Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1125
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1125, 572 aa
1>>>pF1KE1125 572 - 572 aa - 572 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.3839+/-0.00107; mu= -19.6217+/- 0.065
mean_var=616.3578+/-126.878, 0's: 0 Z-trim(118.6): 105 B-trim: 522 in 1/55
Lambda= 0.051660
statistics sampled from 19451 (19557) to 19451 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.84), E-opt: 0.2 (0.601), width: 16
Scan time: 3.890
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5883.1 ZYX gene_id:7791|Hs108|chr7 ( 572) 4138 322.9 6.5e-88
CCDS3291.1 LPP gene_id:4026|Hs108|chr3 ( 612) 1105 96.9 7.6e-20
CCDS5708.1 TRIP6 gene_id:7205|Hs108|chr7 ( 476) 1011 89.8 8.1e-18
CCDS163.1 FBLIM1 gene_id:54751|Hs108|chr1 ( 373) 798 73.9 4.1e-13
CCDS2729.1 LIMD1 gene_id:8994|Hs108|chr3 ( 676) 783 73.0 1.4e-12
CCDS30609.1 FBLIM1 gene_id:54751|Hs108|chr1 ( 276) 733 68.9 9.3e-12
CCDS59375.1 WTIP gene_id:126374|Hs108|chr19 ( 430) 737 69.4 1.1e-11
>>CCDS5883.1 ZYX gene_id:7791|Hs108|chr7 (572 aa)
initn: 4138 init1: 4138 opt: 4138 Z-score: 1691.9 bits: 322.9 E(32554): 6.5e-88
Smith-Waterman score: 4138; 100.0% identity (100.0% similar) in 572 aa overlap (1-572:1-572)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAAPRPSPAISVSVSAPAFYAPQKKFGPVVAPKPKVNPFRPGDSEPPPAPGAQRAQMGRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MAAPRPSPAISVSVSAPAFYAPQKKFGPVVAPKPKVNPFRPGDSEPPPAPGAQRAQMGRV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 GEIPPPPPEDFPLPPPPLAGDGDDAEGALGGAFPPPPPPIEESFPPAPLEEEIFPSPPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GEIPPPPPEDFPLPPPPLAGDGDDAEGALGGAFPPPPPPIEESFPPAPLEEEIFPSPPPP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 PEEEGGPEAPIPPPPQPREKVSSIDLEIDSLSSLLDDMTKNDPFKARVSSGYVPPPVATP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PEEEGGPEAPIPPPPQPREKVSSIDLEIDSLSSLLDDMTKNDPFKARVSSGYVPPPVATP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 FSSKSSTKPAAGGTAPLPPWKSPSSSQPLPQVPAPAQSQTQFHVQPQPQPKPQVQLHVQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FSSKSSTKPAAGGTAPLPPWKSPSSSQPLPQVPAPAQSQTQFHVQPQPQPKPQVQLHVQS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 QTQPVSLANTQPRGPPASSPAPAPKFSPVTPKFTPVASKFSPGAPGGSGSQPNQKLGHPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QTQPVSLANTQPRGPPASSPAPAPKFSPVTPKFTPVASKFSPGAPGGSGSQPNQKLGHPE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 ALSAGTGSPQPPSFTYAQQREKPRVQEKQHPVPPPAQNQNQVRSPGAPGPLTLKEVEELE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ALSAGTGSPQPPSFTYAQQREKPRVQEKQHPVPPPAQNQNQVRSPGAPGPLTLKEVEELE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 