FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4529, 580 aa 1>>>pF1KE4529 580 - 580 aa - 580 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2729+/-0.000288; mu= 15.9148+/- 0.018 mean_var=98.1352+/-20.405, 0's: 0 Z-trim(120.3): 15 B-trim: 1443 in 1/56 Lambda= 0.129468 statistics sampled from 35317 (35332) to 35317 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.733), E-opt: 0.2 (0.414), width: 16 Scan time: 12.150 The best scores are: opt bits E(85289) NP_065394 (OMIM: 252650,605248) mucolipin-1 [Homo ( 580) 3938 745.6 1e-214 XP_011539489 (OMIM: 607399) PREDICTED: mucolipin-2 ( 538) 1673 322.5 2.2e-87 XP_011539490 (OMIM: 607399) PREDICTED: mucolipin-2 ( 538) 1673 322.5 2.2e-87 NP_001317576 (OMIM: 607399) mucolipin-2 isoform 2 ( 538) 1673 322.5 2.2e-87 XP_005270776 (OMIM: 607399) PREDICTED: mucolipin-2 ( 538) 1673 322.5 2.2e-87 NP_694991 (OMIM: 607399) mucolipin-2 isoform 1 [Ho ( 566) 1673 322.5 2.3e-87 NP_001240622 (OMIM: 607400) mucolipin-3 isoform 2 ( 497) 1619 312.4 2.2e-84 XP_011540042 (OMIM: 607400) PREDICTED: mucolipin-3 ( 521) 1619 312.4 2.3e-84 XP_005271060 (OMIM: 607400) PREDICTED: mucolipin-3 ( 553) 1619 312.4 2.4e-84 NP_060768 (OMIM: 607400) mucolipin-3 isoform 1 [Ho ( 553) 1619 312.4 2.4e-84 XP_006710813 (OMIM: 607400) PREDICTED: mucolipin-3 ( 553) 1619 312.4 2.4e-84 XP_011540041 (OMIM: 607400) PREDICTED: mucolipin-3 ( 566) 1619 312.4 2.5e-84 XP_011540044 (OMIM: 607400) PREDICTED: mucolipin-3 ( 398) 1611 310.8 5.3e-84 XP_011540043 (OMIM: 607400) PREDICTED: mucolipin-3 ( 445) 642 129.9 1.8e-29 XP_016856412 (OMIM: 607399) PREDICTED: mucolipin-2 ( 287) 538 110.3 8.7e-24 >>NP_065394 (OMIM: 252650,605248) mucolipin-1 [Homo sapi (580 aa) initn: 3938 init1: 3938 opt: 3938 Z-score: 3975.8 bits: 745.6 E(85289): 1e-214 Smith-Waterman score: 3938; 100.0% identity (100.0% similar) in 580 aa overlap (1-580:1-580) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MTAPAGPRGSETERLLTPNPGYGTQAGPSPAPPTPPEEEDLRRRLKYFFMSPCDKFRAKG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_065 MTAPAGPRGSETERLLTPNPGYGTQAGPSPAPPTPPEEEDLRRRLKYFFMSPCDKFRAKG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 RKPCKLMLQVVKILVVTVQLILFGLSNQLAVTFREENTIAFRHLFLLGYSDGADDTFAAY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_065 RKPCKLMLQVVKILVVTVQLILFGLSNQLAVTFREENTIAFRHLFLLGYSDGADDTFAAY 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 TREQLYQAIFHAVDQYLALPDVSLGRYAYVRGGGDPWTNGSGLALCQRYYHRGHVDPAND :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_065 TREQLYQAIFHAVDQYLALPDVSLGRYAYVRGGGDPWTNGSGLALCQRYYHRGHVDPAND 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 TFDIDPMVVTDCIQVDPPERPPPPPSDDLTLLESSSSYKNLTLKFHKLVNVTIHFRLKTI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_065 TFDIDPMVVTDCIQVDPPERPPPPPSDDLTLLESSSSYKNLTLKFHKLVNVTIHFRLKTI 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 NLQSLINNEIPDCYTFSVLITFDNKAHSGRIPISLETQAHIQECKHPSVFQHGDNSFRLL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_065 NLQSLINNEIPDCYTFSVLITFDNKAHSGRIPISLETQAHIQECKHPSVFQHGDNSFRLL 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 FDVVVILTCSLSFLLCARSLLRGFLLQNEFVGFMWRQRGRVISLWERLEFVNGWYILLVT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_065 FDVVVILTCSLSFLLCARSLLRGFLLQNEFVGFMWRQRGRVISLWERLEFVNGWYILLVT 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE4 SDVLTISGTIMKIGIEAKNLASYDVCSILLGTSTLLVWVGVIRYLTFFHNYNILIATLRV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_065 SDVLTISGTIMKIGIEAKNLASYDVCSILLGTSTLLVWVGVIRYLTFFHNYNILIATLRV 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE4 