Result of FASTA (omim) for
pFN21AB7332
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7332, 1032 aa
1>>>pF1KB7332 1032 - 1032 aa - 1032 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0019+/-0.000462; mu= 23.4287+/- 0.029
mean_var=66.6582+/-13.240, 0's: 0 Z-trim(108.3): 97 B-trim: 170 in 1/53
Lambda= 0.157090
statistics sampled from 16268 (16366) to 16268 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.536), E-opt: 0.2 (0.192), width: 16
Scan time: 12.980
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000876 (OMIM: 192975) integrin alpha-4 isoform (1032) 6891 1571.8 0
NP_002198 (OMIM: 603963) integrin alpha-9 precurso (1035) 2758 635.1 5.9e-181
NP_001303241 (OMIM: 192975) integrin alpha-4 isofo ( 195) 1330 311.0 4.2e-84
NP_001278423 (OMIM: 191830,604063) integrin alpha- (1048) 967 229.2 9.2e-59
NP_002195 (OMIM: 605025,614748) integrin alpha-3 p (1051) 962 228.1 2e-58
NP_002201 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isoform (1048) 949 225.1 1.6e-57
NP_001138471 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isofo (1002) 861 205.2 1.5e-51
NP_002196 (OMIM: 135620) integrin alpha-5 precurso (1049) 837 199.8 6.8e-50
NP_001138472 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isofo (1012) 817 195.2 1.5e-48
NP_001107852 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isofo (1086) 803 192.1 1.5e-47
XP_005255370 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1169) 803 192.1 1.5e-47
NP_003629 (OMIM: 191830,604063) integrin alpha-8 I (1063) 798 190.9 3.1e-47
NP_000878 (OMIM: 151510) integrin alpha-X isoform (1163) 796 190.5 4.6e-47
NP_001273304 (OMIM: 151510) integrin alpha-X isofo (1169) 796 190.5 4.6e-47
XP_011544151 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1074) 794 190.0 5.9e-47
XP_006721107 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1087) 794 190.0 6e-47
NP_002200 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isoform (1170) 794 190.0 6.4e-47
XP_005254285 (OMIM: 604789) PREDICTED: integrin al (1086) 760 182.3 1.3e-44
XP_011519665 (OMIM: 604789) PREDICTED: integrin al (1119) 760 182.3 1.3e-44
NP_001004439 (OMIM: 604789) integrin alpha-11 prec (1188) 760 182.3 1.3e-44
XP_011518054 (OMIM: 191830,604063) PREDICTED: inte ( 799) 756 181.3 1.8e-44
XP_011544152 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte (1091) 686 165.5 1.4e-39
NP_001139280 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha- (1153) 686 165.6 1.5e-39
NP_000623 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha-M i (1152) 684 165.1 2e-39
XP_011544140 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1179) 680 164.2 3.8e-39
XP_011544154 (OMIM: 151510) PREDICTED: integrin al ( 798) 665 160.7 3e-38
XP_011544137 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1190) 666 161.0 3.5e-38
NP_005344 (OMIM: 602453) integrin alpha-D isoform (1161) 658 159.2 1.2e-37
NP_001305114 (OMIM: 602453) integrin alpha-D isofo (1162) 656 158.8 1.6e-37
NP_000410 (OMIM: 187800,273800,607759) integrin al (1039) 655 158.5 1.8e-37
XP_011544143 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1160) 655 158.5 1.9e-37
XP_011544138 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1189) 652 157.9 3.1e-37
XP_011544145 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1028) 647 156.7 6.1e-37
XP_016878704 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1164) 647 156.7 6.8e-37
XP_011544139 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1189) 647 156.7 6.9e-37
XP_016858117 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 796) 643 155.7 9.4e-37
