FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4541, 623 aa 1>>>pF1KE4541 623 - 623 aa - 623 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9003+/-0.00106; mu= 15.6973+/- 0.063 mean_var=68.0691+/-13.551, 0's: 0 Z-trim(103.6): 17 B-trim: 147 in 1/49 Lambda= 0.155453 statistics sampled from 7480 (7492) to 7480 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.593), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16 Scan time: 3.370 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS2871.1 TKT gene_id:7086|Hs108|chr3 ( 623) 4092 927.2 0 CCDS58834.1 TKT gene_id:7086|Hs108|chr3 ( 631) 4066 921.4 0 CCDS3805.1 TKTL2 gene_id:84076|Hs108|chr4 ( 626) 2832 644.6 1.1e-184 CCDS55541.1 TKTL1 gene_id:8277|Hs108|chrX ( 540) 2218 506.9 2.8e-143 CCDS35448.1 TKTL1 gene_id:8277|Hs108|chrX ( 596) 2218 506.9 3.1e-143 >>CCDS2871.1 TKT gene_id:7086|Hs108|chr3 (623 aa) initn: 4092 init1: 4092 opt: 4092 Z-score: 4956.2 bits: 927.2 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4092; 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CCDS38 AIVAKTFKGRGIPNIEDAENWHGKPVPKERADAIVKLIESQIQTNENLIPKSPVEDSPQI 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 DIANIRMPSLPSYKVGDKIATRKAYGQALAKLGHASDRIIALDGDTKNSTFSEIFKKEHP .:..:.: : :.:::::::::.:.:: ::::::.:..:.:.:.::: ::::::::.:::: CCDS38 SITDIKMTSPPAYKVGDKIATQKTYGLALAKLGRANERVIVLSGDTMNSTFSEIFRKEHP 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 DRFIECYIAEQNMVSIAVGCATRNRTVPFCSTFAAFFTRAFDQIRMAAISESNINLCGSH .::::: ::::::::.:.:::::.::. : ..:::::::::::.::.:::..:::: ::: CCDS38 ERFIECIIAEQNMVSVALGCATRGRTIAFAGAFAAFFTRAFDQLRMGAISQANINLIGSH 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 CGVSIGEDGPSQMALEDLAMFRSVPTSTVFYPSDGVATEKAVELAANTKGICFIRTSRPE :::: :::: :::::::::::::.:. :::::::...::.:. :::::::.::::::.:: CCDS38 CGVSTGEDGVSQMALEDLAMFRSIPNCTVFYPSDAISTEHAIYLAANTKGMCFIRTSQPE 430 440 450 460 470 480 480 490 500 510 520 530 pF1KE4 NAIIYNNNEDFQVGQAKVVLKSKDDQVTVIGAGVTLHEALAAAELLKKEKINIRVLDPFT .:.::. .:.:..:::::: .. .:.:::::::::::::: ::. :... :..::.:::: CCDS38 TAVIYTPQENFEIGQAKVVRHGVNDKVTVIGAGVTLHEALEAADHLSQQGISVRVIDPFT 490 500 510 520 530 540 540 550 560 570 580 590 pF1KE4 IKPLDRKLILDSARATKGRILTVEDHYYEGGIGEAVSSAVVGEPGITVTHLAVNRVPRSG ::::: :..::.:: ::..:::::: :::::::: .:: :: : : .:::. ::. : CCDS38 IKPLDAATIISSAKATGGRVITVEDHYREGGIGEAVCAAVSREPDILVHQLAVSGVPQRG 