Result of FASTA (omim) for
pFN21AE0346
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0346, 635 aa
1>>>pF1KE0346 635 - 635 aa - 635 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9551+/-0.000331; mu= 17.2556+/- 0.021
mean_var=81.6199+/-16.791, 0's: 0 Z-trim(117.0): 51 B-trim: 847 in 1/49
Lambda= 0.141963
statistics sampled from 28487 (28538) to 28487 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.674), E-opt: 0.2 (0.335), width: 16
Scan time: 12.230
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004164 (OMIM: 603752) cationic amino acid trans ( 635) 4152 860.0 0
NP_066000 (OMIM: 615720,615725) probable cationic ( 771) 1202 255.9 4e-67
XP_005273668 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 916 197.2 1.5e-49
XP_016869235 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 916 197.2 1.5e-49
XP_005273667 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 916 197.2 1.5e-49
NP_001008539 (OMIM: 601872) cationic amino acid tr ( 658) 916 197.2 1.5e-49
XP_005273669 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 916 197.2 1.5e-49
NP_001158243 (OMIM: 601872) cationic amino acid tr ( 698) 916 197.3 1.6e-49
NP_003036 (OMIM: 104615) high affinity cationic am ( 629) 913 196.6 2.2e-49
XP_005266564 (OMIM: 104615) PREDICTED: high affini ( 629) 913 196.6 2.2e-49
XP_016876205 (OMIM: 104615) PREDICTED: high affini ( 629) 913 196.6 2.2e-49
NP_116192 (OMIM: 300443) cationic amino acid trans ( 619) 896 193.1 2.4e-48
XP_016885401 (OMIM: 300443) PREDICTED: cationic am ( 619) 896 193.1 2.4e-48
NP_001041629 (OMIM: 300443) cationic amino acid tr ( 619) 896 193.1 2.4e-48
NP_003037 (OMIM: 601872) cationic amino acid trans ( 697) 731 159.4 4e-38
XP_016869236 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 657) 727 158.5 6.7e-38
XP_016876202 (OMIM: 104615) PREDICTED: high affini ( 643) 700 153.0 3.1e-36
XP_016876203 (OMIM: 104615) PREDICTED: high affini ( 643) 700 153.0 3.1e-36
XP_016876204 (OMIM: 104615) PREDICTED: high affini ( 643) 700 153.0 3.1e-36
NP_003477 (OMIM: 600182) large neutral amino acids ( 507) 421 95.8 4e-19
XP_016879224 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 509) 421 95.8 4e-19
NP_062823 (OMIM: 607959) asc-type amino acid trans ( 523) 343 79.8 2.6e-14
XP_016881719 (OMIM: 220100,604144) PREDICTED: B(0, ( 399) 314 73.8 1.3e-12
NP_001229965 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type ami ( 487) 314 73.9 1.5e-12
NP_055085 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type amino ( 487) 314 73.9 1.5e-12
XP_011524704 (OMIM: 220100,604144) PREDICTED: B(0, ( 487) 314 73.9 1.5e-12
NP_001119807 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type ami ( 487) 314 73.9 1.5e-12
NP_036376 (OMIM: 604235) large neutral amino acids ( 535) 314 73.9 1.6e-12
XP_006721349 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 352) 264 63.6 1.4e-09
NP_055146 (OMIM: 607933) cystine/glutamate transpo ( 501) 264 63.6 1.9e-09
XP_011530104 (OMIM: 607933) PREDICTED: cystine/glu ( 506) 264 63.6 1.9e-09
XP_016879226 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 332) 261 62.9 2e-09
XP_006723347 (OMIM: 607959) PREDICTED: asc-type am ( 444) 260 62.8 3e-09
XP_016879340 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 382) 247 60.1 1.7e-08
XP_011525421 (OMIM: 607959) PREDICTED: asc-type am ( 660) 234 57.6 1.7e-07
XP_006723055 (OMIM: 220100,604144) PREDICTED: B(0, ( 260) 217 53.9 8.5e-07
XP_016879225 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 467) 209 52.4 4.4e-06
XP_011521741 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 307) 198 50.0 1.5e-05
NP_001070253 (OMIM: 605641) Y+L amino acid transpo ( 515) 188 48.1 9.3e-05
XP_011521740 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 515) 188 48.1 9.3e-05
XP_011521736 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 515) 188 48.1 9.3e-05
XP_011521735 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 515) 188 48.1 9.3e-05
