Result of FASTA (omim) for pFN21AB5481
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5481, 453 aa
  1>>>pF1KB5481 453 - 453 aa - 453 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0680+/-0.000395; mu= 19.4312+/- 0.025
 mean_var=64.5406+/-13.165, 0's: 0 Z-trim(111.7): 20  B-trim: 0 in 0/55
 Lambda= 0.159646
 statistics sampled from 20416 (20430) to 20416 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.605), E-opt: 0.2 (0.24), width:  16
 Scan time:  6.480

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_003357 (OMIM: 191329,615160) cytochrome b-c1 co ( 453) 2887 673.9 2.5e-193
NP_004270 (OMIM: 603131) mitochondrial-processing  ( 489)  443 111.0 7.4e-24
XP_006716244 (OMIM: 603131) PREDICTED: mitochondri ( 506)  437 109.6   2e-23
XP_005250774 (OMIM: 603131) PREDICTED: mitochondri ( 508)  437 109.6   2e-23
NP_003356 (OMIM: 191328) cytochrome b-c1 complex s ( 480)  370 94.2 8.4e-19
NP_055975 (OMIM: 213200,613036) mitochondrial-proc ( 525)  311 80.6 1.1e-14
XP_005266116 (OMIM: 213200,613036) PREDICTED: mito ( 563)  311 80.6 1.2e-14
NP_001269875 (OMIM: 213200,613036) mitochondrial-p ( 425)  203 55.7 2.9e-07
NP_001269873 (OMIM: 213200,613036) mitochondrial-p ( 394)  178 49.9 1.5e-05
XP_016870032 (OMIM: 213200,613036) PREDICTED: mito ( 343)  172 48.5 3.4e-05
XP_011516719 (OMIM: 213200,613036) PREDICTED: mito ( 381)  172 48.5 3.7e-05


>>NP_003357 (OMIM: 191329,615160) cytochrome b-c1 comple  (453 aa)
 initn: 2887 init1: 2887 opt: 2887  Z-score: 3592.0  bits: 673.9 E(85289): 2.5e-193
Smith-Waterman score: 2887; 100.0% identity (100.0% similar) in 453 aa overlap (1-453:1-453)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIASLENYSPVSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIASLENYSPVSR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 IGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 YTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 YTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 AYRNALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFLNM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AYRNALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFLNM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 RGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGDSLVHAAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGDSLVHAAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 RGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 IAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450   
pF1KB5 NADIINAAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL
       :::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NADIINAAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL
              430       440       450   

>>NP_004270 (OMIM: 603131) mitochondrial-processing pept  (489 aa)
 initn: 267 init1: 190 opt: 443  Z-score: 549.3  bits: 111.0 E(85289): 7.4e-24
Smith-Waterman score: 443; 24.7% identity (60.4% similar) in 437 aa overlap (21-448:41-475)

                         10        20        30        40        50
pF1KB5           MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIA
                                     ....: : . .  .  . . : : .:: .:
NP_004 SSAARRRLWGFSESLLIRGAAGRSLYFGENRLRSTQAATQVVLNVPETRVTCLESGLRVA
               20        30        40        50        60        70

               60        70        80        90       100       110
pF1KB5 SLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKL
       : ..   .  .::.: ::::::. .: ::.:.:.  .   ::  :.. .   :: .:..:
NP_004 SEDSGLSTCTVGLWIDAGSRYENEKNNGTAHFLEHMAFKGTKKRSQLDLELEIENMGAHL
               80        90       100       110       120       130

              120       130       140       150       160       170
pF1KB5 SVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQ
       .. ..::. .: .. .  :.   .:.: ..     . . :.   .  .  .   .  : :
NP_004 NAYTSREQTVYYAKAFSKDLPRAVEILADIIQNSTLGEAEIERERGVILREMQEVETNLQ
              140       150       160       170       180       190

