FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE0018, 856 aa 1>>>pF1KE0018 856 - 856 aa - 856 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5583+/-0.00108; mu= 19.8641+/- 0.065 mean_var=80.0470+/-15.552, 0's: 0 Z-trim(103.9): 30 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.143351 statistics sampled from 7639 (7658) to 7639 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.589), E-opt: 0.2 (0.235), width: 16 Scan time: 3.460 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS54746.1 PROM1 gene_id:8842|Hs108|chr4 ( 856) 5637 1176.3 0 CCDS47029.1 PROM1 gene_id:8842|Hs108|chr4 ( 865) 5025 1049.8 0 CCDS54748.1 PROM1 gene_id:8842|Hs108|chr4 ( 842) 4826 1008.6 0 CCDS54747.1 PROM1 gene_id:8842|Hs108|chr4 ( 834) 4775 998.1 0 CCDS2012.1 PROM2 gene_id:150696|Hs108|chr2 ( 834) 1244 267.8 5.6e-71 >>CCDS54746.1 PROM1 gene_id:8842|Hs108|chr4 (856 aa) initn: 5637 init1: 5637 opt: 5637 Z-score: 6297.6 bits: 1176.3 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5637; 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98.9% identity (98.9% similar) in 838 aa overlap (1-829:1-838) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 MALVLGSLLLLGLCGNSFSGGQPSSTDAPKAWNYELPATNYETQDSHKAGPIGILFELVH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 MALVLGSLLLLGLCGNSFSGGQPSSTDAPKAWNYELPATNYETQDSHKAGPIGILFELVH 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 IFLYVVQPRDFPEDTLRKFLQKAYESKIDYDK---------IVYYEAGIILCCVLGLLFI :::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::: CCDS54 IFLYVVQPRDFPEDTLRKFLQKAYESKIDYDKPETVILGLKIVYYEAGIILCCVLGLLFI 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 ILMPLVGYFFCMCRCCNKCGGEMHQRQKENGPFLRKCFAISLLVICIIISIGIFYGFVAN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 ILMPLVGYFFCMCRCCNKCGGEMHQRQKENGPFLRKCFAISLLVICIIISIGIFYGFVAN 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 HQVRTRIKRSRKLADSNFKDLRTLLNETPEQIKYILAQYNTTKDKAFTDLNSINSVLGGG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 HQVRTRIKRSRKLADSNFKDLRTLLNETPEQIKYILAQYNTTKDKAFTDLNSINSVLGGG 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 ILDRLRPNIIPVLDEIKSMATAIKETKEALENMNSTLKSLHQQSTQLSSSLTSVKTSLRS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 ILDRLRPNIIPVLDEIKSMATAIKETKEALENMNSTLKSLHQQSTQLSSSLTSVKTSLRS 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 SLNDPLCLVHPSSETCNSIRLSLSQLNSNPELRQLPPVDAELDNVNNVLRTDLDGLVQQG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 SLNDPLCLVHPSSETCNSIRLSLSQLNSNPELRQLPPVDAELDNVNNVLRTDLDGLVQQG 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KE0 YQSLNDIPDRVQRQTTTVVAGIKRVLNSIGSDIDNVTQRLPIQDILSAFSVYVNNTESYI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 YQSLNDIPDRVQRQTTTVVAGIKRVLNSIGSDIDNVTQRLPIQDILSAFSVYVNNTESYI 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 470 pF1KE0 