Result of FASTA (omim) for pFN21AB8007
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8007, 922 aa
  1>>>pF1KB8007 922 - 922 aa - 922 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4274+/-0.000513; mu= -0.3964+/- 0.031
 mean_var=197.8713+/-41.766, 0's: 0 Z-trim(114.0): 335  B-trim: 753 in 2/54
 Lambda= 0.091176
 statistics sampled from 23262 (23655) to 23262 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.63), E-opt: 0.2 (0.277), width:  16
 Scan time: 13.580

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_005250817 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like  ( 922) 6242 835.0       0
NP_008944 (OMIM: 602307) NEDD4-like E3 ubiquitin-p ( 922) 6242 835.0       0
XP_016868482 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like  ( 921) 6220 832.1       0
XP_005250818 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like  ( 921) 6220 832.1       0
XP_016868484 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like  ( 743) 5112 686.4 1.4e-196
XP_016868485 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like  ( 743) 5112 686.4 1.4e-196
XP_011515104 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like  ( 898) 3757 508.2 7.6e-143
XP_016868483 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like  ( 898) 3757 508.2 7.6e-143
XP_011521128 (OMIM: 602308) PREDICTED: NEDD4-like  ( 754) 3345 453.9 1.3e-126
NP_001257382 (OMIM: 602308) NEDD4-like E3 ubiquiti ( 754) 3345 453.9 1.3e-126
NP_008945 (OMIM: 602308) NEDD4-like E3 ubiquitin-p ( 870) 3345 454.0 1.5e-126
NP_001257383 (OMIM: 602308) NEDD4-like E3 ubiquiti ( 870) 3345 454.0 1.5e-126
XP_016878370 (OMIM: 602308) PREDICTED: NEDD4-like  ( 870) 3345 454.0 1.5e-126
XP_016878368 (OMIM: 602308) PREDICTED: NEDD4-like  ( 870) 3345 454.0 1.5e-126
XP_011521127 (OMIM: 602308) PREDICTED: NEDD4-like  ( 870) 3345 454.0 1.5e-126
XP_016878369 (OMIM: 602308) PREDICTED: NEDD4-like  ( 870) 3345 454.0 1.5e-126
XP_011521125 (OMIM: 602308) PREDICTED: NEDD4-like  ( 870) 3345 454.0 1.5e-126
NP_001311126 (OMIM: 606409,613385) E3 ubiquitin-pr ( 903) 3252 441.7 7.5e-123
NP_001244066 (OMIM: 606409,613385) E3 ubiquitin-pr ( 903) 3252 441.7 7.5e-123
XP_016883578 (OMIM: 606409,613385) PREDICTED: E3 u ( 903) 3252 441.7 7.5e-123
XP_016883580 (OMIM: 606409,613385) PREDICTED: E3 u ( 752) 3247 441.0  1e-122
NP_001244067 (OMIM: 606409,613385) E3 ubiquitin-pr ( 752) 3247 441.0  1e-122
NP_113671 (OMIM: 606409,613385) E3 ubiquitin-prote ( 862) 3247 441.1 1.1e-122
NP_001311127 (OMIM: 606409,613385) E3 ubiquitin-pr ( 862) 3247 441.1 1.1e-122
XP_016883579 (OMIM: 606409,613385) PREDICTED: E3 u ( 900) 3247 441.1 1.2e-122
XP_011527381 (OMIM: 606409,613385) PREDICTED: E3 u ( 692) 3232 439.0 3.7e-122
XP_005260627 (OMIM: 606409,613385) PREDICTED: E3 u ( 692) 3232 439.0 3.7e-122
XP_016868486 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like  ( 719) 2627 359.5 3.5e-98
NP_955456 (OMIM: 602308) NEDD4-like E3 ubiquitin-p ( 431) 2509 343.8 1.1e-93
XP_016881170 (OMIM: 606384) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 684) 1501 211.3 1.3e-53
XP_016881169 (OMIM: 606384) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 750) 1501 211.4 1.4e-53
XP_006722488 (OMIM: 606384) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 772) 1501 211.4 1.4e-53
NP_001138443 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 834) 1501 211.4 1.5e-53
NP_001138442 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 834) 1501 211.4 1.5e-53
XP_016881166 (OMIM: 606384) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 838) 1501 211.4 1.5e-53
XP_016881168 (OMIM: 606384) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 854) 1501 211.4 1.6e-53
NP_001138437 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 854) 1501 211.4 1.6e-53
NP_001138436 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 854) 1501 211.4 1.6e-53
NP_001138438 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 854) 1501 211.4 1.6e-53
NP_001230889 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 911) 1501 211.4 1.6e-53
XP_005266720 (OMIM: 606384) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 922) 1501 211.4 1.7e-53
XP_005266717 (OMIM: 606384) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 942) 1501 211.4 1.7e-53
NP_001138441 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 947) 1501 211.4 1.7e-53
NP_056092 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein liga ( 955) 1501 211.4 1.7e-53
NP_001138440 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 967) 1501 211.4 1.7e-53
NP_001138439 (OMIM: 606384) E3 ubiquitin-protein l ( 975) 1501 211.4 1.7e-53
NP_001316141 (OMIM: 602278) E3 ubiquitin-protein l ( 753) 1483 209.0 7.2e-53
XP_011519929 (OMIM: 602278) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 827) 1483 209.0 7.8e-53
XP_011519928 (OMIM: 602278) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 849) 1483 209.0   8e-53
XP_011519927 (OMIM: 602278) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 849) 1483 209.0   8e-53