XP_016858116 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 835) 643 155.7 9.8e-37
XP_016858112 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1180) 644 156.1 1.1e-36
XP_011508385 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1002) 643 155.8 1.1e-36
NP_001289970 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isof (1024) 643 155.8 1.1e-36
NP_001289969 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isof (1036) 643 155.8 1.2e-36
XP_016858115 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1100) 643 155.8 1.2e-36
XP_005277493 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1105) 643 155.8 1.2e-36
XP_016858113 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1143) 643 155.8 1.3e-36
XP_016858114 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1143) 643 155.8 1.3e-36
NP_003628 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isoform (1167) 643 155.8 1.3e-36
XP_016858111 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1181) 643 155.8 1.3e-36
XP_011544141 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1173) 642 155.6 1.5e-36
XP_005268907 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte ( 979) 634 153.7 4.6e-36
XP_005268903 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1024) 634 153.7 4.7e-36
>>NP_000876 (OMIM: 192975) integrin alpha-4 isoform 1 pr (1032 aa)
initn: 6891 init1: 6891 opt: 6891 Z-score: 8431.9 bits: 1571.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6891; 100.0% identity (100.0% similar) in 1032 aa overlap (1-1032:1-1032)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAWEARREPGPRRAAVRETVMLLLCLGVPTGRPYNVDTESALLYQGPHNTLFGYSVVLHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MAWEARREPGPRRAAVRETVMLLLCLGVPTGRPYNVDTESALLYQGPHNTLFGYSVVLHS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 HGANRWLLVGAPTANWLANASVINPGAIYRCRIGKNPGQTCEQLQLGSPNGEPCGKTCLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HGANRWLLVGAPTANWLANASVINPGAIYRCRIGKNPGQTCEQLQLGSPNGEPCGKTCLE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 ERDNQWLGVTLSRQPGENGSIVTCGHRWKNIFYIKNENKLPTGGCYGVPPDLRTELSKRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ERDNQWLGVTLSRQPGENGSIVTCGHRWKNIFYIKNENKLPTGGCYGVPPDLRTELSKRI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 APCYQDYVKKFGENFASCQAGISSFYTKDLIVMGAPGSSYWTGSLFVYNITTNKYKAFLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 APCYQDYVKKFGENFASCQAGISSFYTKDLIVMGAPGSSYWTGSLFVYNITTNKYKAFLD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 KQNQVKFGSYLGYSVGAGHFRSQHTTEVVGGAPQHEQIGKAYIFSIDEKELNILHEMKGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KQNQVKFGSYLGYSVGAGHFRSQHTTEVVGGAPQHEQIGKAYIFSIDEKELNILHEMKGK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 KLGSYFGASVCAVDLNADGFSDLLVGAPMQSTIREEGRVFVYINSGSGAVMNAMETNLVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KLGSYFGASVCAVDLNADGFSDLLVGAPMQSTIREEGRVFVYINSGSGAVMNAMETNLVG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 SDKYAARFGESIVNLGDIDNDGFEDVAIGAPQEDDLQGAIYIYNGRADGISSTFSQRIEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SDKYAARFGESIVNLGDIDNDGFEDVAIGAPQEDDLQGAIYIYNGRADGISSTFSQRIEG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 LQISKSLSMFGQSISGQIDADNNGYVDVAVGAFRSDSAVLLRTRPVVIVDASLSHPESVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LQISKSLSMFGQSISGQIDADNNGYVDVAVGAFRSDSAVLLRTRPVVIVDASLSHPESVN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 RTKFDCVENGWPSVCIDLTLCFSYKGKEVPGYIVLFYNMSLDVNRKAESPPRFYFSSNGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RTKFDCVENGWPSVCIDLTLCFSYKGKEVPGYIVLFYNMSLDVNRKAESPPRFYFSSNGT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 