HRNLPTLEEYDSYWWLGGLVICSLLTLIVIFYYLGLLCGVCGYDRHATPTTRGCVSNTGG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 HRNLPTLEEYDSYWWLGGLVICSLLTLIVIFYYLGLLCGVCGYDRHATPTTRGCVSNTGG 430 440 450 460 470 480 480 490 500 510 520 530 pF1KE0 VFLMVGVGLSFLFCWILMIIVVLTFVFGANVEKLICEPYTSKELFRVLDTPYLLNEDWEY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 VFLMVGVGLSFLFCWILMIIVVLTFVFGANVEKLICEPYTSKELFRVLDTPYLLNEDWEY 490 500 510 520 530 540 540 550 560 570 580 590 pF1KE0 YLSGKLFNKSKMKLTFEQVYSDCKKNRGTYGTLHLQNSFNISEHLNINEHTGSISSELES :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 YLSGKLFNKSKMKLTFEQVYSDCKKNRGTYGTLHLQNSFNISEHLNINEHTGSISSELES 550 560 570 580 590 600 600 610 620 630 640 650 pF1KE0 LKVNLNIFLLGAAGRKNLQDFAACGIDRMNYDSYLAQTGKSPAGVNLLSFAYDLEAKANS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 LKVNLNIFLLGAAGRKNLQDFAACGIDRMNYDSYLAQTGKSPAGVNLLSFAYDLEAKANS 610 620 630 640 650 660 660 670 680 690 700 710 pF1KE0 LPPGNLRNSLKRDAQTIKTIHQQRVLPIEQSLSTLYQSVKILQRTGNGLLERVTRILASL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 LPPGNLRNSLKRDAQTIKTIHQQRVLPIEQSLSTLYQSVKILQRTGNGLLERVTRILASL 670 680 690 700 710 720 720 730 740 750 760 770 pF1KE0 DFAQNFITNNTSSVIIEETKKYGRTIIGYFEHYLQWIEFSISEKVASCKPVATALDTAVD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 DFAQNFITNNTSSVIIEETKKYGRTIIGYFEHYLQWIEFSISEKVASCKPVATALDTAVD 730 740 750 760 770 780 780 790 800 810 820 830 pF1KE0 VFLCSYIIDPLNLFWFGIGKATVFLLPALIFAVKLAKYYRRMDSEDVYDDVETIPMKNME :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 VFLCSYIIDPLNLFWFGIGKATVFLLPALIFAVKLAKYYRRMDSEDVYDDVETIPMKNPS 790 800 810 820 830 840 840 850 pF1KE0 NGNNGYHKDHVYGIHNPVMTSPSQH CCDS54 QH >>CCDS54747.1 PROM1 gene_id:8842|Hs108|chr4 (834 aa) initn: 4775 init1: 4775 opt: 4775 Z-score: 5334.3 bits: 998.1 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5359; 98.9% identity (98.9% similar) in 830 aa overlap (1-821:1-830) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 MALVLGSLLLLGLCGNSFSGGQPSSTDAPKAWNYELPATNYETQDSHKAGPIGILFELVH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 MALVLGSLLLLGLCGNSFSGGQPSSTDAPKAWNYELPATNYETQDSHKAGPIGILFELVH 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 IFLYVVQPRDFPEDTLRKFLQKAYESKIDYDK---------IVYYEAGIILCCVLGLLFI :::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::: CCDS54 IFLYVVQPRDFPEDTLRKFLQKAYESKIDYDKPETVILGLKIVYYEAGIILCCVLGLLFI 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 ILMPLVGYFFCMCRCCNKCGGEMHQRQKENGPFLRKCFAISLLVICIIISIGIFYGFVAN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 ILMPLVGYFFCMCRCCNKCGGEMHQRQKENGPFLRKCFAISLLVICIIISIGIFYGFVAN 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 HQVRTRIKRSRKLADSNFKDLRTLLNETPEQIKYILAQYNTTKDKAFTDLNSINSVLGGG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 HQVRTRIKRSRKLADSNFKDLRTLLNETPEQIKYILAQYNTTKDKAFTDLNSINSVLGGG 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 