FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4373, 391 aa 1>>>pF1KE4373 391 - 391 aa - 391 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.3126+/-0.00108; mu= -1.3566+/- 0.066 mean_var=442.1983+/-92.501, 0's: 0 Z-trim(116.6): 88 B-trim: 190 in 1/51 Lambda= 0.060991 statistics sampled from 17114 (17200) to 17114 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.785), E-opt: 0.2 (0.528), width: 16 Scan time: 3.500 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX ( 391) 2756 256.2 3.8e-68 CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1 ( 390) 2587 241.3 1.1e-63 CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11 ( 392) 1940 184.4 1.6e-46 CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY ( 459) 1202 119.5 6.1e-27 CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY ( 496) 1199 119.3 7.7e-27 CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY ( 496) 1199 119.3 7.7e-27 CCDS35479.1 RBMY1B gene_id:378948|Hs108|chrY ( 496) 1199 119.3 7.7e-27 CCDS14796.1 RBMY1A1 gene_id:5940|Hs108|chrY ( 496) 1198 119.2 8.2e-27 CCDS35484.1 RBMY1J gene_id:378951|Hs108|chrY ( 496) 1197 119.1 8.7e-27 CCDS35483.1 RBMY1F gene_id:159163|Hs108|chrY ( 496) 1197 119.1 8.7e-27 CCDS55478.1 RBMXL3 gene_id:139804|Hs108|chrX (1067) 830 87.2 7.4e-17 >>CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX (391 aa) initn: 2756 init1: 2756 opt: 2756 Z-score: 1337.0 bits: 256.2 E(32554): 3.8e-68 Smith-Waterman score: 2756; 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CCDS83 RNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY 420 430 440 450 >>CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY (496 aa) initn: 1142 init1: 394 opt: 1199 Z-score: 595.4 bits: 119.3 E(32554): 7.7e-27 Smith-Waterman score: 1214; 52.9% identity (71.0% similar) in 393 aa overlap (1-386:1-374) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA :::::.:::::::::: ::::: :.:::::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.:: CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGT :::.::.::::::: ::::::::: ::::.:: :: :: :.:.: .::..::. ::: CCDS35 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMG :: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::::::.::::. .::.: :: CCDS35 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 GRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP ...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: ..::::::: CCDS35 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPP-T : :.::: :::. ::.. :::: .. . . :::. : .::: ::.:: . 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