QLTQQLMQDMEHPQRQNVAVNELCGRCHQPLARAQPAVRALGQLFHIACFTCHQCAQQLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QLTQQLMQDMEHPQRQNVAVNELCGRCHQPLARAQPAVRALGQLFHIACFTCHQCAQQLQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 GQQFYSLEGAPYCEGCYTDTLEKCNTCGEPITDRMLRATGKAYHPHCFTCVVCARPLEGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GQQFYSLEGAPYCEGCYTDTLEKCNTCGEPITDRMLRATGKAYHPHCFTCVVCARPLEGT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 SFIVDQANRPHCVPDYHKQYAPRCSVCSEPIMPEPGRDETVRVVALDKNFHMKCYKCEDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SFIVDQANRPHCVPDYHKQYAPRCSVCSEPIMPEPGRDETVRVVALDKNFHMKCYKCEDC
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KE1 GKPLSIEADDNGCFPLDGHVLCRKCHTARAQT
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GKPLSIEADDNGCFPLDGHVLCRKCHTARAQT
550 560 570
>>CCDS3291.1 LPP gene_id:4026|Hs108|chr3 (612 aa)
initn: 1012 init1: 761 opt: 1105 Z-score: 469.8 bits: 96.9 E(32554): 7.6e-20
Smith-Waterman score: 1312; 37.6% identity (59.8% similar) in 627 aa overlap (7-569:31-600)
10 20 30
pF1KE1 MAAPRPSPAISVSVSAPAFYAPQKKFGPVVAPKPKV
.:.::::.. : : :::.::::::::
CCDS32 MSHPSWLPPKSTGEPLGHVPARMETTHSFGNPSISVSTQQP----P-KKFAPVVAPKPKY
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 NPFRPGDSEPPPAPGAQRAQMGRVGEIPPPPPEDFPLPPPPLAGDGDDAEGALGGAFPPP
::.. ::.. :.. :::: ::: : ..: ...: ::::
CCDS32 NPYKQ--------PGGE-------GDFLPPPP-------PPL--DDSSALPSISGNFPPP
60 70 80 90
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 PPPIEESFPPAPLEEEIFPSPPPPPEEEGGPEAPIPPPPQPREKVSSIDLEIDSLSSLLD
:: :.:: : : :: .:. ::.: :::::.:.:
CCDS32 PP----------LDEEAFKVQGNP----GGKTL--------EERRSSLDAEIDSLTSILA
100 110 120
160 170 180 190
pF1KE1 DMTKNDPFKAR---VSSGYVP-PPVATPFSS----------------KSSTKPAAGGTAP
:. ..:.: : :.: . :::.:: .. ::. :: . :
CCDS32 DLECSSPYKPRPPQSSTGSTASPPVSTPVTGHKRMVIPNQPPLTATKKSTLKPQPAPQAG
130 140 150 160 170 180
200 210 220 230 240
pF1KE1 LPPWKSPSSSQPLPQVPAPAQ-------SQTQFHVQPQP-QPKPQVQLHVQS--------
: .. .: :: :.::. :. :.:: . ::.:. . .:
CCDS32 PIPVAPIGTLKPQPQ-PVPASYTTASTSSRPTFNVQVKSAQPSPHYMAAPSSGQIYGSGP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KE1 ---QTQPVSLANTQP----RG--------PPASSPAPAPKFSPVTPKFTPVASKFSPGAP
.:::: ... : :: ::. .: :. ..: .. .::
CCDS32 QGYNTQPVPVSGQCPPPSTRGGMDYAYIPPPGLQPEPGYGYAPNQGRYYEGYYAAGPGYG
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330
pF1KE1 GGSGSQPNQ-KLGHPEALS-------AGTGSPQPPSFTYAQQREKPRVQEK-QHPVPPPA
: . :.:. . :::.. . :.:. .::.. . .: . . . : ::
CCDS32 GRNDSDPTYGQQGHPNTWKREPGYTPPGAGNQNPPGMYPVTGPKKTYITDPVSAPCAPPL
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 Q----NQNQVRSPGAPGPLTLKEVEELEQLTQQLMQDMEHPQRQNVAVNELCGRCHQPLA
: ...:. .:.. .: ... .:::.::.... :::.: .. :.:: . ..
