::
CCDS35 LGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEGKRSGSGVNPYCGLIEEAYGLDKI
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 EVLQQHENEDIYKLAFEIIDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF
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CCDS35 EFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVE--DDDSSLAPQVDETQQQFIFQQPEAPMEGFQL
480 490 500 510 520 530
>>CCDS47651.1 KPNA7 gene_id:402569|Hs108|chr7 (516 aa)
initn: 1815 init1: 1321 opt: 1448 Z-score: 1623.6 bits: 310.0 E(32554): 4.1e-84
Smith-Waterman score: 1448; 45.5% identity (77.2% similar) in 499 aa overlap (5-499:2-499)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAENPSLE--NHRIKSFKNKGRDVETMRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVPQEESLE
:.:. ..: ..:: .:.:: :..: :..:::: :.::. ::.::. .
CCDS47 MPTLDAPEERRRKFKYRGKDVSLRRQQRMAVSLELRKAKKDEQTLKRRNITSFCPDT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 DSDVDADFKAQNVTLEAILQNATSDNPVVQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPI
:. : : ..:: :.....:..::. ..:.:.:::.::...:::. .:..:..:
CCDS47 PSEKTAKGVAVSLTLGEIIKGVNSSDPVLCFQATQTARKMLSQEKNPPLKLVIEAGLIPR
60 70 80 90 100 110
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pF1KB5 LVKCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSPHQNVCEQAV
.:. :. . : ::::::::::::::::: ::.:::...:. ...:: : . ::::::
CCDS47 MVEFLKSSLYPCLQFEAAWALTNIASGTSEQTRAVVEGGAIQPLIELLSSSNVAVCEQAV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 WALGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVIVNLCRNKDPPPPME
:::::: ::::. :: ::. ... ::..:::..:::::::.::.. ::::::.: :
CCDS47 WALGNIAGDGPEFRDNVITSNAIPHLLALISPTLPITFLRNITWTLSNLCRNKNPYPCDT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 TVQEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFLVPLLSHQEV
.:..::::: :. : : ..: :. :::::::::.:..: .:...::.: :: :.. .:.
CCDS47 AVKQILPALLHLLQHQDSEVLSDACWALSYLTDGSNKRIGQVVNTGVLPRLVVLMTSSEL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 KVQTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQ
.: : .::.:::::::::::::.... .:. .:.::.: : .:.:::.: :::..::
CCDS47 NVLTPSLRTVGNIVTGTDEQTQMAIDAGMLNVLPQLLQHNKPSIQKEAAWALSNVAAGPC
300 310 320 330 340 350
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pF1KB5 QQVQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQQNVIPPFCN
...: .. ..: .. : .:.: .::::.: ..:.. .. ::. ::...:. :. :
CCDS47 HHIQQLLAYDVLPPLVALLKNGEFKVQKEAVWMVANFATGATMDQLIQLVHSGVLEPLVN
360 370 380 390 400 410
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pF1KB5 LLSVKDSQVVQVVLDGLKNILIMAG--DEASTIAEIIEECGGLEKIEVLQQHENEDIYKL
::.. : ..: ..:: .. :: : .: .. .::: ::...::.:: :::..: .
CCDS47 LLTAPDVKIVLIILDVISCILQAAEKRSEKENLCLLIEELGGIDRIEALQLHENRQIGQS
420 430 440 450 460 470
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pF1KB5 AFEIIDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF
:..::...: :.. ::. :. .
CCDS47 ALNIIEKHF-GEEEDESQTLLSQVIDQDYEFIDYECLAKK
480 490 500 510
>>CCDS5111.1 KPNA5 gene_id:3841|Hs108|chr6 (539 aa)
initn: 1541 init1: 1178 opt: 1446 Z-score: 1621.1 bits: 309.6 E(32554): 5.7e-84
Smith-Waterman score: 1581; 48.9% identity (77.0% similar) in 517 aa overlap (4-502:6-520)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAENPSLENHRIKSFKNKGRDVETMRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNV--PQ-EE
.:. .:.:.::.:::. . . :::.:.: ..:::.::.:.:.:.::: :. .:
CCDS51 MDAMASPGKDNYRMKSYKNKALNPQEMRRRREEEGIQLRKQKREEQLFKRRNVYLPRNDE
10 20 30 40 50 60
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