SDVITGSIQVSSREANCRTHQAFMRKDVRDILTPIQIEAAYHLGPHVISKRSTEEFPPLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SDVITGSIQVSSREANCRTHQAFMRKDVRDILTPIQIEAAYHLGPHVISKRSTEEFPPLQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 PILQQKKEKDIMKKTINFARFCAHENCSADLQVSAKIGFLKPHENKTYLAVGSMKTLMLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PILQQKKEKDIMKKTINFARFCAHENCSADLQVSAKIGFLKPHENKTYLAVGSMKTLMLN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 VSLFNAGDDAYETTLHVKLPVGLYFIKILELEEKQINCEVTDNSGVVQLDCSIGYIYVDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VSLFNAGDDAYETTLHVKLPVGLYFIKILELEEKQINCEVTDNSGVVQLDCSIGYIYVDH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 LSRIDISFLLDVSSLSRAEEDLSITVHATCENEEEMDNLKHSRVTVAIPLKYEVKLTVHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LSRIDISFLLDVSSLSRAEEDLSITVHATCENEEEMDNLKHSRVTVAIPLKYEVKLTVHG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 FVNPTSFVYGSNDENEPETCMVEKMNLTFHVINTGNSMAPNVSVEIMVPNSFSPQTDKLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FVNPTSFVYGSNDENEPETCMVEKMNLTFHVINTGNSMAPNVSVEIMVPNSFSPQTDKLF
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 NILDVQTTTGECHFENYQRVCALEQQKSAMQTLKGIVRFLSKTDKRLLYCIKADPHCLNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NILDVQTTTGECHFENYQRVCALEQQKSAMQTLKGIVRFLSKTDKRLLYCIKADPHCLNF
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 LCNFGKMESGKEASVHIQLEGRPSILEMDETSALKFEIRATGFPEPNPRVIELNKDENVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LCNFGKMESGKEASVHIQLEGRPSILEMDETSALKFEIRATGFPEPNPRVIELNKDENVA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 HVLLEGLHHQRPKRYFTIVIISSSLLLGLIVLLLISYVMWKAGFFKRQYKSILQEENRRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HVLLEGLHHQRPKRYFTIVIISSSLLLGLIVLLLISYVMWKAGFFKRQYKSILQEENRRD
970 980 990 1000 1010 1020
1030
pF1KB7 SWSYINSKSNDD
::::::::::::
NP_000 SWSYINSKSNDD
1030
>>NP_002198 (OMIM: 603963) integrin alpha-9 precursor [H (1035 aa)
initn: 1687 init1: 1156 opt: 2758 Z-score: 3369.7 bits: 635.1 E(85289): 5.9e-181
Smith-Waterman score: 2773; 42.1% identity (70.2% similar) in 1037 aa overlap (11-1025:7-1031)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MAWEARREPGPRRAA-VRETVMLLLCLGVPTGRPYNVDTESALLYQGPHNTLFGYSVVLH
:: :. .: .. :. :.:.: ::.: . . .::: ...:::.:. :
NP_002 MGGPAAPRGAGRLRALLLALVVAGIPAG-AYNLDPQRPVHFQGPADSFFGYAVLEH
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 SHGANRWLLVGAPTANWLANASVINPGAIYRCRIGKNPGQTCEQLQL--GSPNGEPCGKT
: .::.::::: :. . :: .:::...::. :: . : .:.. :. : ::::
NP_002 FHDNTRWVLVGAPKADSKYSPSVKSPGAVFKCRVHTNPDRRCTELDMARGKNRGTSCGKT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 CLEERDNQWLGVTLSRQPGENGSIVTCGHRWKNIFYIKNENKLPTGGCYGVPPDLRTELS
: :.::..:.::.:.::: .: ...:.::::::.: . .. :: : :: .: .:... .
NP_002 CREDRDDEWMGVSLARQPKADGRVLACAHRWKNIYY-EADHILPHGFCYIIPSNLQAK-G
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 KRIAPCYQDYVKKFGENFASCQAGISSFYTKDLIVMGAPGSSYWTGSLFVYNITTNKYKA
. . :::..: ::.::. .::::::..:.:..:.::::::: ::.:.. : :.: : :
NP_002 RTLIPCYEEYKKKYGEEHGSCQAGIAGFFTEELVVMGAPGSFYWAGTIKVLNLTDNTYLK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 FLDKQNQVKFGSYLGYSVGAGHFRSQHTTEVVGGAPQHEQIGKAYIFSIDEKELNILH--
. :. . . .::::.: :::: : .::::::: . :::.::: :.. ....
NP_002 LNDEVIMNRRYTYLGYAVTAGHFSHPSTIDVVGGAPQDKGIGKVYIFRADRRSGTLIKIF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 EMKGKKLGSYFGASVCAVDLNADGFSDLLVGAPMQSTIREEGRVFVYINSGSGAVMNAME
. .:::.:::::.:.::::::.::.::::::::: : ::.::.: :::: :.::. . .
