FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8007, 922 aa 1>>>pF1KB8007 922 - 922 aa - 922 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4274+/-0.000513; mu= -0.3964+/- 0.031 mean_var=197.8713+/-41.766, 0's: 0 Z-trim(114.0): 335 B-trim: 753 in 2/54 Lambda= 0.091176 statistics sampled from 23262 (23655) to 23262 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.63), E-opt: 0.2 (0.277), width: 16 Scan time: 13.580 The best scores are: opt bits E(85289) XP_005250817 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like ( 922) 6242 835.0 0 NP_008944 (OMIM: 602307) NEDD4-like E3 ubiquitin-p ( 922) 6242 835.0 0 XP_016868482 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like ( 921) 6220 832.1 0 XP_005250818 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like ( 921) 6220 832.1 0 XP_016868484 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like ( 743) 5112 686.4 1.4e-196 XP_016868485 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like ( 743) 5112 686.4 1.4e-196 XP_011515104 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like ( 898) 3757 508.2 7.6e-143 XP_016868483 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like ( 898) 3757 508.2 7.6e-143 XP_011521128 (OMIM: 602308) PREDICTED: NEDD4-like ( 754) 3345 453.9 1.3e-126 NP_001257382 (OMIM: 602308) NEDD4-like E3 ubiquiti ( 754) 3345 453.9 1.3e-126 NP_008945 (OMIM: 602308) NEDD4-like E3 ubiquitin-p ( 870) 3345 454.0 1.5e-126 NP_001257383 (OMIM: 602308) NEDD4-like E3 ubiquiti ( 870) 3345 454.0 1.5e-126 XP_016878370 (OMIM: 602308) PREDICTED: NEDD4-like ( 870) 3345 454.0 1.5e-126 XP_016878368 (OMIM: 602308) PREDICTED: NEDD4-like ( 870) 3345 454.0 1.5e-126 XP_011521127 (OMIM: 602308) PREDICTED: NEDD4-like ( 870) 3345 454.0 1.5e-126 XP_016878369 (OMIM: 602308) PREDICTED: NEDD4-like ( 870) 3345 454.0 1.5e-126 XP_011521125 (OMIM: 602308) PREDICTED: NEDD4-like ( 870) 3345 454.0 1.5e-126 NP_001311126 (OMIM: 606409,613385) E3 ubiquitin-pr ( 903) 3252 441.7 7.5e-123 NP_001244066 (OMIM: 606409,613385) E3 ubiquitin-pr ( 903) 3252 441.7 7.5e-123 XP_016883578 (OMIM: 606409,613385) PREDICTED: E3 u ( 903) 3252 441.7 7.5e-123 XP_016883580 (OMIM: 606409,613385) PREDICTED: E3 u ( 752) 3247 441.0 1e-122 NP_001244067 (OMIM: 606409,613385) E3 ubiquitin-pr ( 752) 3247 441.0 1e-122 NP_113671 (OMIM: 606409,613385) E3 ubiquitin-prote ( 862) 3247 441.1 1.1e-122 NP_001311127 (OMIM: 606409,613385) E3 ubiquitin-pr ( 862) 3247 441.1 1.1e-122 XP_016883579 (OMIM: 606409,613385) PREDICTED: E3 u ( 900) 3247 441.1 1.2e-122 XP_011527381 (OMIM: 606409,613385) PREDICTED: E3 u ( 692) 3232 439.0 3.7e-122 XP_005260627 (OMIM: 606409,613385) PREDICTED: E3 u ( 692) 3232 439.0 3.7e-122 XP_016868486 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like ( 719) 2627 359.5 3.5e-98 NP_955456 (OMIM: 602308) NEDD4-like E3 ubiquitin-p ( 431) 2509 343.8 1.1e-93 XP_016881170 (OMIM: 606384) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 684) 1501 211.3 1.3e-53 XP_016881169 (OMIM: 606384) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 750) 1501 211.4 1.4e-53 XP_006722488 (OMIM: 606384) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 772) 1501 211.4 1.4e-53 NP_001138443 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 834) 1501 211.4 1.5e-53 NP_001138442 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 834) 1501 211.4 1.5e-53 XP_016881166 (OMIM: 606384) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 838) 1501 211.4 1.5e-53 XP_016881168 (OMIM: 606384) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 854) 1501 211.4 1.6e-53 NP_001138437 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 854) 1501 211.4 1.6e-53 NP_001138436 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 854) 1501 211.4 1.6e-53 NP_001138438 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 854) 1501 211.4 1.6e-53 NP_001230889 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 911) 1501 211.4 1.6e-53 XP_005266720 (OMIM: 606384) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 922) 1501 211.4 1.7e-53 XP_005266717 (OMIM: 606384) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 942) 1501 211.4 1.7e-53 NP_001138441 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 947) 1501 211.4 1.7e-53 NP_056092 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein liga ( 955) 1501 211.4 1.7e-53 NP_001138440 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 967) 1501 211.4 1.7e-53 NP_001138439 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 975) 1501 211.4 1.7e-53 NP_001316141 (OMIM: 602278) E3 ubiquitin-protein l ( 753) 1483 209.0 7.2e-53 XP_011519929 (OMIM: 602278) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 827) 1483 209.0 7.8e-53 XP_011519928 (OMIM: 602278) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 849) 1483 209.0 8e-53 XP_011519927 (OMIM: 602278) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 849) 1483 209.0 8e-53 >>XP_005250817 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like E3 u (922 aa) initn: 6242 init1: 6242 opt: 6242 Z-score: 4452.0 bits: 835.0 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 6242; 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