              180        190       200       210       220         
pF1KB5 THVIENLHAAAYRN-ALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLG-VSHP
         :.. :::.::.: ::.  .  :   : ... ..:  .. .:. . :..: . : ::: 
NP_004 EVVFDYLHATAYQNTALGRTILGPTENIKSISRKDLVDYITTHYKGPRIVLAAAGGVSHD
              200       210       220       230       240       250

      230           240       250       260        270       280   
pF1KB5 VLKQVAE-QF---LNMRGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGD-SLVHAAFVAESAVAGSAEA
        : ..:. .:   :  . :   .    .. :.::: ..    :.: :...:..  .  ..
NP_004 ELLDLAKFHFGDSLCTHKGEIPALPPCKFTGSEIRVRDDKMPLAHLAIAVEAVGWAHPDT
              260       270       280       290       300       310

           290        300       310       320       330       340  
pF1KB5 NAFSVLQHVLGAGPH-VKRGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTIS
         . : . ..:   .    : : .:.: : . ...    . ..::.::.:.::.:.: . 
NP_004 ICLMVANTLIGNWDRSFGGGMNLSSKLAQLTCHGNLC-HSFQSFNTSYTDTGLWGLYMVC
              320       330       340        350       360         

            350       360       370       380       390       400  
pF1KB5 QATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALV
       ......:..... ..   .   ......:  :.: ::...:.....:  . :..: : : 
NP_004 ESSTVADMLHVVQKEWMRLCT-SVTESEVARARNLLKTNMLLQLDGSTPICEDIGRQMLC
     370       380       390        400       410       420        

            410       420       430        440       450           
pF1KB5 AGSYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQK-SMAASGNLGHTPFVDEL        
        .  .:   .  .::.:    : ..  :.. ... ..:: : . . :             
NP_004 YNRRIPIPELEARIDAVNAETIREVCTKYIYNRSPAIAAVGPIKQLPDFKQIRSNMCWLR
      430       440       450       460       470       480        

NP_004 D
        

>>XP_006716244 (OMIM: 603131) PREDICTED: mitochondrial-p  (506 aa)
 initn: 267 init1: 190 opt: 437  Z-score: 541.6  bits: 109.6 E(85289): 2e-23
Smith-Waterman score: 437; 24.3% identity (59.8% similar) in 440 aa overlap (21-452:41-478)

                         10        20        30        40        50
pF1KB5           MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIA
                                     ....: : . .  .  . . : : .:: .:
XP_006 SSAARRRLWGFSESLLIRGAAGRSLYFGENRLRSTQAATQVVLNVPETRVTCLESGLRVA
               20        30        40        50        60        70

               60        70        80        90       100       110
pF1KB5 SLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKL
       : ..   .  .::.: ::::::. .: ::.:.:.  .   ::  :.. .   :: .:..:
XP_006 SEDSGLSTCTVGLWIDAGSRYENEKNNGTAHFLEHMAFKGTKKRSQLDLELEIENMGAHL
               80        90       100       110       120       130

              120       130       140       150       160       170
pF1KB5 SVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQ
       .. ..::. .: .. .  :.   .:.: ..     . . :.   .  .  .   .  : :
XP_006 NAYTSREQTVYYAKAFSKDLPRAVEILADIIQNSTLGEAEIERERGVILREMQEVETNLQ
              140       150       160       170       180       190

              180        190       200       210       220         
pF1KB5 THVIENLHAAAYRN-ALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLG-VSHP
         :.. :::.::.: ::.  .  :   : ... ..:  .. .:. . :..: . : ::: 
XP_006 EVVFDYLHATAYQNTALGRTILGPTENIKSISRKDLVDYITTHYKGPRIVLAAAGGVSHD
              200       210       220       230       240       250