NP_002 QASGKKMGSYFGSSLCAVDLNGDGLSDLLVGAPMFSEIRDEGQVTVYINRGNGALEEQL-
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 TNLVGSDKYAARFGESIVNLGDIDNDGFEDVAIGAPQEDDLQGAIYIYNGRADGISSTFS
:.:. : :.:::::..: :.::::: :::::::.:::. ::.:::.: : :: .:
NP_002 -ALTGDGAYNAHFGESIASLDDLDNDGFPDVAIGAPKEDDFAGAVYIYHGDAGGIVPQYS
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 QRIEGLQISKSLSMFGQSISGQIDADNNGYVDVAVGAFRSDSAVLLRTRPVVIVDASLSH
... : .:. : :::::::: :: :.::: ::.:::: :::.::::.:::. ::.:.
NP_002 MKLSGQKINPVLRMFGQSISGGIDMDGNGYPDVTVGAFMSDSVVLLRARPVITVDVSIFL
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 PESVNRTKFDCVENGWPSVCIDLTLCFSYKGKEVPGYIVLFYNMSLDVNRKAESP-PRFY
: :.: : .: .. : :...: :::..::.::: : : : . :: .: .. :: :
NP_002 PGSINITAPQCHDGQQPVNCLNVTTCFSFHGKHVPGEIGLNYVLMADVAKKEKGQMPRVY
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB7 FSSNG-TSDVITGSIQVSSREANCRTHQAFMRKDVRDILTPIQIEAAYHLGPHVISKRST
: : : .: ..:.. : .:: . : ... :.:...:: .:::: :. :: ...
NP_002 FVLLGETMGQVTEKLQLTYMEETCRHYVAHVKRRVQDVISPIVFEAAYSLSEHVTGEEE-
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KB7 EEFPPLQPILQQKKEKDIMKKTIN-FARFCAHENCSADLQVSAKIGFLKPHENKTYLAVG
.:.::: :.:. :: . : .:. . : : : :.:.::::...:. . . :. :::.:
NP_002 RELPPLTPVLRWKKGQKIAQKNQTVFERNCRSEDCAADLQLQGKLLLSSMDEKTLYLALG
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KB7 SMKTLMLNVSLFNAGDDAYETTLHVKLPVGLYFIKILELEEKQINCEVTDNSGVVQLDCS
..:.. ::.:. : :::::.... .. :.::.. . :: :.::. ... : ::
NP_002 AVKNISLNISISNLGDDAYDANVSFNVSRELFFINMWQKEEMGISCELLESD---FLKCS
660 670 680 690 700
720 730 740 750 760 770
pF1KB7 IGYIYVDHLSRIDISFLLDVSSLSRAEEDLSITVHATCENEEEMDNLKHSRVTVAIPLKY
.:. .. :. ..: ..:.: :: :: ::. : : : :. ..:. . ... .:: .
NP_002 VGFPFMRSKSKYEFSVIFDTSHLSGEEEVLSFIVTAQSGNTERSESLHDNTLVLMVPLMH
710 720 730 740 750 760
780 790 800 810 820
pF1KB7 EVKLTVHGFVNPTSFVYG-SNDEN-----EPETCMVEKMNLTFHVINTGNSMAPNVSVEI
:: .. :...::::::: : : . : . .:.:..: ::: : :. :: :
NP_002 EVDTSITGIMSPTSFVYGESVDAANFIQLDDLECHFQPINITLQVYNTGPSTLPGSSVSI
770 780 790 800 810 820
830 840 850 860 870 880
pF1KB7 MVPNSFSPQTDKLFNILD--VQTTTGECHFENYQRVCALEQQKSAMQTLKGIVRFLSKTD
:: .: ..:.. . : :.: :.. : . :.. . .. : :..:.
NP_002 SFPNRLSSGGAEMFHVQEMVVGQEKGNCSFQKNPTPCIIPQEQENI--FHTIFAFFTKSG
830 840 850 860 870 880
890 900 910 920 930 940
pF1KB7 KRLLYCIKADPHCLNFLCNFGKMESGKEASVHIQLEGRPSILEMDETSALKFEIRATGFP
...: : : ::. :::. . . . .. : . ::. : .:...: ::
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