FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8596, 898 aa 1>>>pF1KB8596 898 - 898 aa - 898 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7113+/-0.000563; mu= 4.7292+/- 0.035 mean_var=181.6450+/-37.304, 0's: 0 Z-trim(113.2): 279 B-trim: 632 in 1/52 Lambda= 0.095162 statistics sampled from 22112 (22394) to 22112 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.613), E-opt: 0.2 (0.263), width: 16 Scan time: 8.590 The best scores are: opt bits E(85289) XP_016873868 (OMIM: 611271) PREDICTED: kinesin-lik ( 898) 5887 821.8 0 NP_112494 (OMIM: 611271) kinesin-like protein KIF1 ( 898) 5887 821.8 0 XP_016873869 (OMIM: 611271) PREDICTED: kinesin-lik ( 454) 3035 430.1 1.2e-119 XP_011522693 (OMIM: 614570) PREDICTED: kinesin-lik ( 437) 1535 224.2 1.1e-57 NP_001251503 (OMIM: 614570) kinesin-like protein K ( 833) 1535 224.3 1.9e-57 XP_011522691 (OMIM: 614570) PREDICTED: kinesin-lik ( 842) 1535 224.3 1.9e-57 NP_001252506 (OMIM: 614570) kinesin-like protein K ( 852) 1535 224.3 1.9e-57 XP_011522690 (OMIM: 614570) PREDICTED: kinesin-lik ( 861) 1535 224.3 1.9e-57 XP_011522689 (OMIM: 614570) PREDICTED: kinesin-lik ( 864) 1535 224.3 2e-57 XP_011522688 (OMIM: 614570) PREDICTED: kinesin-lik ( 864) 1535 224.3 2e-57 XP_011522687 (OMIM: 614570) PREDICTED: kinesin-lik ( 873) 1535 224.3 2e-57 XP_011522692 (OMIM: 614570) PREDICTED: kinesin-lik ( 838) 893 136.2 6.5e-31 XP_016864485 (OMIM: 604683) PREDICTED: kinesin-lik ( 697) 825 126.8 3.6e-28 NP_008985 (OMIM: 604683) kinesin-like protein KIF3 ( 699) 821 126.3 5.3e-28 XP_006714589 (OMIM: 604683) PREDICTED: kinesin-lik ( 724) 821 126.3 5.4e-28 NP_001287720 (OMIM: 604683) kinesin-like protein K ( 726) 821 126.3 5.4e-28 XP_016868746 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1490) 825 127.0 6.8e-28 XP_005273515 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1805) 825 127.0 7.9e-28 NP_056069 (OMIM: 607350) kinesin-like protein KIF1 (1826) 825 127.0 8e-28 XP_011542760 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1826) 825 127.0 8e-28 XP_011542759 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1847) 825 127.0 8.1e-28 XP_016864484 (OMIM: 604683) PREDICTED: kinesin-lik ( 700) 807 124.3 2e-27 NP_001287721 (OMIM: 604683) kinesin-like protein K ( 702) 807 124.3 2e-27 NP_001092763 (OMIM: 609184) chromosome-associated (1234) 811 125.0 2.2e-27 NP_004789 (OMIM: 603754) kinesin-like protein KIF3 ( 747) 798 123.1 5e-27 NP_036442 (OMIM: 300521,300923) chromosome-associa (1232) 801 123.6 5.7e-27 XP_011542761 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1783) 782 121.1 4.7e-26 XP_011542762 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1783) 782 121.1 4.7e-26 XP_011542763 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1783) 782 121.1 4.7e-26 XP_005246008 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 984) 762 118.2 1.9e-25 XP_005246007 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 985) 762 118.2 1.9e-25 XP_011540147 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 992) 762 118.2 1.9e-25 XP_011540146 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 