      230           240       250       260        270       280   
pF1KB5 VLKQVAE-QF---LNMRGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGD-SLVHAAFVAESAVAGSAEA
        : ..:. .:   :  . :   .    .. :.::: ..    :.: :...:..  .  ..
XP_006 ELLDLAKFHFGDSLCTHKGEIPALPPCKFTGSEIRVRDDKMPLAHLAIAVEAVGWAHPDT
              260       270       280       290       300       310

           290        300       310       320       330       340  
pF1KB5 NAFSVLQHVLGAGPH-VKRGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTIS
         . : . ..:   .    : : .:.: : . ...    . ..::.::.:.::.:.: . 
XP_006 ICLMVANTLIGNWDRSFGGGMNLSSKLAQLTCHGNLC-HSFQSFNTSYTDTGLWGLYMVC
              320       330       340        350       360         

            350       360       370       380       390       400  
pF1KB5 QATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALV
       ......:..... ..   .   ......:  :.: ::...:.....:  . :..: : : 
XP_006 ESSTVADMLHVVQKEWMRLCT-SVTESEVARARNLLKTNMLLQLDGSTPICEDIGRQMLC
     370       380       390        400       410       420        

            410       420       430       440       450            
pF1KB5 AGSYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL         
        .  .:   .  .::.:    : ..  :.. ...   :. . .:   . :          
XP_006 YNRRIPIPELEARIDAVNAETIREVCTKYIYNRSPAIAAVGYNHRSELHEWKWNKLFSKR
      430       440       450       460       470       480        

XP_006 QTISYSYVNILLPQPQPQ
      490       500      

>>XP_005250774 (OMIM: 603131) PREDICTED: mitochondrial-p  (508 aa)
 initn: 267 init1: 190 opt: 437  Z-score: 541.6  bits: 109.6 E(85289): 2e-23
Smith-Waterman score: 437; 24.3% identity (59.8% similar) in 440 aa overlap (21-452:41-478)

                         10        20        30        40        50
pF1KB5           MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIA
                                     ....: : . .  .  . . : : .:: .:
XP_005 SSAARRRLWGFSESLLIRGAAGRSLYFGENRLRSTQAATQVVLNVPETRVTCLESGLRVA
               20        30        40        50        60        70

               60        70        80        90       100       110
pF1KB5 SLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKL
       : ..   .  .::.: ::::::. .: ::.:.:.  .   ::  :.. .   :: .:..:
XP_005 SEDSGLSTCTVGLWIDAGSRYENEKNNGTAHFLEHMAFKGTKKRSQLDLELEIENMGAHL
               80        90       100       110       120       130

              120       130       140       150       160       170
pF1KB5 SVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQ
       .. ..::. .: .. .  :.   .:.: ..     . . :.   .  .  .   .  : :
XP_005 NAYTSREQTVYYAKAFSKDLPRAVEILADIIQNSTLGEAEIERERGVILREMQEVETNLQ
              140       150       160       170       180       190

              180        190       200       210       220         
pF1KB5 THVIENLHAAAYRN-ALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLG-VSHP
         :.. :::.::.: ::.  .  :   : ... ..:  .. .:. . :..: . : ::: 
XP_005 EVVFDYLHATAYQNTALGRTILGPTENIKSISRKDLVDYITTHYKGPRIVLAAAGGVSHD
              200       210       220       230       240       250

      230           240       250       260        270       280   
pF1KB5 VLKQVAE-QF---LNMRGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGD-SLVHAAFVAESAVAGSAEA
        : ..:. .:   :  . :   .    .. :.::: ..    :.: :...:..  .  ..
XP_005 ELLDLAKFHFGDSLCTHKGEIPALPPCKFTGSEIRVRDDKMPLAHLAIAVEAVGWAHPDT
              260       270       280       290       300       310

           290        300       310       320       330       340  
pF1KB5 NAFSVLQHVLGAGPH-VKRGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTIS
         . : . ..:   .    : : .:.: : . ...    . ..::.::.:.::.:.: . 
XP_005 ICLMVANTLIGNWDRSFGGGMNLSSKLAQLTCHGNLC-HSFQSFNTSYTDTGLWGLYMVC
              320       330       340        350       360         