CCDS32 QPKGGHSGQL-GPSSVAP-SFRPEDELEHLTKKMLYDMENPPADEYFGR--CARCGENVV
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE1 RAQPAVRALGQLFHIACFTCHQCAQQLQGQQFYSLEGAPYCEGCYTDTLEKCNTCGEPIT
. :. :.::. :::: : ..:.:: ::..: ::: :: .:::.::.:..::
CCDS32 GEGTGCTAMDQVFHVDCFTCIICNNKLRGQPFYAVEKKAYCEPCYINTLEQCNVCSKPIM
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KE1 DRMLRATGKAYHPHCFTCVVCARPLEGTSFIVDQANRPHCVPDYHKQYAPRCSVCSEPIM
.:.::::::::::::::::.: : :.: : :: .. ::. :.::..:::::::.::::
CCDS32 ERILRATGKAYHPHCFTCVMCHRSLDGIPFTVDAGGLIHCIEDFHKKFAPRCSVCKEPIM
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KE1 PEPGRDETVRVVALDKNFHMKCYKCEDCGKPLSIEADDNGCFPLDGHVLCRKCHTARAQT
: ::..::::.::::..::..::.::::: :: :.:..::.:::::.::. :..::
CCDS32 PAPGQEETVRIVALDRDFHVHCYRCEDCGGLLS-EGDNQGCYPLDGHILCKTCNSARIRV
550 560 570 580 590 600
CCDS32 LTAKASTDL
610
>>CCDS5708.1 TRIP6 gene_id:7205|Hs108|chr7 (476 aa)
initn: 1056 init1: 860 opt: 1011 Z-score: 433.4 bits: 89.8 E(32554): 8.1e-18
Smith-Waterman score: 1060; 36.9% identity (56.3% similar) in 540 aa overlap (46-571:8-466)
20 30 40 50 60 70
pF1KE1 APAFYAPQKKFGPVVAPKPKVNPFRPGDSEPPPAPGAQRAQMGRVGEIPPPPPEDFPLPP
:: : :: .::. :. : ::
CCDS57 MSGPTWLPPKQPEPARAPQGRA------IPRGTPGPP
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KE1 PPLAGDGDDAEGALGGAFPPPPPPIEESFPPAPLEEEIFPSPPPPPEEEG----GPEAPI
: : :.:. : : . .: : : :. . : ::..: : .. .
CCDS57 P-----------AHGAALQPHP---RVNFCPLPSEQCY--QAPGGPEDRGPAWVGSHGVL
40 50 60 70
140 150 160 170 180
pF1KE1 P-----PPPQPREKVSSIDLEIDSLSSLLDDMTKNDPFKARVSS--GYVPPPVATPFSSK
: . . .:.: ::: ::: : ... . .: . .: :::
CCDS57 QHTQGLPADRGGLRPGSLDAEIDLLSSTLAELNGGRGHASRRPDRQAYEPPP--------
80 90 100 110 120
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 SSTKPAAGGTAPLPPWKSPSSSQPLPQVPAPAQSQTQFHVQPQPQ-PKPQVQLHVQSQTQ
: : :. : : .:.: ::: : . . ... . : : ::..: .:
CCDS57 ----PPAYRTGSLKP--NPAS--PLPASPYGGPTPASYTTASTPAGPAFPVQVKV---AQ
130 140 150 160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 PVSLANTQPRGPP-ASSPAPAPKFSPVTPKFTPVASKFSPGAPGGSGSQPNQKLGHPEAL
:: . :: ::.: :.:.: :. .. .::
CCDS57 PVRGCGPPRRGASQASGPLPGPHF--------PLPGRGEVWGPG----------------
180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SAGTGSPQPPSFTYAQQREK-PRVQEKQHPVPPPAQNQNQVRSPGAPGPLTLKEVEELEQ
: .::: : ..:. : :: .... : ::. .::..
CCDS57 -------------YRSQREPGPGAKEEAAGVSGPA-GRGRGGEHGPQVPLSQPPEDELDR
220 230 240 250
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 LTQQLMQDMEHPQRQNVAVNELCGRCHQPLARAQPAVRALGQLFHIACFTCHQCAQQLQG
::..:..::.:: . . :: : . .. .: :: ..::..::.: : ::.:
CCDS57 LTKKLVHDMNHPPSGEYFGQ--CGGCGEDVVGDGAGVVALDRVFHVGCFVCSTCRAQLRG
260 270 280 290 300 310
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 QQFYSLEGAPYCEGCYTDTLEKCNTCGEPITDRMLRATGKAYHPHCFTCVVCARPLEGTS
:.::..: ::::::. ::::: ::..:: ::.::: :::::: ::::::: : :.:
CCDS57 QHFYAVERRAYCEGCYVATLEKCATCSQPILDRILRAMGKAYHPGCFTCVVCHRGLDGIP
320 330 340 350 360 370
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 FIVDQANRPHCVPDYHKQYAPRCSVCSEPIMPEPGRDETVRVVALDKNFHMKCYKCEDCG
: :: ... ::. :.:...:::::::. ::::::..::::.::::..::. :::::.::
CCDS57 FTVDATSQIHCIEDFHRKFAPRCSVCGGAIMPEPGQEETVRIVALDRSFHIGCYKCEECG
380 390 400 410 420 430
550 560 570
pF1KE1 KPLSIEADDNGCFPLDGHVLCRKCHTARAQT
:: :.. .::.:::::.::. : . : :
CCDS57 LLLSSEGECQGCYPLDGHILCKACSAWRIQELSATVTTDC
440 450 460 470
>>CCDS163.1 FBLIM1 gene_id:54751|Hs108|chr1 (373 aa)
initn: 1024 init1: 522 opt: 798 Z-score: 349.0 bits: 73.9 E(32554): 4.1e-13
Smith-Waterman score: 819; 36.8% identity (62.0% similar) in 342 aa overlap (253-570:39-368)
230 240 250 260 270
pF1KE1 HVQPQPQPKPQVQLHVQSQTQPVSLANTQPRGPPASSPAP--APKFS----PVTPKFTP-
:: : .::: .:. . : .: ::
CCDS16 VASSVFITLAPPRRDVAVAEEVRQAVCEARRGRPWEAPAPMKTPEAGLAGRP-SPWTTPG
10 20 30 40 50 60
280 290 300 310 320
pF1KE1 VASKFSPGAP-----GGSGSQPNQKLGH---PEALSAGTGSPQPPSFTYAQQREKPRVQ-
:. :.:: :: : :. :. :. : :: ...: : .
