Result of FASTA (ccds) for pFN21AB5690
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5690, 518 aa
  1>>>pF1KB5690 518 - 518 aa - 518 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3596+/-0.00091; mu= 13.5679+/- 0.055
 mean_var=91.4788+/-18.286, 0's: 0 Z-trim(107.8): 22  B-trim: 3 in 1/50
 Lambda= 0.134095
 statistics sampled from 9804 (9823) to 9804 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.663), E-opt: 0.2 (0.302), width:  16
 Scan time:  3.270

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS13668.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21        ( 518) 3437 675.2 4.9e-194
CCDS13670.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21        ( 396) 2503 494.5 9.6e-140
CCDS13669.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21        ( 468) 2149 426.0 4.5e-119
CCDS8383.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11         ( 501) 1535 307.2 2.8e-83
CCDS55787.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11        ( 401) 1288 259.4 5.5e-69
CCDS44740.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11        ( 457) 1043 212.0 1.1e-54
CCDS55786.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11        ( 376)  914 187.0 3.2e-47
CCDS44739.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11        ( 476)  914 187.1 3.9e-47
CCDS44741.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11        ( 432)  913 186.9 4.1e-47
CCDS73013.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1           ( 396)  359 79.7 6.9e-15
CCDS4859.1 PGC gene_id:5225|Hs108|chr6             ( 388)  332 74.4 2.5e-13
CCDS30981.1 REN gene_id:5972|Hs108|chr1            ( 406)  318 71.7 1.7e-12
CCDS73012.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1           ( 363)  309 70.0 5.2e-12
CCDS12794.1 NAPSA gene_id:9476|Hs108|chr19         ( 420)  296 67.5 3.4e-11


>>CCDS13668.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21             (518 aa)
 initn: 3437 init1: 3437 opt: 3437  Z-score: 3597.1  bits: 675.2 E(32554): 4.9e-194
Smith-Waterman score: 3437; 100.0% identity (100.0% similar) in 518 aa overlap (1-518:1-518)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 YLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFD
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 RAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510        
pF1KB5 AILLVLIVLLLLPFRCQRRPRDPEVVNDESSLVRHRWK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AILLVLIVLLLLPFRCQRRPRDPEVVNDESSLVRHRWK
              490       500       510        

>>CCDS13670.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21             (396 aa)
 initn: 2503 init1: 2503 opt: 2503  Z-score: 2622.4  bits: 494.5 E(32554): 9.6e-140
Smith-Waterman score: 2503; 100.0% identity (100.0% similar) in 378 aa overlap (1-378:1-378)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 YLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFD
       ::::::::::::::::::                                          
CCDS13 YLRDENSSRSFRITILPQKLQVLQCLKFPGLSQQRM                        
              370       380       390                              

>>CCDS13669.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21             (468 aa)
 initn: 2149 init1: 2149 opt: 2149  Z-score: 2251.1  bits: 426.0 E(32554): 4.5e-119
Smith-Waterman score: 2971; 90.3% identity (90.3% similar) in 518 aa overlap (1-518:1-468)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISI
       ::::::::::::::::::::::::::::                                
CCDS13 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASL--------------------------------
              310       320                                        

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 YLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFD
                         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ------------------LYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFD
                        330       340       350       360       370

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 RAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCG
              380       390       400       410       420       430

              490       500       510        
pF1KB5 AILLVLIVLLLLPFRCQRRPRDPEVVNDESSLVRHRWK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AILLVLIVLLLLPFRCQRRPRDPEVVNDESSLVRHRWK
              440       450       460        

>>CCDS8383.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11              (501 aa)
 initn: 1512 init1: 668 opt: 1535  Z-score: 1608.7  bits: 307.2 E(32554): 2.8e-83
Smith-Waterman score: 1535; 49.6% identity (77.0% similar) in 448 aa overlap (71-512:54-500)

               50        60        70        80        90       100
pF1KB5 RVVAPTPGPGTPAERHADGLALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGT
                                     :.  ..:. :::::.: ::.:::.:: .:.
CCDS83 HGIRLPLRSGLGGAPLGLRLPRETDEEPEEPGRRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGS
            30        40        50        60        70        80   