ILDRLRPNIIPVLDEIKSMATAIKETKEALENMNSTLKSLHQQSTQLSSSLTSVKTSLRS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 ILDRLRPNIIPVLDEIKSMATAIKETKEALENMNSTLKSLHQQSTQLSSSLTSVKTSLRS 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 SLNDPLCLVHPSSETCNSIRLSLSQLNSNPELRQLPPVDAELDNVNNVLRTDLDGLVQQG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 SLNDPLCLVHPSSETCNSIRLSLSQLNSNPELRQLPPVDAELDNVNNVLRTDLDGLVQQG 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KE0 YQSLNDIPDRVQRQTTTVVAGIKRVLNSIGSDIDNVTQRLPIQDILSAFSVYVNNTESYI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 YQSLNDIPDRVQRQTTTVVAGIKRVLNSIGSDIDNVTQRLPIQDILSAFSVYVNNTESYI 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 470 pF1KE0 HRNLPTLEEYDSYWWLGGLVICSLLTLIVIFYYLGLLCGVCGYDRHATPTTRGCVSNTGG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 HRNLPTLEEYDSYWWLGGLVICSLLTLIVIFYYLGLLCGVCGYDRHATPTTRGCVSNTGG 430 440 450 460 470 480 480 490 500 510 520 530 pF1KE0 VFLMVGVGLSFLFCWILMIIVVLTFVFGANVEKLICEPYTSKELFRVLDTPYLLNEDWEY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 VFLMVGVGLSFLFCWILMIIVVLTFVFGANVEKLICEPYTSKELFRVLDTPYLLNEDWEY 490 500 510 520 530 540 540 550 560 570 580 590 pF1KE0 YLSGKLFNKSKMKLTFEQVYSDCKKNRGTYGTLHLQNSFNISEHLNINEHTGSISSELES :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 YLSGKLFNKSKMKLTFEQVYSDCKKNRGTYGTLHLQNSFNISEHLNINEHTGSISSELES 550 560 570 580 590 600 600 610 620 630 640 650 pF1KE0 LKVNLNIFLLGAAGRKNLQDFAACGIDRMNYDSYLAQTGKSPAGVNLLSFAYDLEAKANS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 LKVNLNIFLLGAAGRKNLQDFAACGIDRMNYDSYLAQTGKSPAGVNLLSFAYDLEAKANS 610 620 630 640 650 660 660 670 680 690 700 710 pF1KE0 LPPGNLRNSLKRDAQTIKTIHQQRVLPIEQSLSTLYQSVKILQRTGNGLLERVTRILASL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 LPPGNLRNSLKRDAQTIKTIHQQRVLPIEQSLSTLYQSVKILQRTGNGLLERVTRILASL 670 680 690 700 710 720 720 730 740 750 760 770 pF1KE0 DFAQNFITNNTSSVIIEETKKYGRTIIGYFEHYLQWIEFSISEKVASCKPVATALDTAVD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 DFAQNFITNNTSSVIIEETKKYGRTIIGYFEHYLQWIEFSISEKVASCKPVATALDTAVD 730 740 750 760 770 780 780 790 800 810 820 830 pF1KE0 VFLCSYIIDPLNLFWFGIGKATVFLLPALIFAVKLAKYYRRMDSEDVYDDVETIPMKNME :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 VFLCSYIIDPLNLFWFGIGKATVFLLPALIFAVKLAKYYRRMDSEDVYDDPSQH 790 800 810 820 830 840 850 pF1KE0 NGNNGYHKDHVYGIHNPVMTSPSQH >>CCDS2012.1 PROM2 gene_id:150696|Hs108|chr2 (834 aa) initn: 920 init1: 275 opt: 1244 Z-score: 1387.7 bits: 267.8 E(32554): 5.6e-71 Smith-Waterman score: 1244; 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CCDS20 LDSLYGTVRRFLSVVQLNPFPSELVKALLNELASVKVN--EVVRYEAGYVVCAVIAGLYL 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 ILMPLVGYFFCMCRCCNKCGGEMHQRQKENGPFLRKCFAISLLVICIIISIGIFYGFVAN .:.: .: :: ::: .:::... ..: . : . . ::. ... ::. .::.: CCDS20 LLVPTAGLCFCCCRCHRRCGGRVKTEHKALA-CERAALMVFLLLTTLLLLIGVVCAFVTN 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 