550 560 570 580 590 600 600 610 620 pF1KE4 KPAELLKMFGIDRDAIAQAVRGLITKA : .::: ::::. : :: . : CCDS38 KTSELLDMFGISTRHIIAAVTLTLMK 610 620 >>CCDS55541.1 TKTL1 gene_id:8277|Hs108|chrX (540 aa) initn: 2351 init1: 1638 opt: 2218 Z-score: 2685.8 bits: 506.9 E(32554): 2.8e-143 Smith-Waterman score: 2276; 59.7% identity (80.9% similar) in 576 aa overlap (48-620:1-538) 20 30 40 50 60 70 pF1KE4 TANRLRISSIQATTAAGSGHPTSCCSAAEIMAVLFFHTMRYKSQDPRNPHNDRFVLSKGH :.::::. ::::..::.:: ::::::.: CCDS55 MSVLFFYIMRYKQSDPENPDNDRFVLAK-- 10 20 80 90 100 110 120 130 pF1KE4 AAPILYAVWAEAGFLAEAELLNLRKISSDLDGHPVPKQAFTDVATGSLGQGLGAACGMAY . .:.::::: ::::::.:::::: CCDS55 ------------------------------------RLSFVDVATGWLGQGLGVACGMAY 30 40 50 140 150 160 170 180 190 pF1KE4 TGKYFDKASYRVYCLLGDGELSEGSVWEAMAFASIYKLDNLVAILDINRLGQSDPAPLQH ::::::.:::::.::..::: ::::::::::::: :.:::::::.:.::::.: : .: CCDS55 TGKYFDRASYRVFCLMSDGESSEGSVWEAMAFASYYSLDNLVAIFDVNRLGHSGALPAEH 60 70 80 90 100 110 200 210 220 230 240 250 pF1KE4 QMDIYQKRCEAFGWHAIIVDGHSVEELCKAFGQA---KHQPTAIIAKTFKGRGITGVEDK ..:::.:::::::.. .:::..:: ::..: :: ::.:::..:::::::: ..:: CCDS55 CINIYQRRCEAFGWNTYVVDGRDVEALCQVFWQASQVKHKPTAVVAKTFKGRGTPSIEDA 120 130 140 150 160 170 260 270 280 290 300 310 pF1KE4 ESWHGKPLPKNMAEQIIQEIYSQIQSKKKILATPPQEDAPSVDIANIRMPSLPSYKVGDK ::::.::.:.. :. ::. : ::::..... :: ::.: :.:...:: : :.:.:::: CCDS55 ESWHAKPMPRERADAIIKLIESQIQTSRNLDPQPPIEDSPEVNITDVRMTSPPDYRVGDK 180 190 200 210 220 230 320 330 340 350 360 370 pF1KE4 IATRKAYGQALAKLGHASDRIIALDGDTKNSTFSEIFKKEHPDRFIECYIAEQNMVSIAV :::::: : ::::::.:..:...:::::. :::::::.::.:.:::::..:::::::.:. CCDS55 IATRKACGLALAKLGYANNRVVVLDGDTRYSTFSEIFNKEYPERFIECFMAEQNMVSVAL 240 250 260 270 280 290 380 390 400 410 420 430 pF1KE4 GCATRNRTVPFCSTFAAFFTRAFDQIRMAAISESNINLCGSHCGVSIGEDGPSQMALEDL :::.:.::. : ::::::.:::::.::.....:::::. :::::::.:.:: :::::::. 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CCDS55 AVKCMLLN 540 >>CCDS35448.1 TKTL1 gene_id:8277|Hs108|chrX (596 aa) initn: 2519 init1: 1638 opt: 2218 Z-score: 2685.1 bits: 506.9 E(32554): 3.1e-143 Smith-Waterman score: 2444; 59.7% identity (81.2% similar) in 618 aa overlap (6-620:15-594) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MESYHKPDQQKLQALKDTANRLRISSIQATTAAGSGHPTSCCSAAEIMAVL .::. ::.:.: :.:::: ::.:: ...::::::: :..:::.:: CCDS35 MADAEARAEFPEEARPDRGTLQVLQDMASRLRIHSIRATCSTSSGHPTSCSSSSEIMSVL 