FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5757, 814 aa 1>>>pF1KB5757 814 - 814 aa - 814 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5725+/-0.000338; mu= 10.3325+/- 0.021 mean_var=123.4661+/-25.255, 0's: 0 Z-trim(118.9): 407 B-trim: 1378 in 2/49 Lambda= 0.115425 statistics sampled from 32007 (32417) to 32007 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.716), E-opt: 0.2 (0.38), width: 16 Scan time: 14.770 The best scores are: opt bits E(85289) NP_004924 (OMIM: 114019,612580) cadherin-15 prepro ( 814) 5490 925.6 0 NP_001239268 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 3 [ ( 842) 2082 358.1 9.3e-98 NP_001239267 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 2 [ ( 879) 2082 358.1 9.6e-98 NP_001785 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 1 prep ( 916) 2082 358.1 1e-97 XP_011524090 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 ( 821) 2061 354.6 1e-96 NP_001295105 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 2 [ ( 875) 2061 354.6 1.1e-96 NP_001783 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 1 prep ( 906) 2061 354.6 1.1e-96 XP_016881003 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 ( 848) 1738 300.8 1.6e-80 XP_011521105 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1381 241.4 1.2e-62 XP_005255819 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1381 241.4 1.2e-62 XP_005255820 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1381 241.4 1.2e-62 NP_001788 (OMIM: 600023) cadherin-11 isoform 1 pre ( 796) 1381 241.4 1.2e-62 XP_005255818 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1381 241.4 1.2e-62 XP_016881012 (OMIM: 605806) PREDICTED: cadherin-7 ( 785) 1342 234.9 1.1e-60 NP_004352 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prep ( 785) 1342 234.9 1.1e-60 NP_387450 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prep ( 785) 1342 234.9 1.1e-60 NP_001787 (OMIM: 603008) cadherin-8 preproprotein ( 799) 1312 229.9 3.5e-59 NP_001304156 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 ( 794) 1295 227.0 2.5e-58 NP_004052 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 pre ( 794) 1295 227.0 2.5e-58 XP_016864410 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 1295 227.0 2.5e-58 XP_016864409 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 1295 227.0 2.5e-58 XP_011512229 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 1295 227.0 2.5e-58 NP_114097 (OMIM: 605807) cadherin-20 preproprotein ( 801) 1286 225.5 7.1e-58 XP_016864399 (OMIM: 603007) PREDICTED: cadherin-6 ( 790) 1285 225.4 7.9e-58 XP_011512223 (OMIM: 603007) PREDICTED: cadherin-6 ( 790) 1285 225.4 7.9e-58 NP_004923 (OMIM: 603007) cadherin-6 preproprotein ( 790) 1285 225.4 7.9e-58 NP_004351 (OMIM: 114480,137215,167000,176807,19209 ( 882) 1283 225.1 1.1e-57 NP_001317505 (OMIM: 600023) cadherin-11 isoform 3 ( 670) 1273 223.3 2.7e-57 XP_016864419 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56 XP_006714498 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56 NP_004925 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 pre ( 790) 1261 221.4 1.3e-56 XP_016864413 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56 NP_001278885 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56 XP_016864416 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56 XP_016864414 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56 XP_016864421 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56 XP_016864415 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56 XP_016864418 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56 XP_016864417 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56 XP_016864420 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56 XP_005248285 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56 NP_001304125 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin ( 774) 1249 219.4 4.9e-56 NP_001304124 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin ( 784) 1249 219.4 5e-56 XP_011521102 (OMIM: 114021,225280,601553) PREDICTE ( 808) 1249 219.4 5.1e-56 NP_001784 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin-3 ( 829) 1249 219.4 5.2e-56 XP_011512230 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 724) 1246 218.9 6.6e-56 NP_057363 (OMIM: 609974) cadherin-9 preproprotein ( 789) 1243 218.4 1e-55 NP_004940 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isof ( 847) 1230 216.2 4.8e-55 NP_077740 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isof ( 901) 1230 216.2 5e-55 NP_077741 (OMIM: 600271) desmocollin-3 isoform Dsc ( 839) 1205 212.1 8.5e-54 >>NP_004924 (OMIM: 114019,612580) cadherin-15 preproprot (814 aa) initn: 5490 init1: 5490 opt: 5490 Z-score: 4943.4 bits: 925.6 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5490; 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