NP_003974 (OMIM: 605641) Y+L amino acid transporte ( 515) 188 48.1 9.3e-05
NP_001119578 (OMIM: 222700,603593) Y+L amino acid ( 511) 176 45.6 0.00051
XP_011535600 (OMIM: 222700,603593) PREDICTED: Y+L ( 511) 176 45.6 0.00051
NP_001119577 (OMIM: 222700,603593) Y+L amino acid ( 511) 176 45.6 0.00051
XP_006720365 (OMIM: 222700,603593) PREDICTED: Y+L ( 511) 176 45.6 0.00051
XP_011535601 (OMIM: 222700,603593) PREDICTED: Y+L ( 511) 176 45.6 0.00051
>>NP_004164 (OMIM: 603752) cationic amino acid transport (635 aa)
initn: 4152 init1: 4152 opt: 4152 Z-score: 4592.7 bits: 860.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4152; 99.7% identity (99.8% similar) in 635 aa overlap (1-635:1-635)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MARGLPTIASLARLCQKLNRLKPLEDSIMETSLRRCLSTLDLTLLGVGGMVGSGLYVLTG
::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MARGLPTIASLARLCQKLNRLKPLEDSTMETSLRRCLSTLDLTLLGVGGMVGSGLYVLTG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 AVAKEVAGPAVLLSFGVAAVASLLAALCYAEFGARVPRTGSAYLFTYVSMGELWAFLIGW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AVAKEVAGPAVLLSFGVAAVASLLAALCYAEFGARVPRTGSAYLFTYVSMGELWAFLIGW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 NVLLEYIIGGAAVARAWSGYLDSMFSHSIRNFTETHVGSWQVPLLGHYPDFLAAGIILLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 NVLLEYIIGGAAVARAWSGYLDSMFSHSIRNFTETHVGSWQVPLLGHYPDFLAAGIILLA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 SAFVSCGARVSSWLNHTFSAISLLVILFIVILGFILAQPHNWSADEGGFAPFGFSGVMAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SAFVSCGARVSSWLNHTFSAISLLVILFIVILGFILAQPHNWSADEGGFAPFGFSGVMAG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 TASCFYAFVGFDVIAASSEEAQNPRRSVPLAIAISLAIAAGAYILVSTVLTLMVPWHSLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TASCFYAFVGFDVIAASSEEAQNPRRSVPLAIAISLAIAAGAYILVSTVLTLMVPWHSLD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 PDSALADAFYQRGYRWAGFIVAAGSICAMNTVLLSLLFSLPRIVYAMATDGLFFQVFAHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::
NP_004 PDSALADAFYQRGYRWAGFIVAAGSICAMNTVLLSLLFSLPRIVYAMAADGLFFQVFAHV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 HPRTQVPVAGTLAFGLLTAFLALLLDLESLVQFLSLGTLLAYTFVATSIIVLRFQKSSPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 HPRTQVPVAGTLAFGLLTAFLALLLDLESLVQFLSLGTLLAYTFVATSIIVLRFQKSSPP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 SSPGPASPGPLTKQQSSFSDHLQLVGTVHASVPEPGELKPALRPYLGFLDGYSPGAVVTW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SSPGPASPGPLTKQQSSFSDHLQLVGTVHASVPEPGELKPALRPYLGFLDGYSPGAVVTW
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 ALGVMLASAITIGCVLVFGNSTLHLPHWGYILLLLLTSVMFLLSLLVLGAHQQQYREDLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ALGVMLASAITIGCVLVFGNSTLHLPHWGYILLLLLTSVMFLLSLLVLGAHQQQYREDLF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 QIPMVPLIPALSIVLNICLMLKLSYLTWVRFSIWLLMGLAVYFGYGIRHSKENQRELPGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QIPMVPLIPALSIVLNICLMLKLSYLTWVRFSIWLLMGLAVYFGYGIRHSKENQRELPGL
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KE0 NSTHYVVFPRGSLEETVQAMQPPSQAPAQDPGHME
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 NSTHYVVFPRGSLEETVQAMQPPSQAPAQDPGHME
610 620 630
>>NP_066000 (OMIM: 615720,615725) probable cationic amin (771 aa)
initn: 1053 init1: 813 opt: 1202 Z-score: 1326.1 bits: 255.9 E(85289): 4e-67
Smith-Waterman score: 1382; 38.8% identity (66.8% similar) in 659 aa overlap (17-590:25-677)
10 20 30 40
pF1KE0 MARGLPTIASLARLCQKLNRLKPLEDSIME---------TSLRRCLSTLDLT
.. : ::.: :..: :.: . :.:.::
NP_066 MSGFFTSLDPRRVQWGAAWYAMHSRILRTKPVE-SMLEGTGTTTAHGTKLAQVLTTVDLI
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 LLGVGGMVGSGLYVLTGAVAKEVAGPAVLLSFGVAAVASLLAALCYAEFGARVPRT-GSA
::::. ::.:.::..: ::::.:::.:..:: .:::::.:...::::::.:::.: :::
NP_066 SLGVGSCVGTGMYVVSGLVAKEMAGPGVIVSFIIAAVASILSGVCYAEFGVRVPKTTGSA
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 YLFTYVSMGELWAFLIGWNVLLEYIIGGAAVARAWSGYLDSMFSHSIRNFTETHVGSWQV
: ..::..::. ::.::::..:::.:: :: : : :...::. .:.: . ::. .