>>XP_005250817 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like E3 u  (922 aa)
 initn: 6242 init1: 6242 opt: 6242  Z-score: 4452.0  bits: 835.0 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6242; 100.0% identity (100.0% similar) in 922 aa overlap (1-922:1-922)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MATASPRSDTSNNHSGRLQLQVTVSSAKLKRKKNWFGTAIYTEVVVDGEITKTAKSSSSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MATASPRSDTSNNHSGRLQLQVTVSSAKLKRKKNWFGTAIYTEVVVDGEITKTAKSSSSS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 NPKWDEQLTVNVTPQTTLEFQVWSHRTLKADALLGKATIDLKQALLIHNRKLERVKEQLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NPKWDEQLTVNVTPQTTLEFQVWSHRTLKADALLGKATIDLKQALLIHNRKLERVKEQLK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LSLENKNGIAQTGELTVVLDGLVIEQENITNCSSSPTIEIQENGDALHENGEPSARTTAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LSLENKNGIAQTGELTVVLDGLVIEQENITNCSSSPTIEIQENGDALHENGEPSARTTAR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 LAVEGTNGIDNHVPTSTLVQNSCCSYVVNGDNTPSSPSQVAARPKNTPAPKPLASEPADD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LAVEGTNGIDNHVPTSTLVQNSCCSYVVNGDNTPSSPSQVAARPKNTPAPKPLASEPADD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 TVNGESSSFAPTDNASVTGTPVVSEENALSPNCTSTTVEDPPVQEILTSSENNECIPSTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TVNGESSSFAPTDNASVTGTPVVSEENALSPNCTSTTVEDPPVQEILTSSENNECIPSTS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 AELESEARSILEPDTSNSRSSSAFEAAKSRQPDGCMDPVRQQSGNANTETLPSGWEQRKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AELESEARSILEPDTSNSRSSSAFEAAKSRQPDGCMDPVRQQSGNANTETLPSGWEQRKD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 PHGRTYYVDHNTRTTTWERPQPLPPGWERRVDDRRRVYYVDHNTRTTTWQRPTMESVRNF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PHGRTYYVDHNTRTTTWERPQPLPPGWERRVDDRRRVYYVDHNTRTTTWQRPTMESVRNF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 EQWQSQRNQLQGAMQQFNQRYLYSASMLAAENDPYGPLPPGWEKRVDSTDRVYFVNHNTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EQWQSQRNQLQGAMQQFNQRYLYSASMLAAENDPYGPLPPGWEKRVDSTDRVYFVNHNTK
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB8 TTQWEDPRTQGLQNEEPLPEGWEIRYTREGVRYFVDHNTRTTTFKDPRNGKSSVTKGGPQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TTQWEDPRTQGLQNEEPLPEGWEIRYTREGVRYFVDHNTRTTTFKDPRNGKSSVTKGGPQ
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB8 IAYERGFRWKLAHFRYLCQSNALPSHVKINVSRQTLFEDSFQQIMALKPYDLRRRLYVIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IAYERGFRWKLAHFRYLCQSNALPSHVKINVSRQTLFEDSFQQIMALKPYDLRRRLYVIF
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB8 RGEEGLDYGGLAREWFFLLSHEVLNPMYCLFEYAGKNNYCLQINPASTINPDHLSYFCFI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RGEEGLDYGGLAREWFFLLSHEVLNPMYCLFEYAGKNNYCLQINPASTINPDHLSYFCFI
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB8 GRFIAMALFHGKFIDTGFSLPFYKRMLSKKLTIKDLESIDTEFYNSLIWIRDNNIEECGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GRFIAMALFHGKFIDTGFSLPFYKRMLSKKLTIKDLESIDTEFYNSLIWIRDNNIEECGL
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB8 EMYFSVDMEILGKVTSHDLKLGGSNILVTEENKDEYIGLMTEWRFSRGVQEQTKAFLDGF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EMYFSVDMEILGKVTSHDLKLGGSNILVTEENKDEYIGLMTEWRFSRGVQEQTKAFLDGF
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB8 NEVVPLQWLQYFDEKELEVMLCGMQEVDLADWQRNTVYRHYTRNSKQIIWFWQFVKETDN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NEVVPLQWLQYFDEKELEVMLCGMQEVDLADWQRNTVYRHYTRNSKQIIWFWQFVKETDN
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB8 EVRMRLLQFVTGTCRLPLGGFAELMGSNGPQKFCIEKVGKDTWLPRSHTCFNRLDLPPYK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EVRMRLLQFVTGTCRLPLGGFAELMGSNGPQKFCIEKVGKDTWLPRSHTCFNRLDLPPYK
              850       860       870       880       890       900

