FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1545, 407 aa 1>>>pF1KE1545 407 - 407 aa - 407 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6393+/-0.000496; mu= 15.1552+/- 0.030 mean_var=79.1091+/-16.265, 0's: 0 Z-trim(108.4): 185 B-trim: 202 in 1/50 Lambda= 0.144199 statistics sampled from 16332 (16537) to 16332 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.548), E-opt: 0.2 (0.194), width: 16 Scan time: 7.990 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001958 (OMIM: 601102) eukaryotic initiation fac ( 407) 2655 562.7 5.9e-160 NP_001407 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation fac ( 406) 2426 515.0 1.3e-145 NP_001191439 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation ( 347) 1971 420.3 3.5e-117 NP_055555 (OMIM: 268305,608546) eukaryotic initiat ( 411) 1801 385.0 1.8e-106 XP_011523824 (OMIM: 268305,608546) PREDICTED: euka ( 390) 1382 297.8 3e-80 NP_004388 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent RN ( 483) 930 203.9 7.2e-52 XP_005271474 (OMIM: 600326) PREDICTED: probable AT ( 483) 930 203.9 7.2e-52 NP_001244120 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent ( 483) 930 203.9 7.2e-52 NP_009173 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA helicas ( 479) 923 202.4 2e-51 XP_011521136 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 484) 923 202.4 2e-51 XP_011521134 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 539) 923 202.4 2.2e-51 NP_542165 (OMIM: 142560) spliceosome RNA helicase ( 428) 888 195.1 2.8e-49 NP_004631 (OMIM: 142560) spliceosome RNA helicase ( 428) 888 195.1 2.8e-49 XP_011541093 (OMIM: 607663) PREDICTED: ATP-depende ( 482) 873 192.0 2.7e-48 NP_037396 (OMIM: 607663) ATP-dependent RNA helicas ( 483) 873 192.0 2.7e-48 XP_011541092 (OMIM: 607663) PREDICTED: ATP-depende ( 486) 873 192.0 2.7e-48 NP_001244103 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 370) 856 188.4 2.5e-47 XP_016878379 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 370) 856 188.4 2.5e-47 XP_006721190 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 370) 856 188.4 2.5e-47 NP_001244102 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 370) 856 188.4 2.5e-47 NP_001014449 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 370) 856 188.4 2.5e-47 NP_009135 (OMIM: 606168) probable ATP-dependent RN ( 824) 834 184.0 1.1e-45 NP_001014451 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 448) 825 182.0 2.6e-45 NP_001244101 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 453) 825 182.0 2.6e-45 XP_011521135 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 508) 825 182.0 2.8e-45 NP_001317367 (OMIM: 607663) ATP-dependent RNA heli ( 369) 800 176.7 8e-44 NP_001244104 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 328) 744 165.1 2.3e-40 NP_060365 (OMIM: 616621) probable ATP-dependent RN ( 796) 728 162.0 4.8e-39 NP_057439 (OMIM: 615428) probable ATP-dependent RN ( 455) 721 160.4 8.4e-39 XP_016866492 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 439) 706 157.2 7.1e-38 XP_011534230 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 529) 706 157.3 8.3e-38 XP_011534229 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 529) 706 157.3 8.3e-38 XP_011534228 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 604) 706 157.3 9.2e-38 NP_061135 (OMIM: 606286) probable ATP-dependent RN ( 648) 706 157.3 9.8e-38 NP_001026895 (OMIM: 174300,615464) probable ATP-de ( 619) 690 154.0 9.5e-37 XP_016857920 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 619) 690 154.0 9.5e-37 XP_016857921 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 619) 690 154.0 9.5e-37 XP_011508337 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 619) 690 154.0 9.5e-37 NP_001307524 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614) 676 151.1 7.1e-36 NP_001307526 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614) 676 151.1 7.1e-36 NP_004387 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent RN ( 614) 676 151.1 7.1e-36 NP_001307525 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614) 676 151.1 7.1e-36 NP_006377 (OMIM: 608469) probable ATP-dependent RN ( 729) 666 149.0 3.4e-35 NP_001091974 (OMIM: 608469) probable ATP-dependent ( 731) 666 149.0 3.4e-35 NP_076977 (OMIM: 611665) ATP-dependent RNA helicas ( 881) 660 147.8 9.5e-35 NP_001104792 (OMIM: 611665) ATP-dependent RNA heli ( 882) 660 147.8 9.5e-35 XP_011540947 (OMIM: 600326) PREDICTED: probable AT ( 434) 624 140.2 9.6e-33 NP_001278405 (OMIM: 612500) probable ATP-dependent ( 491) 612 137.7 6e-32 XP_011522534 (OMIM: 612500) PREDICTED: probable AT ( 581) 612 137.7 6.9e-32 NP_008941 (OMIM: 612500) probable ATP-dependent RN ( 599) 612 137.8 7.1e-32 >>NP_001958 (OMIM: 601102) eukaryotic initiation factor (407 aa) initn: 2655 init1: 2655 opt: 2655 