Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7613
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7613, 303 aa
1>>>pF1KB7613 303 - 303 aa - 303 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5624+/-0.000916; mu= -0.4999+/- 0.053
mean_var=272.5080+/-61.824, 0's: 0 Z-trim(113.2): 576 B-trim: 3 in 1/50
Lambda= 0.077693
statistics sampled from 13071 (13832) to 13071 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.76), E-opt: 0.2 (0.425), width: 16
Scan time: 2.870
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8953.1 CDK4 gene_id:1019|Hs108|chr12 ( 303) 2058 243.8 1.2e-64
CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs108|chr7 ( 326) 1396 169.6 2.8e-42
CCDS11736.1 CDK3 gene_id:1018|Hs108|chr17 ( 305) 801 102.9 3.2e-22
CCDS44408.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10 ( 297) 787 101.3 9.2e-22
CCDS8898.1 CDK2 gene_id:1017|Hs108|chr12 ( 298) 743 96.4 2.8e-20
CCDS10984.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16 ( 360) 721 94.0 1.8e-19
CCDS72682.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 ( 748) 708 92.9 7.9e-19
CCDS44043.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 770) 708 92.9 8e-19
CCDS81254.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 779) 708 92.9 8.1e-19
CCDS44042.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 780) 708 92.9 8.1e-19
CCDS72684.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 ( 782) 708 92.9 8.1e-19
CCDS81253.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 783) 708 92.9 8.1e-19
CCDS72683.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 ( 795) 708 93.0 8.2e-19
CCDS47748.1 CDK5 gene_id:1020|Hs108|chr7 ( 292) 651 86.1 3.5e-17
CCDS3999.1 CDK7 gene_id:1022|Hs108|chr5 ( 346) 650 86.0 4.3e-17
CCDS44300.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1 ( 474) 639 85.0 1.2e-16
CCDS1454.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1 ( 504) 639 85.0 1.3e-16
CCDS9061.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12 ( 523) 637 84.8 1.5e-16
CCDS53819.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12 ( 523) 637 84.8 1.5e-16
CCDS32514.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16 ( 272) 630 83.7 1.7e-16
CCDS14276.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX ( 496) 619 82.7 6e-16
CCDS48101.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX ( 502) 619 82.8 6.1e-16
CCDS55408.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX ( 570) 619 82.8 6.6e-16
CCDS5462.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7 (1452) 627 84.2 6.6e-16
CCDS5461.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7 (1512) 627 84.2 6.8e-16
CCDS45666.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17 (1481) 624 83.8 8.5e-16
CCDS11337.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17 (1490) 624 83.8 8.5e-16
CCDS11224.2 NLK gene_id:51701|Hs108|chr17 ( 527) 591 79.6 5.5e-15
CCDS6879.1 CDK9 gene_id:1025|Hs108|chr9 ( 372) 572 77.3 1.9e-14
CCDS75398.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6 ( 583) 575 77.9 2e-14
CCDS4516.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6 ( 623) 575 77.9 2.1e-14
CCDS75399.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6 ( 648) 575 77.9 2.2e-14
CCDS4949.1 ICK gene_id:22858|Hs108|chr6 ( 632) 567 77.0 4e-14
CCDS2350.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 384) 559 75.9 5.4e-14
CCDS58746.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 400) 559 75.9 5.5e-14
CCDS58747.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 429) 559 76.0 5.8e-14
CCDS75628.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 340) 553 75.2 7.9e-14
CCDS75627.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 423) 553 75.3 9.1e-14
CCDS5619.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 451) 553 75.3 9.5e-14
CCDS75626.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 469) 553 75.3 9.8e-14
CCDS35060.1 CDK20 gene_id:23552|Hs108|chr9 ( 346) 545 74.3 1.5e-13
CCDS14090.1 MAPK11 gene_id:5600|Hs108|chr22 ( 364) 513 70.7 1.9e-12
CCDS4815.1 MAPK14 gene_id:1432|Hs108|chr6 ( 360) 503 69.6 4e-12
CCDS4816.1 MAPK14 gene_id:1432|Hs108|chr6 ( 360) 498 69.0 5.9e-12
CCDS42437.1 MAPK4 gene_id:5596|Hs108|chr18 ( 587) 496 69.0 9.5e-12
