Result of FASTA (omim) for
pFN21AB7613
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7613, 303 aa
1>>>pF1KB7613 303 - 303 aa - 303 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.0851+/-0.000476; mu= -24.0563+/- 0.028
mean_var=694.3805+/-155.966, 0's: 0 Z-trim(120.6): 845 B-trim: 1520 in 1/57
Lambda= 0.048672
statistics sampled from 34547 (35977) to 34547 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.751), E-opt: 0.2 (0.422), width: 16
Scan time: 7.350
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000066 (OMIM: 123829,609048) cyclin-dependent k ( 303) 2058 159.5 7.5e-39
NP_001138778 (OMIM: 603368,616080) cyclin-dependen ( 326) 1396 113.1 7.7e-25
XP_006715898 (OMIM: 603368,616080) PREDICTED: cycl ( 326) 1396 113.1 7.7e-25
NP_001250 (OMIM: 603368,616080) cyclin-dependent k ( 326) 1396 113.1 7.7e-25
NP_001249 (OMIM: 123828) cyclin-dependent kinase 3 ( 305) 801 71.3 2.8e-12
NP_001777 (OMIM: 116940) cyclin-dependent kinase 1 ( 297) 787 70.3 5.4e-12
XP_005270360 (OMIM: 116940) PREDICTED: cyclin-depe ( 297) 787 70.3 5.4e-12
NP_001307847 (OMIM: 116940) cyclin-dependent kinas ( 297) 787 70.3 5.4e-12
NP_001789 (OMIM: 116953) cyclin-dependent kinase 2 ( 298) 743 67.2 4.6e-11
XP_006721373 (OMIM: 603464) PREDICTED: cyclin-depe ( 343) 721 65.7 1.5e-10
NP_443714 (OMIM: 603464) cyclin-dependent kinase 1 ( 360) 721 65.7 1.5e-10
NP_277022 (OMIM: 176873) cyclin-dependent kinase 1 ( 526) 708 65.0 3.7e-10
NP_277025 (OMIM: 176873) cyclin-dependent kinase 1 ( 565) 708 65.0 3.8e-10
XP_011540798 (OMIM: 176873) PREDICTED: cyclin-depe ( 578) 708 65.1 3.9e-10
NP_277024 (OMIM: 176873) cyclin-dependent kinase 1 ( 748) 708 65.2 4.6e-10
XP_011540797 (OMIM: 176873) PREDICTED: cyclin-depe ( 760) 708 65.2 4.6e-10
XP_016858417 (OMIM: 176873) PREDICTED: cyclin-depe ( 761) 708 65.2 4.6e-10
XP_016858416 (OMIM: 176873) PREDICTED: cyclin-depe ( 770) 708 65.2 4.7e-10
XP_011540796 (OMIM: 176873) PREDICTED: cyclin-depe ( 770) 708 65.2 4.7e-10
NP_277071 (OMIM: 116951) cyclin-dependent kinase 1 ( 770) 708 65.2 4.7e-10
NP_001278274 (OMIM: 176873) cyclin-dependent kinas ( 772) 708 65.2 4.7e-10
NP_001300911 (OMIM: 116951) cyclin-dependent kinas ( 779) 708 65.2 4.7e-10
NP_076916 (OMIM: 116951) cyclin-dependent kinase 1 ( 780) 708 65.2 4.7e-10
XP_016858415 (OMIM: 176873) PREDICTED: cyclin-depe ( 781) 708 65.2 4.7e-10
NP_277021 (OMIM: 176873) cyclin-dependent kinase 1 ( 782) 708 65.2 4.7e-10
NP_001300825 (OMIM: 116951) cyclin-dependent kinas ( 783) 708 65.2 4.7e-10
XP_006711128 (OMIM: 176873) PREDICTED: cyclin-depe ( 785) 708 65.2 4.7e-10
XP_016858414 (OMIM: 176873) PREDICTED: cyclin-depe ( 791) 708 65.2 4.8e-10
XP_011540795 (OMIM: 176873) PREDICTED: cyclin-depe ( 794) 708 65.2 4.8e-10
NP_001778 (OMIM: 176873) cyclin-dependent kinase 1 ( 795) 708 65.2 4.8e-10
XP_011540794 (OMIM: 176873) PREDICTED: cyclin-depe ( 804) 708 65.2 4.8e-10
XP_011540793 (OMIM: 176873) PREDICTED: cyclin-depe ( 804) 708 65.2 4.8e-10
XP_011540792 (OMIM: 176873) PREDICTED: cyclin-depe ( 804) 708 65.2 4.8e-10
XP_016879296 (OMIM: 603464) PREDICTED: cyclin-depe ( 337) 675 62.5 1.4e-09
XP_006721371 (OMIM: 603464) PREDICTED: cyclin-depe ( 354) 675 62.5 1.4e-09
NP_004926 (OMIM: 123831,616342) cyclin-dependent-l ( 292) 651 60.7 4e-09
NP_001790 (OMIM: 601955) cyclin-dependent kinase 7 ( 346) 650 60.7 4.7e-09
NP_997667 (OMIM: 169190) cyclin-dependent kinase 1 ( 474) 639 60.1 9.9e-09
NP_002587 (OMIM: 169190) cyclin-dependent kinase 1 ( 474) 639 60.1 9.9e-09
NP_997668 (OMIM: 169190) cyclin-dependent kinase 1 ( 504) 639 60.1 1e-08
NP_443713 (OMIM: 603464) cyclin-dependent kinase 1 ( 272) 630 59.2 1.1e-08
XP_016879299 (OMIM: 603464) PREDICTED: cyclin-depe ( 272) 630 59.2 1.1e-08