Z-score: 2992.7 bits: 562.7 E(85289): 5.9e-160 Smith-Waterman score: 2655; 100.0% identity (100.0% similar) in 407 aa overlap (1-407:1-407) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 QRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 QRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKV 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 ILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 ILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMF 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 VLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 VLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 ELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 ELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTV 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 SALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE1 IGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 IGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI 370 380 390 400 >>NP_001407 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation factor (406 aa) initn: 2418 init1: 2418 opt: 2426 Z-score: 2735.2 bits: 515.0 E(85289): 1.3e-145 Smith-Waterman score: 2426; 89.7% identity (98.0% similar) in 407 aa overlap (1-407:1-406) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQ ::... . .:..: :.::.:.::::::::::::.::::::.::::::::::::::::::: NP_001 MSASQDSRSRDNG-PDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEKPSAIQ 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 QRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKV ::::.:::::::::::::::::::::::::::::.:...: ::::::::::::::::::: NP_001 QRAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQQIQKV 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 ILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMF ..::::::::.::::::::::: :.:::: :::::.:::::::::::::::::::.:::: NP_001 VMALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPKYIKMF 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 VLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE ::::::::::::::::::.::::::.. ::::::::::.::::::::::::::::::::: NP_001 VLDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 ELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTV :::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::: NP_001 ELTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHARDFTV 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 SALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR ::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SAMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 pF1KE1 IGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI :::::::::::::::.::::::: ::::::::::..::::.:::::: NP_001 IGRGGRFGRKGVAINMVTEEDKRTLRDIETFYNTSIEEMPLNVADLI 360 370 380 390 400 >>NP_001191439 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation fact (347 aa) initn: 1963 init1: 1963 opt: 1971 Z-score: 2224.7 bits: 420.3 E(85289): 3.5e-117 Smith-Waterman score: 1971; 88.4% identity (97.9% similar) in 335 aa overlap (1-335:1-334) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQ ::... . .:..: :.::.:.::::::::::::.::::::.::::::::::::::::::: NP_001 MSASQDSRSRDNG-PDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEKPSAIQ 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 QRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKV ::::.:::::::::::::::::::::::::::::.:...: ::::::::::::::::::: NP_001 QRAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQQIQKV 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 ILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMF ..::::::::.::::::::::: :.:::: :::::.:::::::::::::::::::.:::: NP_001 VMALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPKYIKMF 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 VLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE ::::::::::::::::::.::::::.. ::::::::::.::::::::::::::::::::: NP_001 VLDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 ELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTV :::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::: NP_001 ELTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHARDFTV 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 SALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR ::.::::::::::::::::::::::::::::::.. NP_001 SAMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLGKLYPQNRSRWTVWP 300 310 320 330 340 370 380 390 400 pF1KE1 IGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI >>NP_055555 (OMIM: 268305,608546) eukaryotic initiation (411 aa) initn: 1802 init1: 1258 opt: 1801 Z-score: 2032.5 bits: 385.0 E(85289): 1.8e-106 Smith-Waterman score: 1801; 71.4% identity (89.7% similar) in 378 aa overlap (30-407:35-411) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAI ... .:: :.:.:.:::::::::::::::: NP_055 ATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAI 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 QQRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQK ::::: ::: :::::.::::::::::.::.:: :.:. .:::::.:::::::: :::: NP_055 QQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQK 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 VILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKM .:::::::.. :::::::::: ....::. . :.:.:::::::::. :: : . ::: NP_055 GLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDY-GQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKM 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 FVLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKK .:::::::::..:::.:::.... : . ::::.:::.: ..::.:.::: ::::::::. NP_055 LVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKR 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 EELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFT .::::::::::.. :::::::.:::::::.:::::::::: ::.::::::::::. .:: NP_055 DELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFT 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 VSALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIH ::..:::: ::::. ::.:::::.:::::.::. :::.:: ::::.::::::.::: ::: NP_055 VSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIH 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 pF1KE1 RIGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI ::::.::.:::::::::: ..: ::::::: .:.: ..:::::::::: NP_055 RIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI 370 380 390 400 410 >>XP_011523824 (OMIM: 268305,608546) PREDICTED: eukaryot (390 aa) initn: 1688 init1: 1258 opt: 1382 Z-score: 1561.7 bits: 297.8 E(85289): 3e-80 Smith-Waterman score: 1647; 67.5% identity (84.9% similar) in 378 aa overlap (30-407:35-390) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAI ... .:: :.:.:.:::::::::::::::: XP_011 ATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAI 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 QQRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQK ::::: ::: :::::.::::::::::.::.:: :.: :.: XP_011 QQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDI-----QGL-------------- 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 VILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKM :::::::.. :::::::::: ....::. . :.:.:::::::::. :: : . ::: XP_011 --LALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDY-GQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKM 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 FVLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKK .:::::::::..:::.:::.... : . ::::.:::.: ..::.:.::: ::::::::. XP_011 LVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKR 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 EELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFT .::::::::::.. :::::::.:::::::.:::::::::: ::.::::::::::. .:: XP_011 DELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFT 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 VSALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIH ::..:::: ::::. ::.:::::.:::::.::. :::.:: ::::.::::::.::: ::: XP_011 VSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIH 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 pF1KE1 RIGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI ::::.::.:::::::::: ..: ::::::: .:.: ..:::::::::: XP_011 RIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI 350 360 370 380 390 >>NP_004388 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent RNA he (483 aa) initn: 778 init1: 439 opt: 930 Z-score: 1052.2 bits: 203.9 E(85289): 7.2e-52 Smith-Waterman score: 930; 38.4% identity (74.2% similar) in 372 aa overlap (33-403:96-464) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 GGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQQR ..:.:. ::. :: ::. .:.:::: ::.. NP_004 IKPGDDWKKTLKLPPKDLRIKTSDVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEE 70 80 90 100 110 120 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 AIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKVIL .: ..: :..:.:..::::.... : .:..:... . ::.:..:::::: :.... . NP_004 SIPIALSGRDILARAKNGTGKSGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICI 130 140 150 160 170 180 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 ALGDYMG-ATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMFV .. .:: : : ::::.:.....:. .. :.:..::::..:.... . ..:.: NP_004 QVSKHMGGAKVMATTGGTNLRDDIMRLD-DTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIV 190 200 210 220 230 240 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 LDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKEE :::::..::. : . . .:. : . :..: :::.: .: . .. .. : .: . :: NP_004 LDEADKLLSQDFVQIMEDIILTLPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EE 