CCDS10147.1 MAPK6 gene_id:5597|Hs108|chr15 ( 721) 495 69.0 1.2e-11
CCDS83002.1 CDK7 gene_id:1022|Hs108|chr5 ( 253) 483 67.2 1.5e-11
CCDS33184.1 CDKL4 gene_id:344387|Hs108|chr2 ( 315) 484 67.4 1.6e-11
CCDS11206.1 MAPK7 gene_id:5598|Hs108|chr17 ( 816) 483 67.7 3.3e-11
CCDS47265.1 CDKL3 gene_id:51265|Hs108|chr5 ( 455) 473 66.3 4.8e-11
>>CCDS8953.1 CDK4 gene_id:1019|Hs108|chr12 (303 aa)
initn: 2058 init1: 2058 opt: 2058 Z-score: 1274.0 bits: 243.8 E(32554): 1.2e-64
Smith-Waterman score: 2058; 100.0% identity (100.0% similar) in 303 aa overlap (1-303:1-303)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 RRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 MRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQMALTPVVVTLWY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 MRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQMALTPVVVTLWY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 RAPEVLLQSTYATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDWPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 RAPEVLLQSTYATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDWPR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 DVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYLHKDEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 DVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYLHKDEG
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 NPE
:::
CCDS89 NPE
>>CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs108|chr7 (326 aa)
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Smith-Waterman score: 1396; 70.2% identity (88.0% similar) in 299 aa overlap (2-299:9-304)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARD-PHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPIS
: ..:: ::::: :::: :.:::: ..:.::::: ::: .: :.:.:
CCDS56 MEKDGLCRADQQYECVAEIGEGAYGKVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEE---GMPLS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 TVREVALLRRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGL
:.::::.::.::.:::::::::.:::..:::::: :.::::::::::: :::::.: ::.
CCDS56 TIREVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 PAETIKDLMRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQMALT
:.:::::.: :.::::::::.. .:::::::.::::::.: .::::::::::::.:::::
CCDS56 PTETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMALT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PVVVTLWYRAPEVLLQSTYATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGL
::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::::: :.:..::::::.:.:::
CCDS56 SVVVTLWYRAPEVLLQSSYATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 PPEDDWPRDVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQH
: :.::::::.::: :: .. .:... : ...: : .:::. ::::: :::::. ::.:
CCDS56 PGEEDWPRDVALPRQAFHSKSAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSALSH
240 250 260 270 280 290
300
pF1KB7 SYLHKDEGNPE
:.. :
CCDS56 PYFQDLERCKENLDSHLPPSQNTSELNTA
300 310 320
>>CCDS11736.1 CDK3 gene_id:1018|Hs108|chr17 (305 aa)
initn: 726 init1: 277 opt: 801 Z-score: 512.5 bits: 102.9 E(32554): 3.2e-22
Smith-Waterman score: 886; 45.5% identity (73.1% similar) in 301 aa overlap (6-302:4-293)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALL
.. : .:: :.::.::::.. ..:..::::..:. :.: ...::..::
CCDS11 MDMFQKVEKIGEGTYGVVYKAKNRETGQLVALKKIRLDLEM---EGVPSTAIREISLL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDL
..:. :::.:::.:: . : :. :::: ..:::. :.:..: :: . ::.
CCDS11 KELK---HPNIVRLLDVVHNER-----KLYLVFEFLSQDLKKYMDSTPGSELPLHLIKSY
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130 140 150 160 170
pF1KB7 MRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQM-ALTPVVVTLW
. :.:.:..: :.. ..::::::.:.:.. :..::::::::: .. . . : :::::
CCDS11 LFQLLQGVSFCHSHRVIHRDLKPQNLLINELGAIKLADFGLARAFGVPLRTYTHEVVTLW
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 YRAPEVLLQST-YATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDW
:::::.:: : :.: ::.::.::::::: :: :: :.:: ::: .:: ..: : :: :
CCDS11 YRAPEILLGSKFYTTAVDIWSIGCIFAEMVTRKALFPGDSEIDQLFRIFRMLGTPSEDTW
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 PRDVSLP--RGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYLH
: ..:: .:.:: . .. .::..: : .::...: ..: .::.: :: : :.
