Result of FASTA (omim) for
pFN21AB7769
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7769, 450 aa
1>>>pF1KB7769 450 - 450 aa - 450 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8429+/-0.000387; mu= -4.9948+/- 0.024
mean_var=484.2221+/-106.801, 0's: 0 Z-trim(125.1): 946 B-trim: 2506 in 1/58
Lambda= 0.058284
statistics sampled from 46830 (48086) to 46830 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.837), E-opt: 0.2 (0.564), width: 16
Scan time: 11.860
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016880500 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 548) 713 74.2 9.7e-13
XP_016880499 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 548) 713 74.2 9.7e-13
XP_016880498 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 548) 713 74.2 9.7e-13
XP_016880497 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 548) 713 74.2 9.7e-13
NP_001290211 (OMIM: 194524) zinc finger protein 18 ( 548) 713 74.2 9.7e-13
XP_016880496 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 549) 703 73.4 1.7e-12
XP_011522304 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 549) 703 73.4 1.7e-12
NP_653281 (OMIM: 194524) zinc finger protein 18 is ( 549) 703 73.4 1.7e-12
NP_001290210 (OMIM: 194524) zinc finger protein 18 ( 549) 703 73.4 1.7e-12
XP_016880495 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 549) 703 73.4 1.7e-12
NP_932172 (OMIM: 194550) myeloid zinc finger 1 iso ( 734) 688 72.2 5e-12
NP_003413 (OMIM: 194550) myeloid zinc finger 1 iso ( 734) 688 72.2 5e-12
XP_011525566 (OMIM: 194550) PREDICTED: myeloid zin ( 764) 688 72.3 5.2e-12
XP_005259261 (OMIM: 194550) PREDICTED: myeloid zin ( 775) 688 72.3 5.2e-12
XP_011524532 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 601 64.8 6.7e-10
XP_011524531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 601 64.8 6.7e-10
XP_006722621 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 601 64.8 6.7e-10
NP_001253962 (OMIM: 194550) myeloid zinc finger 1 ( 290) 559 60.9 5.1e-09
NP_005732 (OMIM: 604191) zinc finger protein 263 [ ( 683) 566 62.0 5.9e-09
XP_011520646 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 683) 566 62.0 5.9e-09
XP_006720896 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 598) 556 61.0 9.7e-09
XP_011513319 (OMIM: 603978) PREDICTED: zinc finger ( 565) 549 60.4 1.4e-08
NP_001156863 (OMIM: 603978) zinc finger and SCAN d ( 611) 549 60.5 1.5e-08
XP_016867017 (OMIM: 603978) PREDICTED: zinc finger ( 611) 549 60.5 1.5e-08
XP_011513317 (OMIM: 603978) PREDICTED: zinc finger ( 611) 549 60.5 1.5e-08
XP_011513316 (OMIM: 603978) PREDICTED: zinc finger ( 611) 549 60.5 1.5e-08
NP_001273983 (OMIM: 601260) zinc finger protein wi ( 527) 547 60.2 1.5e-08
NP_001333509 (OMIM: 601260) zinc finger protein wi ( 527) 547 60.2 1.5e-08
NP_001333510 (OMIM: 601260) zinc finger protein wi ( 563) 547 60.3 1.6e-08
XP_011514861 (OMIM: 601260) PREDICTED: zinc finger ( 563) 547 60.3 1.6e-08
NP_003430 (OMIM: 601260) zinc finger protein with ( 563) 547 60.3 1.6e-08
XP_016858080 (OMIM: 613911) PREDICTED: zinc finger ( 567) 534 59.2 3.4e-08
NP_116141 (OMIM: 613911) zinc finger protein 496 i ( 587) 534 59.2 3.4e-08
XP_006720895 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 644) 534 59.2 3.7e-08
NP_862829 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN doma ( 491) 491 55.5 3.8e-07
XP_011525219 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491) 491 55.5 3.8e-07
XP_006723255 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491) 491 55.5 3.8e-07
NP_001308045 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN d ( 491) 491 55.5 3.8e-07
XP_016867410 (OMIM: 611272) PREDICTED: zinc finger ( 838) 491 55.8 5.3e-07
XP_016867409 (OMIM: 611272) PREDICTED: zinc finger ( 838) 491 55.8 5.3e-07
XP_016867411 (OMIM: 611272) PREDICTED: zinc finger ( 838) 491 55.8 5.3e-07
NP_055384 (OMIM: 611272) zinc finger protein with ( 839) 488 55.5 6.3e-07
XP_016867408 (OMIM: 611272) PREDICTED: zinc finger ( 839) 488 55.5 6.3e-07
NP_001305011 (OMIM: 611272) zinc finger protein wi ( 839) 488 55.5 6.3e-07
NP_659570 (OMIM: 611272) zinc finger protein with ( 839) 488 55.5 6.3e-07
XP_016867407 (OMIM: 611272) PREDICTED: zinc finger ( 839) 488 55.5 6.3e-07
XP_016858079 (OMIM: 613911) PREDICTED: zinc finger ( 618) 469 53.7 1.6e-06
XP_011520948 (OMIM: 601473) PREDICTED: zinc finger ( 500) 461 53.0 2.2e-06
XP_011529693 (OMIM: 314997) PREDICTED: zinc finger ( 510) 460 52.9 2.4e-06
XP_005262526 (OMIM: 314997) PREDICTED: zinc finger ( 510) 460 52.9 2.4e-06
>>XP_016880500 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger pro (548 aa)
initn: 886 init1: 433 opt: 713 Z-score: 349.7 bits: 74.2 E(85289): 9.7e-13
Smith-Waterman score: 713; 35.0% identity (56.6% similar) in 449 aa overlap (19-450:34-462)
10 20 30 40
pF1KB7 MPSPLGPPCLPVMDPETTLEEPETARLRFRGFCYQEVAGPREALARLR
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XP_016 DLGQALGLLPSLAKAEDSQFSESDAALQEELSSPETARQLFRQFRYQVMSGPHETLKQLR
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 ELCCQWLQPEAHSKEQMLEMLVLEQFLGTLPPEIQAWVRGQRPGSPEEAAALVEGLQHDP
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XP_016 KLCFQWLQPEVHTKEQILEILMLEQFLTILPGEIQMWVRKQCPGSGEEAVTLVESLKGDP
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110 120 130 140 150 160
pF1KB7 GQLLGWITAHVLKQEVLPAAQKTEEPLGSPHPSGTVESPGEG-PQDTRIEGSVQ-----L
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XP_016 QRLWQWISIQVLGQDIL--SEKMESP---SCQVGEVEPHLEVVPQELGLENSSSGPGELL
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170 180 190 200 210 220
pF1KB7 SCSVKEEPNVDGQEVAPSSPPLAAQSPEGHHGHQEPASTSFHPPRIQEEWGLLDRSQKEL
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230 240 250 260 270 280
pF1KB7 YWDAMLEKYGTVVSLGLPPHQPEAQAQSELGMLLTGTGVCRSLRSGNESEGPPGCPEAQP
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290 300 310 320 330
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>>XP_016880499 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger pro (548 aa)
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pF1KB7 MPSPLGPPCLPVMDPETTLEEPETARLRFRGFCYQEVAGPREALARLR
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Smith-Waterman score: 713; 35.0% identity (56.6% similar) in 449 aa overlap (19-450:34-462)
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pF1KB7 MPSPLGPPCLPVMDPETTLEEPETARLRFRGFCYQEVAGPREALARLR
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