FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5066, 968 aa 1>>>pF1KE5066 968 - 968 aa - 968 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6250+/-0.000493; mu= 19.8554+/- 0.031 mean_var=79.4062+/-16.392, 0's: 0 Z-trim(108.7): 47 B-trim: 816 in 2/48 Lambda= 0.143929 statistics sampled from 16739 (16776) to 16739 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.538), E-opt: 0.2 (0.197), width: 16 Scan time: 11.730 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001596 (OMIM: 601065,613287,616339) alanine--tR ( 968) 6361 1331.7 0 NP_065796 (OMIM: 612035,614096,615889) alanine--tR ( 985) 2777 587.5 1.1e-166 XP_011513066 (OMIM: 612035,614096,615889) PREDICTE ( 955) 2703 572.1 4.7e-162 XP_016866601 (OMIM: 612035,614096,615889) PREDICTE ( 555) 1192 258.2 8.5e-68 XP_005249302 (OMIM: 612035,614096,615889) PREDICTE ( 888) 921 202.1 1.1e-50 >>NP_001596 (OMIM: 601065,613287,616339) alanine--tRNA l (968 aa) initn: 6361 init1: 6361 opt: 6361 Z-score: 7135.4 bits: 1331.7 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 6361; 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XP_011 QHRARQAEPVQKQGLWLDVHALGELQRQGVPPTDDSPKYNYSLRPSGSYEFGTCEAQVLQ 480 490 500 510 520 530 510 520 530 540 550 560 pF1KE5 LRREK-MFVEEVSTGQECGVVLDKTCFYAEQGGQIYDEGYLVKVDDSSEDKTEFTVKNAQ : : : :. ::.::..::.: :::::::: :.::::. .... . : : :: XP_011 LYTEDGTAVASVGKGQRCGLLLDRTNFYAEQGGQASDRGYLVR---AGQEDVLFPVARAQ 540 550 560 570 580 590 570 580 590 600 610 620 pF1KE5 VRGGYVLHIGTIYGDLKVGDQVWLFIDEPRRRPIMSNHTATHILNFALRSVLGEA-DQKG : ::..:: .. :..:::: : .:: : :..:::::.::.:::..:: . .:.: XP_011 VCGGFILHEAVAPECLRLGDQVQLHVDEAWRLGCMAKHTATHLLNWALRQTLGPGTEQQG 600 610 620 630 640 650 630 640 650 660 670 680 pF1KE5 SLVAPDRLRFDFTAKGAMSTQQIKKAEEIANEMIEAAKAVYTQDCPLAAAKAIQGLRAVF : . :..::.: :.. .. .:.. .:. ..: . .::: .. ::: . . :::.. XP_011 SHLNPEQLRLDVTTQTPLTPEQLRAVENTVQEAVGQDEAVYMEEVPLALTAQVPGLRSL- 660 670 680 690 700 710 690 700 710 720 730 740 pF1KE5 DETYPDPVRVVSIGVPVSELLDDPSGPAGSLTSVEFCGGTHLRNSSHAGAFVIVTEEAIA ::.:::::::::.::::.. :: :.. :. ::::.: :::: .. .: .::. .. .. XP_011 DEVYPDPVRVVSVGVPVAHALD-PASQAALQTSVELCCGTHLLRTGAVGDLVIIGDRQLS 720 730 740 750 760 770 750 760 770 780 790 800 pF1KE5 KGIRRIVAVTGAEAQKALRKAESLKKCLSVMEAKVKAQTAPNKDVQREIADLG---EALA :: :..:::: .::.: . ..:: . ... ... . .. : :.: ::. XP_011 KGTTRLLAVTGEQAQQARELGQSLAQEVKAATERLSLGSRDVAEALRLSKDIGRLIEAVE 780 790 800 810 820 830 810 820 830 840 850 860 pF1KE5 TAVIPQWQKDELRETLKSLKKVMDDLDRASKADVQKRVLEKTKQFIDSNPNQPLVILEME :::.::::. :: :.: :.. . : . .. .::..... . . ::.. . XP_011 TAVMPQWQRRELLATVKMLQRRANTAIRKLQMG---QAAKKTQELLERHSKGPLIV-DTV 840 850 860 870 880 870 880 890 900 910 920 pF1KE5 SGASAKALNEALKLFKMHSPQTSAMLFTVDNEAGKITCLCQVPQN--AANRGLKASEWVQ :. : ..: .... . ..:.::..:.. . ::. : ::: :. . :. :. . : XP_011 SAESLSVLVKVVRQLCEQAPSTSVLLLS-PQPMGKVLCACQVAQEIWGPNHILSRQGWKR 890 900 910 920 930 940 930 940 950 960 pF1KE5 QVSGLMDGKGGGKDVSAQATGKNVGCLQEALQLATSFAQLRLGDVKN XP_011 VWHRAWTV 950 >>XP_016866601 (OMIM: 612035,614096,615889) PREDICTED: a (555 aa) initn: 1025 init1: 255 opt: 1192 Z-score: 1338.2 bits: 258.2 E(85289): 8.5e-68 Smith-Waterman score: 1192; 38.0% identity (67.4% similar) in 568 aa overlap (407-963:3-555) 380 390 400 410 420 430 pF1KE5 EEEVQFLKTLSRGRRILDRKIQSLGDSKTIPGDTAWLLY--DTYGFPVDLTGLIAEEKGL :...:: : :.:.:.. :. ::::. 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