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 FFHTMRYKSQDPRNPHNDRFVLSKGHAAPILYAVWAEAGFLAEAELLNLRKISSDLDGHP ::. ::::..::.:: ::::::.: CCDS35 FFYIMRYKQSDPENPDNDRFVLAK------------------------------------ 70 80 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 VPKQAFTDVATGSLGQGLGAACGMAYTGKYFDKASYRVYCLLGDGELSEGSVWEAMAFAS . .:.::::: ::::::.::::::::::::.:::::.::..::: ::::::::::::: CCDS35 --RLSFVDVATGWLGQGLGVACGMAYTGKYFDRASYRVFCLMSDGESSEGSVWEAMAFAS 90 100 110 120 130 140 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 IYKLDNLVAILDINRLGQSDPAPLQHQMDIYQKRCEAFGWHAIIVDGHSVEELCKAFGQA :.:::::::.:.::::.: : .: ..:::.:::::::.. .:::..:: ::..: :: CCDS35 YYSLDNLVAIFDVNRLGHSGALPAEHCINIYQRRCEAFGWNTYVVDGRDVEALCQVFWQA 150 160 170 180 190 200 240 250 260 270 280 pF1KE4 ---KHQPTAIIAKTFKGRGITGVEDKESWHGKPLPKNMAEQIIQEIYSQIQSKKKILATP ::.:::..:::::::: ..:: ::::.::.:.. :. ::. : ::::..... : CCDS35 SQVKHKPTAVVAKTFKGRGTPSIEDAESWHAKPMPRERADAIIKLIESQIQTSRNLDPQP 210 220 230 240 250 260 290 300 310 320 330 340 pF1KE4 PQEDAPSVDIANIRMPSLPSYKVGDKIATRKAYGQALAKLGHASDRIIALDGDTKNSTFS : ::.: :.:...:: : :.:.:::::::::: : ::::::.:..:...:::::. :::: CCDS35 PIEDSPEVNITDVRMTSPPDYRVGDKIATRKACGLALAKLGYANNRVVVLDGDTRYSTFS 270 280 290 300 310 320 350 360 370 380 390 400 pF1KE4 EIFKKEHPDRFIECYIAEQNMVSIAVGCATRNRTVPFCSTFAAFFTRAFDQIRMAAISES :::.::.:.:::::..:::::::.:.:::.:.::. : ::::::.:::::.::.....:: CCDS35 EIFNKEYPERFIECFMAEQNMVSVALGCASRGRTIAFASTFAAFLTRAFDHIRIGGLAES 330 340 350 360 370 380 410 420 430 440 450 460 pF1KE4 NINLCGSHCGVSIGEDGPSQMALEDLAMFRSVPTSTVFYPSDGVATEKAVELAANTKGIC :::. :::::::.:.:: :::::::.::::..: :.:::.:.:.::.:: ::::.::.: CCDS35 NINIIGSHCGVSVGDDGASQMALEDIAMFRTIPKCTIFYPTDAVSTEHAVALAANAKGMC 390 400 410 420 430 440 470 480 490 500 510 520 pF1KE4 FIRTSRPENAIIYNNNEDFQVGQAKVVLKSKDDQVTVIGAGVTLHEALAAAELLKKEKIN ::::.:::. .::. .: :..:::::. . .:.:::::::.:..::::::. :.:. : CCDS35 FIRTTRPETMVIYTPQERFEIGQAKVLRHCVSDKVTVIGAGITVYEALAAADELSKQDIF 450 460 470 480 490 500 530 540 550 560 570 580 pF1KE4 IRVLDPFTIKPLDRKLILDSARATKGRILTVEDHYYEGGIGEAVSSAVVGEPGITVTHLA :::.: ::::::: :..::.::.:::.:::::: .::::::: .:: .: : : :: CCDS35 IRVIDLFTIKPLDVATIVSSAKATEGRIITVEDHYPQGGIGEAVCAAVSMDPDIQVHSLA 510 520 530 540 550 560 590 600 610 620 pF1KE4 VNRVPRSGKPAELLKMFGIDRDAIAQAVRGLITKA :. ::.::: ::: :.::. : ::. .. 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