997) 762 118.2 1.9e-25 XP_011540145 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1017) 762 118.2 2e-25 NP_001116291 (OMIM: 605037) kinesin-like protein K (1028) 762 118.2 2e-25 NP_065867 (OMIM: 605037) kinesin-like protein KIF1 (1029) 762 118.2 2e-25 XP_011540144 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1031) 762 118.2 2e-25 XP_011540143 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1038) 762 118.3 2e-25 XP_011540142 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1042) 762 118.3 2e-25 XP_011540141 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1043) 762 118.3 2e-25 XP_011540140 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1062) 762 118.3 2e-25 XP_011540139 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1063) 762 118.3 2e-25 XP_016859551 (OMIM: 604593,615282) PREDICTED: kine ( 957) 761 118.1 2.1e-25 NP_004513 (OMIM: 604593,615282) kinesin heavy chai ( 957) 761 118.1 2.1e-25 NP_001099038 (OMIM: 605433) kinesin-like protein K (1749) 760 118.1 3.7e-25 NP_001099037 (OMIM: 605433) kinesin-like protein K (1757) 760 118.1 3.8e-25 XP_016866681 (OMIM: 605433) PREDICTED: kinesin-lik (1762) 760 118.1 3.8e-25 NP_001099036 (OMIM: 605433) kinesin-like protein K (1770) 760 118.1 3.8e-25 XP_016866679 (OMIM: 605433) PREDICTED: kinesin-lik (1784) 760 118.1 3.8e-25 XP_016866678 (OMIM: 605433) PREDICTED: kinesin-lik (1792) 760 118.1 3.8e-25 >>XP_016873868 (OMIM: 611271) PREDICTED: kinesin-like pr (898 aa) initn: 5887 init1: 5887 opt: 5887 Z-score: 4381.0 bits: 821.8 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5887; 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100.0% identity (100.0% similar) in 454 aa overlap (445-898:1-454) 420 430 440 450 460 470 pF1KB8 QEKEIERFQEILNCLFQNREEIRQEYLKLEMLLKENELKSFYQQQCHKQIEMMCSEDKVE :::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 MLLKENELKSFYQQQCHKQIEMMCSEDKVE 10 20 30 480 490 500 510 520 530 pF1KB8 KATGKRDHRLAMLKTRRSYLEKRREEELKQFDENTNWLHRVEKEMGLLSQNGHIPKELKK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 KATGKRDHRLAMLKTRRSYLEKRREEELKQFDENTNWLHRVEKEMGLLSQNGHIPKELKK 40 50 60 70 80 90 540 550 560 570 580 590 pF1KB8 DLHCHHLHLQNKDLKAQIRHMMDLACLQEQQHRQTEAVLNALLPTLRKQYCTLKEAGLSN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 DLHCHHLHLQNKDLKAQIRHMMDLACLQEQQHRQTEAVLNALLPTLRKQYCTLKEAGLSN 100 110 120 130 140 150 600 610 620 630 640 650 pF1KB8 AAFESDFKEIEHLVERKKVVVWADQTAEQPKQNDLPGISVLMTFPQLGPVQPIPCCSSSG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 AAFESDFKEIEHLVERKKVVVWADQTAEQPKQNDLPGISVLMTFPQLGPVQPIPCCSSSG 160 170 180 190 200 210 660 670 680 690 700 710 pF1KB8 GTNLVKIPTEKRTRRKLMPSPLKGQHTLKSPPSQSVQLNDSLSKELQPIVYTPEDCRKAF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 GTNLVKIPTEKRTRRKLMPSPLKGQHTLKSPPSQSVQLNDSLSKELQPIVYTPEDCRKAF 220 230 240 250 260 270 720 730 740 750 760 770 pF1KB8 QNPSTVTLMKPSSFTTSFQAISSNINSDNCLKMLCEVAIPHNRRKECGQEDLDSTFTICE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 QNPSTVTLMKPSSFTTSFQAISSNINSDNCLKMLCEVAIPHNRRKECGQEDLDSTFTICE 280 290 300 310 320 330 780 790 800 810 820 830 pF1KB8 