ALPSVMRFCCCVAVIYLGYCFCGWIVLGPYHVKFRSLSMVSECLFSLINGDDMFVTFAAM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_065 ALPSVMRFCCCVAVIYLGYCFCGWIVLGPYHVKFRSLSMVSECLFSLINGDDMFVTFAAM 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE4 QAQQGRSSLVWLFSQLYLYSFISLFIYMVLSLFIALITGAYDTIKHPGGAGAEESELQAY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_065 QAQQGRSSLVWLFSQLYLYSFISLFIYMVLSLFIALITGAYDTIKHPGGAGAEESELQAY 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 pF1KE4 IAQCQDSPTSGKFRRGSGSACSLLCCCGRDPSEEHSLLVN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_065 IAQCQDSPTSGKFRRGSGSACSLLCCCGRDPSEEHSLLVN 550 560 570 580 >>XP_011539489 (OMIM: 607399) PREDICTED: mucolipin-2 iso (538 aa) initn: 1666 init1: 758 opt: 1673 Z-score: 1689.8 bits: 322.5 E(85289): 2.2e-87 Smith-Waterman score: 1771; 49.4% identity (77.7% similar) in 543 aa overlap (37-575:9-533) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 PRGSETERLLTPNPGYGTQAGPSPAPPTPPEEEDLRRRLKYFFMSPCDKFRAKGRKPCKL .:: ::. ::..:::::.:.::. . : :: XP_011 MAHRDSEMKEECLREDLKFYFMSPCEKYRARRQIPWKL 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 MLQVVKILVVTVQLILFGLSNQLAVTFREENTIAFRHLFLLGYSDGADDTFA--AYTREQ ::..::..::.::. :::::::.:.:.:.::.::.:::: ::: .: .. .::.:. 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NP_694 QQ-KSILVWLFSRLYLYSFISLFIYMILSLFIALITDSYDTIKKFQQNGFPETDLQEFLK 480 490 500 510 520 530 550 560 570 580 pF1KE4 QCQDSPTSGKFRRGSGSACSLLCCCGRDPSEEHSLLVN .:. .. .... :.. : .:: : :..: NP_694 ECS---SKEEYQKESSAFLSCICCRRRKRSDDHLIPIS 540 550 560 >>NP_001240622 (OMIM: 607400) mucolipin-3 isoform 2 [Hom (497 aa) initn: 1818 init1: 887 opt: 1619 Z-score: 1635.8 bits: 312.4 E(85289): 2.2e-84 Smith-Waterman score: 1723; 50.9% identity (71.7% similar) in 544 aa overlap (34-569:27-497) 10 20 30 40 50 pF1KE4 PAGPRGSETERLLTPNPGYGTQAGPSPAPPTPPEE---ED-LRRRLKYFFMSPCDKFRAK .: :: :: .::.::.:::.::.:: :. 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NP_001 TFAKMQQ---KSYLVWLFSRIYLYSFISLFIYMILSLFIALITDTYETIKQYQQDGFPET 410 420 430 440 450 460 540 550 560 570 580 pF1KE4 ELQAYIAQCQDSPTSGKFRRGSGSACSLLCCCGRDPSEEHSLLVN ::...:..:.: :.:::.: . ::.::: . NP_001 ELRTFISECKDLPNSGKYRLEDDPPVSLFCCCKK 470 480 490 >>XP_011540042 (OMIM: 607400) PREDICTED: mucolipin-3 iso (521 aa) initn: 1818 init1: 887 opt: 1619 Z-score: 1635.5 bits: 312.4 E(85289): 2.3e-84 Smith-Waterman score: 1723; 50.9% identity (71.7% similar) in 544 aa overlap (34-569:51-521) 10 20 30 40 50 pF1KE4 PAGPRGSETERLLTPNPGYGTQAGPSPAPPTPPEE---ED-LRRRLKYFFMSPCDKFRAK .: :: :: .::.::.:::.::.:: :. 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XP_005 KAINLQTVRHQELPDCYDFTLTITFDNKAHSGRIKISLDNDISIRECKDWHVSGSIQKNT 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 SFRLLFDVVVILTCSLSFLLCARSLLRGFLLQNEFVGFMWRQRGRVISLWERLEFVNGWY . ..::. ::::: .:..:: ::..::. ::.:::.:. . . .:. ...::::::: XP_005 HYMMIFDAFVILTCLVSLILCIRSVIRGLQLQQEFVNFFLLHYKKEVSVSDQMEFVNGWY 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 ILLVTSDVLTISGTIMKIGIEAKNLASYDVCSILLGTSTLLVWVGVIRYLTFFHNYNILI :... ::.::: :.:.:. :.::.:.:::::::::::::.:::.:::::: :: .::.:: XP_005 IMIIISDILTIIGSILKMEIQAKSLTSYDVCSILLGTSTMLVWLGVIRYLGFFAKYNLLI 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 ATLRVALPSVMRFCCCVAVIYLGYCFCGWIVLGPYHVKFRSLSMVSECLFSLINGDDMFV ::..:::.:.:::::.:.::::::::::::::::: :::::.::::::::::::::::. XP_005 LTLQAALPNVIRFCCCAAMIYLGYCFCGWIVLGPYHDKFRSLNMVSECLFSLINGDDMFA 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KE4 TFAAMQAQQGRSSLVWLFSQLYLYSFISLFIYMVLSLFIALITGAYDTIKHPGGAGAEES ::: :: .: ::::::..::::::::::::.::::::::: .:.:::. : :. 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