              910       920  
pF1KB8 SYEQLKEKLLFAIEETEGFGQE
       ::::::::::::::::::::::
XP_005 SYEQLKEKLLFAIEETEGFGQE
              910       920  

>>NP_008944 (OMIM: 602307) NEDD4-like E3 ubiquitin-prote  (922 aa)
 initn: 6242 init1: 6242 opt: 6242  Z-score: 4452.0  bits: 835.0 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6242; 100.0% identity (100.0% similar) in 922 aa overlap (1-922:1-922)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MATASPRSDTSNNHSGRLQLQVTVSSAKLKRKKNWFGTAIYTEVVVDGEITKTAKSSSSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 MATASPRSDTSNNHSGRLQLQVTVSSAKLKRKKNWFGTAIYTEVVVDGEITKTAKSSSSS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 NPKWDEQLTVNVTPQTTLEFQVWSHRTLKADALLGKATIDLKQALLIHNRKLERVKEQLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 NPKWDEQLTVNVTPQTTLEFQVWSHRTLKADALLGKATIDLKQALLIHNRKLERVKEQLK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LSLENKNGIAQTGELTVVLDGLVIEQENITNCSSSPTIEIQENGDALHENGEPSARTTAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 LSLENKNGIAQTGELTVVLDGLVIEQENITNCSSSPTIEIQENGDALHENGEPSARTTAR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 LAVEGTNGIDNHVPTSTLVQNSCCSYVVNGDNTPSSPSQVAARPKNTPAPKPLASEPADD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 LAVEGTNGIDNHVPTSTLVQNSCCSYVVNGDNTPSSPSQVAARPKNTPAPKPLASEPADD
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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XP_005 EVRMRLLQFVTGTCRLPLGGFAELMGSNGPQKFCIEKVGKDTWLPRSHTCFNRLDLPPYK
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       ::::::::::::::::::::::
XP_005 SYEQLKEKLLFAIEETEGFGQE
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DWQRNTVYRHYTRNSKQIIWFWQFVKETDNEVRMRLLQFVTGTCRLPLGGFAELMGSNGP
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QKFCIEKVGKDTWLPRSHTCFNRLDLPPYKSYEQLKEKLLFAIEETEGFGQE
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>>XP_016868485 (OMIM: 602307) PREDICTED: NEDD4-like E3 u  (743 aa)
 initn: 5112 init1: 5112 opt: 5112  Z-score: 3650.1  bits: 686.4 E(85289): 1.4e-196
Smith-Waterman score: 5112; 100.0% identity (100.0% similar) in 742 aa overlap (181-922:2-743)

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XP_016                              MLAVEGTNGIDNHVPTSTLVQNSCCSYVVNG
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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XP_011                           MQLTLNLQTENKGSVVSGGELTIFLDGPTVDLGN
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       .      :      ::.:: ....  .: ..  ::   :    : : ::   :   .   
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922 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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