DIKSSKCKLPEQESLPNDNKDILQRLDPSSFSTKHSMPVPSMVPSYMAMTTAAKRKRKLT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 DIKSSKCKLPEQESLPNDNKDILQRLDPSSFSTKHSMPVPSMVPSYMAMTTAAKRKRKLT 340 350 360 370 380 390 840 850 860 870 880 890 pF1KB8 SSTSNSSLTADVNSGFAKRVRQDNSSEKHLQENKPTMEHKRNICKINPSMVRKFGRNISK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 SSTSNSSLTADVNSGFAKRVRQDNSSEKHLQENKPTMEHKRNICKINPSMVRKFGRNISK 400 410 420 430 440 450 pF1KB8 GNLR :::: XP_016 GNLR >>XP_011522693 (OMIM: 614570) PREDICTED: kinesin-like pr (437 aa) initn: 1567 init1: 1535 opt: 1535 Z-score: 1156.5 bits: 224.2 E(85289): 1.1e-57 Smith-Waterman score: 1535; 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NP_001 SNVTSLDCHISQYATICQQLQAEVAALRKKLQVYEGGGQPPPQDLPGSPKSGPPPEH--- 360 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 480 pF1KB8 RFQEILNCLFQNREEIRQEYLKLEMLLKENELKSFYQQQCHKQIEMMCSEDKVEKATGKR : . : .: :. . . . NP_001 --------------------------LPSSPLPPHPPSQ-------PCTPELPAGPRALQ 420 430 440 490 500 510 520 530 pF1KB8 DHRLAM-LKTRRSYLEKRREEELKQFDENTNWLHRVEKEMGLLSQNGHIPKELKKDLHCH .. :.: ...:.. . ..: . ::. . ..: .: . . .:. . :. . NP_001 EESLGMEAQVERAMEGNSSDQEQSPEDEDEGPAEEVPTQMPEQNPTHALPESPRLTLQPK 450 460 470 480 490 500 540 550 560 570 580 pF1KB8 HL--HLQNKDLKAQIRHMMDLA--CLQEQQHRQTEAVLNALLPTLRKQYCTLK------- . :.. ..: .. ... : :. ..:. .:. : : : . .. ::. NP_001 PVVGHFSARELDGDRSKQLALKVLCVAQRQYSLLQAA-NLLTPDMITEFETLQQLVQEEK 510 520 530 540 550 590 600 610 620 630 640 pF1KB8 -EAGLSNAAFESDFKEIEHLVER---KKVVVWADQTAEQPKQNDLPGISVLMTFPQLGP- : : ..: : . . :... ... : . : : . : .. :. :: NP_001 IEPG-AEALRTSGLARGAPLAQELCSESIPVPSPLCPEPPGYTG-P-VTRTMARRLSGPL 560 570 580 590 600 610 650 660 670 680 690 pF1KB8 ----VQPIPCCSSSGGTNLVKIPTEKRTRRKLMPSPLKGQHTLKSPPSQSVQLNDSLSKE . : : :. . :. . : ::. :: :: :... . :..... .. NP_001 HTLGIPPGPNCTPAQGS---RWPMEKKRRR---PSALEADSPM--APKRGTK------RQ 620 630 640 650 660 700 710 720 730 740 750 pF1KB8 LQPIVYTPEDCRKAFQNPSTVTLMKPSSFTTSFQAISSNINSDN-CLKMLCEVAIP--HN : . : : . . :.: . :: : . . :: .: : . . .: . 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NP_001 SNVTSLDCHISQYATICQQLQAEVAALRKKLQVYE-----GGGQPPPQDLPGSPKSGPPP 360 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 480 pF1KB8 RFQEILNCLFQNREEIRQEYLKLEMLLKENELKSFYQQQCHKQIEMMCSEDKVEKATGKR . : : . . ...: : .: : .. .: :.. :.. . NP_001 EHQPCTPELPAGPRALQEESLGMEA-------------QVERAMEGNSSDQ--EQSPEDE 420 430 440 450 490 500 510 520 530 540 pF1KB8 DHRLAMLKTRRSYLEKRREEELKQFDENTNWLHRVEKEMGLLSQNGHIPKELKKDLHCHH : : :: :. :. : : . . : : :: . . .. NP_001 D-------------EGPAEEVPTQMPEQ-NPTHALPESPRLTLQ----PKPVVGHFSARE 460 470 480 490 550 560 570 580 590 pF1KB8 LHLQNKDLKAQIRHMMDLACLQEQQHRQTEAVLNALLPTLRKQYCTLK--------EAGL : . : . :. . . :. ..:. .:. : : : . .. ::. : : NP_001 L---DGDRSKQL--ALKVLCVAQRQYSLLQAA-NLLTPDMITEFETLQQLVQEEKIEPG- 500 510 520 530 540 550 600 610 620 630 640 pF1KB8 SNAAFESDFKEIEHLVER---KKVVVWADQTAEQPKQNDLPGISVLMTFPQLGP-----V ..: : . . :... ... : . : : . : .. :. :: . NP_001 AEALRTSGLARGAPLAQELCSESIPVPSPLCPEPPGYTG-P-VTRTMARRLSGPLHTLGI 560 570 580 590 600 650 660 670 680 690 700 pF1KB8 