              110       120       130       140       150       160
pF1KB5 PPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGE
       ::: :.::::::::::::...:: ..  :.. . :::::.    : : ::::.: : .: 
CCDS83 PPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGT
            90       100       110       120       130       140   

              170       180       190       200       210       220
pF1KB5 DLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVT
       :::.::.: :..  .:::.: ::..::. : .:.:::::::: .:.:..::: :::::: 
CCDS83 DLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVK
           150       160       170       180       190       200   

              230       240          250       260       270       
pF1KB5 QANIPNVFSMQMCGAGLPVAGS---GTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIE
       :...::.::.:.::::.:.  :   .. :::...:::. ::: :..:::::..::::.. 
CCDS83 QTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVI
           210       220       230       240       250       260   

       280       290       300       310       320       330       
pF1KB5 ILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFW
       :...::.::.:..::.::: ::.::::::: ::::.:::.:.:...  ::   .: ::::
CCDS83 IVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFW
           270       280       290       300       310       320   

       340       350       360       370       380       390       
pF1KB5 TGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYE-CYRF
        : ::.::  . :::. :: ::.::  : ...::::::::: :..:.  .. . . ::.:
CCDS83 LGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKF
           330       340       350       360       370       380   

        400       410       420       430       440       450      
pF1KB5 GISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASN
       .:: :... :.::..::::::.::::.::.:::.: :       .. . ::: : :. . 
CCDS83 AISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDC
           390       400       410       420       430       440   

        460       470       480       490         500       510    
pF1KB5 CVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCGAILLVLIVLLLLPFRCQR--RPRDPEVVNDESSLVR
            . .:  :  ..:.. ..: :.... . :..  .:: :  : .  . ..: : :  
CCDS83 GYNIPQTDESTLMTIAYVMAAIC-ALFMLPLCLMVCQWRCLRCLRQQHDDFADDISLLK 
           450       460        470       480       490       500  

           
pF1KB5 HRWK

>>CCDS55787.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11             (401 aa)
 initn: 1263 init1: 611 opt: 1288  Z-score: 1352.0  bits: 259.4 E(32554): 5.5e-69
Smith-Waterman score: 1288; 47.6% identity (75.2% similar) in 399 aa overlap (122-512:3-400)

             100       110       120       130         140         
pF1KB5 YYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFD--TERSSTYRSKGFDVTVKY
                                     :  :....:   .  :::::.    : : :
CCDS55                             MVPFIYLQAHFTLCSGWSSTYRDLRKGVYVPY
                                           10        20        30  

     150       160       170       180       190       200         
pF1KB5 TQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSS
       :::.: : .: :::.::.: :..  .:::.: ::..::. : .:.:::::::: .:.:..
CCDS55 TQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDD
             40        50        60        70        80        90  

     210       220       230       240          250       260      
pF1KB5 SLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVAGS---GTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYT
       ::: :::::: :...::.::.:.::::.:.  :   .. :::...:::. ::: :..:::
CCDS55 SLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYT
            100       110       120       130       140       150  

        270       280       290       300       310       320      
pF1KB5 PIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARA
       ::..::::.. :...::.::.:..::.::: ::.::::::: ::::.:::.:.:...  :
CCDS55 PIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAA
            160       170       180       190       200       210  

        330       340       350       360       370       380      
pF1KB5 SLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMG
       :   .: :::: : ::.::  . :::. :: ::.::  : ...::::::::: :..:.  
CCDS55 SSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVED
            220       230       240       250       260       270  

        390        400       410       420       430       440     
pF1KB5 AGLNYE-CYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEIS
       .. . . ::.:.:: :... :.::..::::::.::::.::.:::.: :       .. . 
CCDS55 VATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVE
            280       290       300       310       320       330  

         450       460       470       480       490         500   
pF1KB5 GPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCGAILLVLIVLLLLPFRCQR--RPRDP
       ::: : :. .      . .:  :  ..:.. ..: :.... . :..  .:: :  : .  
CCDS55 GPFVTLDMEDCGYNIPQTDESTLMTIAYVMAAIC-ALFMLPLCLMVCQWRCLRCLRQQHD
            340       350       360        370       380       390 

