FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5690, 518 aa 1>>>pF1KB5690 518 - 518 aa - 518 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1228+/-0.000368; mu= 14.8390+/- 0.023 mean_var=89.7963+/-18.052, 0's: 0 Z-trim(114.5): 30 B-trim: 188 in 2/50 Lambda= 0.135346 statistics sampled from 24379 (24405) to 24379 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.641), E-opt: 0.2 (0.286), width: 16 Scan time: 10.280 The best scores are: opt bits E(85289) NP_036237 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 518) 3437 681.4 1.7e-195 XP_016883803 (OMIM: 605668) PREDICTED: beta-secret ( 423) 2762 549.6 6.8e-156 NP_620477 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 396) 2503 499.0 1.1e-140 NP_620476 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 468) 2149 429.9 8e-120 NP_036236 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 501) 1535 310.0 1e-83 NP_001193977 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isofo ( 401) 1288 261.7 2.9e-69 NP_620427 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 457) 1043 213.9 8e-55 NP_001193978 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isofo ( 376) 914 188.7 2.6e-47 NP_620428 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 476) 914 188.8 3.2e-47 NP_620429 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 432) 913 188.5 3.4e-47 NP_001901 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform a pre ( 396) 359 80.3 1.1e-14 XP_011507546 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E ( 401) 355 79.6 2e-14 NP_002621 (OMIM: 169740) gastricsin isoform 1 prep ( 388) 332 75.1 4.4e-13 NP_000528 (OMIM: 179820,267430,613092) renin prepr ( 406) 318 72.3 3e-12 NP_001304260 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform c ( 288) 309 70.5 7.7e-12 NP_683865 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform b pre ( 363) 309 70.6 9.3e-12 XP_011507547 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E ( 368) 305 69.8 1.6e-11 NP_004842 (OMIM: 605631) napsin-A preproprotein [H ( 420) 296 68.0 6.1e-11 XP_011525842 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A is ( 420) 296 68.0 6.1e-11 NP_001159896 (OMIM: 169740) gastricsin isoform 2 p ( 315) 221 53.3 1.2e-06 NP_001073275 (OMIM: 169710) pepsin A-3 preproprote ( 388) 216 52.4 2.9e-06 NP_055039 (OMIM: 169730) pepsin A-5 preproprotein ( 388) 216 52.4 2.9e-06 XP_016854970 (OMIM: 169720) PREDICTED: pepsin A-4 ( 388) 216 52.4 2.9e-06 NP_001073276 (OMIM: 169720) pepsin A-4 preproprote ( 388) 216 52.4 2.9e-06 XP_016883001 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A is ( 411) 211 51.4 5.9e-06 NP_001900 (OMIM: 116840,610127) cathepsin D prepro ( 412) 185 46.4 0.0002 >>NP_036237 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform A pr (518 aa) initn: 3437 init1: 3437 opt: 3437 Z-score: 3630.7 bits: 681.4 E(85289): 1.7e-195 Smith-Waterman score: 3437; 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NP_036 HGIRLPLRSGLGGAPLGLRLPRETDEEPEEPGRRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGS 30 40 50 60 70 80 110 120 130 140 150 160 pF1KB5 PPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGE ::: :.::::::::::::...:: .. :.. . :::::. : : ::::.: : .: NP_036 PPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGT 90 100 110 120 130 140 170 180 190 200 210 220 pF1KB5 DLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVT :::.::.: :.. .:::.: ::..::. : .:.:::::::: .:.:..::: :::::: NP_036 DLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVK 150 160 170 180 190 200 230 240 250 260 270 pF1KB5 QANIPNVFSMQMCGAGLPVAGS---GTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIE :...::.::.:.::::.:. : .. :::...:::. ::: :..:::::..::::.. 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