QPIPCCSSSGGTNLVKIPTEKRTRRKLMPSPLKGQHTLKSPPSQSVQLNDSLSKELQPIV : : :. . :. . : ::. :: :: :... . :..... .. : NP_001 PPGPNCTPAQGS---RWPMEKKRRR---PSALEADSPM--APKRGTK------RQRQS-- 610 620 630 640 650 710 720 730 740 750 760 pF1KB8 YTPEDCRKAFQNPSTVTLMKPSSFTTSFQAISSNINSDN-CLKMLCEVAIP--HNRRKEC . : : . . :.: . :: : . . :: .: : . . .: . ..: NP_001 FLP--CLRRGSLPDTQPSQGPS--TPKGERASSPCHSPRVCPATVIKSRVPLGPSAMQNC 660 670 680 690 700 770 780 790 800 pF1KB8 GQ------EDLDSTFTICEDIKSS----KC----KLPEQESLPNDNKDILQRLDPSSFST . .::..:: . :. :. .: :.:.. : .. .. : :. NP_001 STPLALPTRDLNATFDLSEEPPSKPSFHECIGWDKIPQE--LSRLDQPFIPRAPVPLFTM 710 720 730 740 750 760 810 820 830 840 850 860 pF1KB8 KHSMPVPSMVPSYMAMTTAAKRKRKLTSSTSNS-SLTADVNSGFAKRVRQDNS-SEKHLQ : :. :. :. :.: :.:: .::.:.. : : . :. :: : :. NP_001 KGPKPTSSL-PG----TSACKKKRVASSSVSHGRSRIARLPSSTLKRPAGPLVLPELPLS 770 780 790 800 810 820 870 880 890 pF1KB8 ENKPTMEHKRNICKINPSMVRKFGRNISKGNLR :. ..:: . ...: :: .: :: NP_001 PLCPS--NRRN----GKDLIR-VGRALSAGNGVTKVS 830 840 850 >>XP_011522690 (OMIM: 614570) PREDICTED: kinesin-like pr (861 aa) initn: 1567 init1: 1535 opt: 1535 Z-score: 1152.2 bits: 224.3 E(85289): 1.9e-57 Smith-Waterman score: 1580; 37.3% identity (61.5% similar) in 920 aa overlap (12-896:17-855) 10 20 30 40 50 pF1KB8 MSVTEEDLCHHMKVVVRVRPENTKEKAAGFHKVVHVVDKHILVFDPKQEEVSFFH ..::::::: . .: . . ::.:::...:::.:.. . .: XP_011 MSVRSVTTVMAVEDSTLQVVVRVRPPTPRELDSQRRPVVQVVDERVLVFNPEEPDGGFPG 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB8 GKKTTNQNVIKKQNKDLKFVFDAVFDETSTQSEVFEHTTKPILRSFLNGYNCTVLAYGAT : ... ::..::: :::: :: :..::..::.:::. .: :::.::::.:.::::: XP_011 LKWGGTHDGPKKKGKDLTFVFDRVFGEAATQQDVFQHTTHSVLDSFLQGYNCSVFAYGAT 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KB8 GAGKTHTMLGSADEPGVMYLTMLHLYKCMDEIKEEKICSTAVSYLEVYNEQIRDLLVNSG :::::::::: .::.:::: ..::. .. ..:: . .:: :::::::.::: .: XP_011 GAGKTHTMLGREGDPGIMYLTTVELYRRLEARQQEKHFEVLISYQEVYNEQIHDLLEPKG 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KB8 PLAVREDTQKGVVVHGLTLHQPKSSEEILHLLDNGNKNRTQHPTDMNATSSRSHAVFQIY :::.::: .:::::.::..::: :.:..:..: ::.:::::::: :::::::::.:::. XP_011 PLAIREDPDKGVVVQGLSFHQPASAEQLLEILTRGNRNRTQHPTDANATSSRSHAIFQIF 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KB8 LRQQDKTASINQNVRIAKMSLIDLAGSERASTSGAKGTRFVEGTNINRSLLALGNVINAL ..:::.. ...: :..:::::::::::::::.. ::: :. ::.::::::::: ::.::: XP_011 VKQQDRVPGLTQAVQVAKMSLIDLAGSERASSTHAKGERLREGANINRSLLALINVLNAL 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KB8 ADSKRKNQHIPYRNSKLTRLLKDSLGGNCQTIMIAAVSPSSVFYDDTYNTLKYANRAKDI ::.: .. :.:::.:::::::::::::::.:.::::.::::. :.:::::::::.:::.: XP_011 ADAKGRKTHVPYRDSKLTRLLKDSLGGNCRTVMIAAISPSSLTYEDTYNTLKYADRAKEI 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KB8 KSSLKSNVLNVNNHITQYVKICNEQKAEILLLKEKLKAYEEQKAFTNENDQAKLMISNPQ . :::::: ... ::.::. ::.. .::. :..::..:: . . . . ..:. XP_011 RLSLKSNVTSLDCHISQYATICQQLQAEVAALRKKLQVYE-----GGGQPPPQDLPGSPK 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KB8 EKEIERFQEILNCLFQNREEIRQEYLKLEMLLKENELKSFYQQQCHKQIEMMCSEDKVEK . : : . . ...: : .: : .. .: :.. :. 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