           510        
pF1KB5 EVVNDESSLVRHRWK
       . ..: : :      
CCDS55 DFADDISLLK     
             400      

>>CCDS44740.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11             (457 aa)
 initn: 1340 init1: 611 opt: 1043  Z-score: 1094.9  bits: 212.0 E(32554): 1.1e-54
Smith-Waterman score: 1279; 44.2% identity (68.8% similar) in 448 aa overlap (71-512:54-456)

               50        60        70        80        90       100
pF1KB5 RVVAPTPGPGTPAERHADGLALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGT
                                     :.  ..:. :::::.: ::.:::.:: .:.
CCDS44 HGIRLPLRSGLGGAPLGLRLPRETDEEPEEPGRRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGS
            30        40        50        60        70        80   

              110       120       130       140       150       160
pF1KB5 PPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGE
       ::: :.::::::::::::...:: ..  :.. . :::::.    : : ::::.: : .: 
CCDS44 PPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGT
            90       100       110       120       130       140   

              170       180       190       200       210       220
pF1KB5 DLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVT
       ::                                            :..::: :::::: 
CCDS44 DL--------------------------------------------PDDSLEPFFDSLVK
                                                       150         

              230       240          250       260       270       
pF1KB5 QANIPNVFSMQMCGAGLPVAGS---GTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIE
       :...::.::.:.::::.:.  :   .. :::...:::. ::: :..:::::..::::.. 
CCDS44 QTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVI
     160       170       180       190       200       210         

       280       290       300       310       320       330       
pF1KB5 ILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFW
       :...::.::.:..::.::: ::.::::::: ::::.:::.:.:...  ::   .: ::::
CCDS44 IVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFW
     220       230       240       250       260       270         

       340       350       360       370       380       390       
pF1KB5 TGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYE-CYRF
        : ::.::  . :::. :: ::.::  : ...::::::::: :..:.  .. . . ::.:
CCDS44 LGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKF
     280       290       300       310       320       330         

        400       410       420       430       440       450      
pF1KB5 GISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASN
       .:: :... :.::..::::::.::::.::.:::.: :       .. . ::: : :. . 
CCDS44 AISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDC
     340       350       360       370       380       390         

        460       470       480       490         500       510    
pF1KB5 CVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCGAILLVLIVLLLLPFRCQR--RPRDPEVVNDESSLVR
            . .:  :  ..:.. ..: :.... . :..  .:: :  : .  . ..: : :  
CCDS44 GYNIPQTDESTLMTIAYVMAAIC-ALFMLPLCLMVCQWRCLRCLRQQHDDFADDISLLK 
     400       410       420        430       440       450        

           
pF1KB5 HRWK

>>CCDS55786.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11             (376 aa)
 initn: 1130 init1: 611 opt: 914  Z-score: 961.4  bits: 187.0 E(32554): 3.2e-47
Smith-Waterman score: 1112; 43.6% identity (69.4% similar) in 399 aa overlap (122-512:3-375)

             100       110       120       130         140         
pF1KB5 YYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFD--TERSSTYRSKGFDVTVKY
                                     :  :....:   .  :::::.    : : :
CCDS55                             MVPFIYLQAHFTLCSGWSSTYRDLRKGVYVPY
                                           10        20        30  

     150       160       170       180       190       200         
pF1KB5 TQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSS
       :::.: : .: :::.::.: :..  .:::.: ::..::. : .:.:::::::: .:.   
CCDS55 TQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIAR---
             40        50        60        70        80            

     210       220       230       240          250       260      
pF1KB5 SLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVAGS---GTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYT
                             .::::.:.  :   .. :::...:::. ::: :..:::
CCDS55 ----------------------LCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYT
                            90       100       110       120       

        270       280       290       300       310       320      
pF1KB5 PIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARA
       ::..::::.. :...::.::.:..::.::: ::.::::::: ::::.:::.:.:...  :
CCDS55 PIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAA
       130       140       150       160       170       180       

        330       340       350       360       370       380      
pF1KB5 SLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMG
       :   .: :::: : ::.::  . :::. :: ::.::  : ...::::::::: :..:.  
CCDS55 SSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVED
       190       200       210       220       230       240       