NP_066 YTYSYVTVGEFVAFFIGWNLILEYLIGTAAGASALSSMFDSLANHTISRWMADSVGTLNG
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 PLLGH--YPDFLAAGIILLASAFVSCGARVSSWLNHTFSAISLLVILFIVILGFILAQPH
:. :::.:: : .... .:. :.. : .:.......: : .::.: :... . .
NP_066 LGKGEESYPDLLALLIAVIVTIIVALGVKNSIGFNNVLNVLNLAVWVFIMIAGLFFINGK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 NWSADEGGFAPFGFSGVMAGTASCFYAFVGFDVIAASSEEAQNPRRSVPLAIAISLAIAA
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NP_066 YWA--EGQFLPHGWSGVLQGAATCFYAFIGFDIIATTGEEAKNPNTSIPYAITASLVICL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 GAYILVSTVLTLMVPWHSLDPDSALADAFYQRGYRWAGFIVAAGSICAMNTVLLSLLFSL
::. ::..::::::....: .: : . : .:. : :.:: ::. .... ::. :: .
NP_066 TAYVSVSVILTLMVPYYTIDTESPLMEMFVAHGFYAAKFVVAIGSVAGLTVSLLGSLFPM
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 PRIVYAMATDGLFFQVFAHVHPRTQVPVAGTLAFGLLTAFLALLLDLESLVQFLSLGTLL
::..:::: :::.:. .::: :..::.. .. :.:.:.::::..:..:....:.::::
NP_066 PRVIYAMAGDGLLFRFLAHVSSYTETPVVACIVSGFLAALLALLVSLRDLIEMMSIGTLL
360 370 380 390 400 410
410 420 430
pF1KE0 AYTFVATSIIVLRFQKSSP-----------------------------PSSPGPASPGPL
:::.:.. ...::.: : : : : ::
NP_066 AYTLVSVCVLLLRYQPESDIDGFVKFLSEEHTKKKEGILADCEKEACSPVSEGDEFSGPA
420 430 440 450 460 470
440 450 460
pF1KE0 T-----KQQSSFSDHLQLVG-----TVHASVPEPG-------------------ELKPAL
: :. :..:. .:.: : ... :. : .:: .
NP_066 TNTCGAKNLPSLGDNEMLIGKSDKSTYNVNHPNYGTVDMTTGIEADESENIYLIKLKKLI
480 490 500 510 520 530
470 480 490 500
pF1KE0 RPY-------LGF---LD--GYSPGAVVTWALGVMLASAITIGC-VLVFGNSTLHLPHWG
:. ::. .: . : .:: . ..: . : : ..::.. . :
NP_066 GPHYYTMRIRLGLPGKMDRPTAATGHTVTICV-LLLFILMFIFCSFIIFGSDYISEQSWW
540 550 560 570 580 590
510 520 530 540 550 560
pF1KE0 YILLLLLTSVMFLLSLLVLGAHQQQY--REDLFQIPMVPLIPALSIVLNICLMLKLSYLT
:::..: ...:.: ::. :: .. .. : .:..::.....:: :::::: .:
NP_066 AILLVVL--MVLLISTLVFVILQQPENPKKLPYMAPCLPFVPAFAMLVNIYLMLKLSTIT
600 610 620 630 640 650
570 580 590 600 610 620
pF1KE0 WVRFSIWLLMGLAVYFGYGIRHSKENQRELPGLNSTHYVVFPRGSLEETVQAMQPPSQAP
:.::..: ..:: .:::::: .:
NP_066 WIRFAVWCFVGLLIYFGYGIWNSTLEISAREEALHQSTYQRYDVDDPFSVEEGFSYATEG
660 670 680 690 700 710
>>XP_005273668 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic amino (658 aa)
initn: 1417 init1: 655 opt: 916 Z-score: 1010.6 bits: 197.2 E(85289): 1.5e-49
Smith-Waterman score: 1585; 41.1% identity (72.6% similar) in 625 aa overlap (5-594:2-610)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MARGLPTIASL--ARLCQKLNRLKPLEDSIMETSLRRCLSTLDLTLLGVGGMVGSGLYVL
.: :.: :: : .. : ::. .:.: :::::.:: ::::. .:.:.:::
XP_005 MIPCRAALTFAR-CLIRRKIVTL-DSLEDTKLCRCLSTMDLIALGVGSTLGAGVYVL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 TGAVAKEVAGPAVLLSFGVAAVASLLAALCYAEFGARVPRTGSAYLFTYVSMGELWAFLI
.: ::: .::....:: .::.::..:.:::::::::::.::::::.:::..::::::.