            350       360       370       380       390       400  
pF1KB5 QATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALV
       ......:..... ..   .   ......:  :.: ::...:.....:  . :..: : : 
XP_005 ESSTVADMLHVVQKEWMRLCT-SVTESEVARARNLLKTNMLLQLDGSTPICEDIGRQMLC
     370       380       390        400       410       420        

            410       420       430       440       450            
pF1KB5 AGSYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL         
        .  .:   .  .::.:    : ..  :.. ...   :. . .:   . :          
XP_005 YNRRIPIPELEARIDAVNAETIREVCTKYIYNRSPAIAAVGYNHRSELHEWKWNKLFSKR
      430       440       450       460       470       480        

XP_005 QTISYSYVNILLPQPQPQYV
      490       500        

>>NP_003356 (OMIM: 191328) cytochrome b-c1 complex subun  (480 aa)
 initn: 190 init1: 190 opt: 370  Z-score: 458.6  bits: 94.2 E(85289): 8.4e-19
Smith-Waterman score: 379; 23.7% identity (57.6% similar) in 469 aa overlap (2-448:15-466)

                            10        20        30        40       
pF1KB5              MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGL
                     ..: ::    :  .:  .: ...::. : :     . . . : :::
NP_003 MAASVVCRAATAGAQVLLRA---RRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGL
               10        20           30        40        50       

        50        60        70        80        90       100       
pF1KB5 VIASLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVG
        .:: .. .:.  .:..: .:::.:  .: :. ..:.  .   ::.  .  . . .:..:
NP_003 RVASEQSSQPTCTVGVWIDVGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMG
        60        70        80        90       100       110       

       110       120       130       140       150       160       
pF1KB5 GKLSVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQ
       ..:.. .:::. :: .. :  :.   .:.: ...    ..       . :.. .. : ..
NP_003 AHLNAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLE-------DSQIEKERDVILR
       120       130       140       150              160       170

       170              180        190       200       210         
pF1KB5 NPQTH------VIEN-LHAAAYRNA-LANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMA
       . : .      :. : :::.:.... ::. .  :.  . :..  .:  ....:. . ::.
NP_003 EMQENDASMRDVVFNYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMV
              180       190       200       210       220       230

     220        230       240       250               260          
pF1KB5 LIGLG-VSHPVLKQVAEQFLNMRGGLGLSGAK--------ANYRGGEIREQNGDSL--VH
       : . : : :  : ..:.. :   ::.  . :.          . :.:::... :.:  .:
NP_003 LAAAGGVEHQQLLDLAQKHL---GGIPWTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIRHRD-DALPFAH
              240       250          260       270        280      

      270       280       290       300        310        320      
pF1KB5 AAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGS-NTTSHLHQ-AVAKATQQPFDVSAF
       .:...:.   .: .  :..: . ..:    .  :. . .: : . :::.   : :..  :
NP_003 VAIAVEGPGWASPDNVALQVANAIIGHYDCTYGGGVHLSSPLASGAVANKLCQSFQT--F
        290       300       310       320       330       340      

        330       340       350       360       370       380      
pF1KB5 NASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSV
       .  :...::.: . . .     :.. .  .:   .   . ....:  .:: :. . .  .
NP_003 SICYAETGLLGAHFVCDRMKIDDMMFVLQGQWMRLCT-SATESEVARGKNILRNALVSHL
          350       360       370       380        390       400   

        390       400       410       420       430        440     
pF1KB5 ESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQ-KSMAASGNLG
       ...    :..: . :. :  .: .   ..:  :  . . .  .:..  :  ..:. : . 
NP_003 DGTTPVCEDIGRSLLTYGRRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIE
           410       420       430       440       450       460   