XP_011507904 (OMIM: 169190) PREDICTED: cyclin-depe ( 542) 639 60.2 1.1e-08
XP_016856912 (OMIM: 169190) PREDICTED: cyclin-depe ( 572) 639 60.2 1.1e-08
NP_001153839 (OMIM: 603464) cyclin-dependent kinas ( 289) 630 59.2 1.1e-08
XP_016879297 (OMIM: 603464) PREDICTED: cyclin-depe ( 289) 630 59.2 1.1e-08
NP_002586 (OMIM: 603440) cyclin-dependent kinase 1 ( 523) 637 60.0 1.2e-08
XP_016874894 (OMIM: 603440) PREDICTED: cyclin-depe ( 523) 637 60.0 1.2e-08
XP_016874895 (OMIM: 603440) PREDICTED: cyclin-depe ( 523) 637 60.0 1.2e-08
NP_001163935 (OMIM: 603440) cyclin-dependent kinas ( 523) 637 60.0 1.2e-08
>>NP_000066 (OMIM: 123829,609048) cyclin-dependent kinas (303 aa)
initn: 2058 init1: 2058 opt: 2058 Z-score: 818.5 bits: 159.5 E(85289): 7.5e-39
Smith-Waterman score: 2058; 100.0% identity (100.0% similar) in 303 aa overlap (1-303:1-303)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 MRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQMALTPVVVTLWY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQMALTPVVVTLWY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 RAPEVLLQSTYATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDWPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RAPEVLLQSTYATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDWPR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 DVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYLHKDEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYLHKDEG
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 NPE
:::
NP_000 NPE
>>NP_001138778 (OMIM: 603368,616080) cyclin-dependent ki (326 aa)
initn: 1370 init1: 1242 opt: 1396 Z-score: 566.9 bits: 113.1 E(85289): 7.7e-25
Smith-Waterman score: 1396; 70.2% identity (88.0% similar) in 299 aa overlap (2-299:9-304)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARD-PHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPIS
: ..:: ::::: :::: :.:::: ..:.::::: ::: .: :.:.:
NP_001 MEKDGLCRADQQYECVAEIGEGAYGKVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEE---GMPLS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 TVREVALLRRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGL
:.::::.::.::.:::::::::.:::..:::::: :.::::::::::: :::::.: ::.
NP_001 TIREVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 PAETIKDLMRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQMALT
:.:::::.: :.::::::::.. .:::::::.::::::.: .::::::::::::.:::::
NP_001 PTETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMALT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PVVVTLWYRAPEVLLQSTYATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGL
::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::::: :.:..::::::.:.:::
NP_001 SVVVTLWYRAPEVLLQSSYATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 PPEDDWPRDVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQH
: :.::::::.::: :: .. .:... : ...: : .:::. ::::: :::::. ::.:
NP_001 PGEEDWPRDVALPRQAFHSKSAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSALSH
240 250 260 270 280 290
300
pF1KB7 SYLHKDEGNPE
:.. :
NP_001 PYFQDLERCKENLDSHLPPSQNTSELNTA
300 310 320
>>XP_006715898 (OMIM: 603368,616080) PREDICTED: cyclin-d (326 aa)
initn: 1370 init1: 1242 opt: 1396 Z-score: 566.9 bits: 113.1 E(85289): 7.7e-25
Smith-Waterman score: 1396; 70.2% identity (88.0% similar) in 299 aa overlap (2-299:9-304)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARD-PHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPIS
: ..:: ::::: :::: :.:::: ..:.::::: ::: .: :.:.:
XP_006 MEKDGLCRADQQYECVAEIGEGAYGKVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEE---GMPLS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 TVREVALLRRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGL
:.::::.::.::.:::::::::.:::..:::::: :.::::::::::: :::::.: ::.