XP_005 AGEVAKADSGPSIVVSFLIAALASVMAGLCYAEFGARVPKTGSAYLYTYVTVGELWAFIT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 GWNVLLEYIIGGAAVARAWSGYLDSMFSHSIRNFTETHVGSWQVPLLGHYPDFLAAGIIL
:::..: :.:: ..::::::: .: ..:..: .: .:. . :..::::.:. .::
XP_005 GWNLILSYVIGTSSVARAWSGTFDELLSKQIGQFLRTYF-RMNYTGLAEYPDFFAVCLIL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE0 LASAFVSCGARVSSWLNHTFSAISLLVILFIVILGFILAQPHNWSADE------------
: ....: :.. :.:.:..:.:...::.::... ::. .. ::. .:
XP_005 LLAGLLSFGVKESAWVNKVFTAVNILVLLFVMVAGFVKGNVANWKISEEFLKNISASARE
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KE0 ------------GGFAPFGFSGVMAGTASCFYAFVGFDVIAASSEEAQNPRRSVPLAIAI
::: :.::.:..::.:.::::::::: ::...::..::....:..:.
XP_005 PPSENGTSIYGAGGFMPYGFTGTLAGAATCFYAFVGFDCIATTGEEVRNPQKAIPIGIVT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 SLAIAAGAYILVSTVLTLMVPWHSLDPDSALADAFYQRGYRWAGFIVAAGSICAMNTVLL
:: . ::. ::..::::.:.. :: : : :: :. : ..:::::.::..: ::
XP_005 SLLVCFMAYFGVSAALTLMMPYYLLDEKSPLPVAFEYVGWGPAKYVVAAGSLCALSTSLL
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 SLLFSLPRIVYAMATDGLFFQVFAHVHPRTQVPVAGTLAFGLLTAFLALLLDLESLVQFL
. .: .::..:::: :::.:. .:... .:..:. .::. : ..:..:.:.::..::...
XP_005 GSIFPMPRVIYAMAEDGLLFKCLAQINSKTKTPIIATLSSGAVAALMAFLFDLKALVDMM
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440
pF1KE0 SLGTLLAYTFVATSIIVLRFQ--------KSSPPSSPGPASPGPLTKQQSSFSDHLQLVG
:.:::.::..::. ...::.: : :: .. .:: .:..:. . :: :
XP_005 SIGTLMAYSLVAACVLILRYQPGLSYDQPKCSPEKDGLGSSPRVTSKSESQVT-MLQRQG
420 430 440 450 460 470
450 460 470 480 490 500
pF1KE0 TVHASVPEPGELKPALRPYLGFLDGYSPGAVVTWALGVMLASAITIGCVLVFG-NSTLHL
.. . :.: : . ...:.. .: . .. .. . ..: .. .:
XP_005 FSMRTL-----FCPSLLPT------QQSASLVSFLVGFLAFLVLGLSVLTTYGVHAITRL
480 490 500 510 520
510 520 530 540 550 560
pF1KE0 PHWGYILLLLLTSVMFLLSLLVLGAHQQQYREDLFQIPMVPLIPALSIVLNICLMLKLSY
:. :: :. :.:. .:.. . :. .. :..:..:..::.::..:: ::..::
XP_005 EAWSLALLALFL-VLFVAIVLTIWRQPQNQQKVAFMVPFLPFLPAFSILVNIYLMVQLSA
530 540 550 560 570 580
570 580 590 600 610 620
pF1KE0 LTWVRFSIWLLMGLAVYFGYGIRHSKENQRELPGLNSTHYVVFPRGSLEETVQAMQPPSQ
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: .. .:: .:..:. . :: : .. . :.: : . ...:
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.. .: . .. .. . ..: .. .: :. :: :. :.:. .:.. . :. ..
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540 550 560 570 580 590
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::::::..::. ..:::.: : .:. . :... . .:. .:..: ... :
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XP_005 WAVFLLAGSALLCAVVTGVIWRQPESKTKLSFKVPFLPVLPILSIFVNVYLMMQLDQGTW
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]