         450            
pF1KB5 HTPFVDEL         
       . :              
NP_003 QLPDYNRIRSGMFWLRF
           470       480

>>NP_055975 (OMIM: 213200,613036) mitochondrial-processi  (525 aa)
 initn: 215 init1: 128 opt: 311  Z-score: 384.6  bits: 80.6 E(85289): 1.1e-14
Smith-Waterman score: 485; 25.1% identity (56.6% similar) in 479 aa overlap (9-453:29-506)

                                   10        20        30          
pF1KB5                     MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAP-P------
                                   .. :: :  . :..  ..   :.: :      
NP_055 MAAVVLAATRLLRGSGSWGCSRLRFGPPAYRRFSSGGAYPNIPLSSPLPGVPKPVFATVD
               10        20        30        40        50        60

              40        50        60        70        80         90
pF1KB5 -QPQ-DLEFTKLPNGLVIASLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLL-RLTSSLT
        : . . . : : ::: .:: ....    .:..:..:::::     : .:.: .:. : :
NP_055 GQEKFETKVTTLDNGLRVASQNKFGQFCTVGILINSGSRYEAKYLSGIAHFLEKLAFSST
               70        80        90       100       110       120

              100       110       120       130       140       150
pF1KB5 TKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWE
       ..  :. .:   .:  ::  .  ..:..  :.:      .: .. .: .:.  :..   :
NP_055 ARFDSKDEILLTLEKHGGICDCQTSRDTTMYAVSADSKGLDTVVALLADVVLQPRLTDEE
              130       140       150       160       170       180

                160       170       180        190       200       
pF1KB5 V--ADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAAAYR-NALANPLYCPDYRIGKVTSEELHY
       :  . .  :....      .:.  . : .: :::: :...   .::   ..:.. : :: 
NP_055 VEMTRMAVQFELEDLNLRPDPEPLLTEMIHEAAYRENTVGLHRFCPTENVAKINREVLHS
              190       200       210       220       230       240

       210       220       230        240       250             260
pF1KB5 FVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFL-NMRGGLGLSGAK------ANYRGGEIRE
       ...:..:  ::.: :.:: :  : . :...: ... . : . :       :.: ::  . 
NP_055 YLRNYYTPDRMVLAGVGVEHEHLVDCARKYLLGVQPAWGSAEAVDIDRSVAQYTGGIAKL
              250       260       270       280       290       300

                         270       280       290       300         
pF1KB5 QNGDS-----------LVHAAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGS---NTT
       .   :           :.:     ::      .   :.::. ..:.:   . :.   .  
NP_055 ERDMSNVSLGPTPIPELTHIMVGLESCSFLEEDFIPFAVLNMMMGGGGSFSAGGPGKGMF
              310       320       330       340       350       360

        310       320       330       340       350       360      
pF1KB5 SHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNL
       :.:.  : .  .  ....... :: :.::. :.. ..   . ....   ..   .. :..
NP_055 SRLYLNVLNRHHWMYNATSYHHSYEDTGLLCIHASADPRQVREMVEIITKEFILMG-GTV
              370       380       390       400       410          

        370       380       390       400       410       420      
pF1KB5 SNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVANADIIN
       ...... ::..: .  .:..::   ..:.:: :.:.. :   :  .   : .:   :.  
NP_055 DTVELERAKTQLTSMLMMNLESRPVIFEDVGRQVLATRSRKLPHELCTLIRNVKPEDVKR
     420       430       440       450       460       470         

        430       440       450                      
pF1KB5 AAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL                   
       .:.:.. :. ..:: :.:   :  ...                   
NP_055 VASKMLRGKPAVAALGDLTDLPTYEHIQTALSSKDGRLPRTYRLFR
     480       490       500       510       520     

>>XP_005266116 (OMIM: 213200,613036) PREDICTED: mitochon  (563 aa)
 initn: 256 init1: 128 opt: 311  Z-score: 384.1  bits: 80.6 E(85289): 1.2e-14
Smith-Waterman score: 427; 25.1% identity (56.3% similar) in 435 aa overlap (9-409:29-462)