250 260 270 280 290 300 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 LTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTVS :::.:. :.: : :. :. : :. : :.:..:: :. ..:. :..:. .. NP_004 LTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHCLNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCF 310 320 330 340 350 360 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 ALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHRI .:. : :..:. ....::.: : :. :::..::::.: :..:::.:.: :.:.::: NP_004 YIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGLCRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRI 370 380 390 400 410 420 370 380 390 400 pF1KE1 GRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI ::.::::. :.:::..: .:. :..:: .: .. .: :. NP_004 GRSGRFGHLGLAINLITYDDRFNLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEK 430 440 450 460 470 480 NP_004 P >>XP_005271474 (OMIM: 600326) PREDICTED: probable ATP-de (483 aa) initn: 778 init1: 439 opt: 930 Z-score: 1052.2 bits: 203.9 E(85289): 7.2e-52 Smith-Waterman score: 930; 38.4% identity (74.2% similar) in 372 aa overlap (33-403:96-464) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 GGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQQR ..:.:. ::. :: ::. .:.:::: ::.. XP_005 IKPGDDWKKTLKLPPKDLRIKTSDVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEE 70 80 90 100 110 120 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 AIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKVIL .: ..: :..:.:..::::.... : .:..:... . ::.:..:::::: :.... . XP_005 SIPIALSGRDILARAKNGTGKSGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICI 130 140 150 160 170 180 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 ALGDYMG-ATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMFV .. .:: : : ::::.:.....:. .. :.:..::::..:.... . ..:.: XP_005 QVSKHMGGAKVMATTGGTNLRDDIMRLD-DTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIV 190 200 210 220 230 240 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 LDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKEE :::::..::. : . . .:. : . :..: :::.: .: . .. .. : .: . :: XP_005 LDEADKLLSQDFVQIMEDIILTLPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EE 250 260 270 280 290 300 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 LTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTVS :::.:. :.: : :. :. : :. : :.:..:: :. ..:. :..:. .. XP_005 LTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHCLNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCF 310 320 330 340 350 360 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 ALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHRI .:. : :..:. ....::.: : :. :::..::::.: :..:::.:.: :.:.::: XP_005 YIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGLCRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRI 370 380 390 400 410 420 370 380 390 400 pF1KE1 GRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI ::.::::. :.:::..: .:. :..:: .: .. .: :. XP_005 GRSGRFGHLGLAINLITYDDRFNLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEK 430 440 450 460 470 480 XP_005 P >>NP_001244120 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent RNA (483 aa) initn: 778 init1: 439 opt: 930 Z-score: 1052.2 bits: 203.9 E(85289): 7.2e-52 Smith-Waterman score: 930; 38.4% identity (74.2% similar) in 372 aa overlap (33-403:96-464) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 GGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQQR ..:.:. ::. :: ::. .:.:::: ::.. NP_001 IKPGDDWKKTLKLPPKDLRIKTSDVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEE 70 80 90 100 110 120 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 AIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKVIL .: ..: :..:.:..::::.... : .:..:... . ::.:..:::::: :.... . NP_001 SIPIALSGRDILARAKNGTGKSGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICI 130 140 150 160 170 180 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 ALGDYMG-ATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMFV .. .:: : : ::::.:.....:. .. :.:..::::..:.... . ..:.: NP_001 QVSKHMGGAKVMATTGGTNLRDDIMRLD-DTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIV 190 200 210 220 230 240 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 LDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKEE :::::..::. : . . .:. : . :..: :::.: .: . .. .. : .: . :: NP_001 LDEADKLLSQDFVQIMEDIILTLPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EE 250 260 270 280 290 300 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 LTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTVS :::.:. :.: : :. :. : :. : :.:..:: :. ..:. :..:. .. NP_001 LTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHCLNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCF 310 320 330 340 350 360 