CCDS16 RAAATVPAAPMQLFNGGCPPPPPVLDGEDVLPD-LDLLPPPPPPPPVLLPSEEEAPAPMG
70 80 90 100 110 120
330 340 350 360 370
pF1KE1 -------EKQHPVPPPAQNQNQVRSPGA-PGPLTLKEVEELEQLTQQLMQDMEHPQRQNV
:. : ::: : ...:.. :::: . .:: .: .: ...
CCDS16 ASLIADLEQLHLSPPPPPPQAPAEGPSVQPGPL--RPMEE------ELPPPPAEPVEKG-
130 140 150 160 170
380 390 400 410 420 430
pF1KE1 AVNELCGRCHQPLARAQPAVRALGQLFHIACFTCHQCAQQLQGQQFYSLEGAPYCEGCYT
: ...:. ::. .. . ::.:. . .: ::::. : .:: ::.::. .: : :: ::
CCDS16 ASTDICAFCHKTVSPRELAVEAMKRQYHAQCFTCRTCRRQLAGQSFYQKDGRPLCEPCYQ
180 190 200 210 220 230
440 450 460 470 480 490
pF1KE1 DTLEKCNTCGEPITDRMLRATGKAYHPHCFTCVVCARPLEGTSFIVDQANRPHCVPDYHK
::::.:. ::: . :...:: :.:.:: :::::.::: . :: . . :. .:. :...
CCDS16 DTLERCGKCGEVVRDHIIRALGQAFHPSCFTCVTCARCIGDESFALGSQNEVYCLDDFYR
240 250 260 270 280 290
500 510 520 530 540 550
pF1KE1 QYAPRCSVCSEPIMPEPGRDETVRVVALDKNFHMKCYKCEDCGKPLSIEADDNGCFPLDG
..:: ::.: .::.:. :.: . .. . .::: .::.:::: ::.: :.::.::..
CCDS16 KFAPVCSICENPIIPRDGKD-AFKIECMGRNFHENCYRCEDCRILLSVEPTDQGCYPLNN
300 310 320 330 340 350
560 570
pF1KE1 HVLCRKCHTARAQT
:..:. ::. :.
CCDS16 HLFCKPCHVKRSAAGCC
360 370
>>CCDS2729.1 LIMD1 gene_id:8994|Hs108|chr3 (676 aa)
initn: 709 init1: 436 opt: 783 Z-score: 339.5 bits: 73.0 E(32554): 1.4e-12
Smith-Waterman score: 812; 30.2% identity (53.8% similar) in 612 aa overlap (1-569:107-661)
10 20
pF1KE1 MAAPRPSP-AISVSVSAPAFYAPQKKFGPV
.:: .: :... ... : ::.. .
CCDS27 PVNGGGRLGPQARWEVVGSKLTVDGAAKPPLAASTGAPGAVTTLAAGQPPYPPQEQRS--
80 90 100 110 120 130
30 40 50 60 70 80
pF1KE1 VAPKPKVNPFRPGDSEPPPAPGAQRAQMGRVGEIPPPPPEDFPLPPPPLAGDGDDAEGAL
.: .. : :... . ..:. . : : :: : :: : .