                                   10        20        30          
pF1KB5                     MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAP-P------
                                   .. :: :  . :..  ..   :.: :      
XP_005 MAAVVLAATRLLRGSGSWGCSRLRFGPPAYRRFSSGGAYPNIPLSSPLPGVPKPVFATVD
               10        20        30        40        50        60

              40        50        60        70        80         90
pF1KB5 -QPQ-DLEFTKLPNGLVIASLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLL-RLTSSLT
        : . . . : : ::: .:: ....    .:..:..:::::     : .:.: .:. : :
XP_005 GQEKFETKVTTLDNGLRVASQNKFGQFCTVGILINSGSRYEAKYLSGIAHFLEKLAFSST
               70        80        90       100       110       120

              100       110       120       130       140       150
pF1KB5 TKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWE
       ..  :. .:   .:  ::  .  ..:..  :.:      .: .. .: .:.  :..   :
XP_005 ARFDSKDEILLTLEKHGGICDCQTSRDTTMYAVSADSKGLDTVVALLADVVLQPRLTDEE
              130       140       150       160       170       180

                160       170       180        190       200       
pF1KB5 V--ADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAAAYR-NALANPLYCPDYRIGKVTSEELHY
       :  . .  :....      .:.  . : .: :::: :...   .::   ..:.. : :: 
XP_005 VEMTRMAVQFELEDLNLRPDPEPLLTEMIHEAAYRENTVGLHRFCPTENVAKINREVLHS
              190       200       210       220       230       240

       210       220       230        240       250             260
pF1KB5 FVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFL-NMRGGLGLSGAK------ANYRGGEIRE
       ...:..:  ::.: :.:: :  : . :...: ... . : . :       :.: ::  . 
XP_005 YLRNYYTPDRMVLAGVGVEHEHLVDCARKYLLGVQPAWGSAEAVDIDRSVAQYTGGIAKL
              250       260       270       280       290       300

                         270       280       290       300         
pF1KB5 QNGDS-----------LVHAAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGS---NTT
       .   :           :.:     ::      .   :.::. ..:.:   . :.   .  
XP_005 ERDMSNVSLGPTPIPELTHIMVGLESCSFLEEDFIPFAVLNMMMGGGGSFSAGGPGKGMF
              310       320       330       340       350       360

        310       320       330       340       350       360      
pF1KB5 SHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNL
       :.:.  : .  .  ....... :: :.::. :.. ..   . ....   ..   .  :..
XP_005 SRLYLNVLNRHHWMYNATSYHHSYEDTGLLCIHASADPRQVREMVEIITKEF-ILMGGTV
              370       380       390       400       410          

        370       380       390       400       410       420      
pF1KB5 SNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVANADIIN
       ...... ::..: .  .:..::   ..:.:: :.:.. :   :                 
XP_005 DTVELERAKTQLTSMLMMNLESRPVIFEDVGRQVLATRSRKLPHELCTLIREYRRGSEGL
     420       430       440       450       460       470         

        430       440       450                                    
pF1KB5 AAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL                                 
                                                                   
XP_005 PQASARLRGGRLALPQAVVGLWYVHHTQNLGPSPVVLSRGGQGQGRGVADLVSLPGPTMH
     480       490       500       510       520       530         

>>NP_001269875 (OMIM: 213200,613036) mitochondrial-proce  (425 aa)
 initn: 183 init1: 128 opt: 203  Z-score: 251.5  bits: 55.7 E(85289): 2.9e-07
Smith-Waterman score: 367; 24.4% identity (56.9% similar) in 369 aa overlap (110-453:39-406)

      80        90       100       110       120        130        
pF1KB5 THLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMA-YTVECLRGDVDILMEFLL
                                     .:::: ... . :.:      .: .. .: 
NP_001 LLTFWKNWHFRLLLDLTAKMKFCLRWKSMGVSVTARHQDTTMYAVSADSKGLDTVVALLA
       10        20        30        40        50        60        

