FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1343, 261 aa 1>>>pF1KE1343 261 - 261 aa - 261 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5151+/-0.000785; mu= 14.1217+/- 0.047 mean_var=74.1647+/-15.254, 0's: 0 Z-trim(108.8): 32 B-trim: 0 in 0/53 Lambda= 0.148928 statistics sampled from 10446 (10476) to 10446 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.322), width: 16 Scan time: 2.180 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS4761.1 DMA gene_id:3108|Hs108|chr6 ( 261) 1844 405.1 2.5e-113 CCDS4753.1 DQA2 gene_id:3118|Hs108|chr6 ( 255) 371 88.6 4.6e-18 CCDS4763.1 DOA gene_id:3111|Hs108|chr6 ( 250) 363 86.9 1.5e-17 CCDS4752.1 DQA1 gene_id:3117|Hs108|chr6 ( 255) 360 86.2 2.4e-17 CCDS4764.1 DPA1 gene_id:3113|Hs108|chr6 ( 260) 348 83.7 1.4e-16 CCDS4750.1 DRA gene_id:3122|Hs108|chr6 ( 254) 339 81.7 5.4e-16 >>CCDS4761.1 DMA gene_id:3108|Hs108|chr6 (261 aa) initn: 1844 init1: 1844 opt: 1844 Z-score: 2148.0 bits: 405.1 E(32554): 2.5e-113 Smith-Waterman score: 1844; 100.0% identity (100.0% similar) in 261 aa overlap (1-261:1-261) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MGHEQNQGAALLQMLPLLWLLPHSWAVPEAPTPMWPDDLQNHTFLHTVYCQDGSPSVGLS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 MGHEQNQGAALLQMLPLLWLLPHSWAVPEAPTPMWPDDLQNHTFLHTVYCQDGSPSVGLS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 EAYDEDQLFFFDFSQNTRVPRLPEFADWAQEQGDAPAILFDKEFCEWMIQQIGPKLDGKI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 EAYDEDQLFFFDFSQNTRVPRLPEFADWAQEQGDAPAILFDKEFCEWMIQQIGPKLDGKI 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 PVSRGFPIAEVFTLKPLEFGKPNTLVCFVSNLFPPMLTVNWQHHSVPVEGFGPTFVSAVD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 PVSRGFPIAEVFTLKPLEFGKPNTLVCFVSNLFPPMLTVNWQHHSVPVEGFGPTFVSAVD 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 GLSFQAFSYLNFTPEPSDIFSCIVTHEIDRYTAIAYWVPRNALPSDLLENVLCGVAFGLG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 GLSFQAFSYLNFTPEPSDIFSCIVTHEIDRYTAIAYWVPRNALPSDLLENVLCGVAFGLG 190 200 210 220 230 240 250 260 pF1KE1 VLGIIVGIVLIIYFRKPCSGD ::::::::::::::::::::: CCDS47 VLGIIVGIVLIIYFRKPCSGD 250 260 >>CCDS4753.1 DQA2 gene_id:3118|Hs108|chr6 (255 aa) initn: 281 init1: 137 opt: 371 Z-score: 437.8 bits: 88.6 E(32554): 4.6e-18 Smith-Waterman score: 371; 30.7% identity (61.8% similar) in 241 aa overlap (20-252:7-240) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MGHEQNQGAALLQMLPLLWLLPHSWAVPEAPTPMWPDDL-QNHTFLHTV-YCQDGSPSVG :: . :. . .: .:. .:. . : . :. .:: CCDS47 MILNKALLLGALALTAVMSPCGGEDIVADHVASYGVNFYQSHGPSGQ 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 LSEAYDEDQLFFFDFSQNTRVPRLPEFADWAQ--EQGDAPAILFDKEFCEWMIQQIGPKL .. .: :. :. :. . : .:: :. . . :. . :. :.:..: CCDS47 YTHEFDGDEEFYVDLETKETVWQLPMFSKFISFDPQSALRNMAVGKHTLEFMMRQ----- 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 DGKIPVSRGFPIAEVFTLKPLEFGKPNTLVCFVSNLFPPMLTVNW--QHHSVPVEGFGPT ... .. : . ::. :. .:.::::.:.:.:.:::.....: . ::: .:: . : CCDS47 SNSTAATNEVPEVTVFSKFPVTLGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGHSV-TEGVSET 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 -FVSAVDGLSFQAFSYLNFTPEPSDIFSCIVTHEIDRYTAIAYWVPRNALP-SDLLENVL :.: : :: .:::.: : ..:..: : : . .: :. : :.: :... 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CCDS47 DRMFHIRAVILRALSLAFLLSLRGAGAIKADHVSTYAAFVQTHRPTGEFMFEFDEDEMFY 10 20 30 40 50 60 80 90 100 110 120 pF1KE1 FDFSQNTRVPRLPEFADWA--QEQGDAPAILFDKEFCEWMIQQIGPKLDGKIPVSRGFPI :.... : .: ::.. . :: : . .. . .::. ... .. : CCDS47 VDLDKKETVWHLEEFGQAFSFEAQGGLANIAILNNNLNTLIQR-----SNHTQATNDPPE 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 AEVFTLKPLEFGKPNTLVCFVSNLFPPMLTVNWQHHSVPV-EGFGPTFVSAVDGLSFQAF . :: .:.:.:.::::.: ....:::.:.:.: .. : :: . .. ::. : CCDS47 VTVFPKEPVELGQPNTLICHIDKFFPPVLNVTWLCNGELVTEGVAESLFLPRTDYSFHKF 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 SYLNFTPEPSDIFSCIVTHEIDRYTAIAYWVPRNALP-SDLLENVLCGVAFGLGVLGIIV ::.:.: :...: : : . .: .. . . :.:::.... ::..:::: CCDS47 HYLTFVPSAEDFYDCRVEHWGLDQPLLKHWEAQEPIQMPETTETVLCALGLVLGLVGIIV 180 190 200 210 220 230 250 260 pF1KE1 GIVLIIYFRKPCSGD : :::: CCDS47 GTVLIIKSLRSGHDPRAQGTL 240 250 260 >>CCDS4750.1 DRA gene_id:3122|Hs108|chr6 (254 aa) initn: 199 init1: 126 opt: 339 Z-score: 400.6 bits: 81.7 E(32554): 5.4e-16 Smith-Waterman score: 341; 28.9% identity (58.1% similar) in 246 aa overlap (14-252:13-239) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MGHEQNQGAALLQMLPLLWLLPHSWAVPEAPTPMWPDDLQNHTFLHTVYCQDGSPSVGLS .. .: .:::. : .:..... . . . : . 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