        390        400       410       420       430       440     
pF1KB5 AGLNYE-CYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEIS
       .. . . ::.:.:: :... :.::..::::::.::::.::.:::.: :       .. . 
CCDS55 VATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVE
       250       260       270       280       290       300       

         450       460       470       480       490         500   
pF1KB5 GPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCGAILLVLIVLLLLPFRCQR--RPRDP
       ::: : :. .      . .:  :  ..:.. ..: :.... . :..  .:: :  : .  
CCDS55 GPFVTLDMEDCGYNIPQTDESTLMTIAYVMAAIC-ALFMLPLCLMVCQWRCLRCLRQQHD
       310       320       330       340        350       360      

           510        
pF1KB5 EVVNDESSLVRHRWK
       . ..: : :      
CCDS55 DFADDISLLK     
        370           

>>CCDS44739.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11             (476 aa)
 initn: 1379 init1: 611 opt: 914  Z-score: 959.8  bits: 187.1 E(32554): 3.9e-47
Smith-Waterman score: 1359; 46.0% identity (71.9% similar) in 448 aa overlap (71-512:54-475)

               50        60        70        80        90       100
pF1KB5 RVVAPTPGPGTPAERHADGLALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGT
                                     :.  ..:. :::::.: ::.:::.:: .:.
CCDS44 HGIRLPLRSGLGGAPLGLRLPRETDEEPEEPGRRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGS
            30        40        50        60        70        80   

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       ::: :.::::::::::::...:: ..  :.. . :::::.    : : ::::.: : .: 
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       :::.::.: :..  .:::.: ::..::. : .:.:::::::: .:.              
CCDS44 DLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIAR--------------
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pF1KB5 QANIPNVFSMQMCGAGLPVAGS---GTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIE
                  .::::.:.  :   .. :::...:::. ::: :..:::::..::::.. 
CCDS44 -----------LCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVI
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       :...::.::.:..::.::: ::.::::::: ::::.:::.:.:...  ::   .: ::::
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        : ::.::  . :::. :: ::.::  : ...::::::::: :..:.  .. . . ::.:
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       .:: :... :.::..::::::.::::.::.:::.: :       .. . ::: : :. . 
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            . .:  :  ..:.. ..: :.... . :..  .:: :  : .  . ..: : :  
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>>CCDS44741.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11             (432 aa)
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pF1KB5 DLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVT
       ::                                                          
CCDS44 DL----------------------------------------------------------
                                                                   

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       .:: :... :.::..::::::.::::.::.:::.: :       .. . ::: : :. . 
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pF1KB5 HRWK

>>CCDS73013.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1                (396 aa)
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CCDS73 SHNLDMIQFTESCSMDQSAKEPLINYLDMEYFGTISIGSPPQNFTVIFDTGSSNLWVPSV
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CCDS73 YCTSPACKTHSRFQPSQSSTYSQPGQSFSIQYGTGSLSGIIGADQVSV-EGLTVVGQQFG
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        .. :  . :. . ...:::::.: .::   ...   ::....:  ...: .::. : . 
CCDS73 ESVTEPGQTFVDA-EFDGILGLGYPSLA--VGGVTPVFDNMMAQNLVDLP-MFSVYMSSN
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         : .:.:..   :..:: . : ..:.. ..:. .. :.:: . ....::  .   : : 
CCDS73 --PEGGAGSE---LIFGGYDHSHFSGSLNWVPVTKQAYWQIALDNIQVGGTVMF--CSE-
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pF1KB5 NADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQL--ACWTNSETPWS
        . .::::.::.:.  :.  .  . .:.. : .  :..    . . .  . .: . .:..
CCDS73 -GCQAIVDTGTSLITGPSDKIKQLQNAIGAAPVDGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYT
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         :  .  : :  .. .:  . .  : :.:                :.    ..: . ..
CCDS73 LSPT-AYTLLDFVDGMQFCSSGFQGLDIHP----------------PAGPLWILGDVFIR
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        :: .:::...:::.: : :                                        
CCDS73 QFYSVFDRGNNRVGLAPAVP                                        
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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