      140       150         160       170       180        190     
pF1KB5 NVTTAPEFRRWEV--ADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAAAYR-NALANPLYCPDY
       .:.  :..   ::  . .  :....      .:.  . : .: :::: :...   .::  
NP_001 DVVLQPRLTDEEVEMTRMAVQFELEDLNLRPDPEPLLTEMIHEAAYRENTVGLHRFCPTE
       70        80        90       100       110       120        

         200       210       220       230        240       250    
pF1KB5 RIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFL-NMRGGLGLSGAK----
        ..:.. : :: ...:..:  ::.: :.:: :  : . :...: ... . : . :     
NP_001 NVAKINREVLHSYLRNYYTPDRMVLAGVGVEHEHLVDCARKYLLGVQPAWGSAEAVDIDR
      130       140       150       160       170       180        

                260                  270       280       290       
pF1KB5 --ANYRGGEIREQNGDS-----------LVHAAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGP
         :.: ::  . .   :           :.:     ::      .   :.::. ..:.: 
NP_001 SVAQYTGGIAKLERDMSNVSLGPTPIPELTHIMVGLESCSFLEEDFIPFAVLNMMMGGGG
      190       200       210       220       230       240        

       300          310       320       330       340       350    
pF1KB5 HVKRGS---NTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAA
         . :.   .  :.:.  : .  .  ....... :: :.::. :.. ..   . ....  
NP_001 SFSAGGPGKGMFSRLYLNVLNRHHWMYNATSYHHSYEDTGLLCIHASADPRQVREMVEII
      250       260       270       280       290       300        

          360       370       380       390       400       410    
pF1KB5 YNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQ
        ..   .  :........ ::..: .  .:..::   ..:.:: :.:.. :   :  .  
NP_001 TKEF-ILMGGTVDTVELERAKTQLTSMLMMNLESRPVIFEDVGRQVLATRSRKLPHELCT
      310        320       330       340       350       360       

          420       430       440       450                      
pF1KB5 QIDSVANADIINAAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL                   
        : .:   :.  .:.:.. :. ..:: :.:   :  ...                   
NP_001 LIRNVKPEDVKRVASKMLRGKPAVAALGDLTDLPTYEHIQTALSSKDGRLPRTYRLFR
       370       380       390       400       410       420     

>>NP_001269873 (OMIM: 213200,613036) mitochondrial-proce  (394 aa)
 initn: 183 init1: 128 opt: 178  Z-score: 220.8  bits: 49.9 E(85289): 1.5e-05
Smith-Waterman score: 342; 24.0% identity (57.4% similar) in 338 aa overlap (138-453:39-375)

       110       120       130       140       150       160       
pF1KB5 GKLSVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQ
                                     ..::.  . .. :.. .  :....      
NP_001 LLTFWKNWHFRLLLDLTAKMKFCLRWKSMGVSVTARHQDEEVEMTRMAVQFELEDLNLRP
       10        20        30        40        50        60        

       170       180        190       200       210       220      
pF1KB5 NPQTHVIENLHAAAYR-NALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLGVS
       .:.  . : .: :::: :...   .::   ..:.. : :: ...:..:  ::.: :.:: 
NP_001 DPEPLLTEMIHEAAYRENTVGLHRFCPTENVAKINREVLHSYLRNYYTPDRMVLAGVGVE
       70        80        90       100       110       120        

        230        240       250             260                   
pF1KB5 HPVLKQVAEQFL-NMRGGLGLSGAK------ANYRGGEIREQNGDS-----------LVH
       :  : . :...: ... . : . :       :.: ::  . .   :           :.:
NP_001 HEHLVDCARKYLLGVQPAWGSAEAVDIDRSVAQYTGGIAKLERDMSNVSLGPTPIPELTH
      130       140       150       160       170       180        