CCDS11 PGVTQLPDYKGSFPKWTRKGLEEIVPNLEPEGRDLLMQLLQYDPSQRITAKTALAHPYFS
230 240 250 260 270 280
300
pF1KB7 KDEGNPE
. : .:
CCDS11 SPEPSPAARQYVLQRFRH
290 300
>>CCDS44408.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10 (297 aa)
initn: 611 init1: 217 opt: 787 Z-score: 504.2 bits: 101.3 E(32554): 9.2e-22
Smith-Waterman score: 787; 43.2% identity (70.9% similar) in 296 aa overlap (6-296:4-288)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALL
: . .:: :.::.:::.: .:. ::.:..:. . : .: ...::..::
CCDS44 MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVVAMKKIRLESEEEG---VPSTAIREISLL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB7 RRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPG-LPAETIKD
..:. :::.: :.:: .. .. :.:: ...::. :::. :: . . .:.
CCDS44 KELR---HPNIVSLQDVLM-----QDSRLYLIFEFLSMDLKKYLDSIPPGQYMDSSLVKS
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 LMRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQMAL-TPVVVTL
. :.:.:. : :. ..::::::.:.:. . ::.::::::::: .. . . : ::::
CCDS44 YLYQILQGIVFCHSRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLARAFGIPIRVYTHEVVTL
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 WYRAPEVLLQST-YATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDD
:::.::::: :. :.::::.::.: ::::. .:::: :.:: ::: .:: .: : ..
CCDS44 WYRSPEVLLGSARYSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEIDQLFRIFRALGTPNNEV
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 WPRDVSLP--RGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYL
::. :: ...:: : . : : ...:.: .:: .:: ..: ::::. ::.: :.
CCDS44 WPEVESLQDYKNTFPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLIYDPAKRISGKMALNHPYF
230 240 250 260 270 280
300
pF1KB7 HKDEGNPE
.
CCDS44 NDLDNQIKKM
290
>>CCDS8898.1 CDK2 gene_id:1017|Hs108|chr12 (298 aa)
initn: 781 init1: 261 opt: 743 Z-score: 477.5 bits: 96.4 E(32554): 2.8e-20
Smith-Waterman score: 833; 45.2% identity (71.1% similar) in 301 aa overlap (6-302:4-292)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALL
.. : .:: :.::.:::::. .:. ::::..:. . :.: ...::..::
CCDS88 MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTET---EGVPSTAIREISLL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDL
..:. :::.:.:.:: : : :. :::: . :::. ..: . :.: ::.
CCDS88 KELN---HPNIVKLLDVIHT-----ENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSY
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB7 MRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQM-ALTPVVVTLW
. :.:.:: : :.. ..::::::.:.:... :..::::::::: .. . . : :::::
CCDS88 LFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLW
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 YRAPEVLLQSTY-ATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDW
:::::.:: : .: ::.::.::::::: :. :: :.:: ::: .:: .: : : :
CCDS88 YRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVW
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 PRDVSLP--RGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYLH
: .:.: . .:: . . ..::: ..:.: .:: .:: ..:.::::: :: : ..
CCDS88 PGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFF-
230 240 250 260 270 280
300
pF1KB7 KDEGNPE
.: .:
CCDS88 QDVTKPVPHLRL
290
>>CCDS10984.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16 (360 aa)
initn: 579 init1: 190 opt: 721 Z-score: 463.2 bits: 94.0 E(32554): 1.8e-19
Smith-Waterman score: 721; 41.7% identity (69.9% similar) in 302 aa overlap (2-297:35-325)
10 20 30
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHF
.....: . .:: :.:: ::.::: .. ..
CCDS10 DLECEQIRLKCIRKEGFFTVPPEHRLGRCRSVKEFEKLNRIGEGTYGIVYRARDTQTDEI
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 VALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALLRRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTL
::::.::. . :.:::..::..:: ::. :::.:.: .: . .. . .. :
CCDS10 VALKKVRMDKEKD---GIPISSLREITLLLRLR---HPNIVELKEVVVGNHLE---SIFL
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 VFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDLMRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSG
:. . .::: . :.. : : :. .: .. : ::::..:: : :.::::: :.:.:.
CCDS10 VMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQ-VKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIHRDLKVSNLLMTDK
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KB7 GTVKLADFGLARIYSYQMA-LTPVVVTLWYRAPEVLL-QSTYATPVDMWSVGCIFAEMFR
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270 280 290 300
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]