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 ALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHRI .:. : :..:. ....::.: : :. :::..::::.: :..:::.:.: :.:.::: NP_001 YIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGLCRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRI 370 380 390 400 410 420 370 380 390 400 pF1KE1 GRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI ::.::::. :.:::..: .:. :..:: .: .. .: :. NP_001 GRSGRFGHLGLAINLITYDDRFNLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEK 430 440 450 460 470 480 NP_001 P >>NP_009173 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA helicase DD (479 aa) initn: 744 init1: 422 opt: 923 Z-score: 1044.4 bits: 202.4 E(85289): 2e-51 Smith-Waterman score: 923; 40.3% identity (70.6% similar) in 402 aa overlap (19-407:83-474) 10 20 30 40 pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGI ::.. . : : .:... :: .::.:. NP_009 KEDRAAQSLLNKLIRSNLVDNTNQVEVLQRDPNSPLYS-----VKSFEELRLKPQLLQGV 60 70 80 90 100 50 60 70 80 90 100 pF1KE1 YAYGFEKPSAIQQRAIIPCIKG---YDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQAL ::.::..:: ::. :. : . . ..:::.::::::::.:....:.:.: : : : NP_009 YAMGFNRPSKIQENAL-PLMLAEPPQNLIAQSQSGTGKTAAFVLAMLSQVEPANKYPQCL 110 120 130 140 150 160 110 120 130 140 150 160 pF1KE1 VLAPTRELAQQIQKVILALGDYMGATCHACIGGTNVR-NEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVF :.:: ::: : ::: .: .. : :: :.... : . .::.:::: :. NP_009 CLSPTYELALQTGKVIEQMGKFYPELKLA----YAVRGNKLERGQKISEQIVIGTPGTVL 170 180 190 200 210 220 170 180 190 200 210 220 pF1KE1 DMLNR-RYLSPKWIKMFVLDEADEML-SRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVL : .. ....:: ::.::::::: :. ..: .:: .: . : . :..:.:::. .: NP_009 DWCSKLKFIDPKKIKVFVLDEADVMIATQGHQDQSIRIQRMLPRNCQMLLFSATFEDSVW 230 240 250 260 270 280 230 240 250 260 270 280 pF1KE1 EVTKKFMRDPIRILVKKEELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNT . ..: . :: : .:.:: ::. :::.:. .. :...::.:: ..::.::.:: .: NP_009 KFAQKVVPDPNVIKLKREEETLDTIKQYYVLCSSRDEKFQALCNLYGAITIAQAMIFCHT 290 300 310 320 330 340 290 300 310 320 330 340 pF1KE1 RRKVDWLTEKMHARDFTVSALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQV :. ..::. .. . :. : :.: ..: .....:: :. .::.::.. ::::::.:: NP_009 RKTASWLAAELSKEGHQVALLSGEMMVEQRAAVIERFREGKEKVLVTTNVCARGIDVEQV 350 360 370 380 390 400 350 360 370 380 390 pF1KE1 SLVINYDLPTNR------ENYIHRIGRGGRFGRKGVAINFV-TEEDKRILRDIETFYNTT :.:::.:::... :.:.::::: ::::..:.:.:.: .... :: :. .: NP_009 SVVINFDLPVDKDGNPDNETYLHRIGRTGRFGKRGLAVNMVDSKHSMNILNRIQEHFNKK 410 420 430 440 450 460 400 pF1KE1 VEEMPMNVADLI .:.. . : : NP_009 IERLDTDDLDEIEKIAN 470 >>XP_011521136 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-dependent R (484 aa) initn: 744 init1: 422 opt: 923 Z-score: 1044.3 bits: 202.4 E(85289): 2e-51 Smith-Waterman score: 923; 40.3% identity (70.6% similar) in 402 aa overlap (19-407:88-479) 10 20 30 40 pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGI ::.. . : : .:... :: .::.:. XP_011 KEDRAAQSLLNKLIRSNLVDNTNQVEVLQRDPNSPLYS-----VKSFEELRLKPQLLQGV 60 70 80 90 100 110 50 60 70 80 90 100 pF1KE1 YAYGFEKPSAIQQRAIIPCIKG---YDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQAL ::.::..:: ::. :. : . . ..:::.::::::::.:....:.:.: : : : XP_011 YAMGFNRPSKIQENAL-PLMLAEPPQNLIAQSQSGTGKTAAFVLAMLSQVEPANKYPQCL 120 130 140 150 160 170 110 120 130 140 150 160 pF1KE1 VLAPTRELAQQIQKVILALGDYMGATCHACIGGTNVR-NEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVF :.:: ::: : ::: .: .. : :: :.... : . .::.:::: :. XP_011 CLSPTYELALQTGKVIEQMGKFYPELKLA----YAVRGNKLERGQKISEQIVIGTPGTVL 180 190 200 210 220 170 180 190 200 210 220 pF1KE1 DMLNR-RYLSPKWIKMFVLDEADEML-SRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVL : .. ....:: ::.::::::: :. ..: .:: .: . : . :..:.:::. .: XP_011 DWCSKLKFIDPKKIKVFVLDEADVMIATQGHQDQSIRIQRMLPRNCQMLLFSATFEDSVW 230 240 250 260 270 280 230 240 250 260 270 280 pF1KE1 EVTKKFMRDPIRILVKKEELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNT . ..: . :: : .:.:: ::. :::.:. .. :...::.:: ..::.::.:: .: XP_011 KFAQKVVPDPNVIKLKREEETLDTIKQYYVLCSSRDEKFQALCNLYGAITIAQAMIFCHT 290 300 310 320 330 340 290 300 310 320 330 340 pF1KE1 RRKVDWLTEKMHARDFTVSALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQV :. ..::. .. . :. : :.: ..: .....:: :. .::.::.. ::::::.:: XP_011 RKTASWLAAELSKEGHQVALLSGEMMVEQRAAVIERFREGKEKVLVTTNVCARGIDVEQV 350 360 370 380 390 400 350 360 370 380 390 pF1KE1 SLVINYDLPTNR------ENYIHRIGRGGRFGRKGVAINFV-TEEDKRILRDIETFYNTT :.:::.:::... :.:.::::: ::::..:.:.:.: .... :: :. .: XP_011 SVVINFDLPVDKDGNPDNETYLHRIGRTGRFGKRGLAVNMVDSKHSMNILNRIQEHFNKK 410 420 430 440 450 460 400 pF1KE1 VEEMPMNVADLI .:.. . : : XP_011 IERLDTDDLDEIEKIAN 470 480 407 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Nov 7 01:30:55 2016 done: Mon Nov 7 01:30:56 2016 Total Scan time: 7.990 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]