      270       280       290       300          310       320     
pF1KB5 AAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGS---NTTSHLHQAVAKATQQPFDVSA
            ::      .   :.::. ..:.:   . :.   .  :.:.  : .  .  .....
NP_001 IMVGLESCSFLEEDFIPFAVLNMMMGGGGSFSAGGPGKGMFSRLYLNVLNRHHWMYNATS
      190       200       210       220       230       240        

         330       340       350       360       370       380     
pF1KB5 FNASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMS
       .. :: :.::. :.. ..   . ....   ..   .  :........ ::..: .  .:.
NP_001 YHHSYEDTGLLCIHASADPRQVREMVEIITKEF-ILMGGTVDTVELERAKTQLTSMLMMN
      250       260       270       280        290       300       

         390       400       410       420       430       440     
pF1KB5 VESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQKSMAASGNLG
       .::   ..:.:: :.:.. :   :  .   : .:   :.  .:.:.. :. ..:: :.: 
NP_001 LESRPVIFEDVGRQVLATRSRKLPHELCTLIRNVKPEDVKRVASKMLRGKPAVAALGDLT
       310       320       330       340       350       360       

         450                      
pF1KB5 HTPFVDEL                   
         :  ...                   
NP_001 DLPTYEHIQTALSSKDGRLPRTYRLFR
       370       380       390    

>>XP_016870032 (OMIM: 213200,613036) PREDICTED: mitochon  (343 aa)
 initn: 183 init1: 128 opt: 172  Z-score: 214.2  bits: 48.5 E(85289): 3.4e-05
Smith-Waterman score: 336; 24.5% identity (57.1% similar) in 319 aa overlap (157-453:7-324)

        130       140       150       160       170       180      
pF1KB5 RGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAAAYR-NA
                                     :....      .:.  . : .: :::: :.
XP_016                         MTRMAVQFELEDLNLRPDPEPLLTEMIHEAAYRENT
                                       10        20        30      

         190       200       210       220       230        240    
pF1KB5 LANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFL-NMRGGL
       ..   .::   ..:.. : :: ...:..:  ::.: :.:: :  : . :...: ... . 
XP_016 VGLHRFCPTENVAKINREVLHSYLRNYYTPDRMVLAGVGVEHEHLVDCARKYLLGVQPAW
         40        50        60        70        80        90      

          250             260                  270       280       
pF1KB5 GLSGAK------ANYRGGEIREQNGDS-----------LVHAAFVAESAVAGSAEANAFS
       : . :       :.: ::  . .   :           :.:     ::      .   :.
XP_016 GSAEAVDIDRSVAQYTGGIAKLERDMSNVSLGPTPIPELTHIMVGLESCSFLEEDFIPFA
        100       110       120       130       140       150      

       290       300          310       320       330       340    
pF1KB5 VLQHVLGAGPHVKRGS---NTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQA
       ::. ..:.:   . :.   .  :.:.  : .  .  ....... :: :.::. :.. .. 
XP_016 VLNMMMGGGGSFSAGGPGKGMFSRLYLNVLNRHHWMYNATSYHHSYEDTGLLCIHASADP
        160       170       180       190       200       210      

          350       360       370       380       390       400    
pF1KB5 TAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALVAG
         . ....   ..   .  :........ ::..: .  .:..::   ..:.:: :.:.. 
XP_016 RQVREMVEIITKEF-ILMGGTVDTVELERAKTQLTSMLMMNLESRPVIFEDVGRQVLATR
        220       230        240       250       260       270     

          410       420       430       440       450              
pF1KB5 SYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL           
       :   :  .   : .:   :.  .:.:.. :. ..:: :.:   :  ...           
XP_016 SRKLPHELCTLIRNVKPEDVKRVASKMLRGKPAVAALGDLTDLPTYEHIQTALSSKDGRL
         280       290       300       310       320       330     

XP_016 PRTYRLFR
         340   




453 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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