HQVRTRIKRSRKLADSNFKDLRTLLNETPEQIKYILAQYNTTKDKAFTDLNSINSVLGGG .... .. : . .. .: :....:.... . :.. .... .:.... .:.. CCDS20 QRTHEQMGPSIEAMPETLLSLWGLVSDVPQELQAVAQQFSLPQEQVSEELDGVGVSIGSA 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 ILDRLRPNIIPVLDEIKSMATAIKETKEALENMNSTLKSLHQQSTQLSSSLTSVKTSLRS : .:: .. :.: . :.. ... . . :...:.:. :. . .: .. . : CCDS20 IHTQLRSSVYPLLAAVGSLGQVLQVSVHHLQTLNATVVELQAGQQDLEPAIREHRDRLLE 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 SLNDPLCLVHPSSETCNSIRLSLSQ-LNSNPELRQLPPVDAELDNVNNVLRTDLDGLVQQ :.. : . : . :: .. :. . .. :.: :: : ....: .......::. CCDS20 LLQEARC-----QGDCAGA-LSWARTLELGADFSQVPSVDHVLHQLKGVPEANFSSMVQE 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE0 GYQSLNDIPDRVQRQTTTVVAGIKRVLNSIGSDIDNVTQRLPIQDILSAFSVYVNNTESY ...: .: . ::..:: .:... . . .... .: . : .. ....: CCDS20 ENSTFNALPALAAMQTSSVVQELKKAVAQQPEGVRTLAEGFPGLEAASRWAQALQEVEES 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE0 IHRNLPTLEEYDSYWWLGGLVICSLLTLIVIFYYLGLLCGVCGYDRHATPTTRGCVSNTG . : ...:..: :. : :.::.. ..:. ::: :. : . . :. ...: CCDS20 SRPYLQEVQRYETYRWIVGCVLCSVVLFVVLCNLLGLNLGIWGLSARDDPSHPEAKGEAG 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE0 GVFLMVGVGLSFLFCWILMIIVVLTFVFGANVEKLICEPYTSKELFRVLDTPYLLNEDWE . :::.:::::::: :...: ::. :.::. :.:. . . :::. ::: : . . CCDS20 ARFLMAGVGLSFLFAAPLILLVFATFLVGGNVQTLVCQSWENGELFEFADTPGNLPPSMN 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KE0 YYLSGKLFNKSKMKLTFEQVYSDCKKNRGTYGTLHLQNSFNISEHLNINEHTGSISSELE :: .:.. : .....:.:..::.. . . .:.:..:... :::.::..:... .::. CCDS20 --LS-QLLGLRK-NISIHQAYQQCKEGAALWTVLQLNDSYDLEEHLDINQYTNKLRQELQ 540 550 560 570 580 600 610 620 630 640 pF1KE0 SLKVNLNIF-LLGAAGRKNLQDFAACGIDRMNYDSYLAQTGKSPAGVNLLSFAYDLEAKA ::::. . . ::..:.:..:. . . :..:..: ..:.: . . ... ..: .:.. : CCDS20 SLKVDTQSLDLLSSAARRDLEALQSSGLQRIHYPDFLVQIQRPVVKTSMEQLAQELQGLA 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 pF1KE0 NSLPPGNLRNSLKRDAQTIKTIHQQRVLPIEQSLSTLYQSVKILQRTGNGLLERVTRILA .. . : . :...:: ....::..:.: .. .. : ::. :. .. .: ... .:: CCDS20 QAQDNSVLGQRLQEEAQGLRNLHQEKVVPQQSLVAKLNLSVRALESSAPNLQLETSDVLA 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 pF1KE0 SLDFAQNFITNNTSSVIIEETKKYGRTIIGYFEHYLQWIEFSISEKVASCKPVATALDTA .. . .. . .. .. . .. . .::: .:. :.. .....:.:.:.. :::.. CCDS20 NVTYLKGELPAWAARILRNVSECFLAREMGYFSQYVAWVREEVTQRIATCQPLSGALDNS 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 pF1KE0 VDVFLCSYIIDPLNLFWFGIGKATVFLLPALIFAVKLAKYYRRMDSEDVYDDVETIPMKN :.::... :: : ::: .. : ::.:..::::: .::.: CCDS20 -RVILCDMMADPWNAFWFCLAWCTFFLIPSIIFAVKTSKYFRPIRKRLSSTSSEETQLFH 770 780 790 800 810 820 830 840 850 pF1KE0 MENGNNGYHKDHVYGIHNPVMTSPSQH CCDS20 IPRVTSLKL 830 856 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 06:44:40 2016 done: Tue Nov 8 06:44:41 2016 Total Scan time: 3.460 Total Display time: 0.100 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]