CCDS27 ---RPYLHGTRHGSQDCGSRESLATSEMSAFHQ--PGPCED---PSCLTHGDYYDNLSLA
140 150 160 170 180
90 100 110 120 130 140
pF1KE1 G---GAFPPPPPPIEES----FPPAPLEEEIFPSPPPPPEEEGGPEAPIPPPPQPREKVS
. : : : : : .: .: : :: :. : . :. .
CCDS27 SPKWGDKPGVSPSIGLSVGSGWPSSP------GSDPPLPKPCG--DHPLNHRQLSLSSSR
190 200 210 220 230
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 SIDLEIDSLSSLLDDMTKNDP--FKARVSSGYVPPPVATPFSSKSSTKPAAGGTAPLPPW
: . . . .: . ... : . . .:: : : . .: . . ::.: :. :
CCDS27 SSEGSLGGQNSGIGGRSSEKPTGLWSTASSQRVSPGLPSP--NLENGAPAVG---PVQP-
240 250 260 270 280 290
210 220 230 240
pF1KE1 KSPSSSQPLPQVPAPAQS----------------QTQFHVQPQP--QPKPQVQLHVQS-Q
..:: : :: . : :. ... .:.::: : :. : .. .
CCDS27 RTPSVSAPLA-LSCPRQGGLPRSNSGLGGEVSGVMSKPNVDPQPWFQDGPKSYLSSSAPS
300 310 320 330 340 350
250 260 270 280 290
pF1KE1 TQPVSLANTQPRGPPASSPAPA-------PKFSPVTPKFTPVASKFSPGAPGGSGSQPNQ
..:..: ..: . :. .: :. ::.:: : :: : . : : :
CCDS27 SSPAGLDGSQQGAVPGLGPKPGCTDLGTGPKLSP-TSLVHPVMSTL-PELSCKEG--P--
360 370 380 390 400
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 KLGHPEALSAGTGSPQPPSFTYAQQREKPRVQEKQHP-VPPPAQNQNQVRSPGAPGPLTL
:: : :. . :: .:::. .: :: : ..: :. :
CCDS27 -LGWSSDGSLGSVLLDSPS--------SPRVRLPCQPLVPGP-----ELR----PSAAEL
410 420 430 440
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 KEVEELEQLTQQLMQDME-HPQRQNVAVNELCGRCHQPLARAQPAVRALGQLFHIACFTC
: :: :::.: ..:. ::. . .. : .: . . : : .:.:.:.: .::::
CCDS27 K----LEALTQRLEREMDAHPKADYFGA---CVKCSKGVFGAGQACQAMGNLYHDTCFTC
450 460 470 480 490 500
420 430 440 450 460
pF1KE1 HQCAQQLQGQQFYSLEGAPYCE-----GCYTDTLEKCNTCGEPITDRMLRATGKAYHPHC
:...:.:. :: ..: .:: . . .. ..: ::. : : .:.: ::.::: :
CCDS27 AACSRKLRGKAFYFVNGKVFCEEDFLYSGFQQSADRCFLCGHLIMDMILQALGKSYHPGC
510 520 530 540 550 560
470 480 490 500 510 520
pF1KE1 FTCVVCARPLEGTSFIVDQANRPHCVPDYHKQYAPRCSVCSEPIMPEPGRDETVRVVALD
: ::.: . :.:. : ::. :. .:: :::: ::.:..:. ::.: : :::.:::..:
CCDS27 FRCVICNECLDGVPFTVDSENKIYCVRDYHKVLAPKCAACGLPILPPEGSDETIRVVSMD
570 580 590 600 610 620
530 540 550 560 570
pF1KE1 KNFHMKCYKCEDCGKPLSIEADDNGCFPLDGHVLCRKCHTARAQT
...:..::.::::: :. : : . :.::. :..:..::. :
CCDS27 RDYHVECYHCEDCGLELNDE-DGHRCYPLEDHLFCHSCHVKRLEKRPSSTALHQHHF
630 640 650 660 670
>>CCDS30609.1 FBLIM1 gene_id:54751|Hs108|chr1 (276 aa)
initn: 856 init1: 522 opt: 733 Z-score: 324.6 bits: 68.9 E(32554): 9.3e-12
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360 370 380 390 400 410
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