XP_006 TIREVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 PAETIKDLMRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQMALT
:.:::::.: :.::::::::.. .:::::::.::::::.: .::::::::::::.:::::
XP_006 PTETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMALT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PVVVTLWYRAPEVLLQSTYATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGL
::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::::: :.:..::::::.:.:::
XP_006 SVVVTLWYRAPEVLLQSSYATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 PPEDDWPRDVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQH
: :.::::::.::: :: .. .:... : ...: : .:::. ::::: :::::. ::.:
XP_006 PGEEDWPRDVALPRQAFHSKSAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSALSH
240 250 260 270 280 290
300
pF1KB7 SYLHKDEGNPE
:.. :
XP_006 PYFQDLERCKENLDSHLPPSQNTSELNTA
300 310 320
>>NP_001250 (OMIM: 603368,616080) cyclin-dependent kinas (326 aa)
initn: 1370 init1: 1242 opt: 1396 Z-score: 566.9 bits: 113.1 E(85289): 7.7e-25
Smith-Waterman score: 1396; 70.2% identity (88.0% similar) in 299 aa overlap (2-299:9-304)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARD-PHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPIS
: ..:: ::::: :::: :.:::: ..:.::::: ::: .: :.:.:
NP_001 MEKDGLCRADQQYECVAEIGEGAYGKVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEE---GMPLS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 TVREVALLRRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGL
:.::::.::.::.:::::::::.:::..:::::: :.::::::::::: :::::.: ::.
NP_001 TIREVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 PAETIKDLMRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQMALT
:.:::::.: :.::::::::.. .:::::::.::::::.: .::::::::::::.:::::
NP_001 PTETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMALT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PVVVTLWYRAPEVLLQSTYATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGL
::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::::: :.:..::::::.:.:::
NP_001 SVVVTLWYRAPEVLLQSSYATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 PPEDDWPRDVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQH
: :.::::::.::: :: .. .:... : ...: : .:::. ::::: :::::. ::.:
NP_001 PGEEDWPRDVALPRQAFHSKSAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSALSH
240 250 260 270 280 290
300
pF1KB7 SYLHKDEGNPE
:.. :
NP_001 PYFQDLERCKENLDSHLPPSQNTSELNTA
300 310 320
>>NP_001249 (OMIM: 123828) cyclin-dependent kinase 3 [Ho (305 aa)
initn: 726 init1: 277 opt: 801 Z-score: 341.4 bits: 71.3 E(85289): 2.8e-12
Smith-Waterman score: 886; 45.5% identity (73.1% similar) in 301 aa overlap (6-302:4-293)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALL
.. : .:: :.::.::::.. ..:..::::..:. :.: ...::..::
NP_001 MDMFQKVEKIGEGTYGVVYKAKNRETGQLVALKKIRLDLEM---EGVPSTAIREISLL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDL
..:. :::.:::.:: . : :. :::: ..:::. :.:..: :: . ::.
NP_001 KELK---HPNIVRLLDVVHNER-----KLYLVFEFLSQDLKKYMDSTPGSELPLHLIKSY
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB7 MRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQM-ALTPVVVTLW
. :.:.:..: :.. ..::::::.:.:.. :..::::::::: .. . . : :::::
NP_001 LFQLLQGVSFCHSHRVIHRDLKPQNLLINELGAIKLADFGLARAFGVPLRTYTHEVVTLW
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 YRAPEVLLQST-YATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDW
:::::.:: : :.: ::.::.::::::: :: :: :.:: ::: .:: ..: : :: :
NP_001 YRAPEILLGSKFYTTAVDIWSIGCIFAEMVTRKALFPGDSEIDQLFRIFRMLGTPSEDTW
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 PRDVSLP--RGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYLH
: ..:: .:.:: . .. .::..: : .::...: ..: .::.: :: : :.
NP_001 PGVTQLPDYKGSFPKWTRKGLEEIVPNLEPEGRDLLMQLLQYDPSQRITAKTALAHPYFS
230 240 250 260 270 280
300
pF1KB7 KDEGNPE
. : .:
NP_001 SPEPSPAARQYVLQRFRH
290 300
>>NP_001777 (OMIM: 116940) cyclin-dependent kinase 1 iso (297 aa)
initn: 611 init1: 217 opt: 787 Z-score: 336.2 bits: 70.3 E(85289): 5.4e-12
Smith-Waterman score: 787; 43.2% identity (70.9% similar) in 296 aa overlap (6-296:4-288)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALL
: . .:: :.::.:::.: .:. ::.:..:. . : .: ...::..::
NP_001 MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVVAMKKIRLESEEEG---VPSTAIREISLL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB7 RRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPG-LPAETIKD
..:. :::.: :.:: .. .. :.:: ...::. :::. :: . . .:.
NP_001 KELR---HPNIVSLQDVLM-----QDSRLYLIFEFLSMDLKKYLDSIPPGQYMDSSLVKS
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
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290
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.
XP_005 NDLDNQIKKM
290
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.
NP_001 NDLDNQIKKM
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.: .:
NP_001 QDVTKPVPHLRL
290
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]